NCBI分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫應(yīng)用簡介

1、NCBI分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫應(yīng)用簡介應(yīng)用簡介NCBI分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫:/ 美國國立醫(yī)學(xué)圖書館NLM于1988年11月4日建立國家生物技術(shù)信息中心National Center of Biotechnology Information,簡稱NCBI。 GenBank數(shù)據(jù)庫(Nucleotide) (1988) 三維蛋白結(jié)構(gòu)的分子模型數(shù)據(jù)庫MMDB 在線人類孟德爾遺傳(OMIM數(shù)據(jù)庫 生物門類Toxonomy數(shù)據(jù)庫 等Entrez 數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng)(1991)BLAST相似性檢索系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫：檢索系統(tǒng):NCBI數(shù)據(jù)庫內(nèi)容簡介一. Nucleotide(GenBank) 該數(shù)

2、據(jù)庫由國際核苷酸序列數(shù)據(jù)庫成員美國國立衛(wèi)生研究院GenBank、日本DNA數(shù)據(jù)庫(DDBJ)和英國Hinxton Hall的歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室數(shù)據(jù)庫(EMBL三局部數(shù)據(jù)組成。 Nucleotide 包含： 所有的核苷酸及蛋白質(zhì)序列 與之相關(guān)的生物學(xué)信息 參考文獻(xiàn)二 . Genome 即基因組數(shù)據(jù)庫，提供了多種基因組、完全染色體、臨近序列圖譜以及一體化基因物理圖譜。三. Structures 即結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫或稱分子模型數(shù)據(jù)庫MMDB，包含來自X線晶體學(xué)和三維結(jié)構(gòu)的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。MMDB的數(shù)據(jù)從PDBProtein Data Bank獲得。 四. Taxonomy 即生物學(xué)門類數(shù)據(jù)庫，可以按生物學(xué)門類

3、進(jìn)行檢索或?yàn)g覽其核苷酸序列、蛋白質(zhì)序列、結(jié)構(gòu)等。五. PopSet 包含研究一個(gè)人群、一個(gè)種系發(fā)生或描述人群變化的一組組聯(lián)合序列。PopSet既包含核酸序列數(shù)據(jù)又包含蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)。 六. OMIM 孟德爾遺傳學(xué)(OMIM)數(shù)據(jù)庫是人類人類基因和基因疾病基因和基因疾病的目錄數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫包括原文信息、圖片和參考信息，同時(shí)還可以鏈接到Entrez系統(tǒng)MEDLINE數(shù)據(jù)庫中相關(guān)文獻(xiàn)和序列信息。NCBI數(shù)據(jù)庫檢索1. ENTREZ高級(jí)檢索系統(tǒng)： 在檢索框中輸入檢索詞，檢索詞間默認(rèn)邏輯關(guān)系為AND 還可用來檢索核酸與蛋白質(zhì)序列、MEDLINE相關(guān)文獻(xiàn)或?qū)＠鸓ubMed、 基因組及MMDB分子結(jié)構(gòu)模型

4、庫信息。 顯示格式 ：Summary Report格式GenBank Report格式FASTA Report格式.2. BLAST相似性檢索系統(tǒng) BLASTBasic Local Alignment Search Tool 是用于序列相似性檢索的一個(gè)重要數(shù)據(jù)庫，是區(qū)分基因和基因特征的工具。該軟件能在15秒內(nèi)完成整個(gè)DNA數(shù)據(jù)庫的序列檢索。 在NCBI主頁的左工具條中，點(diǎn)擊BLAST圖標(biāo)，即進(jìn)入BLAST主頁 可通過WWW途徑或E-mail途徑查詢。3.向向GenBank遞交數(shù)據(jù)遞交數(shù)據(jù)GenBank數(shù)據(jù)的一個(gè)主要來源是通過數(shù)據(jù)的一個(gè)主要來源是通過作者直接遞交；目前許多期刊也希望刊作者直接遞交；目前許多期刊也希望刊登的登的文章中的文章中的DNA或氨基酸序列能在發(fā)或氨基酸序列能在發(fā)表前輸入數(shù)據(jù)庫。表前輸入數(shù)據(jù)庫。NCBI為此設(shè)計(jì)了方便、快捷的數(shù)為此設(shè)計(jì)了方便、快捷的數(shù)據(jù)遞交軟據(jù)遞交軟件：件：BankIt:直接通過直接通過WWW進(jìn)行簡便、快進(jìn)行簡便、快捷的遞交。捷的遞交。Sequi