DB32T 4007-2021腫瘤高通量基因測序技術規(guī)范

ICS3.100C0江蘇省地DB32方標準DBT4007—2021icalregulationofnextgenerationgenesequencingfortumors江蘇省市場監(jiān)督管理局發(fā)布 前言BT江蘇省衛(wèi)生健康委員會提出。蘇省衛(wèi)生標準化技術委員會歸口。腫瘤高通量基因測序技術規(guī)范價。用于腫瘤患者的高通量基因測序檢測。范性引用文件，僅該日期對應的版本適用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本(包括所有的修改版)適用于本GB489實驗室生物安全通用要求GBT0989高通量基因測序技術規(guī)程衛(wèi)辦醫(yī)政發(fā)〔2010〕194號276號監(jiān)管總局令第4號ISO189醫(yī)學實驗室質(zhì)量和能力的專用要求定義nextgenerationgenesequencingNGSMbary量throughputofgenesequencing單次測序可獲得序列信息的基因片段數(shù)量或可測定的脫氧核糖核酸和核糖核酸(以堿基表示)的數(shù)alidthroughput量合格的基因片段數(shù)或堿基數(shù)。accuracyofgenesequencing已知序列的基因進行測序，計算正確的堿基數(shù)占可識別的堿基數(shù)比例。depthofsequencingqualityofbasecalling4適用人群、指標要求及條件4.1適用人群4.2測序設備使用條件4.3實驗室要求4.3.1資質(zhì)要求.3.2設置要求4.3.2.2區(qū)域分區(qū)可分為：樣本前處理區(qū)、試劑儲存和準備區(qū)、樣本制備區(qū)、文庫制備區(qū)、雜交捕獲區(qū)／多重PCR區(qū)域(第一擴增區(qū))、文庫擴增區(qū)(第二擴增區(qū))、文庫檢測與質(zhì)控區(qū)、測序區(qū)、數(shù)據(jù)存4.4設備試劑要求R測標本的數(shù)量相匹配。4.4.2檢測實驗室應該做好儀器設備維護及保養(yǎng)，建立儀器設備標簽管理、檔案管理，按設備要求定維護管理。4.4.3開展高通量基因測序的診斷機構(gòu)和醫(yī)院需嚴格按照《醫(yī)療器械監(jiān)督管理條例》和《醫(yī)療器械注CFDA量基因測序工作。4.4.4涉及實驗室自配試劑(LDT)，需有嚴格的試劑制備標準操作規(guī)程(SOP)，需經(jīng)過臨床實驗LDT同樣本類型的性能驗證的指標包括:精密度(批內(nèi)、批間)、斷靈敏度、臨床診斷特異性。4.5檢測項目管控變(singlenucleotidevariant，SNV)、小片段插入或者缺失(ins，del)、基因拷貝數(shù)變異(copynumber新鮮組織、全血、胸水等)。4.6人員要求4.6.1高通量測序檢測技術人員需具備臨床病理學、分子生物學的相關專業(yè)大專以上學歷，需接受省計生行政部門組織的高通量基因測序技術培訓，或者省級衛(wèi)生計生行政部門頒發(fā)的培訓合格證4.6.2數(shù)據(jù)分析人員需具有臨床醫(yī)學、分子生物學或遺傳學知識背景并經(jīng)生物信息學培訓。4.6.3實驗室需依照《醫(yī)學實驗室質(zhì)量和能力的專用要求》(ISO15189)進行內(nèi)部人員周期性培訓和測序流程5.1測序前準備5.1.1醫(yī)師須自覺維護患者的權利，尊重患者的知情同意權和選擇權，保護患者隱私。5.1.2全面客觀宣教高通量測序在腫瘤中的應用價值，優(yōu)缺點及可供選擇的高通量測序方案等。a假陽性率。c局限性。.2標本采集.2.1樣本類型5.2.1.1新鮮組織比例應≤10%，相關的病理檢測結(jié)果冷凍，-80℃低溫保存，干冰運輸。2.1.2石蠟組織/切片組織10%中性福爾馬林固定手術標本，按病理學操作規(guī)范進行取材。5~10張石蠟包埋標本切片，厚度為5μm~10μm，用載玻片片盒或者離心管保存，常溫保存、運輸。其中一片進行HE染色，確認腫量?；顧z材料的固定時間一般是24小時以內(nèi)。5.2.1.3體液5.2.1.4外周血采集外周血提取血漿游離DNA進行檢測，取樣時需使用一次性密閉EDTA抗凝真空采血管，采集如外周血需長時間運輸，建議用商品化的游離DNA樣本保存管，在常溫條件下，cfDNA在全血中可穩(wěn)2.2采樣質(zhì)量評價5.2.2.1評價內(nèi)容求進行處理與運輸。5.2.2.2評價方法眼觀察、顯微鏡下觀察和濃度分析等。E.2.3樣本采集中的防污染5.2.3.1樣本采集需采用一次性材料。5.2.3.2采集中需注意防止污染，防止混入操作者的毛發(fā)、表皮細胞、痰液等。.2.4樣本運送和保存5.2.4.1采用唯一編號對樣本進行編號。該編號應當與檢測報告中的樣本編號一致?；蛩賰龊?，置干冰中運送。.2.5樣本提取5.2.5.1新鮮和凍存的手術組織樣本5.2.5.2活檢樣本能提取石蠟包埋組織微量DNA的試劑盒。鹽提取結(jié)合酚-氯仿抽提，石蠟樣本或活檢樣本可使用商品化RNA提取試劑盒。細胞或組織的徹2.6核酸純度評價電泳將樣本的核酸提取物與核酸標準品比較測定；a)DNA濃度控制在50ng/ul~100ng/ul，總量20μg~40μg或以上；A260/280在1.8~2.0g.3測序流程.3.1文庫制備.3.2測序儀上機檢測5.3.2.1測序主要有檢測氫離子釋放和熒光信號兩大技術平臺。測內(nèi)容、設定參數(shù)等信息，按儀器操作流程進行測序。5.4生物信息分析報告的要求。5.5檢測報告內(nèi)容5.1檢測報告內(nèi)容a患者姓名、年齡、住院號、病區(qū)床號、送檢單位及送檢日期、臨床診斷等基本信息。b)樣本編號、樣本種類、采樣日期和接收日期、樣本處理過程。c目、檢測方法、檢測設備、檢測結(jié)果及報告版本號。.5.2突變位點命名基因突變命名5.5.2.1.1人類基因組突變學會(HGVS)已建立系統(tǒng)的基因突變命名方法。具體基因突變命名方法庫中的收錄號以及版本號應在實驗報告中列出。5.5.2.2參考序列5.5.2.2.1序列參考美國國立生物技術信息中心(NCBI)收錄的參考序列編碼。，包括5'以及3'非編碼區(qū)(UTR)。輯DNAACGT腺嘧啶)來RNAac(胞嘧啶)、g(鳥嘌呤)、u(尿嘧啶)進行描述。5.5.2.5蛋白質(zhì)序列變異術語蛋白質(zhì)序列改變通常以單個字母或三個字母(第一個字母大寫)來描述。5.5.2.6錯義突變及無義變異術語，應體密5.5.2.7缺失和插入術語插入。5.5.2.8移碼突變術語5.5.2.9堿基重復序列dup”符號表示。5.5.2.10其他.5.3報告臨床意義的解讀和批注AFDACFDA診療指南有明確診斷/治療告中注釋該變異位點的臨床診斷/治療/預后意義的權威指南來源。D應對檢測過5.6檢測報告的審核發(fā)放.6.1規(guī)定相關檢測報告的周期；5.6.2最終報告應由具備高級職稱人員審核；5.6.3檢測報告應當以書面報告形式告知受檢者，應通知受檢者或其家屬獲取該報告的地點和時間。5.7資料與標本的保存基因測序患者相關資料以及相關的數(shù)據(jù)信息均應當在醫(yī)療機構(gòu)保存3年以上。5.7.2實驗室應當建立完整質(zhì)量文件體系，包括質(zhì)量手冊、程序文件及標準操作程序(SOP)文件體檢測各環(huán)節(jié)的標準、有序進行，確保檢測結(jié)果的真實性、準確性和可重復性。評價質(zhì)控品的使用管理應該包括陰性質(zhì)控品、陽性質(zhì)控品及空白對照。.1.2若無適用于高通量測序檢測的第三方商業(yè)化陰陽性質(zhì)控品，各實驗室可在遵循法律法規(guī)的要求室內(nèi)質(zhì)量控制一般室內(nèi)質(zhì)量控制要求定期針對檢驗質(zhì)量的內(nèi)部評價