轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的動(dòng)態(tài)挖掘

112omicshare3omicsmartCONTENTS21.為什么要干實(shí)驗(yàn)（生物信息優(yōu)化參數(shù)，算探索數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分

濕實(shí)驗(yàn)（生物實(shí)驗(yàn)摸索實(shí)驗(yàn)條生物信息如同功能實(shí)達(dá)到最優(yōu)的結(jié)3（a）實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)備：方案設(shè)計(jì)（決定樣本么？4）研究方法的選2）實(shí)驗(yàn)參數(shù)的（b）實(shí)驗(yàn)執(zhí)行：方）研究方法的選2）實(shí)驗(yàn)參數(shù)的（c）實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)解5干實(shí)

6整 局 1）1）找到規(guī)律，篩選生物學(xué)預(yù)期的規(guī)2）縮小范圍，鎖定目7112omicshare3omicsmartCONTENTS8

目 掘

9轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘涉及的問(wèn)12、目 Data 潛在原因異常/離群潛在原因異常/離群樣本存優(yōu)化方前期實(shí)驗(yàn)進(jìn)行樣本篩增加樣本自由篩選樣本進(jìn)行分2X的差異其實(shí)是經(jīng)驗(yàn)值，可以視情況修改為1.5X，或4X。例如，miRNA導(dǎo)致的靶表達(dá)改變通常比較微弱，1.5X的FDR<0.05也是經(jīng)驗(yàn)值，視除了FDR之外，也可以考慮用值進(jìn)行篩

結(jié)合多組不同的數(shù)據(jù)，進(jìn)一步縮小范圍（維恩針對(duì)不同的基進(jìn)行結(jié) 功能注釋和 ，鎖定目標(biāo)

研究藥物對(duì)小鼠的影樣藥物處藥物處理藥物處理小研究耐寒牛油果品種耐寒機(jī)品對(duì)低溫處耐寒牛油果不耐寒牛油果A1-vs-??B1-vs- 112omicshare3omicsmartCONTENTS 解決方樣本剔操作方新建樣

解決方調(diào)整閾操作方差異分

解決方多方法綜操作方維恩圖分趨勢(shì)分目 集分

解決方動(dòng)態(tài)圖形整操作方勾選需要圖的信顏色、字調(diào)整合作單位：中山大學(xué)，周 ：Environmentalscience&研究 水平，不同處理時(shí)、不同品（系）脅應(yīng)答應(yīng)的差。研究?jī)煞N品系對(duì)鎘吸研究（12.5um鎘脅迫40d小白菜根組織處理時(shí)LAJK（低鎘累積HAJS（高鎘累積

因因理差異差異分析和趨勢(shì)分 上 重點(diǎn)上 重點(diǎn)討控模塊中通模塊中通路 討目標(biāo)趨勢(shì)討品系間進(jìn)行韋恩圖分品系間進(jìn)行韋恩圖分 前期實(shí)驗(yàn)中，作者通過(guò)對(duì)兩種品系小白菜受Cd刺激后，連續(xù)根部Cd濃度檢測(cè)，發(fā)現(xiàn)兩種品系Cd處理組（T0）、Cd處理3h后（T3）、Cd處理24h后二、差異分理間的差 結(jié)果顯示，兩種品系間的DEGs數(shù)量差異顯著HAJS品系中的差 數(shù)量都顯著高于LAJK品系 獲得DEGs后，分別對(duì)各品系內(nèi)所有的DEGs進(jìn)行趨勢(shì)分析，各得到種Cd應(yīng)答過(guò)程中的顯著 而LAJK則在處理后24h才達(dá)到表兩個(gè)品系在趨勢(shì)分析中的差 數(shù)量相似，表明LAJK響應(yīng)鎘脅迫的錄調(diào)控要比HAJS 隨后作者又分別對(duì)不同品系各顯著趨勢(shì)中的DEGs進(jìn)行GO profile5（對(duì)逆境的短期應(yīng)答profile6（長(zhǎng)期的應(yīng)答反應(yīng)等term，也是和細(xì)胞壁合成相關(guān)。

profile4（profile7（持續(xù)應(yīng)答提升 素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等term得出結(jié)論 可能響應(yīng)鎘脅迫，因此專(zhuān)門(mén)對(duì)T0vsT3的上調(diào)的 結(jié)果顯示：LAJKGO富集 term很（尤其是與抗壓相關(guān)的term）結(jié)果表明，在最初階段，HAJS的轉(zhuǎn)錄水平對(duì)Cd壓力的反應(yīng)變化更活躍（profile5結(jié)論一致） 在T24中，Cd-響應(yīng)的轉(zhuǎn)錄變化LAJK比HAJS更明顯，LAJK在晚期答 （PS：這部 可以單獨(dú)挑出進(jìn)行展示）LAJK早期應(yīng)激反 的較慢激活被認(rèn)為與LAJK的Cd積累延遲有關(guān)七.特定類(lèi) T3時(shí)，對(duì)淀粉代謝的兩個(gè)關(guān)鍵酶進(jìn)行討論，推測(cè)淀粉酶的高表達(dá)可能在抗性中扮演重要角色。并且提及在白楊中也有發(fā)現(xiàn)類(lèi)似現(xiàn)象T24時(shí)，類(lèi)苯基丙烷代謝通路 上調(diào)（也和細(xì)胞壁合成相關(guān)），并且擬南芥中也有類(lèi)似現(xiàn)象

從差異趨勢(shì)中，找出差異的pathwayGOterm，證明 分別對(duì)兩品系內(nèi)不同處理間的結(jié)果進(jìn)行差異分PS：除了差異分析外，還可以進(jìn)行趨勢(shì)分析和韋恩圖分析 選擇查看任務(wù)記錄——位置：差異分析→啟動(dòng)新的差異步驟：選擇樣品關(guān)系單→設(shè)定差異參數(shù)→開(kāi)始分析（兩步）?。》謩e對(duì)各品系內(nèi)所有的DEGs在差異分析和高級(jí)功可 比較組 集進(jìn)行分析 （數(shù)據(jù)探索）不同差 查看任務(wù)編號(hào)——HAJS和位置：高級(jí)功能分析→趨勢(shì)分步驟：選擇差異結(jié)果編號(hào)→提交分析（三步對(duì)顯著模塊生 集，用于后續(xù)分析在數(shù)據(jù)探索過(guò)程 集的富集分可直接在做趨勢(shì)分析時(shí)勾選富集分析按鈕分析（耗費(fèi)時(shí)間較久對(duì)兩品系差 、趨勢(shì)各模塊進(jìn)行富集分析可 差異比較組、生成 集進(jìn)行富集分選擇不同前 跳轉(zhuǎn)任務(wù)編號(hào)——T0vsT3、T0vsT24，查看富集分析——總位置：選擇基本功能分析→GO/KEGG富集分步驟：選擇差異結(jié)果→提交分析（三步）可以看出HAJS品系和T0vsT3的差異結(jié)果的數(shù)據(jù)進(jìn)行保存時(shí)，系統(tǒng)自動(dòng)生成3份差異結(jié)果表上 、下 、全部差 ）隨后，可在富集分析功能中針對(duì)特 集進(jìn)行分析 針對(duì)上 、全 集進(jìn)行富集分析，任務(wù)編號(hào)up-all回答三：上 富集程度和全 富集程度不一樣，凸顯出的通路自不一樣，針對(duì)目 集進(jìn)行富集分析，可便于我們快速定位關(guān)鍵通路T0vsT3上 顯著富集結(jié)

T0vsT3全 顯著富集結(jié)跳轉(zhuǎn)任務(wù)編號(hào)——T0vsT3、T0vsT24，查看富集分析——分組詳1.結(jié)果統(tǒng)計(jì)表——可進(jìn)行通路篩選 查找（數(shù)據(jù)探索2.二級(jí)分類(lèi)柱狀圖、顯著性柱狀圖、顯著性氣泡圖—— 心儀圖形、挑選目標(biāo)通路進(jìn)行展示、更 顏色/字體大?。▓D形可視化回答四 圖形的樣式，并進(jìn)行勾選，凸顯目標(biāo)通路對(duì)不同品系間，相同處理?xiàng)l件下 進(jìn)行差異分析，并進(jìn)行功能集分析——HT0VSLT0HT3VSLT3HT24VS 錄：allGO 作者在文章多次提及鎘脅迫相 的表達(dá)模式在擬南芥、白楊等物中也有所發(fā)現(xiàn)，然而并未針對(duì)這 進(jìn)一步展開(kāi)分析回答五 報(bào)告可以針對(duì)目 進(jìn)行blast分析 目 位置：高級(jí)功能分析→blast分步驟 或上傳需要比對(duì) 序列→開(kāi)始blast（一步）點(diǎn)擊blast分析結(jié)果，查看MYB的同 可對(duì)結(jié)果進(jìn)行閾值篩選，并對(duì)比對(duì) 生 集，進(jìn)一步展開(kāi)論從差異趨勢(shì)中，找出差異的pathwayGOterm，證明 分 各個(gè)組成部分的特?cái)?shù)挖

定制化生物信息服數(shù)據(jù)挖掘培訓(xùn) 不同類(lèi)型轉(zhuǎn)座子 的DNA甲基化分布規(guī)

抑 表 如何展示pvalue分布甚至組學(xué)數(shù)據(jù)之外的問(wèn)題，我們也處定制化生物信息服數(shù)據(jù)挖掘培訓(xùn)

其 《微生物數(shù)據(jù)挖掘培訓(xùn)《Origin