2015基因分析預(yù)研

1、2022-3-161基于網(wǎng)絡(luò)的基因功能預(yù)研分析主講: 況海斌 Ph.D2022-3-162實驗思維：實驗思維：新的新的Idea如何產(chǎn)生如何產(chǎn)生（1）臨床工作或者現(xiàn)象的總結(jié)：）臨床工作或者現(xiàn)象的總結(jié)：（2）主要是通過借鑒方法或者用一個新）主要是通過借鑒方法或者用一個新的方法研究一個老的問題。的方法研究一個老的問題。（3）或者延續(xù)別人的后續(xù)工作。）或者延續(xù)別人的后續(xù)工作。2022-3-163（1）臨床工作或者現(xiàn)象的總結(jié)：n：擦屁股用紙情況：擦屁股用紙情況 2022-3-164NEW ENGL J MED 雜志的IF（impact factor）因子：59.32022-3-165痔瘡:n所謂痔瘡，其

2、實就是附近的血管發(fā)生增生或曲張所形成的靜脈團。換句話說，就是因為種種原因，比如便秘、蹲坑時間太長、24小時宅在椅子上不運動等等讓你周圍的血管都堵在一起.2022-3-166痔瘡分級:n痔瘡依嚴(yán)重程度可以分為四級：第一級僅出血不脫出；第二級為排便時脫出，便后可自動縮回；第三級為脫出后需要用手推回；第四級用手推也推不回去了。n一般來說，預(yù)防痔瘡的最主要辦法就是“多吃多動多拉”，也就是吃富含纖維的食物、多運動、保持規(guī)律排便。 2022-3-167佩普的研究:n在研究中，佩普對超過2000名英國人進行了長達3年的追蹤調(diào)查。他尋找了大量健康，無痔瘡的被試者，并要求他們分別使用疊1次和疊2次的廁紙擦屁股。

3、n在3年調(diào)查結(jié)束時，那些在如廁后將廁紙折疊2次（即4層）的人患痔瘡的幾率要遠遠小于折疊1次（即2層）的人。數(shù)據(jù)顯示，那些疊2次的人甚至將患痔瘡的幾率降低了高達17.53%！2022-3-168結(jié)論:治痔瘡，請把廁紙疊兩次！一蘸：就是衛(wèi)生紙疊成若干層后垂直輕壓到上。 二擦：不必說了吧，大多數(shù)人就知道會這個。只是女子要注意，擦的時候要是單向的，即只能是向后的。 三轉(zhuǎn)：因為周圍是褶皺，所以需要用衛(wèi)生紙仔細擦凈，通常兩個半圈可以擦完一遍。但是要想遠離痔瘡，要訣在于：一定要轉(zhuǎn)多次，逐漸用力，以擦2分鐘為宜。如此做法一則是衛(wèi)生，這些褶皺里面藏污納垢，一定要擦干凈；二則是通暢周圍的血脈。不過要注意的是，如果

4、你大便干燥，大便的時候很艱難，那么你轉(zhuǎn)的時候一定要非常輕柔，否則會容易讓出血的哦！其中第三步是最重要的，即保持干凈，又是按摩，用時最長。只要做到這幾點，而且使用疊2次的廁紙的話，痔瘡終將離你遠去。2022-3-169原理原理:n佩普教授認(rèn)為，當(dāng)使用疊2次的廁紙擦屁股時，額外的厚度對于肛門周圍的微血管來說，相當(dāng)于一個柔軟的“床”。而這種厚度也會對血管起到一種溫和的按摩作用，促進微循環(huán)，將痔瘡扼殺在搖籃之中。n值得注意的是，佩普在實驗中并未設(shè)置疊3次（即8層）這個對照組。他認(rèn)為，首先疊3次會很麻煩，另外疊3次的人過于浪費紙張.2022-3-1610（2）主要是通過借鑒方法 2022-3-1611對

5、于新拿到或想查找一個基因的功能應(yīng)該從那里入手？從網(wǎng)絡(luò)上可以得到那些信息？如何比較快的從網(wǎng)絡(luò)上獲取資源的能力？FQA(常見問題常見問題):2022-3-1612主要內(nèi)容主要內(nèi)容:一、三大檢索系統(tǒng)的特點一、三大檢索系統(tǒng)的特點(pubmed和和highwire press,SCI)二、基于網(wǎng)絡(luò)的基因功能預(yù)研分析：不同種屬基因相關(guān)信息、序列、序列二、基于網(wǎng)絡(luò)的基因功能預(yù)研分析：不同種屬基因相關(guān)信息、序列、序列比對、引物設(shè)計與驗證、功能、主要參考文獻、表達（采用方法做了那些比對、引物設(shè)計與驗證、功能、主要參考文獻、表達（采用方法做了那些相應(yīng)的檢測）、全身各部分基因表達情況、有關(guān)基因的芯片結(jié)果、敲除和相應(yīng)

6、的檢測）、全身各部分基因表達情況、有關(guān)基因的芯片結(jié)果、敲除和信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、基因參考文獻的分類、有關(guān)抗體的購買相關(guān)信息）：信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、基因參考文獻的分類、有關(guān)抗體的購買相關(guān)信息）：三、如何追蹤相關(guān)的基因信息（三、如何追蹤相關(guān)的基因信息（Greatnews)。四、搜索引擎檢索作用四、搜索引擎檢索作用(大眾化大眾化)：五、平時如何收集相關(guān)的參考文獻準(zhǔn)備寫作（五、平時如何收集相關(guān)的參考文獻準(zhǔn)備寫作（Endonote, NoteExpress):2022-3-1613二、三大檢索系統(tǒng)的特點:n1.PubMed 檢索系統(tǒng): /n n2.highwire press是全球最大的提供免費自然科學(xué)文獻全文的網(wǎng)站之一:

7、n n 3. web of science-SCI:n nput.do?preferencesSaved=&product=WOS&SID=1FFl1b7Ekp%40gGMb4CB6&search_mode=GeneralSearch2022-3-1614三大檢索系統(tǒng)的特點:n（1）PubMed 檢索系統(tǒng)的特點: /主題詞檢索（在題錄與摘要中進行檢索）：主題詞檢索（在題錄與摘要中進行檢索）：2022-3-1615主題詞檢索（在題錄與摘要中進行檢索）：主題詞檢索（在題錄與摘要中進行檢索）：2022-3-1616自由詞的轉(zhuǎn)換的順序：自由詞的轉(zhuǎn)換的順序：n主題詞檢索、自由詞檢

8、索 nMeSH轉(zhuǎn)換表（MeSH Translation Table），包括MeSH詞、參見詞、副主題詞等。如果系統(tǒng)在該表中發(fā)現(xiàn)了與檢索詞相匹配的詞，就會自動將其轉(zhuǎn)換為相應(yīng)的MeSH詞和TextWord詞（題名詞和文摘詞）進行檢索。例如：鍵入“Vitamin h，系統(tǒng)將其轉(zhuǎn)換成Biotin MeSH Tems OR Vitamin h Textword后進行檢索。2022-3-1617刊名轉(zhuǎn)換表（Journal Tanslation Table），包括刊名全稱、MEDLINE形式的縮寫和ISSN號。該轉(zhuǎn)換表能把鍵入的刊名全稱轉(zhuǎn)換為“MEDLINE縮寫Journal Name后進行檢索。如：在檢索

9、提問框中鍵入：“new england journal of medicine, PubMed將其轉(zhuǎn)換為N Engl J Med Journal Name后進行檢索。 短語表（Phrase list）。該表中的短語來自MeSH、含有同義詞或不同英文詞匯書寫形式的統(tǒng)一醫(yī)學(xué)語言系統(tǒng)（UMLS: Unified Medical Language System）和補充概念（物質(zhì)）名稱表Supplementary Concept (Substance) Name。如果PubMed 系統(tǒng)在MeSH和刊名轉(zhuǎn)換表中未發(fā)現(xiàn)與檢索詞相匹配的詞，就會查找短詞表。 著者索引（Author Index）。如果鍵入的詞語

10、未在上述各表中找到相匹配的詞，或者鍵入的詞是一個后面跟有12個字母的短語，PubMed即查著者索引。如果仍然找不到匹配詞，PubMed就會把該詞斷開后再重復(fù)上述自動詞匯轉(zhuǎn)換過程，直到找到與鍵入的詞語相匹配詞語為止。若仍然沒有匹配詞，單個詞會被聯(lián)一起（用AND）在全部字段中檢索。 2022-3-16182022-3-1619數(shù)量比較大數(shù)量比較大2022-3-1620一個基因的功能的入手點2022-3-16212022-3-16222022-3-16232022-3-16242022-3-1625（2）Highwire檢索系統(tǒng)的特點：檢索系統(tǒng)的特點： nhighwire press是全球最大的提供

11、免費自然科學(xué)文獻全文的網(wǎng)站之一:n n特點：n、免費自然科學(xué)文獻全文文獻，檢索范圍是在全文范圍進行搜索。全文檢索：全文檢索：2022-3-16262022-3-1627、明確顯示免費的文章：2022-3-1628、顯示參考文獻相互引用的關(guān)系：2022-3-1629、顯示參考文獻相互引用的關(guān)系：2022-3-16303) Web of Science SCI科學(xué)引文索引Eugene Garfield“SCI之父”Science, 122(3159), p.108-11, July 1955. 2022-3-16312022-3-1632Web of Science在研究生的學(xué)習(xí)和工作中進行論文的

12、開題查新工作、選取論文的研究課題跟蹤某研究領(lǐng)域/某課題的最新進展高效率地完成學(xué)位論文的寫作幫助選擇投稿期刊,有助于其論文的發(fā)表尋求未來的學(xué)習(xí)和工作機會學(xué)生學(xué)生2022-3-16332022-3-1634影響因子(impact factor)定義：IF是某期刊前兩年發(fā)表的論文在統(tǒng)計當(dāng)年的被引用總次數(shù)除以該期刊在前兩年內(nèi)發(fā)表的論文總數(shù)。意義：IF是相對統(tǒng)計值，可克服大小期刊由于載文量不同所帶來的偏差。一般來說，影響因子越大，其學(xué)術(shù)影響力也越大。2022-3-16352022-3-1636學(xué)科列表的排名(Journal citation report)許多期刊包含不止一個學(xué)科領(lǐng)域的內(nèi)容范疇 ，在JC

13、R的類目列表中將會顯示該期刊被標(biāo)引的不同學(xué)科，同時根據(jù)影響因子計算給出該刊在對應(yīng)學(xué)科中的排名以及期刊在學(xué)科所處的四分位值 2022-3-16372022-3-16384)如何獲取全文:n(1).免費 (:n(2)google scholarn(3). free, or : OA( Open access)2022-3-1639(4) PubMed Central (PMC) nPubMed Central (PMC) is the U.S. National Institutes of Health (NIH) free digital archive of biomedical and li

14、fe sciences journal literature. 2022-3-16402022-3-1641(5)南昌大學(xué)圖書館:2022-3-16422022-3-1643n1. Elsevier數(shù)據(jù)庫 荷蘭愛思唯爾 n2. SPRINGER數(shù)據(jù)庫 n3. OVID醫(yī)學(xué)電子全文期刊數(shù)據(jù)庫（LWW）n4. EBSCO學(xué)術(shù)資源檢索平臺(收錄SCI/SSCI逾1500種全文期刊)n5、 ISI Web of Science平臺(SCI、ISTP、CCR/IC、Biosis) 2022-3-16442022-3-16452022-3-1646通過researchgate獲取：2022-3-1647(

15、6) 向作者索取:nDear Dr.Johansson A: nI am very interested in reading your recent paper: “Identification of ACOX2 as a shared genetic risk factor for preeclampsia and cardiovascular disease”nBut I dont have access, Could please send me a PDF version?nIf our research work would be published in future, we w

16、ill acknowledge your lab and cite your paper. nThanks a lot, nHaibin Kuang2022-3-1648nDear Dr. Hanna Achache: nThank you very much for your paper! nRegards, nHaibin kuang 2022-3-1649主要內(nèi)容主要內(nèi)容:一、搜索引擎檢索作用一、搜索引擎檢索作用(大眾化大眾化)：二、三大檢索系統(tǒng)的特點二、三大檢索系統(tǒng)的特點(pubmed和和highwire press,SCI)三、基于網(wǎng)絡(luò)的基因功能預(yù)研分析：不同種屬基因相關(guān)信息、序列、

17、序列三、基于網(wǎng)絡(luò)的基因功能預(yù)研分析：不同種屬基因相關(guān)信息、序列、序列比對、引物設(shè)計與驗證、功能、主要參考文獻、表達（采用方法做了那些比對、引物設(shè)計與驗證、功能、主要參考文獻、表達（采用方法做了那些相應(yīng)的檢測）、全身各部分基因表達情況、有關(guān)基因的芯片結(jié)果、敲除和相應(yīng)的檢測）、全身各部分基因表達情況、有關(guān)基因的芯片結(jié)果、敲除和信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、基因參考文獻的分類、有關(guān)抗體的購買相關(guān)信息）：信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、基因參考文獻的分類、有關(guān)抗體的購買相關(guān)信息）：四、如何追蹤相關(guān)的基因信息（四、如何追蹤相關(guān)的基因信息（Greatnews)。五、平時如何收集相關(guān)的參考文獻準(zhǔn)備寫作（五、平時如何收集相關(guān)的參考文獻準(zhǔn)備寫作（Not

18、eExpress):2022-3-1650三、基于網(wǎng)絡(luò)的基因功能預(yù)研分析三、基于網(wǎng)絡(luò)的基因功能預(yù)研分析不同種屬基因相關(guān)信息、序列、序列比對、引物設(shè)計與驗證、功能、主要參考文獻、表達（采用方法做了那些相應(yīng)的檢測）、全身各部分基因表達情況、有關(guān)基因的芯片結(jié)果、敲除和信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、基因參考文獻的分類、有關(guān)抗體的購買相關(guān)信息）：2022-3-1651第一部分第一部分 如何查找基因的如何查找基因的mRNA、cDNA、蛋白序列、蛋白序列2022-3-1652（1）基因相關(guān)信息：）基因相關(guān)信息：2022-3-1653一個基因的功能的入手點人小鼠大鼠2022-3-16542022-3-1655一個基因的功能的入手

19、點2022-3-1656一個基因的功能的入手點Genomic sequenceprotein sequencemRNA sequence2022-3-16572022-3-16582022-3-16592022-3-16602022-3-16612022-3-1662一個基因的功能的入手點Genomic sequenceprotein sequencemRNA sequence2022-3-16632022-3-1664一個基因的功能的入手點2022-3-16652022-3-1666一個基因的功能的入手點2022-3-16672022-3-16682022-3-16692022-3-1670

20、一個基因的功能的入手點cDNA of different tissueDifferent experiment of array results2022-3-1671一個基因的功能的入手點Expression profile2022-3-1672一個基因的功能的入手點GEO profile2022-3-1673一個基因的功能的入手點GEO profile2022-3-1674一個基因的功能的入手點GEO profileexample2022-3-1675一個基因的功能的入手點GEO profile2022-3-1676第四、如何利用基因的序列信息檢索別人的引物和自已設(shè)計引物是否正確？n基于核酸

21、序列對齊分析（采用基于核酸序列對齊分析（采用NCBI/Blast軟件）軟件）2022-3-16772022-3-16782022-3-16792022-3-16802022-3-16812022-3-16822022-3-16832022-3-16842022-3-1685第五.如何自己設(shè)計引物:2022-3-1686Primer 52022-3-1687 2022-3-16882022-3-16892022-3-1690第六第六: 如何查基因相關(guān)試劑產(chǎn)品如何查基因相關(guān)試劑產(chǎn)品:2022-3-16912022-3-16922022-3-16932022-3-16942022-3-1695202

22、2-3-16962022-3-16972022-3-1698主要內(nèi)容主要內(nèi)容:一、搜索引擎檢索作用一、搜索引擎檢索作用(大眾化大眾化)：二、三大檢索系統(tǒng)的特點二、三大檢索系統(tǒng)的特點(pubmed和和highwire press,SCI)三、基于網(wǎng)絡(luò)的基因功能預(yù)研分析：不同種屬基因相關(guān)信息、序列、序列三、基于網(wǎng)絡(luò)的基因功能預(yù)研分析：不同種屬基因相關(guān)信息、序列、序列比對、引物設(shè)計與驗證、功能、主要參考文獻、表達（采用方法做了那些比對、引物設(shè)計與驗證、功能、主要參考文獻、表達（采用方法做了那些相應(yīng)的檢測）、全身各部分基因表達情況、有關(guān)基因的芯片結(jié)果、敲除和相應(yīng)的檢測）、全身各部分基因表達情況、有關(guān)基

23、因的芯片結(jié)果、敲除和信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、基因參考文獻的分類、有關(guān)抗體的購買相關(guān)信息）：信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、基因參考文獻的分類、有關(guān)抗體的購買相關(guān)信息）：四、如何追蹤相關(guān)的基因信息（四、如何追蹤相關(guān)的基因信息（Greatnews)。五、平時如何收集相關(guān)的參考文獻準(zhǔn)備寫作（五、平時如何收集相關(guān)的參考文獻準(zhǔn)備寫作（NoteExpress):2022-3-1699四:如何追蹤相關(guān)的基因信息n利用相關(guān)的軟件:如（Greatnews)n建立郵件跟蹤服務(wù):2022-3-16100n大家是否平時遇到檢索多個關(guān)鍵詞（一大家是否平時遇到檢索多個關(guān)鍵詞（一方面檢索此基因，同時想關(guān)注此領(lǐng)域的方面檢索此基因，同時想關(guān)注此領(lǐng)域的發(fā)展動態(tài)）發(fā)

24、展動態(tài)）?n(embryo implantation, decidualization,trophoblast invasion,cxcl14)n是否希望每天檢索到的文獻能自動顯示是否希望每天檢索到的文獻能自動顯示為新的文獻為新的文獻?2022-3-16101Journal cited reports: IF（Greatnews)2022-3-161022022-3-16103RSS聚合器聚合器 :n也許大家是第一次聽到RSS這個概念，那什么是RSS呢？ nRSS(Really Simple Syndication,也叫聚合內(nèi)容，)是一種描述和同步網(wǎng)站內(nèi)容的格式，可以被稱為資源共享模式的延伸。

25、 nRSS是站點用來和其他站點之間共享內(nèi)容的一種簡易方式（也叫聚合內(nèi)容），通常被用于新聞和其他 按順序排列的網(wǎng)站，例如Blog。 2022-3-16104RSS可以干什么？n你再也不用一個網(wǎng)站一個網(wǎng)站，一個網(wǎng)頁一個網(wǎng)頁去逛了。只要你再也不用一個網(wǎng)站一個網(wǎng)站，一個網(wǎng)頁一個網(wǎng)頁去逛了。只要你需要閱讀的內(nèi)容訂閱在一個你需要閱讀的內(nèi)容訂閱在一個RSS閱讀器中，這些內(nèi)容就會自動閱讀器中，這些內(nèi)容就會自動出現(xiàn)你的閱讀器里，你也不必為了一個急切想知道的消息而不斷出現(xiàn)你的閱讀器里，你也不必為了一個急切想知道的消息而不斷的刷新網(wǎng)頁，因為一旦有了更新，的刷新網(wǎng)頁，因為一旦有了更新，RSS閱讀器就會自己通知你！閱讀

26、器就會自己通知你！n n1.訂閱訂閱BLOG(BLOG上，你可以訂閱你工作中所需的技術(shù)文章；上，你可以訂閱你工作中所需的技術(shù)文章；也可以訂閱與你有共同愛好的作者的日志，總之，也可以訂閱與你有共同愛好的作者的日志，總之，BLOG上你對上你對什么感興趣你就可以訂什么什么感興趣你就可以訂什么) 2.訂閱新聞訂閱新聞(無論是奇聞怪事、明星消息、體壇風(fēng)云，只要你想無論是奇聞怪事、明星消息、體壇風(fēng)云，只要你想知道的，都可以訂閱知道的，都可以訂閱) 2022-3-16105如何使用?n您一般需要下載和安裝一個RSS新聞閱讀器，然后從網(wǎng)站提供的聚合新聞目錄列表中訂閱您感興趣的新聞欄目的內(nèi)容。訂閱后，您將會及時

27、獲得所訂閱新聞頻道的最新內(nèi)容。 2022-3-16106nRSS新聞閱讀器的特點na. 沒有廣告或者圖片來影響標(biāo)題 或者文章概要的閱讀。nb. RSS閱讀器自動更新你定制的網(wǎng) 站內(nèi)容，保持新聞的及時性。c. 用戶可以加入多個定制的RSS提 要，從多個來源搜集新聞?wù)?到單個數(shù)據(jù)流中。2022-3-16107RSS新聞閱讀器:nGreatNews新聞閱讀器n(另外，還有中文的新聞閱讀器，如世通新聞閱讀器、周博通閱讀器）。2022-3-161082022-3-161092022-3-161102022-3-16111如何來訂制新的內(nèi)容：2022-3-16112RSS 或或XML 標(biāo)志標(biāo)志2022-

28、3-161132022-3-161142022-3-161152022-3-161162022-3-161172022-3-161182022-3-16119主要內(nèi)容主要內(nèi)容:一、搜索引擎檢索作用一、搜索引擎檢索作用(大眾化大眾化)：二、三大檢索系統(tǒng)的特點二、三大檢索系統(tǒng)的特點(pubmed和和highwire press,SCI)三、基于網(wǎng)絡(luò)的基因功能預(yù)研分析：不同種屬基因相關(guān)信息、序列、序列三、基于網(wǎng)絡(luò)的基因功能預(yù)研分析：不同種屬基因相關(guān)信息、序列、序列比對、引物設(shè)計與驗證、功能、主要參考文獻、表達（采用方法做了那些比對、引物設(shè)計與驗證、功能、主要參考文獻、表達（采用方法做了那些相應(yīng)的檢測）、全身各部分基因表達情況、有關(guān)基因的芯片結(jié)果、敲除和相應(yīng)的檢測）、全身各部分基因表達情況、有關(guān)基因的芯片結(jié)果、敲除和信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、基因參考文獻的分類、有