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文檔簡介
題目DNA DNA是物種進化的載體,隨著DNA的不同可以隨之翻譯出不同的蛋白質(zhì)DNA于此就可以對DNA序列進行分類。ATGCDNA分析這八個物種因為堿基權(quán)重的不同造成的差異模型二其次利用代數(shù)中同態(tài)的思想和物理學中的“粗?;彼枷?,根據(jù)四DNAA,G,C,TDNA八個物種的DNA序列轉(zhuǎn)化為特征序列,采用壓縮矩陣的方法,將DNA序列轉(zhuǎn)化為以0、1數(shù)字組成的特征序列,由特征序列的同態(tài)的到DNA序列的三元組,由三元組中得出的頻率構(gòu)成24維向量。可以根據(jù)得到的24維向量計算DNA序列的相似性,這里采用計算24維向量的歐式距離對八個物種DNA有些不符合。于是建立模型三,提出一種新的將DNA序列和蛋白質(zhì)序列轉(zhuǎn)換成結(jié)構(gòu)矩陣的方法,即通過一維把DNA序列轉(zhuǎn)化為時間序列,即把數(shù)字1,2,3,4分別分配給組成DNA序列的核普酸A、T、G、C,用時間序列的結(jié)構(gòu)矩陣來描述DNA序列的結(jié)構(gòu)特征,并根據(jù)結(jié)構(gòu)矩陣的一些性質(zhì)定義了結(jié)構(gòu)矩陣的DNA模型以8個不同物種的-球蛋白的第一個外顯子驗證了該模型的適用性,:DNA序權(quán) 壓縮矩 特征序三元歐式距時間序結(jié)構(gòu)矩陣相似度題目的背
一、問題的重隨著DNA及蛋白質(zhì)技術(shù)的進步,以獲得海量的生物序列數(shù)據(jù),對解讀生物序列數(shù)據(jù)中所含的各種信息,尤其是DNA序列中的遺傳及調(diào)控信息、蛋白析得到廣泛的應(yīng)用,每當獲得一個新的DNA序列,人們總是希望通過相似性比測未知序列的功能。顯然,如果新序列與已知的某種DNA序列具有同源性,將顯得尤為重要了。通過比較不同物種的DNA序列,得出其相似性,從而可以推題目的信e,C)和胸腺嘧啶(thymine,T)。DNA物種進化的載體,然而隨著DNA的不同我的數(shù)量與堿基之間位置關(guān)系。研究DNA序列的結(jié)構(gòu)及序列中隱藏的規(guī)律,成為生物信息學的重要研究課題。外顯子是最后出現(xiàn)在成熟RNA中的序列,又稱表達序列。既存在于最初的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物中,也存在于成RNA分子中的核苷酸序列。術(shù)語外顯子也指編碼相應(yīng)RNA外顯子的DNA中的區(qū)域。簡言之,外顯 在表達過程中能編碼蛋白質(zhì)的核苷酸序列表1中八個 題目的要求⑴根據(jù)表1提供的八個物種的外顯子從中構(gòu)建特征建立數(shù)學模型發(fā)現(xiàn)問題一
二、問題的分DNA序列分類是一個復(fù)雜的統(tǒng)計分析問題,數(shù)據(jù)量大,影響因素多,無法直DNA序列中提取出有效的特征。于是首先建立模型一分析堿基之間的數(shù)量關(guān)系,A.C.D.TDNADNA模型一雖然也能對物種進行差異性分析,但是不能描述DNA結(jié)構(gòu)的差采用”粗?;彼枷?,根據(jù)DNA序列中四種核苷酸A、G、C和T的化學結(jié)構(gòu)分類,提出DNA序列的特征序列的概念。一個DNA序列的特征序列是一組(0,1)序列,它們中的每一個都是這個DNA序列的一個簡約表示,而且用它們2×2矩陣來表示序列。進一步,計算這種壓,縮矩陣的最大特征值并把它作為DNA序列的一種不變量?;谶@些DNA序列的不變量分析了Human,Goat,Gallus,Opossum,Lemur,Mouse,Rabbit,Rat等八個物種的外顯子序列的相似性和非相似性;另外試圖通過比較特,問題二利用問題一的差異性分析物種進行分類后發(fā)現(xiàn),分類結(jié)果與的認識有一定的差距。于是建立另一個對DNA結(jié)構(gòu)更深入分析的模型。即利用矩陣表示DNA序列結(jié)構(gòu),提出結(jié)構(gòu)矩陣,以結(jié)構(gòu)矩陣為基礎(chǔ)建立DNA序DNADNA三、模型假假設(shè)所給的DN段中沒有發(fā)生突變與缺失并且能夠充分的反應(yīng)物種所4種堿基A、C、G、T4種堿基A、C、G、TDNADNADNA序列分類時,從堿基層次上進行分類,而不是從氨基酸層次上分類。四、符號說gjDNAjG:DNAmX:特征序列X(0,1)ijkN:DNAFR:表示(R,Y)-特征序FM:表示(M,K)FW:表示(W,S)Ui:24juijMS:一個nsij:矩陣中第ijsi:nDNAiMTM iMS1s1s1的結(jié)構(gòu)矩iMSMSMHMMHM MHMMHM矩陣的譜半 Sd(M1,M2): S
1矩陣與
2S2||Ms1||2MS1||Ms2||2:矩陣MS2五嘌呤一嘧啶:C=G,A=TA=U1ACGTA、T2(A、T)C、G個氫鍵供體(C,G)來稀疏矩陣的一種壓縮方式,也叫三元組表。假設(shè)以順序結(jié)構(gòu)來表示三元組表(tripletable),則得到稀疏矩陣富人一種壓縮方式,即三元二范數(shù):矩陣A2范數(shù)就是AAAnn,λi,i1,2,……,n。稱ρ(A)=max{|λi|,i=1,2,……n}為A的譜半徑。即矩陣A的譜半徑等于矩陣A的六、模型的建立及求堿基含量的權(quán)重差異性比較分要分析DNA序列之間差異,都知道DNA差異表現(xiàn)在堿基之間的差異之上,首先就應(yīng)該分析A.T.G.C在DNA序列中所占不同的權(quán)重,進而可以從DNA模型一權(quán)重差異性比較的建計算物種DNA的序列中堿基的豐富度,用程序計算各個堿基的數(shù)并計算所占的,程序見后面附件2。ACACGT量ACGT
堿基含 堿基
模型一的比較結(jié)看出GACGAT(60%)由于在DNA序列中,雖然堿基的含量可以描述它的某些特征,但還不能全利用DNA序列的壓縮矩陣,可以對DNA序列進行差異性比較。其做法是:DNADNA序列差異性比較分由于在DNA序列中,雖然堿基的含量可以描述它的某些特征,但還不能全利用DNA序列的壓縮矩陣,可以對DNA序列進行差異性比較。其做法是:DNA模型二壓縮矩陣的建DNA序列的特征序同化學結(jié)構(gòu)或物化性質(zhì)的殘基或氨基酸看作是一樣的,并用0或l表示,這樣從四種核苷酸基的化學結(jié)構(gòu)入手,將它們分類,然后在DNA序列和一即單環(huán)嘧啶和雙環(huán)嘌呤。記R為嘌嶺,Y為嘧啶;即R={A,G}和Y={C,T}同樣的可以將這四個核酸基分為酮基和氨基兩類:即M={A,C}和K={G,T}。從DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)的構(gòu)成還可以把四個核酸基分為弱氫鍵和強氫鍵兩組:即W={A,T}這樣的操作下,DNA序列就變?yōu)榱?0,1)序列.在這種變換下,有很多DNA序列對應(yīng)這一個(0,1)序列,這樣DNA序列自身的某些信息將會丟失,然而這種變 更容易對DNA序列比較和分析.更進一步,通過比較這些(0,1)序 可能顯示出嘌呤和嘧啶分類的生物功能。對于同一個DNA序列,設(shè)G=g1g2是一個DNA序列.根據(jù)上面的分類,定義三個字上的同i(G)i(g1)i(g2i=1,2,3),(g)
1ifgjj 0ifgj(g)
1ifgjj 0ifgj(g)
1ifgjj 0ifgj這樣從一個DNA序列得到三個(0,1)序列分別稱它們?yōu)檫@個DNA序列的(R,DNA1.1DNA
S)-特征序列i(Gi(g1)i(g2)i=1,2,3),如果gjR則1(gj)=1,果gjY,則1gj=0,如果gjM則2gj=l,如果gjK,則2gj=0;如果gjW,則3gj=1,如果gjS,則3gj=0.由上述的定義,對于DNA序列的每一個基gj,有一個(01)三元組1gj,2gj,3gj和T→0,0,1),由這些對應(yīng)可以立即得到定理中的結(jié)論。如(R,Y)-特征序列:(3)101101010001100000111111111000100100100100001011110111101110101110011100110110111100001110111010011001001111111111100100100100110000011110111101111101110111100110100111100001110111 1 1 0 1 0001111111111100101001001001000110001111010111001100111001101101111000001101110110101001110010011111111101100010010011000001111011110110101100111010111100111100001100111011000010011101001111111101000101001000000010111101111011101011111111001101101111000011101110110010100011001101001111110001001000000100010111011111011100001101111001101101111000011101111011010100010001101111111110001011001001000010111101111011101011111111001101101111000011101011010100011001101001111111001001001101100010111111111011100001101101001101 0 1 0 1 1DNA引起一些序列的信息丟失,但上面定理告訴,只需要兩條特征序列就能將DNA序列的全部信息來即在一個特征序列中丟失的那部分信息一定包DNA征序列就可以了。構(gòu)造特征序列的壓縮矩陣并用它來比較DNA序列的異性。特征序列的壓縮矩在進行物種的進化分析時,一般的做法是把這些物種的同一個位點上的同一種 進行比較并做同源性分析以此來判斷這些物種之間的同源關(guān)系在這一節(jié), 取八個不同的物種的β-球蛋白的第一個外顯子它們被認為是非常保守的序列,即進化很慢的序列。表1列出了這八個序列。先寫出它們的特征序列,然后搜索每一個特征序列中三元組出現(xiàn)的個數(shù),并利用這些個數(shù)進行比較.在這里運用C語言進行計算八個物種的特征序列,(詳見附件3),它們的特征序列見表2(附件4),其中第一行為它們的(R,Y)-特征序列,第二行為(M,K)-特征序列,第三行為(W,S)-特征序列。用特征序列8種可能出現(xiàn)的三元組即000,001,00,011,100,101,110,111,建立一個2×2x2立方體矩陣,矩陣的元素表示每種三元組出現(xiàn)的頻率,即fX=100mX/(N-2)mX表示在特征序列X中(0,1)三元組巧ijk
NDNA用FR、FMFW來表示(R,Y)-,(M,K)-和(W,S)-特征序列的立方體矩陣。FX2×2FXFX FXfXFX=(fX),XR,MW 0 1 表3-5列出了這八個物種的β-球蛋白的第一個外顯子序列的特征序列的壓縮矩陣表示。每一個表中2×2的矩陣的表頭表示三元組(i,j,k)第一個分量ijk3-5,能看到011(YRR)110(RRY)顯示了很小的類似地,在(M,K)-特征序列中,出現(xiàn)最多的三元組是000(KKK)(除了goat101(MKM)111(MMM)兩個三元組。在(W,S)一特征序列中,010(SWS)111(WWW)分別是出現(xiàn)最多和出現(xiàn)最少的三元組;000(SSS)是變化最大的三元組,而三元組001(SSW),011(SWW)和100(WSS)顯示出的變化非常小。于是列出三個特征序列中三元組ijk3-5(454),3.(R,Y)ijk001101000011010600110107100110101001101090900110100181001101009001101070191下面用矩陣的不變量來顯示這八個DNA序列的某些信息。對于矩陣的多信息包含在它的最大特征值中。這里,DNA6越大,反之則越小。觀察表6能得到這八個DNA序列的一些共同特性。fMfM(GoatGallus 在表6中的每一行有較大的值的矩陣是FR,FM,FW從這個結(jié)果能 列中出現(xiàn)最多的核酸基是G。表6的程序見附件6.DNAFFFFFF FFFFFF 利用特征序列的壓縮矩陣比較DNA序利用表3-5中三元組出現(xiàn)的頻率值,構(gòu)造一個24維向量,它是由在三個特越相似。有兩種方法計算矩陣的差異性:計算兩個向量的歐氏距離,如兩個向量的歐氏距離較小就認為這它們差異較小。用U1和U2表示兩個24維U1u1u1u1)和U2u2,u2,…,u
).它們的距離定義為d(U1 ii1iiU2)=(24(u1u2)2)2。在表7中 列出了所有八個物種的β-球蛋247:表7.八個序列的差異性表(24維向量的歐氏距離 OpossumLemur 17.435617.320516.248115.748 11.40188.7749614.3875模型二的較大。從表看出物種Gallus是八個物種中與其它物種差異最大的一個物種,因為它對應(yīng)的值比較大。從這一點猜測(W,S)-特征序列可能隱含著哺乳動Mouse-Rat,Lemur-Rabbit和Mouse-Rabbit對的值都比較小,說明它們之間差異很小。猜測,這也許是某些相近物種引起的。但是有些物種的差異性與問題二1結(jié)構(gòu)矩陣的模型分由問題一得,Human-Rabbit,Human-Mouse,Mouse-Rat,Lemur-Rabbit和Mouse-Rabbit對的值都比較小,即差異性較小。所以將Human,Rabbit,Mouse,Rat,LemurGoat,Gallus,OpossumMouse-Rat和Mouse-Rabbit對的相似性對來說并不奇怪,然而Human-Rabbit,Human-Mouse和Lemur-Rabbit對的差異性卻與的直觀有相由于由問題一得出的問題二的結(jié)果與的直觀有些距離,因此提出一種DNADNADNADNAnDAnDNA不變量來描述結(jié)構(gòu)矩陣或DNADNA序列。進而對DNA原始序列進行相似性比較選用了8個不等長的DA8DNA8個不同物種的盡球蛋白的第一個外顯子DNA序列DNA結(jié)構(gòu)矩陣模型的建DNA序列的時序要分析DNA序列就要將它通過某種規(guī)則成一維或者離散的時間序列,表示為實數(shù)或復(fù)數(shù)值,這種方法稱為DNA時序化,即把DNA序列轉(zhuǎn)化為時把DNA序列可看成字符集N={A,C,G,T}上的一個詞。首先給DNA序列,然后把DNA序列看成一個具有t個元素的有限全序集合,它等同于{t}={1,2,···,t},給出一 22(t=
tAtTtGt任何長度的DNA序列對應(yīng)的一維時間序列,如Human的-球蛋白 AGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAG:Human:1233234 344323334 312213。(DNA序列的結(jié)構(gòu)矩陣S=
作si1ns1s2,···,sn的結(jié)構(gòu)矩陣Ms是一個n sisM=(s),s= s
-
s 計算機構(gòu)矩陣的c6結(jié)構(gòu)矩陣的性性質(zhì)1:結(jié)構(gòu)矩陣M=(s)為稱矩陣,即MT=-M (MMH 2:M(MMH s1MTMHM MHMM2M(M)MMH,故M=(s)||
||=(MHM
s 3DNAs1s2,···smDNA時間序列s1s2,···sksk1,···snmDNAA=(aij),B=(bijaijbij4:每一個nDNAn證明:由于n維生物時間序列的數(shù)值排序總數(shù)為Cn11Cn2 1n(+C1(n-1)!,而稱矩陣A=(a),a=1、0或-1這樣矩陣總數(shù)為 ,
1n( 因為Cn11!+Cn2 +
(n-1)!
n1!
n
+····
,只需要證明 +
1n(
1n(即可。也就是n+(n-1)+····+n! n1!n n=1
+····+n!=n+(n- +n!=nn1!n n[(n-1)+(n-1)(n- +(n-1n(1n(
,下面證明n+n(n- +n1 成立,由于n+n[(n-1)+(n-1)(n-2)+····+(n-1)!]n+ 1只需要nn
1n( 1n(n
1n(- 1n(n1n(
因為
1且n2,只需要n3n1-n)2n3n1(x設(shè)函數(shù) =3x1-2x,對該函數(shù)(x因為ln3>1,3x1ln3-2 (x
1n(3x1ln3-2 (x 成立即Cn11!+Cn2 +C1(n-1)!
又設(shè)s1,s1,····,s1與s2,s2 ,s2,是不同的時間序列,那么他們 結(jié)構(gòu)矩陣是M=(s1), =(s2)則存在ij使 (s1s1)(s2s2)=(s1s1)(s2s2)所以(s10)(s2=-1) (s1=-1)(s20)即
n維生物時間序列,唯一地確定一個n結(jié)構(gòu)矩陣相似ii定義1:設(shè)兩個n維生物(DNA)時間序列s1s1s2s2的結(jié)構(gòu)矩陣分iiM=(s1
=(s2),則 =(s1)
=(s2)的相似度定義
S
S i,i,jn|ss 2 d(Ms1,Ms2)=2n(n1)||Ms1Ms2||F=2n(n 1)d(MM 2)d(M1,M2)=d(M2,M1 1 s2 1 3 3 s s s3)d(M,M)d(M1 s2 1 3 3 s s s4)d(M1M2s1s1s2s2 ii定義2:設(shè)兩個m、nDNA時間序列s1s1s2s2的結(jié)構(gòu)矩陣分別iiM=(s1) =(s2 S 則M=(s1)與 =(s2)的相似度定義 S (MHM (MH(MHM (MHM s11(|||1
||M
||2|)
1[| 1)d(MM 2)d(M1,M2)=d(M2,M1 1 s2 1 3 3 s s s3)d(M,M)d(M1 s2 1 3 3 s s sd(M1M2s1s1s2s2 DNA序列相似3nDNAn因此利用DNA序列對應(yīng)的結(jié)構(gòu)矩陣不變量(如結(jié)構(gòu)矩陣的特征值、范數(shù)、譜半徑),用這些不變量來描述結(jié)構(gòu)矩陣或DNA序列,即用這些不變量來定量表示DNADNA1DNA序列相似性比較,定義2適合比較不等長的DNA序列相似性比較,因為選用了8個不等長的DNA序列,但是數(shù)據(jù)太大不便計算,所以選取每個物種308DNA18DNA這里采用對下表進行計算a=[...]%輸入矩陣b=[...]%輸入矩陣c=a-f=max(eig(e))%求e的譜半徑g=sqrt(f)%求e的二范數(shù)h=size(a)%a矩陣的維數(shù)m=2.^(-1)*h.^(-1)*i.^(-1)*g%等長的DNAt00000000(文中的數(shù)據(jù)都是以10-3為單位結(jié)8人和關(guān)系比較遠與兔關(guān)系較近距兔最遠的是鼠類(負鼠老鼠大較近的親緣關(guān)系。這符合根據(jù)形態(tài)特征對物種分類構(gòu)建的進化關(guān)系和其他方法得到的結(jié)果。由表格得到原雞的與其他物種的親緣關(guān)系都較遠,故吧原雞歸為一類。另外,雖然人與鼠類形態(tài)特征相差甚遠,但國際人類組研究小組公布老鼠與現(xiàn)代智人組有驚人的相似之處,因此在這里得到的人、狐猴與鼠類比較相近的結(jié)果也符合實際。因此把八個物種的DNA分為3類第一類:human(人)Lemur(狐猴)Mouse(老鼠)Opossum(負鼠)Rat(大第二類:Goat()Rabbit(兔子)。八、模型改優(yōu)點:問題一模型一權(quán)方法簡單,直觀。模型二引入了DNA序列比較了序列的差異性,盡管結(jié)果還不太令人滿意,但從比較結(jié)果中可以看出30DNADNA定性作用的堿基。將模型立不同維數(shù)的矩陣進行更全面的分析。模型三中DNA2DNA九、參考資[1]、但,數(shù)學建模與數(shù)學實驗(第三版),:高等教育[2]徐國祥,統(tǒng) 與決策(第四版), 財經(jīng)大學[3] 高等教育[4],DNA序列與數(shù)學分析簡介,數(shù)學(),1994.46-[6]全,信使RNA三維遺傳信息的研究,中國科學基金,1998,32-[7],基于知識發(fā)現(xiàn)的生物信息學,生物工程進展,2000,27-[8],新,,之,隱型用于蛋白質(zhì)序列分析,生物[9],,蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu),DNA2000,289-賀平安,DNA,,基于結(jié)構(gòu)矩陣的DNA的相似性模型,數(shù)學的實踐與認識,4023,2010十、附1:DNA1)Human人類GoatOpossumGallusLemur狐猴Mouse老鼠RabbitRat大鼠附件2:用計算的堿基個數(shù)的編寫程sort_str1=sort(str1)j=1;fori=1:length(sort_str1)-ifstrcmp(sort_str1(i),sort_str1(i+1))~=1j=j+1;str2(j)=str2(j+1) fori=str_num=strfind(sort_str1,str2(i))count(i)=length(str_num);3:用CDNA#definex15#defineyvoidcharToInt(char*p)//charDNA{ints[x][y]={0};/intinti=0,j=0;{{casecasecasecase}{{printf("%d}}}void{}3:C(2)100000111100110110010010110010011000110011100000001110000111000010011000000000010011100001101001001100100100101100100110011110010010000011100001110000100110000000100100111000011010000011100011001001001011011100110111011110100001011000011000001111011000000001001110000110100000111000110010010010110110101101111001101000001110001100000110110000000110110111000111001001100001001000100100101100101100011110101000000011100000100010101110000000010100110000011010000001111001100100100101100100100010100011000000111100001111110100110000000000100111000011001000001101000111000100101100100100011100111000000011100001100000110110000000000100111000011 0 0 1 1 0 0 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 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