核酸序列分析2

4.2比對分析序列比對（sequencealignment）指將兩個或多個序列排列在一起，標明其相似之處。序列中可以插入間隔（通常用短橫線“-”表示）。對應的相同或相似的符號（在核酸中是A,T或U,C,G，在蛋白質中是氨基酸殘基的單字母表示）排列在同一列上。序列比對常用于研究由共同祖先進化而來的序列，特別是如蛋白質序列或DNA序列等生物序列。在比對中，錯配與突變對應，而空位與插入或缺失對應。4.2.1

BLAST比對BLAST主頁http:///Blast.cgi各個序列比對的詳情4.2.2

雙序列比對舉例：RDGV基因組S8片段的中國廣西分離物（DQ364683）與泰國分離物（NC_009241）序列之間是否相關？1.打開bl2seq程序http:///Blast.cgi

2.提交序列3.參數(shù)設置4.比對結果序列比對的點矩陣示意圖目的序列參考序列比對信息4.2.3

多序列比對多序列比對(MutipleAlignment)軟件：ClustalX1.載入序列note：存儲的文件路徑及名稱不能含有中文。ClustalX載入序列界面2.參數(shù)設置雙序列比對參數(shù)設置3.完全比對完成比對輸出設置4.結果輸出比對完成界面5.結果解讀ClustalX比對文件窗口4.3基因結構識別ORF識別啟動子及轉錄因子結合位點分析重復序列分析CpGisland3′UTR區(qū)4.3.2

ORF識別及其可靠性驗證開放閱讀框（openreadingframe,ORF）：從mRNA5端起始密碼子AUG到3端終止密碼子之間的核苷酸序列，各個三聯(lián)體密碼連續(xù)排列編碼一個蛋白質多肽鏈，稱為開放閱讀框。RDGVS8geneORFFinder主界面1.提交序列RDGVS8gene2.參數(shù)設置ORF識別網址：http:///projects/gorf/ORFFinder預測結果3.預測結果選取預測的ORF4.驗證參數(shù)設置BLASTP查詢界面5.結果解讀BLASTP比對結果總覽圖BLASTP比對結果描述4.3.2

啟動子及轉錄因子結合位點分析啟動子（promoter

）：位于基因上游，與RNA聚合酶識別、結合并起始轉錄有關的DNA序列。轉錄因子（transcriptionalfactor,TF）：能識別并結合啟動子核心序列，直接或間接參與轉錄起始復合體的形成的蛋白因子。PromoterScan界面啟動子預測網址：/molbio/proscan/Human78kdalton

glucose-regulated

protein

(GRP78)genePromoterScan預測結果啟動子閾值與該啟動子可能結合的轉錄因子考核操作題（四）在NCBI核酸數(shù)據庫中查找并下載AY999078、AY999077、AY216767三個基因cDNA序列，并進行如下操作（10分）：

1.在命名為基因登錄號.txt的文件中，以FASTA格式分別保存上述三個基因cDNA序列;

2.對上述三個基因