生物科學(xué)專業(yè)信息資源推介

1、生物科學(xué)專業(yè)信息資源推介中國(guó)生物工程雜志ChinaBiotechnology,2005,25(11):9597生物科學(xué)專業(yè)信息資源推介數(shù)據(jù)庫(kù)名稱BGI一家蠶基因組數(shù)據(jù)庫(kù)BGISilkwormDatabase數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址/數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介家蠶基因組有28條染色體,約4.8億堿基對(duì),估計(jì)有基因4萬(wàn)個(gè).2003年11月,中科院華大基因和西南農(nóng)大等單位已率先完成家蠶基因組”框架圖”繪制工作,在此基礎(chǔ)上構(gòu)架家蠶基因組數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng).包括國(guó)際最全的家蠶基因組研究數(shù)據(jù),包括突變體,EST,基因,重復(fù)序列等基因組信息.服務(wù)方式:查詢,免費(fèi)下載.關(guān)鍵字家蠶基因組數(shù)據(jù)庫(kù)名稱韓國(guó)大米基因組數(shù)據(jù)庫(kù)KoreaRiceGenomeD

2、atabase數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址http:/bioserver.myoni.ac.kr/ricemac.htmlKRGD是韓國(guó)大米的基因數(shù)據(jù)庫(kù),它搜集有關(guān)韓國(guó)大米的所有基因.數(shù)據(jù)庫(kù)提供的EST序列查找能夠快速找數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介到所要研究的基因的EST.數(shù)據(jù)庫(kù)還提供韓國(guó)大米的基因圖譜,幫助相對(duì)準(zhǔn)確地在基因組染色體上找到基因的定位.KRGD目前由韓國(guó)Myongji大學(xué)的生物科學(xué)系負(fù)責(zé)維護(hù)管理.服務(wù)方式:查詢,免費(fèi)下載.關(guān)鍵字Korea韓國(guó)rice大米genome基因組數(shù)據(jù)庫(kù)名稱線蟲(chóng)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)AceDB數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址/AceDB是于1989年最初由JeanThierryMieg和RichardDurbin開(kāi)發(fā)的一個(gè)

3、基因組數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng).它提供一個(gè)自數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介定義數(shù)據(jù)庫(kù)核心和一個(gè)特別設(shè)計(jì)的非標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)模型以便靈活地處理科學(xué)數(shù)據(jù),以及一個(gè)繪圖用戶界面和許多特別的顯示和基因組數(shù)據(jù)處理工具.AceDB用于管理基因組計(jì)劃內(nèi)的數(shù)據(jù)和使基因組數(shù)據(jù)供科學(xué)界使用.服務(wù)方式:查詢,分析,免費(fèi)下載.關(guān)鍵字AceDBgenome基因組數(shù)據(jù)庫(kù)名稱線蟲(chóng)基因組預(yù)測(cè)蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)WormPep-C.elegansProteinsdb數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址hap:/www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep/Wormpep包括了線蟲(chóng)基因組中所有預(yù)測(cè)蛋白.在線蟲(chóng)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)AceDB的基礎(chǔ)上,它共有9,745,258

4、個(gè)堿基長(zhǎng)度的基因預(yù)測(cè)的22,246個(gè)蛋白序列(其中1705個(gè)蛋白具有不同的剪接本).搜尋方式可以使用蛋白序列,對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介應(yīng)cDNA序列,序列的CDS編碼和位置數(shù)據(jù),蛋白的TREMBL或SwissProt編碼等.另外,提供基于BLAST的同源比對(duì).本數(shù)據(jù)庫(kù)由線蟲(chóng)基因組計(jì)劃衍生出來(lái),主要數(shù)據(jù)由英國(guó)Sanger中心,美國(guó)圣路易斯測(cè)序中心提供和更新.服務(wù)方式:查詢,分析,免費(fèi)下載.關(guān)鍵字eleganworm線蟲(chóng)predictedprotein預(yù)測(cè)蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)名稱盤(pán)基網(wǎng)柄菌基因組數(shù)據(jù)庫(kù)DictyDbDictyosteliumdlscoldeumGenomeDatabase數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址http:/dicty

5、ba$e.ore,/盤(pán)基網(wǎng)柄菌基因組,包括染色體以及線粒體的全部基因組數(shù)據(jù)庫(kù),在細(xì)胞粘菌中,由于盤(pán)基網(wǎng)柄菌的生活史最簡(jiǎn)單,且發(fā)育階段分明,是極好的研究材料.該數(shù)據(jù)庫(kù)不僅提供了盤(pán)基網(wǎng)柄菌的基因組信息,還為盤(pán)基網(wǎng)柄菌的數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介序列提供了,已知及同源的基因列表,BLAST服務(wù)器,染色體定位圖,已完成和進(jìn)行中的基因敲除變異種的粘菌資料.并提供了相關(guān)的盤(pán)基網(wǎng)柄菌cDNA文庫(kù)的鏈接及使用說(shuō)明.該數(shù)據(jù)庫(kù)由加州UCSD大學(xué)的發(fā)育基因項(xiàng)目(DGP)支持.服務(wù)方式:查詢,免費(fèi)下載.關(guān)鍵字盤(pán)基網(wǎng)柄菌genome基因組數(shù)據(jù)庫(kù)名稱枯草桿菌基因組數(shù)據(jù)庫(kù)BSORF-BacillussubtilisGenomeDataba

6、se數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址http:/bacillus.genome.ad.jp/枯草桿菌基因組數(shù)據(jù)庫(kù)是由日本枯草桿菌協(xié)會(huì)建立的專業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù).該數(shù)據(jù)庫(kù)收集的數(shù)據(jù)主要分為兩類:以彩色圖譜顯示的基因組圖譜以及以列表形式出現(xiàn)的其他來(lái)源數(shù)據(jù),如突變信息,DNA芯片數(shù)據(jù).用戶可以通過(guò)輸入數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介基因名稱,描述性字眼,分類號(hào)等方式進(jìn)行查詢,也可以直接輸入序列檢索是否是枯草桿菌的基因組序列或基因組中的編碼序列.該數(shù)據(jù)庫(kù)最近一次更新于2003年9月.服務(wù)方式:查詢.關(guān)鍵字B.subtilis枯草桿菌genome基因組數(shù)據(jù)庫(kù)名稱枯草桿菌基因組信息數(shù)據(jù)庫(kù)BacillusmbtilisGeneticDatabase數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址h

7、ttp:/genolist.pasteur.fr/SubtiList/該數(shù)據(jù)庫(kù)介紹了枯草桿菌基因組的各方面信息,它包含了B.subtilis168(枯草桿菌的模式菌種)4,214,630bpDNA,蛋白質(zhì)序列以及相關(guān)基因的注釋和功能推測(cè).該數(shù)據(jù)庫(kù)的信息主要來(lái)源于EMBL/GenBank/DDBJ數(shù)據(jù)庫(kù)以及發(fā)表在國(guó)際雜志上或者相關(guān)方面科研工作者的報(bào)告,主要由InstitutPasteur維護(hù)(法國(guó)的一個(gè)私人的非盈利性的數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介疾病預(yù)防基金會(huì)),它提供了方便的查詢系統(tǒng),可以通過(guò)輸入基因名,基因的染色體定位以及功能分類進(jìn)行查詢,并可以對(duì)查出的序列進(jìn)行BLAST等分析.它的特色是提供了枯草桿菌彩色的

8、染色體定位圖,在圖上的每一點(diǎn)均提供了鏈接,介紹具體的基因定位及相關(guān)信息.具有感官認(rèn)識(shí),可以方便查詢.服務(wù)方式:查詢,免費(fèi)下載.關(guān)鍵字B.subtilis枯草桿菌genome基因組數(shù)據(jù)庫(kù)名稱枯草桿菌全基因組,基因圖譜和密碼子方面的數(shù)據(jù)庫(kù)NRSUB?Non-redundantB.subtilisDatabase數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址http:/pbil.univlyon1.fr/nrsub/nrsub.html中國(guó)生物工程雜志ChinaBiotechnologyVo1.25No.112005該數(shù)據(jù)庫(kù)收錄了枯草桿菌的全基因組,并加入基因圖譜和密碼子方面的數(shù)據(jù),可通過(guò)web方式查詢,也可直接根據(jù)關(guān)鍵字,序列名稱或

9、基因編號(hào)查詢,并提供序列文件全文搜索.庫(kù)內(nèi)總堿基數(shù)達(dá)4214814條;可由SWISS數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介PROT.ENZYME和HOBACGEN數(shù)據(jù)庫(kù)參考相關(guān)基因家族;所有基因圖譜位置由電腦計(jì)算得出,精確度為0.1.維護(hù)單位包括日本國(guó)家遺傳所,法國(guó)里昂大學(xué)遺傳學(xué)和群體生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室,法國(guó)巴斯德學(xué)院基因表達(dá)調(diào)控系及瑞士生物信息學(xué)學(xué)院.服務(wù)方式:查詢,免費(fèi)下載.關(guān)鍵字B.subtilis枯草桿菌genome基因組數(shù)據(jù)庫(kù)名稱酵母基因組數(shù)據(jù)庫(kù)SaccharomycesGenomeDeletionProject數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址http:/sequencewww.stanford.lu/group/yeast_deleti

10、onproject/deletions3.html酵母基因組數(shù)據(jù)庫(kù)提供了Saeeharomyeescerevisiae(釀酒酵母)基因組及其開(kāi)放閱讀框(openreadingframe,ORF)功能的很多相關(guān)信息.其中開(kāi)放閱讀框的功能是通過(guò)基于基因剔除的PCR技術(shù)和突變的遺傳分析獲得的.數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)容包括:不同的ORFs剔除品系,ORFs剔除所用的引物序列,重要的ORFs等.此外,該數(shù)據(jù)庫(kù)給出了很多技術(shù)和方法相關(guān)的文獻(xiàn)并可以與YDPM數(shù)據(jù)庫(kù)(YeastDeletionProjectandMitochondriaDatabase)等相鏈接,它由SaeeharomycesGenomeDele

11、tionProjectConsortium(酵母基因組剔除研究計(jì)劃協(xié)會(huì))維護(hù).服務(wù)方式:查詢.關(guān)鍵字Saceharomyceseerevisiae釀酒酵母genome基因組數(shù)據(jù)庫(kù)名稱藍(lán)細(xì)菌基因組數(shù)據(jù)庫(kù)CyanoBase-TheGenomeDatabaseofCyanobacteria數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址http:/www.kazusa.or.jp/cyano/cyano.html藍(lán)細(xì)菌基因組數(shù)據(jù)庫(kù)可以獲得關(guān)于藍(lán)細(xì)菌基因組結(jié)構(gòu)的序列和全部解釋資料.它最初由MakotoHirosawa,TakakasuKaneko和SatoshiTabata創(chuàng)辦,現(xiàn)在的版本由KazusaDNA研究所YasukazuNaka

12、mura,TakakazuKaneko和數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介SatoshiTabata發(fā)展并維護(hù).生氧光合作用是地球上的最基本的生命過(guò)程,藍(lán)細(xì)菌帶有生氧光合作用的全部基因.該有機(jī)物出現(xiàn)于非常古老的年代,可以在多種環(huán)境下生存.該數(shù)據(jù)庫(kù)還提供了很多其它菌類或藻類相關(guān)的鏈接,便于用戶查找相關(guān)信息.服務(wù)方式:查詢.關(guān)鍵字藍(lán)細(xì)菌genome基因組數(shù)據(jù)庫(kù)名稱細(xì)胞器基因組數(shù)據(jù)庫(kù)GOBASE-TheOrgandieGenomeDatabase數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址http:/megasun.bch.umontrea1.ea/gobase/GOBASE一細(xì)胞器基因組數(shù)據(jù)庫(kù)由加拿大健康研究院(CIHR)和加拿大醫(yī)學(xué)研究委員會(huì)(MRC)

13、資助,2003年12月建立,由CanadaDalhousieUniversity維護(hù).整合了與線粒體和葉綠體相關(guān)的各種數(shù)據(jù),今后將包含細(xì)菌的信息.數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介核酸和蛋白數(shù)據(jù)來(lái)源于NCBI的Entrez數(shù)據(jù)庫(kù),分類信息來(lái)源于NCBI的Taxon數(shù)據(jù)庫(kù).提供到PID,Entmz,Blast等的鏈接,界面友好,便于查詢.服務(wù)方式:查詢.r關(guān)鍵字細(xì)胞器genome基因組數(shù)據(jù)庫(kù)名稱基因組在線數(shù)據(jù)庫(kù)GOLD-GenomesOn-linedb數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址http:/www.genomesenline.ow,/基因組在線數(shù)據(jù)庫(kù)(GOLD)在國(guó)際網(wǎng)內(nèi)提供全世界已完成的和正在進(jìn)行的基因組項(xiàng)目,其中有315個(gè)已發(fā)表數(shù)據(jù)

14、庫(kù)簡(jiǎn)介的完成的基因組項(xiàng)目和正在進(jìn)行的804個(gè)原核生物的基因組項(xiàng)目和547個(gè)真核生物的基因組項(xiàng)目.服務(wù)方式:查詢.關(guān)鍵字genome基因組數(shù)據(jù)庫(kù)名稱人類基因組圖譜標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)庫(kù)GeneLoc-TheUnifiedDatabaseforHumanGenomeMapping(UDB)數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址http:/genecards.weizmann.ac.il/geneloc/人類基因組圖譜標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)庫(kù),GeneLoc整合了包括Genethon,NCBI,基因組數(shù)據(jù)庫(kù)等在內(nèi)的多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的資料,統(tǒng)一了基因的收集,剔除了冗余的部分,并且賦予每一個(gè)基因有意義的定位標(biāo)識(shí)符,也叫作基因卡片ID.數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介GeneLoc包含

15、了人類所有染色體的基因整合信息,此外,與基因平行的DNA片段信息也包含在其中.它為用戶提供了友好的檢索界面,用戶可以根據(jù)染色體的位置,基因名稱,基因登記號(hào)等方式查詢基因的具體定位.并為初學(xué)者提供了檢索實(shí)例.該數(shù)據(jù)庫(kù)由以色列生物信息&Crown人類基因組研究中心支持維護(hù).服務(wù)方式:查詢.關(guān)鍵字human人類genome基因組數(shù)據(jù)庫(kù)名稱人類組織的全基因組數(shù)據(jù)庫(kù)HOWDY-HumanOrganisedWholeGenomeDatabase數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址http:/gdb.jst.go.jp/HOWDY/top_en.pl人類組織的全基因組數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)為檢索人的染色體信息并供給公眾的不同的數(shù)據(jù)源

16、.您能發(fā)現(xiàn)這里的信息從基因數(shù)據(jù)庫(kù)自動(dòng)地被提取和被顯示以所有數(shù)據(jù)有標(biāo)識(shí)符,共同興趣和鏈接的數(shù)據(jù).數(shù)據(jù)庫(kù)促進(jìn)獲數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介得人的基因的信息由使用正式標(biāo)志和別名被HUGO人的基因命名原則委員會(huì),GDB和LocusLink批準(zhǔn).它為完成的contigs并且提供人的染色體地圖的一個(gè)圖解看法并且產(chǎn)生輻射雜種地圖.由日本科技集團(tuán)維護(hù),是一個(gè)集成的人類基因數(shù)據(jù)庫(kù),通過(guò)網(wǎng)絡(luò)接口,用基因信號(hào)和基因別名訪問(wèn)數(shù)據(jù)庫(kù).服務(wù)方式:查詢.關(guān)鍵字human人類tissue組織genome基因組數(shù)據(jù)庫(kù)名稱GDB人類基因組數(shù)據(jù)庫(kù)TheGDBHumanGenomeDatabase數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址http:/www.gdb.ors/2005

17、,25(11)中國(guó)生物工程雜志ChinaBiotechnology人類基因組數(shù)據(jù)庫(kù)(GDB)為人類基因組計(jì)劃(HGP)保存和處理基因組圖譜數(shù)據(jù).GDB的目標(biāo)是構(gòu)建關(guān)于人類基因組的百科全書(shū),除了構(gòu)建基因組圖譜之外,還開(kāi)發(fā)了描述序列水平的基因組內(nèi)容的方法,包括序列變異和其它對(duì)功能和表型的描述.目前GDB中有:人類基因組區(qū)域(包括基因,克隆,amplimersPCR標(biāo)記,斷點(diǎn)breakpoints,數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介細(xì)胞遺傳標(biāo)記cytogenetiemarkers,易碎位點(diǎn)fragilesites,EST序列,綜合區(qū)域syndromicregions,contigs和重復(fù)序列);人類基因組圖譜(包括細(xì)胞遺傳

18、圖譜,連接圖譜,放射性雜交圖譜,contentcontig圖譜和綜合圖譜等);人類基因組內(nèi)的變異(包括突變和多態(tài)性,加上等位基因頻率數(shù)據(jù)).GDB數(shù)據(jù)庫(kù)以對(duì)象模型保存數(shù)據(jù),提供基于Web的數(shù)據(jù)對(duì)象檢索服務(wù),用戶可以搜索各種類型的對(duì)象,并以圖形方式觀看基因組圖譜.服務(wù)方式:查詢.關(guān)鍵字Human人類genome基因組數(shù)據(jù)庫(kù)名稱DDBG/CIB人類基因組數(shù)據(jù)庫(kù)(DDBJ/CIBHumanGenomicsStudio)數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址http:/studio.nig.ac.jP自從人類基因組草圖公布以后,已有大量的基因組序列注冊(cè)到國(guó)際DNA數(shù)據(jù)庫(kù)里(DDBJ/EMBI/GenBank).數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介DDBJ

19、/CIBHumanGenomicsStudio從2000年開(kāi)始啟動(dòng),由日本生物信息中心建立,它搜集了DNA數(shù)據(jù)庫(kù)中人的基因組數(shù)據(jù),并按24條染色體重新組織基因組序列.人們可以從該站點(diǎn)下載非冗余的人基因組序列.服務(wù)方式:查詢.關(guān)鍵字Human人類genome基因組數(shù)據(jù)庫(kù)名稱人類線粒體基因組數(shù)據(jù)庫(kù)MITOMAPAHumanMitochondHalGenomeDatabase數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址http:/.mitomap.ore/HMGDB是人類線粒體基因組數(shù)據(jù)庫(kù),它包含人類線粒體DNA的突變信息和多態(tài)性信息.數(shù)據(jù)庫(kù)提供的查詢數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介功能可以通過(guò)基因名,疾病名和酶名來(lái)檢索.可以通過(guò)訪問(wèn)線粒體蛋白庫(kù)來(lái)獲取有

20、關(guān)蛋白的序列和三維結(jié)構(gòu)等資料.數(shù)據(jù)庫(kù)提供的MitoAnalyzer可以顯示多態(tài)性如何影響人類線粒體DNA表達(dá)的蛋白.服務(wù)方式:查詢.關(guān)鍵字Human人類mitochondrial線粒體genome基因組數(shù)據(jù)庫(kù)名稱動(dòng)物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)AnimalGenomeResearchProgram(AGP)數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址http:/anima1.dna.afire.go.jp/agp/index.htmlAnimalGenomeResearchP/oam(AGP)是由NIAS,IsTA和STAFF-Institute攜手開(kāi)發(fā)的一個(gè)合作項(xiàng)目.該項(xiàng)目構(gòu)建了一個(gè)有關(guān)動(dòng)物基因的數(shù)據(jù)庫(kù),通過(guò)使用酵母人工染色體的標(biāo)記來(lái)對(duì)基因

21、進(jìn)行檢索存放,利用DNA標(biāo)記也能數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介夠方便地從數(shù)據(jù)庫(kù)中找到所需要的基因數(shù)據(jù).數(shù)據(jù)庫(kù)提供的BACIdentifier是一個(gè)很有用的工具,輸入詳細(xì)的數(shù)據(jù)就能得到所要找的酵母人工染色體的編號(hào).現(xiàn)在提供的PEDE還能通過(guò)使用EST片斷來(lái)檢索數(shù)據(jù)庫(kù)查找信息.該數(shù)據(jù)庫(kù)目前由上述三個(gè)機(jī)構(gòu)共同維護(hù)管理.服務(wù)方式:查詢,分析,免費(fèi)下載.關(guān)鍵字animal動(dòng)物gene基因數(shù)據(jù)庫(kù)名稱闡釋基因組DNA序列的工具TRADAT-TRAnscriptionDabasesandAnalysTools數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址http:/www.epd.isbsib.ch/TRADAT.html由CNR-ITBA,GBF,GSF,MedicalResourceCouncil,ISREC,UNIL合作,旨在提供一種用特殊區(qū)域來(lái)闡釋基因組DNA序列的工具.由于全基因組掃描使得數(shù)據(jù)量驟增,對(duì)這些序列的系統(tǒng)功能分析被對(duì)基因