細(xì)菌的分類(lèi)與命名

第五章細(xì)菌的分類(lèi)與命名易建云概述細(xì)菌分類(lèi)學(xué)（Bacterialtaxonomy）是微生物分類(lèi)學(xué)的一個(gè)分支，是對(duì)細(xì)菌進(jìn)行分類(lèi)（classification）鑒定（identification）命名（nomenclature）的一門(mén)科學(xué)。細(xì)菌分類(lèi)學(xué)的任務(wù)研究細(xì)菌的種類(lèi)探索細(xì)菌的起源、演化研究細(xì)菌與其它類(lèi)群之間的親緣關(guān)系建立分類(lèi)命名系統(tǒng)1.分類(lèi)(taxonomy)

根據(jù)每種細(xì)菌各自的特征，并按照他們的親緣關(guān)系分門(mén)別類(lèi)，以不同等級(jí)編排成系統(tǒng)。分類(lèi)的任務(wù)是通過(guò)收集大量的個(gè)體資料，經(jīng)過(guò)科學(xué)的歸納、整理，使之形成一個(gè)完整的分類(lèi)系統(tǒng)。

基本概念（1）人為分類(lèi)法：以細(xì)菌形態(tài)和生理生化特征為依據(jù)，分為：傳統(tǒng)分類(lèi)法（classicalclassification）數(shù)值分類(lèi)法(numericalclassification)（2）系統(tǒng)分類(lèi)法：將化學(xué)分析和核酸分析方法引入細(xì)菌分類(lèi)，使細(xì)菌種群的劃分更為客觀(guān)。以細(xì)菌大分子物質(zhì)（核酸、蛋白質(zhì)）結(jié)構(gòu)的同源程度進(jìn)行分類(lèi)，稱(chēng)為種系分類(lèi)（phylogeneticclassification）或自然分類(lèi)（naturalclassfication）。2、命名：

在分類(lèi)基礎(chǔ)上，按照細(xì)菌命名的法則，給予每種細(xì)菌一個(gè)科學(xué)名稱(chēng)。3、鑒定

將未知細(xì)菌按分類(lèi)原則放入系統(tǒng)中某一適當(dāng)位置和已知細(xì)菌比較其相似性，用對(duì)比分析方法確定細(xì)菌的分類(lèi)地位。若與已知細(xì)菌相同即采用已知菌的名稱(chēng)，不同者則按命名原則確定一個(gè)新名稱(chēng)。

分類(lèi)等級(jí)：界（Kingdom）門(mén)（Division）綱（class）目（Order）科（Family）屬（Genus）種（Species）概念種細(xì)菌分類(lèi)的基本單位。生物學(xué)性狀基本相同的細(xì)菌群體構(gòu)成一個(gè)菌種。菌屬性狀相近關(guān)系密切的若干菌種組成屬。菌株

對(duì)不同來(lái)源的同一菌種的細(xì)菌稱(chēng)為該菌的不同菌株。

標(biāo)準(zhǔn)菌株或模式菌株具有某種細(xì)菌特征的菌株。株常以數(shù)字、地名或符號(hào)表示，例如：金黃色葡萄球菌ATCC25923（標(biāo)準(zhǔn)菌株）

概念型：按某種細(xì)微特征在種內(nèi)進(jìn)一步區(qū)分。血清型、噬菌體型、生物型、細(xì)菌素型。用于流行病學(xué)的分析研究。群：不是固定分類(lèi)單位，按某種生物學(xué)特征，把相應(yīng)的菌株歸在一起，組成群。例如：沙門(mén)菌血清分群。命名法

細(xì)菌科學(xué)名稱(chēng)（學(xué)名）的命名法采用生物雙名法（binominalnomenclature）。具備拉丁化文字的形式和明確的分類(lèi)等級(jí)兩個(gè)特點(diǎn)，即由一個(gè)屬名和一個(gè)種名構(gòu)成。屬名在前，種名在后。

細(xì)菌學(xué)名的中文譯名：種名在前，屬名在后。如：Mycobecteriumtuberculosis（結(jié)核分枝桿菌）Salmonellatyphi（傷寒沙門(mén)菌）。

第二節(jié)細(xì)菌的分類(lèi)方法一、生物學(xué)特性分類(lèi)法——人為分類(lèi)法（一）傳統(tǒng)分類(lèi)法（二）數(shù)值分類(lèi)法（一）傳統(tǒng)分類(lèi)法選擇一些較為穩(wěn)定的生物學(xué)性狀作為分類(lèi)依據(jù)，然后按主次順序逐級(jí)分級(jí)。包括：細(xì)菌的形態(tài)結(jié)構(gòu)細(xì)菌的染色性細(xì)菌的培養(yǎng)特性細(xì)菌的生化反應(yīng)性細(xì)菌的抗原性（一）傳統(tǒng)分類(lèi)法根據(jù)生物的共同特征進(jìn)行分門(mén)別類(lèi)。其原則是將生物的基本特性分為主要和次要，然后根據(jù)主次順序編制雙歧圖和檢索表，一級(jí)一級(jí)往下分，直到最小區(qū)分單位。由于分類(lèi)中選擇鑒定力強(qiáng)的生化特征為基礎(chǔ)，所以也稱(chēng)為偏重性鑒定方法。革蘭陰性桿菌葡萄糖發(fā)酵+-氧化酶非發(fā)酵菌+-弧菌科腸桿菌科雙歧索引法（一）傳統(tǒng)分類(lèi)法優(yōu)點(diǎn)：使用方便、分類(lèi)較明確。缺點(diǎn)：對(duì)分類(lèi)性狀的選擇有一定主觀(guān)性。（二）數(shù)值分類(lèi)法借助計(jì)算機(jī)將細(xì)菌按其性狀的相似程度進(jìn)行分類(lèi)，一般選用20-50項(xiàng)以上的生理、生化指標(biāo)逐一進(jìn)行比較，通過(guò)計(jì)算機(jī)分析各菌的相似度來(lái)劃分種和屬。相似系數(shù)越大表示相同特征越多，說(shuō)明兩個(gè)菌種間有較高的親緣性。商品鑒定試劑及自動(dòng)化細(xì)菌鑒定系統(tǒng)即采用數(shù)值分類(lèi)原理。腸桿菌科細(xì)菌編碼的檢索方法舉例(手工法)葡萄糖賴(lài)?guó)B硫靛乳衛(wèi)苯尿枸產(chǎn)產(chǎn)氨氨化基茅丙櫞酸氣酸酸氫質(zhì)糖醇酸素酸(A)(G)421421421-+-++----

AG260AG260

查碼結(jié)果為大腸埃希氏菌臨床常用手工細(xì)菌鑒定系統(tǒng)(API鑒定系統(tǒng))API腸桿菌API非發(fā)酵菌API酵母菌自動(dòng)化鑒定系統(tǒng)二、遺傳學(xué)分類(lèi)法——系統(tǒng)分類(lèi)法㈠、化學(xué)分析法化學(xué)分析應(yīng)用電泳、色譜、質(zhì)譜等方法對(duì)菌體組分、代謝產(chǎn)物組成與圖譜特征進(jìn)行分析，揭示細(xì)菌表型差異。二、遺傳學(xué)分類(lèi)法——系統(tǒng)分類(lèi)法㈡、核酸分析法比較各種細(xì)菌DNA組成的結(jié)構(gòu)相似性，可從本質(zhì)上闡明細(xì)菌間的親緣關(guān)系。方法1、DNA堿基組成(G+Cmol%)2、核酸分子雜交(DNA-DNA同源性3、DNA-rRNA同源性）4、16SrRNA同源性分析。

細(xì)菌分類(lèi)命名系統(tǒng)細(xì)菌分類(lèi)系統(tǒng)《伯杰系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》根據(jù)細(xì)菌細(xì)胞壁的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)將原核生物界分為四個(gè)菌門(mén)：薄壁菌門(mén)-有細(xì)胞壁的革蘭陰性菌厚壁菌門(mén)-有細(xì)胞壁的革蘭陽(yáng)性真細(xì)菌軟壁菌門(mén)-缺細(xì)胞壁的真細(xì)菌（支原體）疵壁菌門(mén)-古細(xì)菌細(xì)菌分類(lèi)系統(tǒng)《伯杰系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》第1卷：醫(yī)學(xué)、工業(yè)和普通微生物中重要的 革蘭陰性菌第2卷：放線(xiàn)菌以外的革蘭陽(yáng)性菌第3卷：古細(xì)菌、藍(lán)細(xì)菌和其它革蘭陰性菌第4卷：放線(xiàn)菌《伯杰系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》第1-4卷將所有細(xì)菌根據(jù)類(lèi)型排列成1-35群群11：保留藍(lán)藻菌目、保留藍(lán)藻菌科群5：保留腸桿菌科、弧菌科和巴斯德菌科卷次及主要細(xì)菌種類(lèi)群細(xì)菌屬/類(lèi)群第1卷1~11組包括醫(yī)學(xué)、工業(yè)、農(nóng)業(yè)重要的革蘭陰性細(xì)菌1234567891011螺旋體革蘭陰性、需氧、微需氧、有動(dòng)力、螺形菌革蘭陰性、無(wú)動(dòng)力、彎曲菌革蘭陰性、需氧、桿菌或球菌革蘭陰性、兼性厭氧、桿菌革蘭陰性、厭氧、桿菌或螺形菌異化還原硫酸鹽的細(xì)菌革蘭陰性、厭氧球菌立克次體和衣原體支原體內(nèi)共生菌第2卷12~17組包括除放線(xiàn)菌以外的革蘭陽(yáng)性細(xì)菌121314151617革蘭陽(yáng)性球菌革蘭陽(yáng)性、形成芽胞的球菌和桿菌革蘭陽(yáng)性、規(guī)則的無(wú)芽胞桿菌革蘭陽(yáng)性、不規(guī)則的無(wú)芽胞桿菌分枝桿菌諾卡菌形的細(xì)菌第3卷18~25組包括光合細(xì)菌、古細(xì)菌、藍(lán)細(xì)菌、其他革蘭陰性細(xì)菌1819202122232425不產(chǎn)氧光合細(xì)菌產(chǎn)氧光合細(xì)菌需氧、化能自氧菌及有關(guān)細(xì)菌出芽和（或）有附屬物的細(xì)菌鞘細(xì)菌非光合、無(wú)子實(shí)體的滑行細(xì)菌形成子實(shí)體的滑行細(xì)菌——粘細(xì)菌古生菌第4卷26~33組包括可形成菌絲體的放線(xiàn)菌2627282930313233諾卡菌形放線(xiàn)菌多腔孢囊放線(xiàn)菌游動(dòng)放線(xiàn)菌鏈霉菌和有關(guān)菌屬馬杜拉菌高溫單胞菌有有關(guān)菌屬高溫放線(xiàn)菌其他屬

細(xì)菌的分類(lèi)方法主要有兩類(lèi)：生物學(xué)特性分類(lèi)法和遺傳學(xué)分類(lèi)法。遺傳學(xué)分類(lèi)法以細(xì)菌的核酸、蛋白質(zhì)等組成的同源程度進(jìn)行分類(lèi)，更具科學(xué)性和穩(wěn)定性。其中16SrRNA寡核苷酸分析，由于其核苷酸數(shù)目適中、信息量大、具有高度穩(wěn)定性、易于提取和分析，成為理想的研究工具。