2023年生物信息學(xué)實驗報告

生物信息學(xué)實驗報告姓名：＿_(dá)黃棟__＿_(dá)___學(xué)號：＿_(dá)＿＿_(dá)_＿指導(dǎo)老師:_＿_(dá)宋曉峰____南京航空航天大學(xué)2023年1１月實驗一生物信息數(shù)據(jù)庫的檢索實驗?zāi)康模?.了解生物信息學(xué)的各大門戶網(wǎng)站以及其中的重要資源。２.了解重要數(shù)據(jù)庫的內(nèi)容及結(jié)構(gòu)，理解各數(shù)據(jù)庫注釋的含義。3.以PｕｂMｅd為例，學(xué)會文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫的基本查詢檢索方法。實驗內(nèi)容:(1)國際與國內(nèi)的生物信息中心國際NＣBI、EBＩ、ExＰＡSｙ，EMBL、SＩB、TIGR以及國內(nèi)CＢI、ＢｉoSiｎo網(wǎng)站的熟悉及內(nèi)容的了解。核酸序列數(shù)據(jù)庫：ｇenbank／ＥMＢL-bank/DDBJNCBＩ網(wǎng)址:HYPERＬIＮK""EBI網(wǎng)址：ＨYPERＬＩNK""EMBL網(wǎng)址:ＨYPERLＩＮK""蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫：SwissＰrｏt、ExPAＳy網(wǎng)址:HＹPERLＩＮK""Ｕｎiｐroｔ網(wǎng)址：HＹPＥRLINK＂"蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫:PDB網(wǎng)址：ＨＹPERＬINK""（2)檢索練習(xí)：ThesｐiｋeproｔeinｏfSARS-CorｏnaVirus在NCBI中的核酸記錄序列:?LOCUSCS2４4439３８97bpDNAlｉnearPＡT1７-JＵL－2０2３DＥＦINITIONＳequenｃe3fｒoｍPaｔｅntWO．ACＣEＳSIONCS24４439VEＲSIONCS244４39.1GI：８4659１13KEYWORＤS.SOUＲCＥＳARSｃorｏｎaviruｓORGANISMHYPEＲLＩNＫ"＂SＡRＳcoｒonａｖiruｓViruses；ssRNAｐosｉtive-stranｄvirｕseｓ,noＤＮAstａge;Ｎidovirales；Coronａviridａe;Coｒｏｎaviｒiｎae;Ｂetacoronavirus.ＲEＦＥRＥＮCE１AUTHORSAｌtmeyeｒ,Ｒ.,Naｌ-Rogier，B.,Chan，C.,Kien，F(xiàn).,Kam，Y.W．,Sｉu,Y.L．,Tｓｅ,Ｋ.S.，Ｓｔａropoli，I.andManuｇuｅrra,Ｊ.Ｃ.TITLENucleicaｃiｄs，polypepｔｉｄes,metｈoｄｓofeｘprｅｓsion,ａｎdｉｍｍunｏgｅniccompositionsassｏciateｄwithsａrscｏrｏnavirｕsｓｐikeprｏteinＪOURＮALPatent:WO-Ａ２31５-DEC-２０23；INＳTITUTPＡSTＥＵR(FR);HｏｎｇＫｏngPasteurＲｅseａrcｈCenｔrｅLｉｍiteｄ(CN)FEAＴＵREＳLｏcation／Qｕaｌｉfｉeｒsｓource1..38９7／organiｓm="SＡRSｃｏronavirus"／mol_type＝"ｕnassｉgｎedDNA"/db_xｒef=＂tａxon：HYPEＲLIＮK""2278５9"HYPERLIＮK""CDS4４..3847/ｎoｔe="unnaｍｅdｐｒotｅinpｒodｕct＂/ｃodoｎ＿starｔ＝1/ｐrotｅｉn_id＝＂HＹPERＬINK""CＡJ561８3.１"／db_xｒef="GI：8４659114"/trａnｓｌation=＂MFIFLＬFＬTLＴSＧSＤLＤRCＴTFDDVＱAPNYTQHＴＳＳＭＲGVＹYPDＥＩFＲSDＴLＹＬTQDLFLPFＹＳNVTGFＨTＩNHTFＧNPＶIPFKDＧＩYFAＡＴＥKSNＶVRGWVＦGSＴＭNNＫＳQSVＩIINNSＴNVVIRAＣNFELＣDNPFFAVSKPMGTQTHTMＩFDNAFＮCＴFEＹＩＳDＡFSＬDVSEKＳＧNFKHLＲEＦVFKＮＫDＧFLYVＹＫＧYQPIDVVRDLPＳGＦNTLKPIFKＬPLＧINITNFRAIＬTAFSＰＡQDＩWGTSＡAAYFVGYLKPＴTＦMＬＫYDENGTITDＡＶDCＳQNＰLAＥＬＫCＳＶKＳFＥIＤＫGIＹQ(mào)TSNFRVVPＳGＤＶＶRＦPNITNLＣＰFGEVFNATKFPSVＹＡＷEＲKKＩSNCVＡＤＹSＶLYＮSTFFＳTＦＫCYGVSATKLNＤLＣFＳNVYＡDSＦVVKGDＤVRQＩAPGQＴＧVIADYNYKLPＤDＦＭGＣVLＡWＮTRＮＩDAＴSTGNYNYKYRＹLＲＨGKＬＲＰFERＤIＳNVＰFSPＤGKＰCＴPPALNCYWＰLNＤYGFYTＴTGＩGYQPＹRVVVＬSＦELLＮAPATVＣGPKLSTDLIKNQCVNＦNＦNＧＬTGTGＶLTＰSSKRFQPFQQFGRDVSＤＦTDＳVRDＰKＴＳEＩLDISPCSFＧGＶSVITＰGTNAＳSEVAVＬＹQ(mào)ＤVNＣTＤVSTAＩＨADQLＴＰAＷＲIＹSTＧNNVFQTＱＡＧＣLIGAEHVDＴＳYEＣDIPIGAGＩCＡSＹＨTVSLLRSTSQKSIVＡＹTMSLGＡＤＳＳIＡYSNＮTIAIPTNFSISIＴＴEVMＰＶSＭAＫTSＶDCＮMYＩＣGＤSＴECANLＬLQYGSFCTＱLNRALSGＩAAEQDＲNTREVFAQＶKQMＹKTＰTLKYFGGFNＦSQILPDPLKPＴKＲＳFIEDLＬFＮＫＶTLＡDAGFＭKQYＧECLGDＩNARDＬＩCAＱＫFＮGLTＶLPPＬLＴDＤMＩAAＹTＡAＬVSＧＴATAGWＴFＧAGAAＬQIPＦAMQＭAＹRＦNＧIGVTQNＶLYENＱKQIＡＮQＦNKAISQIQESLTTTＳTALGKLQＤVＶNＱNAQALNＴLVKQLSSNFＧAIＳSVLNDＩLSRLDKVEAＥVQIDRLITＧＲLQSＬＱＴＹＶTＱＱLＩRAAＥIＲASANLAATＫＭSECＶLGQSKRＶＤＦCGKGYＨLＭSＦPＱAAPHGVVFLHVＴＹＶPSQEＲNFＴＴAPAＩＣHＥGKAYFPREＧVFＶＦNＧTＳWFIＴＱRNFFＳPＱＩＩTＴDNTＦVＳＧNCDVＶＩGIINNＴVYDＰLQPＥLＤＳFKEＥLDKＹFＫNHTSＰＤVDLGＤIＳGINAＳＶVＮIQＫＥIDRLＮＥVAKNLNESLＩDLQEＬＧKYEQYIKWPWYVWLGFIAGLＩAIVMVTILLCＣMＴSCＣSCLKGACＳCＧSＣＣKFDEDDSEPVLＫGＶKLHYTGPＧＧDYKDＤDDK＂ＯRIＧIN1ｃtaｔagggｃgaattgggtａccgcｔagcggatccgcgcgcｃacｃatgtｔｔaｔtttｃctｇcｔ6１gｔｔtcｔｇaｃtctgａｃcaｇcｇgcａgｔgａcctｇgacｃggtgcacｃａcttttgatgaｔｇtgcａ121ggctcｃｔaaｔtaｃａcｔcagcatacｔtcｃｔctatgaｇgggｃgｔgtactatｃctｇatgａaａt(yī)１81ttttagａt(yī)ccgacaｃｔcｔｇtａｔｃtgactcａggatctgtｔｔcｔgccａt(yī)tctattctaatgt24１ｇacagｇcｔttcａt(yī)actaｔｔaａt(yī)cataccttｔggcaaｃcctgtｇatcccｔttｔａaｇgａｔgg3０1cａt(yī)ｃtattttgcｔｇccacａgａgaａgtccaａｔｇｔggｔgcggggatgｇgtgttｃgｇctｃtaｃ36１catgaaｃａacaagtccｃagtccｇtgaｔtattatｔａacaaｔｔctactaatｇtggtgatｃｃg42１aｇcctgtaａｃｔttｇaactgtgtgacaａcｃｃａｔｔctttgｃtｇtgtctａaｇｃccａt(yī)ggｇｃac481acagacacatａctatgaｔctｔcgataａｔgcｃtｔtaａt(yī)ｔgcaｃｔｔtcgagtａｃatｃtctga5４1ｔgccttｔtｃcctggａt(yī)gｔｇtｃcｇaaaａｇtｃcgｇｃaａctttaａgｃaccｔgｃgagagｔｔtgt６01ｇｔttａaｇaataaggａｔgｇｃtttctgtａt(yī)gｔｇtataaｇggctatcａgcctatcgaｃgtgｇｔ661ｇcｇcgaｔctgccｔtctｇgctttａａcａctctgaagcｃtaｔtttｔaagｃtｇｃｃtctgｇｇcaｔ7２1ｔaaｃaｔtacaaａt(yī)ｔｔtcgggｃcattｃtgaｃａgｃctttaｇccｃtｇｃｔcaggａcaｔｔtgggｇ78１cacctcｔｇctgccｇｃctatｔttgtｇｇｇctatｃｔgaagccaactaｃctttatgctｇaagta８4１ｔgａｔgａaaaｔggｃａｃaatcａcagatgctｇtggａｔtgttｃtcagaａt(yī)ccacｔggｃｔgaａct９0１gaaｇtgcｔｃtgｔgaaｇagcttｔgagａt(yī)tgacaagｇｇａａt(yī)ｃtaccagacctcｔaatttcｃg961cgtggtgccctctggａgatｇtｇgtgagattccctaatａt(yī)tacaaacctgｔｇtcｃtｔttｇg1021agaagｔｇtttaatｇcｔａｃtaａgttcccttcｔgtgtａt(yī)gｃctgｇgaｇａgaaagaagatttｃ1081taatｔｇtgtggctgattactctgtgctｇtacaaｃtccacaｔtｔttｔaｇcａcctttaａgtg1１41ｃtatggcｇtgtctgcｃａctaagctgａatgatcｔgｔgｃttctｃcaａt(yī)gｔgｔatｇccgattc12０1ttttgtggtgaagｇgagatgatgtgaｇaｃaｇatcgccｃcagｇａcaｇactｇgｃgtgａt(yī)tgc1２61tgａt(yī)ｔａcaattaｔａagctgｃcagａt(yī)gattｔcatgｇｇctgｔgtｇcｔggcttggaatactag132１gａacattgaｔgctａcttcｃactggcａａt(yī)taｔaaｔtaｃａagtａt(yī)ｃgｇtatctgagacａｔgg138１caagctgａgｇccctttgagaｇａgacatctｃtaaｃgtｇcctｔtcａgccctｇaｔgｇcaaｇcｃ1441ttｇcacccｃacctgctctｇａatｔｇttaｔtgｇｃｃａctgaatgａt(yī)tatｇgｃtｔttacaccac15０1taｃｔggcａｔtggｃtaccaｇccｔｔacagａgｔｇgｔggtgcｔgtcttttgaacｔｇｃtgaatgc1561ｃcctｇccacａｇtgtｇtggaccaaaｇctgtcｃaｃｔｇaｃctgattaagaａｃcaｇtgｔgtgaa1６21cttｔaactttaatggactgａctggcactggcgtｇctgａctccｔtcｔａgcaagagatttca168１gcｃaｔｔtcaｇｃａｇtttggccgggatgtｇtctgaｔtｔcaｃtgaｔtcｃgtgcｇagatccｔaa1741gaｃatｃtgaａatｃctggaｃatttccｃcttgctctｔttggcｇgcｇtgagｃgｔgattａcａｃc1801tggａacaａatｇcｔｔｃctｃtgaagtggｃtｇｔgctｇｔａt(yī)caｇgａｔgtgaａctｇcactgatgt1861gtctacagｃｃatccatgccgａt(yī)cａｇctgaｃaｃcａgcｔtggcgcaｔctａt(yī)ｔｃtａctｇgaaa192１ｃaatgtgｔtｃcagａctｃａｇgccｇgctgtctgatcggaｇｃtgagcａt(yī)gtｇgａcａcttｃｔta1981tgagtgｃgacaｔtcｃtａt(yī)tggagcｔgｇcaｔｔtgtｇctａgｔｔａｃｃatacａｇtgｔｃｔctgｃｔ2０４1gcggagtactagｃcaｇａａｇｔcｔatｔgtggcｔtatａｃtaｔgtｃｔctgｇｇｃgctgatagttc21０1catｔgcｔtａctｃtaａｔaaｃacｃattgｃtａt(yī)cｃctａctaaｃtｔtｔccaｔtａgcattactaｃ2161ａgａaｇtgatｇccｔgtｇｔctatgｇctaagacｃtccgtggaｔtgｔaatatgtaｃaｔｃｔgcｇg2２２１agattｃtaccｇaatgｔgcｔaatcｔgｃtｇctｇcａgtaｔggcagcttttgcａcａcagcｔgａa228１tｃgggcｔctgtcｔggcatｔｇｃtｇｃtgaacaggatcｇcaacacacggｇａaｇtgtｔcｇctca2341agｔgaａgcaｇatgtａｔａagaccccaactcｔgaagtａｔｔttgｇｃggｃtttaａt(yī)ttｔtcｃca2401gａt(yī)cctgccｔｇacｃctcｔｇaagｃｃcactaagｃggｔｃttttattgａgｇａcｃｔｇcｔgｔｔtaa2４6１caaagtgacaｃtggctgaｔgctgｇｃｔttatgａagcagtatggｃgaaｔgｃctｇggcｇaｔat2521taatgcｔａgagaｔctgatttgtgccｃａgａａgtｔcaatgｇｃctgacagtｇcｔgccｔcｃｔｃt25８1gctｇactgatgａt(yī)atgattｇctgcctacactgcｔgctctgｇtgｔctggｃacｔgccａｃｔgc2６41tggatｇgacａt(yī)tｔggcｇcｔｇｇcｇｃtgcｔｃtgcagatcccｔtttgｃtaｔgｃaｇａt(yī)gｇccta2701ｔcggtｔｃaatggcattgｇagtgacccａgaａt(yī)gｔgcｔgtatｇagaaｃcagaagcagａt(yī)ｔgc2761caaｃcａgttｔaacaagｇｃcａｔｔaｇｔｃagａｔtcａggaatｃcctgaｃａacaaｃaｔccaｃtｇc2821cｃtgggｃaａgctｇcａggacｇtgｇtgａaccagaatgctｃａggccctgaaｃacａｃtggtgaａ２881gｃａｇctｇagcａｇｃaａt(yī)ttｔgｇcgccaｔttccagtgtgctgａatgatatcctgtcccｇａct２941gｇataaagtgｇaggccgaagtｇｃaｇaｔtgaｃaggctgatｔacａggcagactgcａgagｃct3001gｃagacctatgtgacacagcagｃtgaｔcagggctgｃｔgａａatｃaggｇctｔcｔｇｃcaatcｔ3061ggｃｔgctacｔａagatgtctgagｔgｔｇｔgctggｇaｃａgtｃcaａgagagtggaｃttｔtgtgg312１aaagggctａｃcacｃｔgaｔgtccttccｃaｃａggctgcccｃtcaｔggagtgｇtgttｃctｇcａ3181ｔgtｇacctatgtgccａｔccｃaｇgａgａggaａcttcaｃcacaｇccｃcagccatttｇｔcatga3２4１aggcaagｇcctacttccctcgggaagｇcgtgｔtcgｔgtｔtaatggcaｃttcｔtgｇtｔtａｔ330１tacacagcggaactｔctｔｔagccｃaｃagaｔcatcacｔａcagａcaatacaｔｔtgtgtccｇg33６1aaattgtgatgtggtｇattggcatcａt(yī)taaｃaａcａcagtgtatｇaｔｃctctgcagｃctgａ3４2１gctggactｃcｔtcaaggaagagctgｇacaagtａcttｃaagaatｃatacaｔcｃccａgatgt3481ggatｃｔgggｃgaｃatttcｃｇｇcaｔtaacgcttctgtggtｇaａcａt(yī)tcagaａggａaattｇa３5４1ccgｃctgaatgａaｇtgｇcｔaagaatctgａaｔgaatｃｃctgattgａcctgcaｇｇaａctｇｇg３601ｃaaｇｔａt(yī)ｇaｇcagtatattaaｇｔggccｔtｇgｔatgｔgtggctｇggctｔcattｇctggａcｔ３６6１ｇattｇcｃatcｇtgatggtgacaatccｔgctgｔgttgcatgaｃctcｃtgttgcａgttgccｔ372１gaagggcgcttgctcttgtｇｇatcｔtｇｃｔgcaagttｔgatgaggａｔgacｔｃtｇagccagｔ3７81ｇctgaagggcgtｇaａｇctgｃattacacagggcｃcggｃgｇｃｇaｃｔacaaｇgaｃgaｔｇａｃgａ3841caagtgatagatcgａt(yī)gcaｔggatｃｃｇtttａａaｃｃgａgｃｔｃｃagctttgｔtcccｔtaＴｈｅspikeprｏｔeｉｎoｆSARS-CorｏnａVｉruｓ在ＳＷISS－PＲOT蛋白質(zhì)序列：ＴheｓpｉkepｒoteｉnofSARＳ-CoronaVｉrｕs在PＤB蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)序列：(３）文獻(xiàn)信息的查找與管理有效地使用NCＢIPubMeｄ提供的各種重要功能,查詢并下載相關(guān)課題或研究方向的論文文摘與文獻(xiàn)全文。查詢ＩnfluenzａAＶirusｅｓ分子進(jìn)化研究方向的文章。（３)NCBI數(shù)據(jù)庫簡介：Nｕｃleoｔｉde該數(shù)據(jù)庫由國際核苷酸序列數(shù)據(jù)庫成員HYPEＲLIＮK"＂＼t"＿bｌanｋ"美國國立衛(wèi)生研究院GenＢaｎｋ、日本DＮＡ數(shù)據(jù)庫(ＤDＢJ）和HＹＰERLINＫ""\ｔ"_blank＂英國HiｎxtｏnHaｌl的歐洲分子生物學(xué)實驗室數(shù)據(jù)庫(ＥMBL)三部分?jǐn)?shù)據(jù)組成。這三個組織聯(lián)合組成國際核苷酸序列數(shù)據(jù)庫協(xié)作體，天天互換各自數(shù)據(jù)庫中的新增序列記錄實現(xiàn)數(shù)據(jù)共享。其中的序列數(shù)據(jù)也通過與HYＰＥRLIＮK""\ｔ"＿blaｎｋ"基因組序列數(shù)據(jù)庫（GＳＤＢ)合作獲取;專利序列數(shù)據(jù)通過與美國專利與商標(biāo)局、國際專利局合作獲取。Ｇｅnoｍｅ即HYPERLIＮＫ"＂\t"_bｌank"基因組數(shù)據(jù)庫，提供了多種基因組、完全染色體、Coｎtigeｄ序列圖譜以及一體化基因物理圖譜。Struｃturｅ即結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫或稱分子模型數(shù)據(jù)庫(MMDB)，包含來自X線晶體學(xué)和三維結(jié)構(gòu)的實驗數(shù)據(jù)。ＭMDB的數(shù)據(jù)從PDB(ProteｉｎDatａBank）獲得。ＮCＢＩ已經(jīng)將結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)交叉鏈接到書目信息、序列數(shù)據(jù)庫和NCＢＩ的Ｔaｘonomy中運用ＮCBI的３D結(jié)構(gòu)瀏覽器和Cn３D，可以很容易地從Eｎｔreｚ獲得分子的分子結(jié)構(gòu)間互相作用的圖像。Ｔaxonｏmy即生物學(xué)門類數(shù)據(jù)庫，可以按生物學(xué)門類進(jìn)行檢索或瀏覽其核苷酸序列、蛋白質(zhì)序列、結(jié)構(gòu)等。ＰopSｅt包含研究一個人群、一個種系發(fā)生或描述人群變化的一組組聯(lián)合序列。PoｐSet既包含核酸序列數(shù)據(jù)又包含蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)。Ｅntrez功能強(qiáng)大，在于它的大多數(shù)記錄可互相鏈接，既可在同一數(shù)據(jù)庫內(nèi)鏈接，也可在數(shù)據(jù)庫之間進(jìn)行鏈接。當(dāng)運用ＢＬAST軟件比較某氨基酸或ＤNA序列與庫中其他氨基酸或ＤNA序列差異即進(jìn)行相似性檢索時，則會涉及到蛋白質(zhì)庫或核苷酸庫的庫內(nèi)鏈接。庫間鏈接發(fā)生在核苷酸數(shù)據(jù)庫內(nèi)的記錄與PuｂＭed庫中已發(fā)表序列的引文間的鏈接，或蛋白質(zhì)序列記錄與核苷酸序列庫中編碼它的核苷酸序列間的鏈接。NCBI數(shù)據(jù)庫檢索NＣBＩ數(shù)據(jù)庫的檢索方法很簡樸,在檢索框中輸入檢索詞，檢索詞間默認(rèn)邏輯關(guān)系為ＡND，檢索規(guī)則基本同PuｂMed。可以通過下拉菜單選擇記錄的顯示格式,通常選擇GenBanｋＲeport格式或FＡSTAReｐort格式。當(dāng)選擇GenＢankRepoｒt格式后,屏幕顯示較完整的基因記錄,其內(nèi)容涉及：基因位點（Locｕs）、基因定義(Ｄefinitｉｏn)、基因存取號(Aｃceｓsion)、核酸編號（NＩD)、關(guān)鍵詞(Kｅyworｄs）、來源(Ｓource)、組織分類(Ｏrganism)、參考文獻(xiàn)（Reｆerｅnce)、著者(Ａuthｏr)、題目（Ｔitle）、期刊Jourｎal）、Medlｉne存取號(Ｍeｄlinｅ）、序列特性（Ｆeａt(yī)ureｓ)、基因（Genｅ)、ＣＤS(ｃDＮA）、等位基因（Alｌele)對等的肽(Mａt(yī)-Peptide）、計算堿基數(shù)（BasｅCｏunt)、原序列(Ｏriｇiｎ)。而FASTARepｏrt格式僅涉及檢出序列的簡要特性描述。OMIMＨYPEＲLINK"＂\t＂＿blaｎk"孟德爾遺傳學(xué)(OMＩM）數(shù)據(jù)庫是人類基因和基因疾病的目錄數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫涉及原文信息、圖片和參考信息，同時還可以鏈接到Enｔrez系統(tǒng)MEDLINE數(shù)據(jù)庫中相關(guān)文獻(xiàn)和序列信息。主頁如圖3所示。ＢLＡST相似性檢索ＢＬAST(BａsicLocaｌAｌignmeｎｔＳearｃhToｏｌ）是用于序列相似性檢索的一個重要數(shù)據(jù)庫，是區(qū)分基因和基因特性的工具。該軟件能在1５秒內(nèi)完畢整個DNA數(shù)據(jù)庫的序列檢索。BLＡST記錄的相關(guān)度有明確的記錄學(xué)解釋,以便更容易地將相關(guān)記錄與的數(shù)據(jù)庫記錄相區(qū)分。在NＣBI主頁的左工具條中,點擊BＬAＳT圖標(biāo),即進(jìn)入BLＡST主頁。BLAST主頁提供了幾種ＢLASＴ檢索軟件。其中BＬAST２.0是一種新的BLAST檢索工具，它在原有基礎(chǔ)上作了改善,運營速度更快,靈敏度更高,同時具有GaｐｐedBLAST和PＳI-BＬAＳT兩種軟件的新功能。GapｐｅdBLAST允許在對準(zhǔn)的序列中引入空位(堿基缺失或插入)，引入空位(Ｇaｐs）意味著在比較兩個相關(guān)序列時不會出現(xiàn)中斷(Ｂreak）現(xiàn)象。這些空位對準(zhǔn)的記分系統(tǒng)更能反映相關(guān)序列的類似限度。ＰＳI－BLＡST的全稱是Poｓiｔiｏn－SｐeｃｉficＩｔeraｔedBALST,即特殊位置反復(fù)BLAST，它提供了自動、易用的概貌(Ｐrofile）檢索，是查找序列同源的有效工具。實驗規(guī)定:(1)以其中的一個信息中心網(wǎng)站為例，列舉其中的重要資源(數(shù)據(jù)庫、網(wǎng)上分析、生物計算、數(shù)據(jù)下載等）。（2）可以解釋給定序列或基因組數(shù)據(jù)的含義。（3）檢索文獻(xiàn)的技巧和效率。實驗二序列多重比對及進(jìn)化分析實驗?zāi)康?學(xué)習(xí)序列比對工具BLASＴ以及CluｓtalW等的使用,可以對序列數(shù)據(jù)進(jìn)行初步的分析。掌握基于DNA序列和蛋白質(zhì)序列構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹的常用方法和常用工具。實驗內(nèi)容：在GeｎeBank數(shù)據(jù)庫中，檢索1０條輪狀病毒（Homｏsapieｎｓ,Rotavirus）VP７基因的ＤNＡ序列,并使用CLUSTALW軟件對序列進(jìn)行多重序列比對;檢索結(jié)果詳見電子稿附件:VP7.tｘt文獻(xiàn)多重序列比對結(jié)果詳見電子稿附件：VＰ7.alｎ文獻(xiàn)在GeneBanｋ數(shù)據(jù)庫中檢索１0條SARS病毒Sｐｉke蛋白的氨基酸序列,使用ＣLUSTＡLX軟件對這十條序列進(jìn)行多重序列比對；檢索結(jié)果詳見電子稿附件：SpikｅSＡRS.txt文獻(xiàn)多重序列比對結(jié)果詳見電子稿附件：SｐiｋeＳARＳ.aln文獻(xiàn)使用CｌusｔalＷ軟件或其他軟件包構(gòu)建上述DＮA分子系統(tǒng)發(fā)生樹。實驗規(guī)定：提交使用CLUSTALX及PＨYLIＰ軟件進(jìn)行多重序列比對及構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹的結(jié)果;VP7ｏｕttｒee:SpikeｏfＳAＲSouｔtree：總結(jié)多重序列比對及構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹的關(guān)鍵事項。選擇合適的比對算法，構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹時適當(dāng)選擇獨立關(guān)系的分支序列。實驗三蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析及結(jié)構(gòu)預(yù)測實驗?zāi)康?1、掌握蛋白質(zhì)序列檢索的操作方法;2、熟悉蛋白質(zhì)基本性質(zhì)分析;3、了解蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測。5.學(xué)會運用結(jié)構(gòu)瀏覽軟件對生物大分子的結(jié)構(gòu)進(jìn)行觀測。實驗內(nèi)容:使用Entrｅｚ或SRS信息查詢系統(tǒng)檢索水通道（Aquａpｏｒin-１,ＡQP1)蛋白質(zhì)序列。>ｇi|571639４９|ref|NP_.1|aquａpoｒiｎ－1[Oｖiｓaries]MASEFKKKLFWRＡVVＡEFLAＭILＦIFISIGSALGFHYPIKSＮＱTＴGＡVQDNＶＫＶSLＡFGLSIATＬAQＳVGHＩSＧＡHＬN(yùn)ＰAVTLＧＬLLＳＣQIＳILRAIMYＩIAQＣVGAIVAＴVILSＧＩTSＳＬPＤNSLGLNALAPGVＮSGQＧLGIＥＩＩGTLＱLVＬＣVLＡTTＤRRRRRＤLGDSＧPLAIＧFSＶALGHLLAIDＹTGＣGINＰARＳＦGSSVIＴＨNＦQDHWＩFWVＧPFＩGAALＡVLIYDFILAPＲSSDLTDRVＫＶＷTSGQVEEＹDLＤADDＩNSRVEMKPK給出實例了解生物大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫ＰＤＢ中的記錄方式,看懂記錄中的內(nèi)容并會運用Rａsmol軟件觀測蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)。ＰDB文獻(xiàn)1ＩH5．ｐdｂ的記錄方式分析見附錄。下圖為在Ｒａsｍaｌ軟件中觀測的結(jié)果：球棒模型三維圖含標(biāo)注的分組絲帶模型使用BioEdiｔ軟件對上述蛋白質(zhì)序列進(jìn)行分子質(zhì)量、氨基酸組成、和疏水性等基本性質(zhì)分析。分子質(zhì)量與氨基酸組成：疏水性分析：使用PSIPＲＥDｗｅbsｅrver(ＨＹPERLIＮK""）對水通道蛋白質(zhì)序列進(jìn)行二級結(jié)構(gòu)預(yù)測。同時上uｎiproｔ數(shù)據(jù)庫查看水通道蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)，并做對比。在線分析：Uｎｉpｒｏt與ＰDB數(shù)據(jù)庫:預(yù)測結(jié)果與數(shù)據(jù)庫結(jié)果基本一致。實驗規(guī)定:提交使用上述軟件對人水通道蛋白質(zhì)序列進(jìn)行基本性質(zhì)分析、結(jié)構(gòu)分析以及二級結(jié)構(gòu)和三維結(jié)構(gòu)的分析結(jié)果；見上圖。實驗四核酸序列分析一.實驗?zāi)康恼莆找阎蛭粗蛄薪邮芴柕暮怂嵝蛄袡z索的基本環(huán)節(jié)；掌握使用BiｏＥｄｉt軟件進(jìn)行核酸序列的基本分析；熟悉共有序列l(wèi)ｏgo圖的使用；熟悉RNＡｆolｄ軟件的使用；三.實驗內(nèi)容1、使用Enｔrez或ＳRＳ信息查詢系統(tǒng)檢索人瘦素(leｐｔin）的mＲNＡ、基因組DＮA、外顯子等核酸序列,連接提取該序列內(nèi)容，閱讀序列格式的解釋,理解其含義；２、使用ＢioEdiｔ軟件對上述核酸序列進(jìn)行分子質(zhì)量、堿基組成、堿基分布、序列變換等基本分析,并從ＢiｏEｄiｔ軟件的“heｌp”欄了解該軟件的其它功能；3.使用weｂlｏgｏ方法(HYPERLＩNK＂＂)對多序列比對結(jié)果構(gòu)建共有序列進(jìn)行可視化表達(dá)。4.使用RNAfold（HYPＥＲLIＮK＂"）,對miｃｒoRNA前體的二級結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測。四.實驗方法１、調(diào)用Intｅrnet瀏覽器，并在其地址欄輸入Eｎtreｚ網(wǎng)址:HYPEＲLIＮK＂＂\ｔ"_parenｔ"；2、在輸入欄輸入ｈｏｍosaｐｉｅnsｌeptiｎ;將檢索的核酸序列輸入BiｏEdiｔ軟件進(jìn)行序列基本分析;3、對如下的多序列進(jìn)行共有序列的分析:>１90８2＿AF１15３99tｔctctｇaaatatgaatttagＡＣTＧGTACTTAＴCATGGAG>45３28_AB00０38１gccｔgctttctcccｃtcｔｃagGＧＡＣTＴＡCＡＧTTTGAGＡTG>45328＿AＢ0003８1ｃattgctgｃttcｔtｔttttagGCＡTAAATTCTCＧTＧAＡCＴ>４5３３０_AB0015１７aacttcｃtｇtgtgttttgcagACＡGＣTGGATＡGAＡAACGA>45331_AB001５１7acaatｔttgttｔｔcｔtcacagTTTTCAAＡＴTTGCTGGGTA>45331＿AB001５17tgtggｔtｔｔｔgtctｔtａt(yī)cagCＡＡCＡＡＡＴＣＴＧACACGCTG>4５331_AB００１517gtｇacctｃｔ