關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索市公開課一等獎省賽課獲獎課件

第三章

關鍵詞為基礎數據庫檢索

本章主要內容：基本概念Entrez檢索方法SRS檢索方法DBGET檢索方法本章重點難點：以關鍵詞為基礎數據檢索基本方法、原理(重點掌握Entrez檢索方法)關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第1頁檢索數據庫方法用關鍵詞或詞組進行數據庫檢索

(Text-baseddatabasesearching)用核苷酸或蛋白質序列進行數據庫檢索

(Sequence-baseddatabasesearching)

關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第2頁關鍵詞

名詞、描述性詞、詞組序列注冊號(Accessionnumber)

檢索體系

EntrezSequenceRetrievalSystem(序列檢索系統(tǒng)，SRS)Integrateddatabaseretrievalsystem(DBGET)關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第3頁檢索須知（1）

連接詞AND,OR,NOT riceANDenzyme riceANDenzymeNOTkinase retrotransposonORretroelement

用引號將兩個單詞組成一個詞組“diseaseresistance”diseaseresistance=diseaseANDresistance

關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第4頁檢索須知（2）

wildcard“*”放在單詞后使檢索范圍擴大，但專一性降低Wan*=全部以Wan開頭單詞enzyme*=enzyme+enzymes

關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第5頁1.Entrez/Entrez/NCBI檢索體系優(yōu)點：三種檢索體系中最輕易操作體系

缺點：檢索范圍有限

關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第6頁8大類44個與Entreze體系相連數據庫

“NucleotideSequences”databases(15)“ProteinSequences”databses(4)“Structures”databases(5)“Genes”databases(4)“GeneExpression”databases(4)“Taxonomy”databases(2)“Genomes”databases(6)“Literature”databases(4)關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第7頁Entrez主頁/Entrez/Entrez系統(tǒng)中部分數據庫之間連接

檢索方法（1）：數據庫之間檢索

NCBI主頁或Entrez主頁輸入關鍵詞各個數據庫中檢索到信息數量

點擊對應數據庫查看信息目錄，每一條信息與其它數據庫相關信息鏈接關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第8頁檢索方法（2）：選擇數據庫檢索

NCBI主頁選擇數據庫，輸入關鍵詞檢索到信息目錄，每一條信息與其它數據庫相關信息鏈接查看信息內容

關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第9頁選擇數據庫后，可選擇在這一數據庫中檢索內容、時間范圍、分子類型、基因位點等

檢索到信息目錄

點擊“Limits”修改檢索時間范圍點擊“Search”檢索選擇時間范圍內數據關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第10頁分子量檢索

檢索一個分子量為蛋白質，輸入“[MOLWT]”，結果目錄，詳細內容

與其它檢索詞相結合，如檢索人類分子量為蛋白質，輸入“[MOLWT]AND“human”[ORGN]”其它專一檢索

關鍵詞[欄目縮寫或全名]，如“[MOLWT]或[molecularweight]檢索在“Keywords”欄目中出現(xiàn)“kinase”蛋白質數據，輸入“kinase[Keyword]”，結果目錄

關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第11頁范圍檢索

檢索分子量在－之間蛋白質，輸入“:[MolecularWeight]”，結果詳細內容

檢索核苷酸長短在3000－4000之間DNA，輸入“3000:4000[SLEN]”，結果目錄

檢索注冊號在AF123456－AF123478之間核苷酸數據，輸入AF123456:AF123478[Accessionnumber]，結果目錄

關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第12頁怎樣獲取外文文件全文不論是本科生畢業(yè)、碩士開題、還是工作中搜集最新一手資料，都需要查看文件，當然也少不了外文文件。怎樣獲取外文文件全文呢？Entrez檢索體系(humanimmunodeficiencyvirus,HIV)Google學術搜索其它數據庫檢索（SCI、SpringerLINK、WileyInterScienceetc.）關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第13頁2.SRS(SequenceReterievalSystem)SRS（http://srs.ebi.ac.uk/）是一個開放數據庫查詢系統(tǒng)，不一樣SRS系統(tǒng)（版本）能夠依據需要安裝不一樣數據庫EuropeanBioinformaticsInstitute(EBI)檢索體系

優(yōu)點：檢索面寬缺點：操作復雜關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第14頁16大類274個數據庫與SRS體系相連Literature,BibliographyandReferencedatabases(9)GeneDictionariesandOntologies(7)Nucleotidesequencedatabase(32)Nucleotiderelateddatabases(8)UniprotUniversalProteinResource(7)Otherproteinsequencedatabases(14)Proteinfunctiondatabases(14)Proteinstructuredatabases(6)Proteininteractiondatabase(3)關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第15頁Enzymes,reactionsandmetabolicpathwaydatabases(7)MutationandSNPdatabases(1)Otherdatabases(7)Userowneddatabases(2)Applicationresultdatabases(18)EMBOSSresultdatabases(135)EMBLGDSGroupedBy(4)

16大類274個數據庫與SRS體系相連（續(xù)）關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第16頁SRS基本檢索規(guī)則與慣用檢索規(guī)則不一樣檢索規(guī)則用“|”代表“OR”，用“&”代表“AND”，用“!”代表“NOT”數字和日期檢索片段長度檢索時用“:”代表或，用“!”代表≠；如“12:”表示12，“:12”表示12，“!12:”表示>12，“:!12”表示<12，12:15表示12而15能夠識別兩種日期格式：YYYYMMDD或DD-MMM-YYYY；如0619或19-Jun-關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第17頁索引檢索（indexsearch）（不是全部SRS檢索系統(tǒng)都能夠進行索引檢索）由數據庫名、域名和檢索詞三部分組成，數據庫和域名之間用“-”連接，域名與檢索詞之間用“:”（字符串檢索）或“#”（范圍檢索）分開，如：[pir-des:elastase]表示在蛋白質數據庫PIRdes（description）域搜索關鍵詞“elastase”[swissprot-date#20010415:200220414]表示在蛋白質數據庫SWISS-PROT中檢索從4月15日到204月14日全部統(tǒng)計[{swissprotswissnewsptrembl}-des:kinase]表示在SWISS-PROT、SWISSNEW和SPtrEMBL三個數據庫中des域搜索關鍵詞“kinase”關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第18頁檢索方法（1）：快速檢索

操作簡單，檢索數據庫有限適合用于目標明確檢索在SRS主頁(http://srs.ebi.ac.uk/)選擇數據庫種類，輸入關鍵詞檢索到信息目錄，每一條信息與其它數據庫相關信息鏈接查看信息內容

關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第19頁檢索方法（2）：深入檢索

操作稍微復雜，能夠檢索全部數據庫適合用于范圍廣泛檢索在SRS主頁點擊“LibraryPage”在“LibraryPage”網頁選擇數據庫，然后點擊“QueryForm”在“QueryForm”網頁輸入關鍵詞檢索檢索到信息目錄，每一條信息與其它數據庫相關信息鏈接關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第20頁3.DBGET(Integrateddatabaseretrievalsystem)http://www.genome.ad.jp/dbget/日本檢索體系優(yōu)點：與KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes(KEGG)database相連 操作簡單缺點：檢索面較SRS和Entrez窄DBGET與41個數據庫相連

關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第21頁檢索方法（1）

在DBGET主頁（默認選擇全部數據庫）或選擇數據庫后輸入關鍵詞查看檢索到信息目錄

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關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第22頁檢索方法（2）

在DBGET主頁選擇并點擊一個數據庫在選擇數據庫網頁輸入關鍵詞檢索查看檢索到信息目錄

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關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第23頁不能總是得到你所需要信息

關鍵詞使用 retrotransposon retro-transposon數據庫所包含數據多少和范圍 不一樣數據庫包含內容有限關鍵詞拼寫錯誤關鍵詞和詞組為基礎的數據庫檢索第24頁4、上機操作

1.熟練掌握E