OLEX高級(jí)使用教程拓?fù)渎菪S畫通道

1、 OLEX軟件軟件 使用小結(jié)使用小結(jié)一般文件 cif, res, cry 的打開方法mercury, OLEX, xp，wingx（ Platon)等軟件等軟件 用途一用途一 OLEX軟件軟件進(jìn)行進(jìn)行拓?fù)渫負(fù)浞治龇治龃蜷_res文件的軟件 mercury, OLEX, xp，wingx要使整個(gè)結(jié)構(gòu)進(jìn)一步拓展的話，要使整個(gè)結(jié)構(gòu)進(jìn)一步拓展的話，游離的客體分子可以刪去，游離的客體分子可以刪去，刪減原子一定要在刪減原子一定要在BS狀態(tài)下。狀態(tài)下。根據(jù)a,b,c 的軸長(zhǎng)選擇合適的數(shù)字再點(diǎn)Fragments按鈕下拉框,選generate鈕,出現(xiàn)如上圖勾上link changeA from 最后邊一個(gè)數(shù)可以選

2、大點(diǎn)(如3or 4) 也可以選上remove hydrogens-OK再點(diǎn)network-construct net出現(xiàn)如上圖再點(diǎn)structure-hide bond出現(xiàn)如上圖對(duì)軟件得到的初步分析進(jìn)行進(jìn)一步化簡(jiǎn)。對(duì)軟件得到的初步分析進(jìn)行進(jìn)一步化簡(jiǎn)。進(jìn)行拓?fù)浞治鰰r(shí)，要注意把給出的拓?fù)鋱D不必要的鍵刪除，使簡(jiǎn)化合理。進(jìn)行拓?fù)浞治鰰r(shí)，要注意把給出的拓?fù)鋱D不必要的鍵刪除，使簡(jiǎn)化合理。點(diǎn)擊點(diǎn)擊Evulate Topology。建立一個(gè)新的文本文檔或者Word文檔，點(diǎn)擊右鍵粘貼。得到如上圖所示的文件。對(duì)于有穿插結(jié)構(gòu)拓?fù)鋱D都出來了, 幾重幾重穿插呢?再點(diǎn)show structure navigator(像一

3、本攤開的書的形狀的那個(gè)按鈕)再看框里頭atoms:之后的數(shù)字之后的數(shù)字,如果數(shù)字相近且都很大的,就都選上,數(shù)字小的不要選,選上選上幾個(gè)就說明有幾重穿插幾個(gè)就說明有幾重穿插)從結(jié)構(gòu)里先選一個(gè)鍵再點(diǎn)fragments-properties-出現(xiàn)上圖;再monochromatic處選一種自己喜歡的顏色除了原來的紅色還有粉紅色的了-再從沒有選過的鍵中再選一個(gè)鍵,如上方法,給其選另一種顏色從上圖中可以看出有三種三種顏色,就知道是三重穿插三重穿插了。對(duì)原子標(biāo)注的修改方法所得文件的保存類型所得文件的保存類型 （類型一軟件打開模式：（類型一軟件打開模式： cry，res 等等 ）（類型二圖形文件：（類型二圖形

4、文件： jpg，bmp等等）文件保存類型（文件保存類型（cry，res，ins）文件輸出類型（jpg，Bmp等） 用途二用途二 OLEX軟件軟件 畫畫螺旋軸螺旋軸及及通道通道 示意圖示意圖沿不同的軸向選擇合適的片段沿不同的軸向選擇合適的片段畫圖重點(diǎn)-添加中心記錄中心原子坐標(biāo)-轉(zhuǎn)180,方法相同雙擊添加的中心原子，進(jìn)行命名。不要與文件中原子重名。保存文件-res把res文件用記事本打開，添加原子名稱，個(gè)數(shù)，及坐標(biāo)。原子坐標(biāo)添加方法如下，完畢后保存。用OLEX打開保存的res文件修改分子間距，使添加的兩個(gè)原子連接起來結(jié)果如下圖所示，通過改變?cè)雍玩I的大小，得到合適的比例結(jié)果保存為cry和jpg格式

5、如何添加通道？方法與添加螺旋軸類似記錄添加原子坐標(biāo)保存為res格式把res文件用記事本打開，添加原子名稱，個(gè)數(shù)，及坐標(biāo)。為了使構(gòu)筑通道，我們必須添加多個(gè)原子，通過添加更多的均一的原子坐標(biāo)，方法與前面類似，再調(diào)節(jié)原子大小，得到所需的圖片。人有了知識(shí)，就會(huì)具備各種分析能力，人有了知識(shí)，就會(huì)具備各種分析能力，明辨是非的能力。明辨是非的能力。所以我們要勤懇讀書，廣泛閱讀，所以我們要勤懇讀書，廣泛閱讀，古人說古人說“書中自有黃金屋。書中自有黃金屋?！蓖ㄟ^閱讀科技書籍，我們能豐富知識(shí)，通過閱讀科技書籍，我們能豐富知識(shí)，培養(yǎng)邏輯思維能力；培養(yǎng)邏輯思維能力；通過閱讀文學(xué)作品，我們能提高文學(xué)鑒賞水平，通過閱讀文學(xué)作品，我們能提高文學(xué)鑒賞水平，培養(yǎng)文學(xué)情趣；培養(yǎng)文學(xué)情趣；通過閱讀報(bào)刊，我們能增長(zhǎng)見識(shí)，擴(kuò)大自己的知識(shí)面。通過閱讀報(bào)刊，我們能增