全基因組表達譜基因芯片技術(shù)服務(wù)

全基因組表達譜基因芯片技術(shù)服務(wù)康成生物為您提供全基因組表達譜芯片技術(shù)服務(wù)，您只需要提供保存完好的組織或細胞標本，康成的芯片技術(shù)服務(wù)人員就可為您完成全部實驗操作，并提供完整的實驗報告。根據(jù)您的需要您可選擇不同廠家提供的全基因組表達譜芯片，包括Roche-NimbleGen和Agilent。Roche-NimbleGen全基因組表達譜芯片*無膜芯片合成技術(shù)NimbleGen表達譜芯片采用無膜芯片合成技術(shù)，使基因芯片制作從數(shù)月縮短到數(shù)小時，為客戶提供最新的芯片設(shè)計、高重復(fù)性的芯片制作和高可信度的統(tǒng)計結(jié)果。*唯一將長探針與單轉(zhuǎn)錄本多探針設(shè)計相結(jié)合的表達譜芯片平臺對于基因表達分析，長寡核苷酸探針（60mer）可以提供更高的信噪比、靈敏度、專一性和辨別能力；同時，NimbleGen的超高密度芯片（2.1M）使每個基因可通過多個獨立的探針得到結(jié)果，針對單個轉(zhuǎn)錄本的多個探針的平均信號增加了統(tǒng)計的可靠性，降低了探針表現(xiàn)不穩(wěn)定對芯片結(jié)果的影響，增加信號準確性。*高密度、高通量分析、節(jié)約成本NimbleGen提供每張片子含135,000個探針的12X135K表達譜芯片，每張芯片上的單個基因設(shè)計了3-5個探針，提高了芯片檢測的準確性，平均數(shù)據(jù)有更可靠的統(tǒng)計學(xué)意義。*至今，在國際頂級期刊上，已有很多利用NimbleGen表達譜芯片技術(shù)發(fā)表的高質(zhì)量文章。InducedPluripotentStemCellLinesDerivedfromHumanSomaticCells.ScienceConstraintandturnoverinsex-biasedgeneexpressioninthegenusDrosophilaNatureFunctionaldemarcationofactiveandsilentchromatindomainsinhumanHOXlocibynoncodingRNAsCell更多文獻請參考NimbleGen公司網(wǎng)站：/products/pubs/publist.xml芯片名稱CAT.No.種屬格式基因數(shù)Probe/targetDatabasesourceHomosapiensArrayA6484-00-01人12X135K440493NCBIHG18,Build36Musmusculusv2ArrayA6485-00-02小鼠12X135K441703NCBIMM9RattusnorvegicusArrayA6486-00-01大鼠12X135K264195EnsemblRGSC3.4Roche-NimbleGen還提供擬南芥、線蟲、果蠅、釀酒酵母及原核生物等多類物種的表達譜芯片。其中原核生物芯片種類最為廣泛，有三百余種供選擇。Agilent全基因組表達譜芯片Agilent公司的原位噴墨專利技術(shù)（SurePrint）可以靈活地、大規(guī)模地原位合成60mer的寡核苷酸探針，每個探針的設(shè)計都要經(jīng)過反復(fù)試驗篩選優(yōu)化。2006年美國FDA發(fā)表的現(xiàn)主流芯片平臺評估報告MAQC中，Agilentarray的結(jié)果與Taqmanarray結(jié)果的重復(fù)性最高，在國際論文期刊上，也有很多利用Agilentarray平臺發(fā)表的高質(zhì)量文章。AgilentDesignIDArrayformatGenescoverageDatabasesourceWholeGoldenpath,Ensembl,Unigene,human148504x44K~41,000HumanGenome(Build33),genomeRefseq,GebBankwholeUSCmRNAknowngenes,Natl.mouse148684x44K~41,000InstituteonAging,Genbank,genomeUnigene,Refseq,Ensembl,RIKENwholeEnsembl,UCSCGoldenpath,rat148794x44K~41,000Unigene,Refseq,Genbankgenome康成生物提供的全基因組表達譜芯片主要實驗流程樣品RNA抽提實驗對象為組織樣品，取適量（50-100mg）新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品，使用BioPulverizerTM冰凍粉碎組織，加1ml的RNA抽提試劑TRIzol（Invitrogen），使用Mini-Bead-Beater-16勻漿后抽提RNA。實驗對象為細胞樣品，每份樣品取1X106?1X107細胞，加1ml的RNA抽提試劑TRIzol（樣品為貼壁細胞，每10cm2培養(yǎng)皿TRIzol使用量為1ml），裂解后抽提RNA。RNA質(zhì)量檢測使用Nanodrop測定RNA在分光光度計260nm、280nm和230nm的吸收值，以計算濃度并評估純度。用甲醛電泳試劑進行變性瓊脂糖凝膠電泳，檢測RNA純度及完整性。提供RNAQC報告。注意：用于芯片檢測的RNA樣品，必須是高質(zhì)量的，完整的，沒有RNase污染（降解的樣品不能用于標記和芯片檢測），沒有基因組污染。cDNA/aRNA樣品合成和標記標記效率質(zhì)量檢測使用Nanodrop檢測熒光標記效率，標記效率合格以保證后續(xù)芯片實驗結(jié)果的可靠性。芯片雜交在標準條件下將標記好的探針和高密度基因組芯片進行雜交。圖像采集和數(shù)據(jù)分析使用GenePix4000B芯片掃描儀掃描芯片的熒光強度，并將實驗結(jié)果轉(zhuǎn)換成數(shù)字型數(shù)據(jù)保存，使用配套軟件對原始數(shù)據(jù)進行分析運算。提供實驗報告包括詳細的實驗方法以及芯片實驗數(shù)據(jù)和圖表，以雙色標記實驗為例：ScanningImage:Cy3、Cy5熒光掃描圖像；ScatterPlot:散點圖，X軸為Control(Cy3)數(shù)據(jù)值，Y軸為Exp(Cy5)數(shù)據(jù)值，表示芯片上兩通道數(shù)據(jù)總體分布集中趨勢；MA-plot:MA圖，X軸為A值[log(Exp)+log(Control)]/2，代表點的整體信號強度，Y軸為M值log(Exp)-log2(Control)表示點的兩通道信號差，可由MA圖觀察芯片數(shù)據(jù)是否存在強度依賴的系統(tǒng)偏移以及信號差異點的比例；RawData:探針的掃描熒光信號強度原始數(shù)據(jù)；NormalizedRatio:原始數(shù)據(jù)經(jīng)過統(tǒng)計學(xué)方法標準化后的比值的對數(shù)，log(E