CHIP染色質(zhì)免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)方法簡(jiǎn)介

1、Chromatin Immunoprecipitation Assay (ChIP)染色質(zhì)免疫沉淀實(shí)驗(yàn)染色質(zhì)免疫沉淀實(shí)驗(yàn)基因表達(dá):反式因子和順式作用元件之間相互作用。 真核生物的基因組DNA以染色質(zhì)的形式存在。研究蛋白質(zhì)與DNA在染色質(zhì)環(huán)境下的相互作用是闡明真核基因表達(dá)機(jī)制的基本途徑。概述原理方法比較舉例基因表達(dá)調(diào)控功能基因組學(xué)染色質(zhì)免疫沉淀實(shí)驗(yàn)(CHIP)(CHIP) 研究體內(nèi)DNADNA蛋白質(zhì)相互作用的重要工具。 它不僅可以靈敏地檢測(cè)目標(biāo)蛋白與特異DNA DNA 片段的結(jié)合情況，還可以用來(lái)研究組蛋白與基因表達(dá)的關(guān)系。概述原理方法比較舉例CHIPCHIP原理在活細(xì)胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)在活細(xì)胞狀

2、態(tài)下固定蛋白質(zhì)DNADNA復(fù)合物復(fù)合物將其隨機(jī)切斷為一定長(zhǎng)度范圍內(nèi)的染色質(zhì)將其隨機(jī)切斷為一定長(zhǎng)度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段小片段通過(guò)免疫學(xué)方法沉淀此復(fù)合體，特異性地通過(guò)免疫學(xué)方法沉淀此復(fù)合體，特異性地富集目的蛋白結(jié)合的富集目的蛋白結(jié)合的DNADNA片段片段對(duì)目的片斷的純化與檢測(cè)對(duì)目的片斷的純化與檢測(cè)概述原理方法比較舉例概述原理方法比較舉例操作步驟一、固定一、固定 在活細(xì)胞狀態(tài)下，用甲醛固定蛋白質(zhì)DNA復(fù)合物，然后用化學(xué)（微球菌酶）或者機(jī)械（超聲波）的手段將其隨機(jī)切斷為一定長(zhǎng)度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段。二、免疫沉淀二、免疫沉淀 利用目的蛋白質(zhì)的特異抗體通過(guò)抗原-抗體反應(yīng)形成DNA-蛋白質(zhì)-抗體復(fù)合體，然后

3、沉淀此復(fù)合體，特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段。三、純化與檢測(cè)三、純化與檢測(cè) 經(jīng)蛋白質(zhì)與DNA 解偶聯(lián)，DNA片段純化等處理后，用PCR等方法檢測(cè)DNA與蛋白質(zhì)的結(jié)合情況.概述原理方法比較舉例概述原理方法比較舉例注意事項(xiàng)超聲波破碎條件的選擇抗體量的選擇PCR反應(yīng)條件的選擇概述原理方法比較舉例Input對(duì)照陽(yáng)性對(duì)照：如組蛋白抗體陰性對(duì)照：陰性引物條件選擇對(duì)照設(shè)置比較：蛋白質(zhì)- -DNADNA相互作用常用方法凝膠電泳遷移率改變分析 （EMSA）DNase足跡法（foot printing）染色質(zhì)免疫沉淀實(shí)驗(yàn)(CHIP)體 內(nèi)體 外概述原理方法比較舉例EMSACHIP由于許多轉(zhuǎn)錄調(diào)控蛋白有相似或

4、相同的DNA結(jié)合位點(diǎn)，EMSA獲取的結(jié)果不一定能真實(shí)地反映體內(nèi)轉(zhuǎn)錄調(diào)控蛋白和DNA結(jié)合的狀況。能真實(shí)完整地反映結(jié)合在DNA序列上的調(diào)控蛋白，是目前確定與特定蛋白結(jié)合的基因組區(qū)域或確定與特定基因組區(qū)域結(jié)合的蛋白質(zhì)的最好方法。概述原理方法比較舉例應(yīng)用舉例概述原理方法比較舉例Mantovani F, Tocco F, Girardini J, et al. The prolyl isomerase Pin1 orchestrates p53 acetylation and dissociation from the apoptosis inhibitor iASPP. Nat Struct Mol

5、Biol. 2007 Oct;14(10):912-920.概述原理方法比較舉例Saleh A, Alvarez-Venegas R, Avramova Z. An efficient chromatin immunoprecipitation (ChIP) protocol for studying histone modifications in Arabidopsis plants. Nat Protoc. 2008;3(6):1018-1025.擴(kuò)展應(yīng)用舉例vCHIP-on-chip概述原理方法比較舉例Chi SW, Zang JB, Mele A, Darnell RB. Argon

6、aute HITS-CLIP decodes microRNA-mRNA interaction maps. Nature. 2009 Jul 23;460(7254):479-486.概述原理方法比較舉例vcrosslinking immunoprecipitation (CLIP)For microRNAmRNA interactionAgo-argonaute蛋白謝 謝！基因表達(dá):反式因子和順式作用元件之間相互作用。 真核生物的基因組DNA以染色質(zhì)的形式存在。研究蛋白質(zhì)與DNA在染色質(zhì)環(huán)境下的相互作用是闡明真核基因表達(dá)機(jī)制的基本途徑。概述原理方法比較舉例基因表達(dá)調(diào)控功能基因組學(xué)概述原理方法比較舉例應(yīng)用舉例概述原理方法比較舉例Mantovani F, Tocco F, Girardini J, et al. The prolyl isomerase Pin1 orchestrates p53 acetylatio