實(shí)驗(yàn)二常用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法和數(shù)據(jù)格式市公開(kāi)課獲獎(jiǎng)?wù)n件

1、生物信息學(xué)試驗(yàn)課件邢晉祎生命科學(xué)學(xué)院Copyright第1頁(yè)第1頁(yè)試驗(yàn)二 慣用分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索辦法及數(shù)據(jù)格式第2頁(yè)第2頁(yè)實(shí)驗(yàn)?zāi)?. 理解ncbi所提供在線(xiàn)entrez檢索辦法。2.理解EBI所提供SRS檢索辦法。3.熟悉查詢(xún)swiss-prot蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)查詢(xún)。 4.詳細(xì)理解三大核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)之一GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)平面文獻(xiàn)Flat file。5.詳細(xì)理解蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中pdb文獻(xiàn)。第3頁(yè)第3頁(yè)試驗(yàn)材料計(jì)算機(jī)，網(wǎng)絡(luò)。第4頁(yè)第4頁(yè)試驗(yàn)過(guò)程1. Entrez檢索辦法NCBIAll databaseEntrez查詢(xún)某一關(guān)鍵詞（eg. Helicase，insulin，topoi

2、somerase，gyrase，hemoglobin。）依次點(diǎn)擊各個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)查看第5頁(yè)第5頁(yè)第6頁(yè)第6頁(yè)第7頁(yè)第7頁(yè)第8頁(yè)第8頁(yè)試驗(yàn)過(guò)程第9頁(yè)第9頁(yè)第10頁(yè)第10頁(yè)GenPept文獻(xiàn)下載第11頁(yè)第11頁(yè)平面文獻(xiàn)取得查詢(xún)某一條核酸序列取得平面文獻(xiàn)保留或者下載用寫(xiě)字板（記事本）打開(kāi)第12頁(yè)第12頁(yè)試驗(yàn)過(guò)程2. SRS檢索辦法。EBISRSEBIchoice database查詢(xún)某一關(guān)鍵詞（eg. Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）第13頁(yè)第13頁(yè)第14頁(yè)第14頁(yè)第15頁(yè)第15頁(yè)試驗(yàn)過(guò)程3. Swiss-prot查詢(xún)辦法。Swiss-p

3、rotSRSEBIchoice database查詢(xún)某一關(guān)鍵詞（eg. Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin）。第16頁(yè)第16頁(yè)第17頁(yè)第17頁(yè)第18頁(yè)第18頁(yè)第19頁(yè)第19頁(yè)第20頁(yè)第20頁(yè)4.GenBank flatfile（GBFF）內(nèi)容。 是GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)基本信息單位，也是最廣泛地用以表示生物序列格式之一。GenPept文獻(xiàn)GBFF能夠分成三個(gè)部分，頭部包括關(guān)于整個(gè)統(tǒng)計(jì)信息（描述符）。第二部分包括了注釋這一統(tǒng)計(jì)特性，第三部分是核苷酸序列本身。所有核苷酸數(shù)據(jù)庫(kù)統(tǒng)計(jì)（DDBJ/ EMBL/ GenBank）都在最后一行以 /

4、 結(jié)尾。第21頁(yè)第21頁(yè)第22頁(yè)第22頁(yè)第23頁(yè)第23頁(yè)試驗(yàn)過(guò)程5. PDB 文獻(xiàn)取得進(jìn)入PDB數(shù)據(jù)庫(kù)查詢(xún)某蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)（eg：1d3y）下載結(jié)構(gòu)到當(dāng)?shù)仉娔X用寫(xiě)字板（記事本）打開(kāi)第24頁(yè)第24頁(yè)第25頁(yè)第25頁(yè)源自PDB結(jié)構(gòu)統(tǒng)計(jì)內(nèi)容PDB統(tǒng)計(jì)包括兩個(gè)序列信息備份：隱性序列和顯性序列。 顯性序列在PDB文獻(xiàn)中以關(guān)鍵詞SEQRES打頭逐行存儲(chǔ)。隱性序列蘊(yùn)涵在由PDB文獻(xiàn)中ATOM統(tǒng)計(jì)及相應(yīng)（X，Y，Z）位置坐標(biāo)構(gòu)成化學(xué)立體結(jié)構(gòu)中。 實(shí)踐中，許多PDB文獻(xiàn)瀏覽器，如Rasmol，僅用隱性序列重構(gòu)PDB統(tǒng)計(jì)蛋白質(zhì)化學(xué)圖象，而忽略由SEQRES引導(dǎo)顯性序列信息。 第26頁(yè)第26頁(yè)文獻(xiàn)頭部第27頁(yè)第27頁(yè)顯性序列第28頁(yè)第28頁(yè)第29頁(yè)第29頁(yè)隱性序列第30頁(yè)第30頁(yè)第3