HLA基因的雜合性缺失是腫瘤免疫逃逸的重要機(jī)制

1、Allele-Specific HLA Loss and Immune Escape inLungCancer EvolutionCell概述腫瘤新抗原的識別是產(chǎn)生免疫應(yīng)答的關(guān)鍵，而HLA的表達(dá)及結(jié)構(gòu)的完整 性是新抗原遞呈的基礎(chǔ)；作者開發(fā)了一種研究 HLA LOH( loss of heterozygosity in human leukocyte antigen)的分析方法，并通過獨(dú)立的兩種方式進(jìn)行了驗(yàn)證；利用該方法在肺癌數(shù)據(jù)集中分析發(fā)現(xiàn)， 40%的 NSCLCs 樣品中均存在 HLA LOH 現(xiàn)象；結(jié)果證實(shí)：HLA LOH是導(dǎo)致腫瘤免疫逃逸的主因之一。LOHHLA 算法及驗(yàn)證LOHHLA

2、算法A LOHHLAmalhodMMcriK Algimnil昭辱ITimorNAs rir -A LOHHLAmalhodMMcriK Algimnil昭辱ITimorNAs rir -fLmr；明SW iVKbLA曲Ji泄 P的FKAAyR-12-UlfcAA：淞亦 1 a聰jMifiMIG rwrai-flnwyrriiHLA 呻*平H毗噸口 列 3*F算法概述：1、提取比對到HLA基因上的reads，進(jìn)行HLA分型；2、將目標(biāo) reads 重新比對到分型參考序列上；3、根據(jù)比對結(jié)果提取多態(tài)性位點(diǎn)信息；4、統(tǒng)計(jì)每個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)對應(yīng)logR及BAF；5、通過腫瘤純度信息，估算各等位基因座對應(yīng)

3、的 CNV。 LOHHLA 分析結(jié)果驗(yàn)證ASCAT versus LOHHLA (P1麗尸口ASCAT versus LOHHLA (P1麗尸口7酬/與相似軟件相比，LOHHLA具有更高的敏感性;/經(jīng)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，LOHHLA分析結(jié)果具有可信性。HLA LOH在肺癌樣品中的分布特點(diǎn)HLA LOH在肺癌中的發(fā)生率高HLA基因上點(diǎn)突變的發(fā)生率相對較低，LOH是更常見的變異類型;/肺癌中，HLA LOH的總體發(fā)生率接近40%，且在鱗癌上的發(fā)生率比腺癌高;高;/相比于主克隆，HLA LOH更傾向于發(fā)生在亞克隆分支上MO LOHLOH io NSCLC pmiary and brain m1astaisLO

4、H m rBCLC畔rlFLOH in bram metSElBsiB oniyNSCLC Primary tumorLOHBrain metalasisn-TiITOLdHJTn=305LDH43%MO LOHLOH io NSCLC pmiary and brain m1astaisLOH m rBCLC畔rlFLOH in bram metSElBsiB oniyNSCLC Primary tumorLOHBrain metalasisn-TiITOLdHJTn=305LDH43%nclQH 57% 217)/相對于原發(fā)灶,HLA LOH在轉(zhuǎn)移灶中更常見CRUKOO62lufig sqi

5、fWDQUS cel cmrmcrn町CRUKW03 glung iiderxHiwEFiDn- iCTUKO031lung 逸日endear亡inoma.HLA-Sfli 工呷L0$ 審Si il1 如 S%JC25 and 10%)JC310)Tumor Yell stainingTCO(1 and 5and1 如 S%JC25 and 10%)JC310)Tumor Yell stainingTCO(1 and 5andQintU(K15) measuresRflOneyOOlS) messjpesq 0.5 q Q.Q qevade killing by avoding CD8 Tcall recognition. AhernaiivBr cher subclone&