多序列比較的實際應用課件

多序列比較的實際應用多序列比較就是把兩條以上可能有系統(tǒng)進化關系的序列進行比較的方法。目前對多序列比較的研究還在不斷前進中,現(xiàn)有的大多數(shù)算法都基于漸進比較的思想,在序列兩兩比較的基礎上逐步優(yōu)化多序列比較的結(jié)果。進行多序列比較后可以對比較結(jié)果進行進一步處理,尤其是在尋找基因和致力于發(fā)現(xiàn)新蛋白的努力中,人們習慣于把新的序列同已知功能的蛋白序列作比較。多序列比較的實際應用1●由于這些比較通常都希望能夠推測新蛋白的功能不管它們是雙重比較還是多序列比較,都可以回答大量的其它的生物學問題。例如:在搜集的比較序列中,可以看出隱含于蛋白之中的物種進化關系,以便于更好地理解蛋白的進化。研究一個家族中的相關蛋白的差異,分析進化壓力和生物秩序?qū)τ诠δ芟嚓P的蛋白進化影響。研究完多序列比較中的高度保守區(qū)域,我們可以對蛋白質(zhì)的整個結(jié)構進行預測,并且猜測這些保守區(qū)域?qū)τ诰S持三維結(jié)構的重要性●由于這些比較通常都希望能夠推測新蛋白的功能2●分析一群相關蛋白質(zhì)時,很有必要了解比較正確的構成。發(fā)展用于多序列比較的程序是一個很有活力的研究領域,絕大多數(shù)方法都是基于漸進比較(progressivealignment)的概念。漸進比較的思想依賴于使用者用作比較的序列之間確實存在的生物學上的或者更準確地說是系統(tǒng)發(fā)生學上的相互關聯(lián)?！穹治鲆蝗合嚓P蛋白質(zhì)時,很有必要了解3與上一章的關系●1、對數(shù)據(jù)庫比較,比較結(jié)果未知;比較后尋找到一組相似序列●3、構建進化樹。與上一章的關系4第一節(jié)漸進比較方法●1.CLUSTALW●CLUSTALW算法是一個最廣泛使用的多序列比較程序,在任何主要的計算機平臺上都可以免費使用。這個程序基于漸進比較的思想,將得到的系列序列輸入,對于每兩個序列進行雙重比較并且計算結(jié)果?；谶@些比較,計算得到一個距離矩陣,反映了每對序列的關系,然后,基于鄰近加入方法,這個矩陣被用來計算出一個系統(tǒng)發(fā)生輔助樹。第一節(jié)漸進比較方法5這個輔助樹,加權后可以證實極相近的序列,然后以雙重比較極相近的序列開始,為組建比較提供基礎,重新比較下個加入的比較序列,依次類推。如果加入的序列較多,那么毫無疑問,必須加入空位以適應序列的差異,但是加入空位必須接受空位開放罰分和空位擴展罰分。這個輔助樹,加權后可以證實極相近的6●在絕大多數(shù)情況下,使用者不會在比較時加入結(jié)構信息,但是空位開放補償利用了可以出現(xiàn)在a-螺旋或β-折疊末端的特殊殘基以及空位罰分所偏好的殘基經(jīng)存在的空位的擴展原則很簡單,只是要在那些極有可能在結(jié)構中形成彎曲的位點擴展空位,這些空位擴展罰分計算是由位置決定的●在絕大多數(shù)情況下,使用者不會在比較7●為了介紹CLUSTALW的使用,考察一下從四種不同物種來源的matrixmetalloproteinase9preproprotein蛋白Homosapiens,ParalichthysolivaceusRattusnorvegicus,bostaurus)。將下列蛋白序列放入一個獨立的文件中●為了介紹CLUSTALW的使用,考察一下8EEYLYRYOGKMLLFSGRRLWRFDVKAOMVDPRSASEVDRMFPGVPLDTHDWEQYREKAYFCQDRFYWRVSSRSELNOVDQVGYVTParalichthysolivarQGPFLIARTWPALPAKLNSAFEDPOSKKIFFFSGRKMWVYTGOTVLGPRSVDPQSVTRLDNEFSGVPWNSHNVFHYQDKANQVDHVAYVTYDLLOCPHFFKAGKYWRLSEGGGRRVQGPFLVKSKWPALPRKLDSAFEDPLTKKIFFFSGROVWVYTGASLLGPRRLDKLGAQVTGALPRPEGKVLLFSGQSFWRFDVKTQKVDPQSVTPVDQM-PGVPISTHDIFQYQEKAYFCQDHFYWRVSSQNEVNOVDYEEYLYRYO9天要要強司AmB∠里幽MXE三牌、Bm2m112345m51m9101,,12mdwa16allportI院M,胃令天要要強司Am10多序列比較的實際應用課件11多序列比較的實際應用課件12多序列比較的實際應用課件13多序列比較的實際應用課件14多序列比較的實際應用課件15多序列比較的實際應用課件16多序列比較的實際應用課件17多序列比較的實際應用課件18多序列比較的實際應用課件19多序列比較的實際應用課件20多序列比較的實際應用課件21多序列比較的實際應用課件22多序列比較的實際應用課件23多序列比較的實際應用課件24多序列比較的實際應用課件25多序列比較的實際應用課件26多序列比較的實際應用課件27多序列比較的實際應用課件28多序列比較的實際應用課件29多序列比較的實際應用課件30多序列比較的實際應用課件31多序列比較的實際應用課件32多序列比較的實際應用課件33多序列比較的實際應用課件34多序列比較的實際應用課件35多序列比較的實際應用課件36多序列比較的實際應用課件37多序列比較的實際應用課件38多序列比較的實際應用課件39多序列比較的實際應用課件40多序列比較的實際應用課件41多序列比較的實際應用課件42多序列比較的實際應用課件43多序列比較的實際應用課件44多序列比較的實際應用課件45多序列比較的實際應用課件46多序列比較的實際應用課件47多序列比較的實際應用課件48多序列比較的實際應用課件49多序列比較的實際應用課件50多序列比較的實際應用課件51多序列比較的實際應用課件52多序列比較的實際應用課件53多序列比較的實際應用課件54多序列比較的實際應用課件55多序列比較的實際應用課件56多序列比較的實際應用課件57多序列比較的實際應用課件58多序列比較的實際應用課件59多序列比較的實際應用課件60多序列比較的實際應用課件61多序列比較的實際應用課件62多序列比較的實際應用課件63多序列比較的實際應用課件64多序列比較的實際應用課件65多序列比較的實際應用課件66多序列比較的實際應用課件67多序列比較的實際應用課件68多序列比較的實際應用課件69多序列比較的實際應用課件70多序列比較的實際應用課件71多序列比較的實際應用課件72多序列比較的實際應用課件73多序列比較的實際應用課件74多序列比較的實際應用課件75多序列比較的實際應用課件76多序列比較的實際應用課件77多序列比較的實際應用課件78多序列比較的實際應用課件79多序列比較的實際應用課件80多序列比較的實際應用課件81多序列比較的實際應用課件82多序列比較的實際應用課件83多序列比較的實際應用課件84多序列比較的實際應用課件85多序列比較的實際應用課件86多序列比較的實際應用課件87多序列比較的實際應用課件88多序列比較的實際應用課件89多序列比較的實際應用課件90多序列比較的實際應用課件91多序列比較的實際應用課件92多序列比較的實際應用課件93多序列比較的實際應用課件94多序列比較的實際應用課件95多序列比較的實際應用課件96多序列比較的實際應用課件97多序列比較的實際應用課件98多序列比較的實際應用課件99多序列比較的實際應用課件100多序列比較的實際應用課件101多序列比較的實際應用課件102多序列比較的實際應用課件103多序列比較的實際應用課件104多序列比較的實際應用課件105多序列比較的實際應用課件106多序列比較的實際應用課件107多序列比較的實際應用多序列比較就是把兩條以上可能有系統(tǒng)進化關系的序列進行比較的方法。目前對多序列比較的研究還在不斷前進中,現(xiàn)有的大多數(shù)算法都基于漸進比較的思想,在序列兩兩比較的基礎上逐步優(yōu)化多序列比較的結(jié)果。進行多序列比較后可以對比較結(jié)果進行進一步處理,尤其是在尋找基因和致力于發(fā)現(xiàn)新蛋白的努力中,人們習慣于把新的序列同已知功能的蛋白序列作比較。多序列比較的實際應用108●由于這些比較通常都希望能夠推測新蛋白的功能不管它們是雙重比較還是多序列比較,都可以回答大量的其它的生物學問題。例如:在搜集的比較序列中,可以看出隱含于蛋白之中的物種進化關系,以便于更好地理解蛋白的進化。研究一個家族中的相關蛋白的差異,分析進化壓力和生物秩序?qū)τ诠δ芟嚓P的蛋白進化影響。研究完多序列比較中的高度保守區(qū)域,我們可以對蛋白質(zhì)的整個結(jié)構進行預測,并且猜測這些保守區(qū)域?qū)τ诰S持三維結(jié)構的重要性●由于這些比較通常都希望能夠推測新蛋白的功能109●分析一群相關蛋白質(zhì)時,很有必要了解比較正確的構成。發(fā)展用于多序列比較的程序是一個很有活力的研究領域,絕大多數(shù)方法都是基于漸進比較(progressivealignment)的概念。漸進比較的思想依賴于使用者用作比較的序列之間確實存在的生物學上的或者更準確地說是系統(tǒng)發(fā)生學上的相互關聯(lián)?！穹治鲆蝗合嚓P蛋白質(zhì)時,很有必要了解110與上一章的關系●1、對數(shù)據(jù)庫比較,比較結(jié)果未知;比較后尋找到一組相似序列●3、構建進化樹。與上一章的關系111第一節(jié)漸進比較方法●1.CLUSTALW●CLUSTALW算法是一個最廣泛使用的多序列比較程序,在任何主要的計算機平臺上都可以免費使用。這個程序基于漸進比較的思想,將得到的系列序列輸入,對于每兩個序列進行雙重比較并且計算結(jié)果?；谶@些比較,計算得到一個距離矩陣,反映了每對序列的關系,然后,基于鄰近加入方法,這個矩陣被用來計算出一個系統(tǒng)發(fā)生輔助樹。第一節(jié)漸進比較方法112這個輔助樹,加權后可以證實極相近的序列,然后以雙重比較極相近的序列開始,為組建比較提供基礎,重新比較下個加入的比較序列,依次類推。如果加入的序列較多,那么毫無疑問,必須加入空位以適應序列的差異,但是加入空位必須接受空位開放罰分和空位擴展罰分。這個輔助樹,加權后可以證實極相近的113●在絕大多數(shù)情況下,使用者不會在比較時加入結(jié)構信息,但是空位開放補償利用了可以出現(xiàn)在a-螺旋或β-折疊末端的特殊殘基以及空位罰分所偏好的殘基經(jīng)存在的空位的擴展原則很簡單,只是要在那些極有可能在結(jié)構中形成彎曲的位點擴展空位,這些空位擴展罰分計算是由位置決定的●在絕大多數(shù)情況下,使用者不會在比較114●為了介紹CLUSTALW的使用,考察一下從四種不同物種來源的matrixmetalloproteinase9preproprotein蛋白Homosapiens,ParalichthysolivaceusRattusnorvegicus,bostaurus)。將下列蛋白序列放入一個獨立的文件中●為了介紹CLUSTALW的使用,考察一下115EEYLYRYOGKMLLFSGRRLWRFDVKAOMVDPRSASEVDRMFPGVPLDTHDWEQYREKAYFCQDRFYWRVSSRSELNOVDQVGYVTParalichthysolivarQGPFLIARTWPALPAKLNSAFEDPOSKKIFFFSGRKMWVYTGOTVLGPRSVDPQSVTRLDNEFSGVPWNSHNVFHYQDKANQVDHVAYVTYDLLOCPHFFKAGKYWRLSEGGGRRVQGPFLVKSKWPALPRKLDSAFEDPLTKKIFFFSGROVWVYTGASLLGPRRLDKLGAQVTGALPRPEGKVLLFSGQSFWRFDVKTQKVDPQSVTPVDQM-PGVPISTHDIFQYQEKAYFCQDHFYWRVSSQNEVNOVDYEEYLYRYO116天要要強司AmB∠里幽MXE三牌、Bm2m112345m51m9101,,12mdwa16allportI院M,胃令天要要強司Am117多序列比較的實際應用課件118多序列比較的實際應用課件119多序列比較的實際應用課件120多序列比較的實際應用課件121多序列比較的實際應用課件122多序列比較的實際應用課件123多序列比較的實際應用課件124多序列比較的實際應用課件125多序列比較的實際應用課件126多序列比較的實際應用課件127多序列比較的實際應用課件128多序列比較的實際應用課件129多序列比較的實際應用課件130多序列比較的實際應用課件131多序列比較的實際應用課件132多序列比較的實際應用課件133多序列比較的實際應用課件134多序列比較的實際應用課件135多序列比較的實際應用課件136多序列比較的實際應用課件137多序列比較的實際應用課件138多序列比較的實際應用課件139多序列比較的實際應用課件140多序列比較的實際應用課件141多序列比較的實際應用課件142多序列比較的實際應用課件143多序列比較的實際應用課件144多序列比較的實際應用課件145多序列比較的實際應用課件146多序列比較的實際應用課件147多序列比較的實際應用課件148多序列比較的實際應用課件149多序列比較的實際應用課件150多序列比較的實際應用課件151多序列比較的實際應用課件152多序列比較的實際應用課件153多序列比較的實際應用課件154多序列比較的實際應用課件155多序列比較的實際應用課件156多序列比較的實際應用課件157多序列比較的實際應用課件158多序列比較的實際應用課件159多序列比較的實際應用課件160多序列比較的實際應用課件161多序列比較的實際應用課件162多序列比較的實際應用課件163多序列比較的實際應用課件164多序列比較的實際應用課件165多序列比較的實際應用課件166多序列比較的實際應用課件167多序列比較的實際應用課件168多序列比較的實際應用課件169多序列比較的實際應用課件170多序列比較的實際應用課件171多序列比較的實際應用課件172多序列比較的實際應用課件173多序列比較的實際應用課件