甲基化與液態(tài)活檢課件

1、Identification of methylation haplotype blocks aids in deconvolution of heterogeneous tissue samples and tumor tissue-of-origin mapping from plasma DNA 文章主要內(nèi)容使用甲基化測(cè)序解決兩個(gè)液態(tài)活檢中兩個(gè)重要問題：腫瘤的異質(zhì)性腫瘤的來(lái)源問題估算腫瘤細(xì)胞載荷背景知識(shí)甲基化測(cè)序亞硫酸鹽洗脫：C C（甲基化）C U T（未甲基化）DNA甲基化的生物學(xué)功能:DNA甲基化與遺傳物質(zhì)的穩(wěn)定性DNA甲基化與基因表達(dá)調(diào)控DNA甲基化與表觀遺傳學(xué)DNA甲基化與胚胎發(fā)

2、育DNA甲基化與腫瘤DNA甲基化與腫瘤腫瘤細(xì)胞的特征： 癌基因低甲基化 被激活； 抑癌基因高甲基化 被沉默腫瘤中普遍存在DNA甲基化狀態(tài)的改變，其特點(diǎn)是總體的甲基化水平降低與局部的甲基化水平升高。 低甲基化可誘導(dǎo)原癌基因和轉(zhuǎn)座子成分活化，基因印跡缺失以及染色體不穩(wěn)定性增加，最終誘發(fā)腫瘤在整體低甲基化的水平下，某些抑癌基因發(fā)生高甲基化，導(dǎo)致基因沉默，對(duì)腫瘤抑制能力低下甲基化水平與腫瘤生物學(xué)特性密切相關(guān)，DNA甲基化水平越低，染色體越容易發(fā)生功能異常，腫瘤的浸潤(rùn)能力就越高，臨床分期也愈晚DNA甲基化檢測(cè)方法基于芯片：illumina和Agilent二代測(cè)序平臺(tái)：whole-genome bisul

3、fite sequencing (WGBS) Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)*注 RRBS：利用限制性內(nèi)切酶對(duì)基因組進(jìn)行酶切，可以極大幅度的提高CpG區(qū)域的測(cè)序深度，與全基因組甲基化測(cè)序相比，測(cè)序量將大大減少，并在CpG島、啟動(dòng)子區(qū)域和增強(qiáng)子元件區(qū)域達(dá)到更高精度的分辨率文獻(xiàn)內(nèi)容重要前提條件甲基化具有細(xì)胞特異性甲基化單倍型（methylation haplotype block，MHB）能夠有效提高分辨率鑒定MHB共鑒定出147,888 個(gè)MHBR2 約等于1在癌癥樣本中，相比于其它樣本，MHB中CpG 緊密度明顯下降（94.

4、8% 91.2% 87.8%）鑒定MHB一個(gè)MHB示例基于MHL進(jìn)行定量分析概念：MHL，methylation haplotype load，用一個(gè)矩陣，表現(xiàn)在一個(gè)MLB中，不同的CpG島的甲基化模式基于MHL進(jìn)行定量分析基于MHL進(jìn)行聚類，顯著區(qū)分不同細(xì)胞來(lái)源，且優(yōu)于別的定量方法15% most-variable MHB 使用MHB及MHL進(jìn)行cfDNA分析數(shù)據(jù)來(lái)源：Single-cell RRBSBiomarker：cancer-associated highly methylated haplotypes (caHMHs)Cancer DNA載荷分析：deconvolution analysis （基于simulation data）使用MHB及MHL進(jìn)行cfDNA分析基于MHL，癌癥細(xì)胞與正常體細(xì)胞存在明顯不同的pattern選取的用于后續(xù)分析的區(qū)域：High MHL in solid tissues from patientsLow MHL in health peopleG