實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫檢索方法和數(shù)據(jù)格式市公開課獲獎?wù)n件

1、生物信息學(xué)試驗(yàn)課件邢晉祎生命科學(xué)學(xué)院Copyright第1頁第1頁試驗(yàn)二 慣用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫檢索辦法及數(shù)據(jù)格式第2頁第2頁實(shí)驗(yàn)?zāi)?. 理解ncbi所提供在線entrez檢索辦法。2.理解EBI所提供SRS檢索辦法。3.熟悉查詢swiss-prot蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫查詢。 4.詳細(xì)理解三大核酸序列數(shù)據(jù)庫之一GenBank數(shù)據(jù)庫平面文獻(xiàn)Flat file。5.詳細(xì)理解蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫PDB數(shù)據(jù)庫中pdb文獻(xiàn)。第3頁第3頁試驗(yàn)材料計算機(jī)，網(wǎng)絡(luò)。第4頁第4頁試驗(yàn)過程1. Entrez檢索辦法NCBIAll databaseEntrez查詢某一關(guān)鍵詞（eg. Helicase，insulin，topoi

2、somerase，gyrase，hemoglobin。）依次點(diǎn)擊各個數(shù)據(jù)庫查看第5頁第5頁第6頁第6頁第7頁第7頁第8頁第8頁試驗(yàn)過程第9頁第9頁第10頁第10頁GenPept文獻(xiàn)下載第11頁第11頁平面文獻(xiàn)取得查詢某一條核酸序列取得平面文獻(xiàn)保留或者下載用寫字板（記事本）打開第12頁第12頁試驗(yàn)過程2. SRS檢索辦法。EBISRSEBIchoice database查詢某一關(guān)鍵詞（eg. Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）第13頁第13頁第14頁第14頁第15頁第15頁試驗(yàn)過程3. Swiss-prot查詢辦法。Swiss-p

3、rotSRSEBIchoice database查詢某一關(guān)鍵詞（eg. Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin）。第16頁第16頁第17頁第17頁第18頁第18頁第19頁第19頁第20頁第20頁4.GenBank flatfile（GBFF）內(nèi)容。 是GenBank數(shù)據(jù)庫基本信息單位，也是最廣泛地用以表示生物序列格式之一。GenPept文獻(xiàn)GBFF能夠分成三個部分，頭部包括關(guān)于整個統(tǒng)計信息（描述符）。第二部分包括了注釋這一統(tǒng)計特性，第三部分是核苷酸序列本身。所有核苷酸數(shù)據(jù)庫統(tǒng)計（DDBJ/ EMBL/ GenBank）都在最后一行以 /

4、 結(jié)尾。第21頁第21頁第22頁第22頁第23頁第23頁試驗(yàn)過程5. PDB 文獻(xiàn)取得進(jìn)入PDB數(shù)據(jù)庫查詢某蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)（eg：1d3y）下載結(jié)構(gòu)到當(dāng)?shù)仉娔X用寫字板（記事本）打開第24頁第24頁第25頁第25頁源自PDB結(jié)構(gòu)統(tǒng)計內(nèi)容PDB統(tǒng)計包括兩個序列信息備份：隱性序列和顯性序列。 顯性序列在PDB文獻(xiàn)中以關(guān)鍵詞SEQRES打頭逐行存儲。隱性序列蘊(yùn)涵在由PDB文獻(xiàn)中ATOM統(tǒng)計及相應(yīng)（X，Y，Z）位置坐標(biāo)構(gòu)成化學(xué)立體結(jié)構(gòu)中。 實(shí)踐中，許多PDB文獻(xiàn)瀏覽器，如Rasmol，僅用隱性序列重構(gòu)PDB統(tǒng)計蛋白質(zhì)化學(xué)圖象，而忽略由SEQRES引導(dǎo)顯性序列信息。 第26頁第26頁文獻(xiàn)頭部第27頁第27頁顯性序列第28頁第28頁第29頁第29頁隱性序列第30頁第30頁第3