蛋白質(zhì)作圖軟件pymol教程Pymol學(xué)習(xí)筆記

1、B2WS-6JGH-PV7G-PBKP什么是結(jié)構(gòu)生物學(xué)結(jié)構(gòu)生物學(xué)(Structural biology )是生物領(lǐng)域里面相對(duì)較新的一個(gè)分支。它主要以生物化學(xué)和生物物理學(xué)方法來研究生物大分子，特別是蛋白質(zhì)和核酸，的三維結(jié)構(gòu)，以及與結(jié)構(gòu)相對(duì)應(yīng)的功能。因?yàn)閹缀跛械募?xì)胞內(nèi)的生命活動(dòng)都是通過生物大分子來完成的，并且這些大分子完成這些功能的前提是它們必須具有特定的三維結(jié)構(gòu)，因此，對(duì)于生物化學(xué)家們，這是一個(gè)非常具有吸引力的領(lǐng)域。該領(lǐng)域通常被認(rèn)為開始于20世紀(jì)50年代，Max Perutzhe 和Sir John CowderyKendrew于1959年各自利用X射線晶體學(xué)方法解析了肌紅蛋白(Myoglob

2、in )的三維結(jié)構(gòu)，一種在肌肉中運(yùn)輸氧氣的蛋白。他們因此分享了1962年的諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)，并由此揭開了結(jié)構(gòu)生物學(xué)的序幕。截止到2008年10月28日，已有53917個(gè)生物大分子結(jié)構(gòu)在 HYPERLINK (蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫)登記在案。目前用于研究生物大分子結(jié)構(gòu)的常用方法有X射線晶體學(xué)(X-ray crystallography )、核磁共振(NMR )、電子顯微學(xué)(electron microscopy )、冷凍電子顯微學(xué)(electron cryomicroscopy = cryo-EM )、超快激光光譜( ultra fast laser spectroscopy )、雙偏振極 化干涉(Dual

3、 Polarisation Interferometry )以及圓二色譜(circular dichroism )等。當(dāng)中又 以X射線晶體學(xué)和核磁共振最為常用。圖一：肌紅蛋白(Myoglobin )的三維結(jié)構(gòu)，世界上第一個(gè)由X射線晶體學(xué)解出的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，該蛋白在肌肉中傳輸氧氣。圖二：藍(lán)細(xì)菌(Cyanobacterium )的光系統(tǒng)II (Photosystem II )的三維結(jié)構(gòu)，該蛋白位于細(xì)胞膜內(nèi)，用以吸收光能參與光合作用。QuinoneChlorophyll ABeta CaroteneManganese Stabilizing ProteinWate： 細(xì)胞膜內(nèi)，用以吸收光能參與光合作用

4、。QuinoneChlorophyll ABeta CaroteneManganese Stabilizing ProteinWate： OxidathSitePymol學(xué)習(xí)筆記(一)：簡(jiǎn)介 &安裝Pymol是一個(gè)開放源碼，由使用者贊助的分子三維結(jié)構(gòu)顯示軟件，由 Warren LyfordDeLano編寫，并且由 DeLano Scientific LLC負(fù)責(zé)商業(yè)發(fā)行。Pymol被用來創(chuàng)作高品質(zhì)的分子（特別是生物大分子如蛋白質(zhì)）三維結(jié)構(gòu)。據(jù)軟件作者宣稱，在所有正式發(fā)表的科學(xué)論文中的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)圖像中，有四分之一是使用Pymol來制作的。Pymol名字的來源：“Pyll示該軟彳基于python這個(gè)

5、計(jì)算機(jī)語言，“Mo則是英文分子 （molucule ）的縮寫，表示該軟件用來顯示分子結(jié)構(gòu)。由于實(shí)驗(yàn)需要，本人正在學(xué)習(xí)該軟件，在這里把學(xué)習(xí)過程記錄下來，希望對(duì)有需要的朋友有所幫助。今天先來說說安裝吧。自2006年8月1日起，DeLano Scientific 對(duì)事先編譯好的 PyMOL執(zhí)行程序（包括 beta版）采取限定下載的措施。目前，只有付費(fèi)用戶可以取得。不過源代碼目前還是可以免費(fèi)下載，供使用者編譯。如果你和我一樣，不想為此花錢的話：.如果你是 Windows用戶，首先下載 Pymol的源代碼。然后安裝CygWin ,并且確保正確安裝以下模塊：?C+ （gcc or g+ package n

6、ame）? Python? OpenGL? PNG然后在源代碼目錄里面依次運(yùn)行：.如果你是Linux用戶，首先確保以下東東已安裝:? Python? Pmw? OpenGL driver （我用的是 NVdia ）? libpngSubversion client（下載源代碼需要）然后下載Pymol的源代碼$ mkdir pymol-src$ svn co HYPERLINK /svnroot/pymol/trunk/pymol /svnroot/pymol/trunk/pymol pymol-src然后進(jìn)入源代碼目錄cd pymol-src開始依次編譯python setup.py inst

7、allpython setup2.py install拷貝執(zhí)行腳本到某個(gè)$PATH ,安裝就搞定了cp ./pymol /usr/bin如果運(yùn)行時(shí)得到錯(cuò)誤信息ImportError: No module named Pmw ,那么你應(yīng)該運(yùn)行python setup2.py install pmw如果你在使用 Gentoo ,請(qǐng)確保編譯python時(shí)添加了 tcl/tk支持，否則運(yùn)行是會(huì)提示錯(cuò)誤ImportError: No module named _tkinterUSE=tcl tk emerge python好了，下面我們就可以進(jìn)入 Pymol的世界了。Pymol學(xué)習(xí)筆記（二）：基本的鼠標(biāo)

8、操作這里主要介紹一下 Pymol的基本操作，包括窗口菜單、加載文件、圖像的基本鼠標(biāo)操作等等。當(dāng)你打開Pymol后，你將會(huì)看到如下圖所示的界面:The Py MOL Molecular Graphics SystemFile Edit Build Movie DKplav Settinq Scene MousePluqin1al,NOTICE; Oetano Scientific LLC i$ not responsible for supporting and rnaintainrng tnis unoffio*1 yMOL-M1al,NOTICE; Oetano Scientific LLC

9、 i$ not responsible for supporting and rnaintainrng tnis unoffio*1 yMOL-M Ezsecutfir?1e mld.DO NOT RELY UPON THIS BUILD UNLESS YOU KQW AND CAN fELY UPON 7HP PARTY THAT COMPTLFD IT FOR YOUfOpen-SourcePyMOL1.1,xTo obtain official PyMOL builds with maiintenanic and support, please visit the project hov

10、na page at; http: / / www-pymoLorgOOFT R 1GLTucrrmTh Opan-EBurci PyNOL 陰te導(dǎo)-eada i sU旭。-find-A s 1-Ortg / y-c5Jc-aprigfet nCH.ii&an 1 +aejjy riqht ad. Ebut. you c&n f recily eJviriqE or a-ffflwve *r=y 爐 ithCpttii-Sgure:3 F-yEWLi j.s Copyxi.g,t c9仃rtnt (c joq J-10 p由luwClil IffiFFiLft , D S.A T |rwv

11、dl imscKht if 1C .ft |15912003 Winx-GTi L_ 口盤 Laj and，f ntiLe*E UCi E事若 Z七營(yíng)PyMOL ViewerAll ighta SiAa4 rv-adPffixaaort 七* Wiscudlfy. d4 r.r *a4匕收=a4d*E57V*r J c ELB D f lLh.Ji Pffixaaort 七* Wiscudlfy. d4 r.r *a4匕收=a4d*E57V*r J c ELB D f lLh.Ji R Haft. Wd E Jkltd t lliX -1.J3 RD DGLAHO。用KlEFTirH Liyr

12、OaN51QUJJ? JJUj. EAJQ&E5 Oft OF USE. DATA OR fHCTITS. 戊 OTHEP r 祚父8 A-TIDMH尊心2/0艮AKY WFF哈工？Or 1TMT #RAMY DAIUGt-S MKAT5OtWl* HMULT 1陽* 35NM11MU liT 釉I ACTION QF COMTXRCT. UEGLIUMCKWIEIJM5 所？ ar on iw corwection with THEThrough rccurrrticustomer $po-fisarsbipf口La/)。Scientific LLC buildsus&fui so4utic

13、ns that are bgatfiyaccessible to scien tffic antfeducatianaf communities.中.BloLano Scientific LLCPasi oitcc &ox 1 naPialo Alia CA 9402 11oLano Scientific LLCPasi oitcc &ox 1 naPialo Alia CA 9402 1111 政 2fi3 剛5 Rji 1 650 983 4083w w w. de la nos cientifi c xomUJ 01 二吟: jr jTMDCWULM HOTISeyifOLITii)a

14、trafi9： s?C gJan中器需工de must iw plainly dittingxiLainMI fEoa ny ，吐e til TyMOL prciChicts ritwjted 匕？ DeL口口 Sclentiftc. LLC In all publJLcit. advnrtlEing. and doclitoqntAticn.PyMOL該界面分為 2窗口，上面的外部 GUI窗口(External GUI )和下面的 Viewer Window o ViewerWindow又分為左右兩塊，左邊用來顯示結(jié)構(gòu)圖像的( Viewer),右邊則是一個(gè)內(nèi)部GUI窗口( Internal

15、GUI) 。 Viewer自身包含一個(gè)命令行(如圖中左下方的PyMOL提示符)，可以用來輸入 Pymol命令；在Inernal GUI中則可以選定一些特定的對(duì)象并完成一些操作。External GUI則包含一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)菜單、一個(gè)輸出區(qū)、一個(gè)命令行輸入?yún)^(qū)以及右邊的一些常用命 令按鈕。請(qǐng)注意，標(biāo)準(zhǔn)的復(fù)制、剪切和粘貼”操作只能在External GUI中完成，并且必須使用“CtrlC、Ctrl+X以及Ctrl+V來完成，這也是這個(gè)所謂的外部GUI的最重要的優(yōu)點(diǎn)。加載文件，有二種方法：.在 External GUI 中選擇 File Open.使用命令行：load 例如我們現(xiàn)在從 上下載了一個(gè)離子通道蛋白

16、的pdb文件(PENTAMERICLIGAND GATED ION CHANNEL FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI ),名字為 2vl0.pdb , 然后用pymol打開它：load 2vl0該蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)就被顯示出來啦，如下圖:PyMOL ViewerMu &mqeMu &mqe基本的圖像操作：是不是覺得上面的那個(gè)三維結(jié)構(gòu)圖看起來亂七八糟的阿，那是因?yàn)榈鞍踪|(zhì)分子都是由成千上萬個(gè)原子組成的，而 Pymol打開pdb文件時(shí)是默認(rèn)把所有的原子都顯示在那個(gè)小小的Viewer窗口里面的，當(dāng)然看起來就很亂了。這時(shí)候就需要我們對(duì)這個(gè)圖像進(jìn)行一些操作，來得到漂亮的清晰的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)圖。

17、先說說鼠標(biāo)吧。? 任意旋轉(zhuǎn)圖像： 對(duì)準(zhǔn)圖像的任意處點(diǎn)住鼠標(biāo)左鍵然后移動(dòng)鼠標(biāo)。? 放大/縮小圖像： 對(duì)準(zhǔn)圖像的任意處點(diǎn)住鼠標(biāo)右鍵然后移動(dòng)鼠標(biāo)：向上是縮小，向下則是放大。? 移動(dòng)圖像：對(duì)準(zhǔn)圖像的任意處點(diǎn)住鼠標(biāo)中鍵或者滾輪，然后移動(dòng)鼠標(biāo)。? 設(shè)定圖像旋轉(zhuǎn)中心：Ctrl + Shift +鼠標(biāo)中鍵或滾輪。? 移動(dòng)剪切平面：Shift +鼠標(biāo)右鍵。鼠標(biāo)上下移動(dòng)：調(diào)整前剪切平面（離你近的）；鼠標(biāo)左右移動(dòng)：調(diào)整后剪切平面（離你遠(yuǎn)的）。最后一項(xiàng)移動(dòng)剪切平面”有點(diǎn)不容易理解，需要多試幾次。配合下面的示意圖你會(huì)發(fā)現(xiàn)Pymol的這項(xiàng)設(shè)定其實(shí)很方便。Move clippingplane inwardMove fron

18、t clippingplane outward今天沒時(shí)間了，明天還要出遠(yuǎn)門，就學(xué)到這里吧，用下面這個(gè)圖作為結(jié)束，其實(shí)就是用cartoon的形式顯示了上面的那個(gè)蛋白質(zhì)，不過還比較難看。工PyMOl ViewerPymol學(xué)習(xí)筆記（三）：基礎(chǔ) Pymol命令這里主要介紹一下 Pymol的一些基本命令操作。就像 Linux 一樣，要想更好的操作Pymol ,掌握一些常用的命令是必不可少的。Pymol是區(qū)分大小寫的，不過目前為止 Pymol還是只用小寫，所以記住，所有的命令都是使用小寫字母的。當(dāng)你開始用Pymol來完成一個(gè)項(xiàng)目時(shí)，你也許想會(huì)讓 Pymol自動(dòng)保存你所有輸入過的命令，以方便日后你再次讀取

19、并修改。這個(gè)可以通過創(chuàng)建一個(gè)10g文件來達(dá)到，該文件的后綴名應(yīng)為.pml,記住，Pymol像Linux 一樣支持Tab鍵命令補(bǔ)全:Pymol log_open log-file-name.pml如果你想終止記錄，只需要鍵入：Pymol log_close好了，現(xiàn)在載入 pdb文件（繼續(xù)前用的pdb文件）：Pymol load 2vlo.pdb現(xiàn)在Pymol就創(chuàng)建了一個(gè)叫2vlo的對(duì)象，你可以在內(nèi)部 GUI窗口里面看見這個(gè)項(xiàng)目的名字。但是你也可以自己定義該項(xiàng)目的名字（如 test）:Pymol load 2vlo.pdb, test下面說說如何來操作你新建的對(duì)象。首先：Pymol show re

20、presentationPymol hide representation其中 representation 可以為： cartoon, ribbon, dots, spheres, surface 和 mesh。使用這2個(gè)命令可以讓 Pymol以不同的方式顯示蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。例如當(dāng)我們鍵入：Pymol hide linesPymol show ribbon我們將得到如下結(jié)果:u u 1MQBLi&sbla口 u u 1MQBLi&sbla口 L-ets ssPyMOL也許你已經(jīng)注意到結(jié)構(gòu)中有2個(gè)一模一樣的蛋白質(zhì)分子，只是方向不同而已，那么如何讓Pymol只顯示當(dāng)中的一個(gè)分子呢？首先輸入如下命令：

21、Pymol label all, chains這個(gè)命令的作用是讓 Pymol給蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中的鏈”編號(hào)，你會(huì)發(fā)現(xiàn)，第一個(gè)分子由 鏈” a E組成，第二個(gè)則由FJ組成。好了，如果我們想把一個(gè)蛋白質(zhì)分子去掉，那么只要把鏈”4E或者F J去掉即可：Pymol hide ribbon, chain f+g+h+i+j上面的東東還可以這樣完成:Pymol select test, chain f+g+h+i+jPymol hide ribbon, test上面的第一句命令的作用是選擇鏈 kJ,并命名為test,然后在第二句命令中隱藏它。這樣做的好處是，一旦你選擇并命名了某個(gè)目標(biāo)，你可以在后面隨時(shí)對(duì)它進(jìn)行各

22、種操作。并且你在右邊的控制面板里面也可以看到你選定的目標(biāo)，并可以對(duì)其進(jìn)行操作。比如你可以：Pymol hide everything, testPymol show cartoon, test這樣你會(huì)得到:1 a2V.M&bl a rlDet 9 s s1 a2V.M&bl a rlDet 9 s sPyMOL說到這里就提到了Pymol的一個(gè)比較重要的東東，就是選擇并命名目標(biāo)，它的基本語法就是：Pymol select selection-name, selection-expression其中名字可以由字母A/a Z/z,數(shù)字0 9已經(jīng)下劃線 口組成，但是要避免使用：! # $ % A &

23、* ( ) | ? /如果你要?jiǎng)h除你選定的目標(biāo)或者整個(gè)對(duì)象，你可以:Pymol delete selection-namePymol delete object-name下面講講如何給對(duì)象以及目標(biāo)改變顏色。預(yù)定義的顏色名字可以在外部GUI窗口的Settings一Colors中找到：Pymol color color-namePymol color color-name, selection-expression比如我們可以：Pymol color red, ss hPymol color yellow, ss sPymol color green, ss l+”其中“ssR；表 seconda

24、ry structure , hf表 Helix,“瞰表 Beta sheet , l+”代表 Loop 和所 以其他結(jié)構(gòu)。這3句的作用分別是把所有的Helix變成紅色；把所有的Beta sheet變成黃色；把所有的Loop以及其他部分變成綠色，于是我們得到:八mqegbl an D e ts ssPyMtJL八mqegbl an D e ts ssPyMtJLPymol可以同時(shí)打開多個(gè) pdb文件：Pymol load object-name-1.pdbPymol load object-name-2.pdb如果你想暫時(shí)關(guān)閉/打開某個(gè)對(duì)象，可以這樣：Pymol disable object-

25、name-1Pymol enable object-name-1但是該命令并不你也可以用disable命令去除最后一個(gè)選擇的目標(biāo)上出現(xiàn)的粉紅色的小點(diǎn),但是該命令并不會(huì)使你選定的目標(biāo)不可見。Pymol disable selection-name使用鼠標(biāo)通常是改變圖像視角的最方便的辦法，不過命令如zoom , orient等等有時(shí)候使用起來也是很有用的，它們提供了另一種改變圖像視角的辦法。放大選定目標(biāo)：Pymol zoom selection-name定向選定目標(biāo)，可以使選定目標(biāo)最大的尺寸水平顯示，次大的尺寸豎直顯示：Pymol orient selection-name你也可以用view命令保

26、存你目前的視角，注意，該命令只保存視角，并不保存你的對(duì)象顯 示方式：Pymol view key, action其中“keylb你隨便給當(dāng)前視角定的名字，“action可以為：store或者recall。如果不加任何“action,則默認(rèn)為 recall :Pymol view v1, storePymol view v1, recallPymol view v1說了這么多，最后說說如何保存文件吧。Pymol有3個(gè)層面的保存方式，下面來分別說說。.使用log_open命令把你所有使用過的命令記錄為一個(gè)文本文檔：Pymol log_open script-file-name這樣以后當(dāng)你再次調(diào)用該

27、文檔時(shí)，Pymol將執(zhí)行上面的所有命令:Pymol script-file-name不過注意，如果你想記錄當(dāng)前視角，則必須使用get_view命令。你可以選擇外部 GUI窗口中的File Append/Resume/Close Log來分別暫停記錄/恢復(fù)記錄/停止記錄該文檔。你可以隨時(shí)編輯該文檔。在linux下，該文檔的默認(rèn)保存目錄為當(dāng)前用戶的home目錄。.如果你想下次打開 Pymol時(shí)直接回到當(dāng)前所在的狀態(tài)，那么你可以選擇外部GUI窗口里面的File Save Session ,創(chuàng)建一個(gè)會(huì)話文件（.pse ）。該會(huì)話文件和上面提到的文檔文件的區(qū)別在于，首先文檔文件可以編輯，但會(huì)話文件不可以

28、；記錄文檔文件前必須先運(yùn)行l(wèi)og_open命令，而會(huì)話文件可以隨時(shí)創(chuàng)建；最后文檔文件以文檔形式運(yùn)行（）,而打開會(huì)話文件則必須選擇外部GUI窗口中的 File Open。什么時(shí)候需要?jiǎng)?chuàng)建會(huì)話文件呢？比如當(dāng)你在某時(shí)有多個(gè)選擇時(shí)，你可以保存當(dāng)前狀態(tài)，然后一一嘗試這些選擇，不滿意時(shí)只需要重新打開該會(huì)話文件即可。也就是說創(chuàng)建會(huì)話文件起到了“undo的作用，這正是 Pymol所缺少的。希望開發(fā)者能趕快加入該功能，那么這個(gè)會(huì)話文件好像就沒什么大用了，呵呵。.如果你覺得當(dāng)前顯示窗口里面顯示的結(jié)構(gòu)圖像已經(jīng)滿足你的要求了，你可以把它保存為圖片。在這之前你可以使用ray命令來優(yōu)化你的圖像，它可以使你的圖像具有三維的

29、反射及陰影特效：Pymol rayPymol png your_path/image_name最后就用該命令導(dǎo)出的圖片結(jié)束這次筆記吧。Pymol學(xué)習(xí)筆記（四）：最后就用該命令導(dǎo)出的圖片結(jié)束這次筆記吧。Pymol學(xué)習(xí)筆記（四）：Pymol命令的語法與目標(biāo)選擇的表達(dá)上次介2!一些Pymol的基本命令?，F(xiàn)在來具體說說 Pymol命令的語法，還有在選擇操作目標(biāo)應(yīng)該如果表達(dá)。個(gè)人覺得這部分內(nèi)容對(duì)學(xué)習(xí)Pymol作目標(biāo)應(yīng)該如果表達(dá)。個(gè)人覺得這部分內(nèi)容對(duì)學(xué)習(xí)Pymol來說是至關(guān)重要的。從上次講的一些例子中不難看出，Pymol的命令都是由關(guān)鍵詞（keyword ）加上一些變量（argument ）組成，格式如下

30、：Pymol keyword argument其中關(guān)鍵詞（keyword ）當(dāng)然是必須的，而變量則不是必須的，比如退出命令quit就不需要附加變量：Pymol quit當(dāng)然更多的命令通常是需要加變量的，比如放大命令 zoom ,但是你會(huì)發(fā)現(xiàn)即使你不加任何變量該命令也可以被執(zhí)行，這是因?yàn)镻ymol的許多命令有一個(gè)默認(rèn)變量，下面兩個(gè)命令的作用是一樣的，其中的目標(biāo)選擇all就是zoom的默認(rèn)變量：Pymol zoomPymol zoom all還有些命令可以帶多個(gè)參數(shù)，比如加色命令color ,它的用法如下：Pymol color color-namePymol color color-name,

31、selection-expression第一個(gè)color雖然只帶一個(gè)變量color-name,但其實(shí)它包含了第二個(gè)默認(rèn)變量all,所以它的作用是把整個(gè)結(jié)構(gòu)變成color-name的顏色。第二個(gè)color帶兩個(gè)變量，和第一個(gè)的區(qū)別就是把默認(rèn)的目標(biāo)選擇變量all變成了selection-expression,也就是說只有被這個(gè)變量選中的部分才會(huì)被變成color-name定義的顏色。要注意的是，如果一個(gè)命令帶多個(gè)變量，則這些變量之間必須用逗號(hào)”,隔開。通過這個(gè)例子，大家可以發(fā)現(xiàn)，有些變量本身是很簡(jiǎn)單的，比如color-name,就是一個(gè)顏色名字而已，沒什么復(fù)雜的。另一些則不一樣，比如selectio

32、n-expression，它可以很簡(jiǎn)單，也可以非常的復(fù)雜。這個(gè)東東，我稱之為選擇表達(dá)，對(duì) Pymol命令的使用非常重要，所以下面要詳細(xì)的講一下。選擇表達(dá)(selection-expression )表示的實(shí)際就是一些被選中的部分，它們可以是一些個(gè)原子，一些個(gè) Helix , 一些個(gè)Beta sheet ,或者它們的混合物。你可以給你的選擇表達(dá)起個(gè)名字，以便可以多次使用它們。名字可以由大小寫字母，數(shù)字以及下劃線組成，但是因避免使用下列符號(hào)：! # $ % A & * ( ) | ? /選擇表達(dá)由所謂的selector力口上identifier組成，其中selector定義了某類屬性，而ident

33、ifier則在該類屬性下需要被選擇的部分。如下例：Pymol select test, name c+o+n+ca其中name就是一個(gè)selector ,它表示在 pdb文件中描述的原子的名字；c+o+n+ca則是對(duì)應(yīng)的indentifier,它表示我們要選擇 pdb文件中名字叫ca+cb的原子(ca代表alpha carbon , cb代表beta carbon )。整個(gè)語句的作用就是選擇上訴的原子并命名為test,這樣我們可以在后面繼續(xù)使用它。卜表列出了大多數(shù)的 selector ：Selector簡(jiǎn)寫Identifier 及例子symbole.chemical-symbol-list周期

34、表中的元素符號(hào)Pymol select polar, symbol o+nnamen.atom-name-listpdb文件中的原子名字Pymol select carbons, name ca+cb+cg+cdresnr.residue-name-list氨基酸的名字Pymol select aas, resn asp+glu+asn+glnresii.residue-identifier-listpdb文件中基團(tuán)的編號(hào)Pymol select mults10, resi 1+10+100residue-identifier-rangePymol select nterm, resi 1-1

35、0altaltalternate-conformation-identifier-list一些單字母的列表，選擇具有2種構(gòu)型的氨基酸Pymol select altconf, alt a+bchainc.chain-identifier-list一些單字母或數(shù)字的列表Pymol select firstch, chain asegis.segment-identifier-list 一些字母（最多4位）的列表 Pymol select ligand, segi ligflagf.flag-nummer 一個(gè)整數(shù)（0 3 1 ） Pymol select f1, flag 0numeric_ty

36、pent.type-nummer一個(gè)整數(shù)Pymol select type1, nt. 5text_typett.type-string一些字母（最多4位）的列表 Pymol select subset, tt. HA+HCididexternal-index-number一個(gè)整數(shù)Pymol select idno, id 23ernal-index-number一個(gè)整數(shù)Pymol select intid, index 23sssssecondary-structure-type 代表該類結(jié)構(gòu)的單字母Pymol select allstrs, ss h+s+l+卜表是另一些 Selector

37、 ,有關(guān)比較的:Selector簡(jiǎn)寫Identifier 及例子bbcomparison-operator b-factor-value 一個(gè)實(shí)數(shù)，用來比較 b-factor Pymol select fuzzy, b 12qqcomparison-operator occupancy-value 一個(gè)實(shí)數(shù)，用來比較 occupancy Pymol select lowcharges, q 0.5formal_parison-operator formal charge-value 一個(gè)整數(shù)，用來比較 formal charge Pymol select doubles, fc. = -1pa

38、rtial_parison-operator partial charge-value 一個(gè)實(shí)數(shù)，用來比較 partial charge Pymol select hicharges, pc. -1另外有一些Selector是不需要Identifier的，它們被列在下表中:Selector簡(jiǎn)寫描述all*所有當(dāng)前被Pymol加載的原子nonenone什么也不選hydroh.所有當(dāng)前被Pymol加載的氫原子hetatmhet所有從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫 HETATM記錄中加載的原子visiblev.所有在被可見”的顯示的對(duì)象中的原子presentpr.所有的具有定義坐標(biāo)的原子在Identifier中用到的

39、原子以及氨基酸的命名規(guī)則可以在下面的網(wǎng)址中找到： HYPERLINK /docs.html /docs.html在選擇表達(dá)中，selector還可以配合邏輯操作子(logical operator )使用，這樣我們可以表達(dá)更加復(fù)雜的選擇。這些操作子被列于下表中:Operator簡(jiǎn)寫效果與例子not si! si選擇原子但不包括 si中的Pymol select sidechains, ! bbsi and s2si & s2選擇既在si又在s2中的原子Pymol select far_bb, bb & farfrm_tensi or s2si | s2選才i si或者s2中的原子（也就是包含全

40、部的si和s2原子）Pymol select all_prot, bb | sidechainsi in s2si in s2選擇 si 中的那些原子， 其 identifiers (name, resi, resn, chain, segi)全部符合s2中對(duì)應(yīng)的原子Pymol select same_atom, pept in protsi like s2si l. s2選擇si中的那些原子，其identifiers (name, resi)符合s2中對(duì)應(yīng)的原子Pymol select similar_atom, pept like protsi gap Xsi gap X選擇那些原子，其

41、van der Waals 半徑至少和 si的van der Waals 半徑相差XPymol select farfrm_ten, resi i0 gap 5si around Xsi a. X選擇以si中任何原子為中心，X為半徑，所包括的所用原于Pymol select near_ten, resi i0 around 5si expand Xsi e. X選擇以si中任何原子為中心，X為半徑，然后把si擴(kuò)展至該新的 范圍所包含的所有原子Pymol select near_ten_x, neariO expand 3si within X ofs2si w. X of s2選擇以s2為中心

42、，X為半徑，并包含在 si中的原子Pymol select bbnearten, bb w. 4 of resi iObyres sibr. si把選擇擴(kuò)展到全部 residuePymol select complete_res, br. bbneariObyobject sibo. si把選擇擴(kuò)展到全部 objectPymol select near_obj, bo. near_resneighbor sinbr. si選擇直接和si相連的原子Pymol select vicinos, nbr. resi iO這些邏輯選擇還可以組合使用。比如你想選擇chain b 這些邏輯選擇還可以組合使用

43、。比如你想選擇chain b ,但是不選擇其中的residue 88Pymol select chain b and (not resi 88)在使用多重邏輯選擇時(shí)，為了讓 Pymol正確處理順序，請(qǐng)使用括號(hào)，這樣最里層括號(hào)里面 的內(nèi)容將會(huì)被最先處理，以此類推。好了，目標(biāo)選擇就先說到這里。其實(shí)關(guān)于目標(biāo)選擇還有所謂的宏下T以用，可以簡(jiǎn)化表達(dá)式，準(zhǔn)備下次說說。Pymol學(xué)習(xí)筆記(五)：Pymol的選擇宏上次具體講了如何在Pymol中怎么用selection-expression 選取目標(biāo)，其實(shí)在某些情況下，還可以用 Pymol提供的宏來選擇操作目標(biāo)。使用這個(gè)選擇宏往往可以是一個(gè)原本很 復(fù)雜的表達(dá)變得簡(jiǎn)單緊湊。例如我們想選擇 2vlo這個(gè)pdb文件中的chain a中的第100個(gè)基團(tuán)的“炭原子，如果用 selection-expression 來表達(dá)的話是這樣：Pymol select chain a and resi 100 and ca如果用宏的，可以這樣：Pymol s