基因檢測(cè)案例16

視網(wǎng)膜色素變性RPGR基因ORF15檢測(cè)基因檢測(cè)過(guò)程中，數(shù)據(jù)解讀是很重要的一個(gè)環(huán)節(jié)。如果對(duì)疾病了解不清楚，或者對(duì)數(shù)據(jù)不敏感，很有可能會(huì)漏檢。后續(xù)我們會(huì)為大家介紹解讀過(guò)程中遇到的各種坑兒。今天為大家?guī)?lái)的是一個(gè)視網(wǎng)膜色素變性RPGR基因ORF15的檢測(cè)案例。視網(wǎng)膜色素變性簡(jiǎn)介視網(wǎng)膜色素變性(retinitispigmentosa，RP)是一組以感光細(xì)胞和色素上皮細(xì)胞進(jìn)行性選擇性喪失為特點(diǎn)的遺傳致盲眼病，世界范圍內(nèi)發(fā)病率為1/3000，是致盲的主要病因之一，目前無(wú)有效療法。該病早期癥狀為夜盲，隨病程發(fā)展，中心視力逐漸減退，最終可完全失明。RP可以在眼部單獨(dú)存在，也可以是全身多個(gè)系統(tǒng)疾病或綜合征的眼部組成部分。RP可呈常染色體顯性遺傳、常染色體隱性遺傳、X連鎖遺傳、線粒體遺傳和雙基因遺傳。在所有RP患者中，常染色體顯性遺傳占15-25%，常染色體隱性遺傳占5-22%，X連鎖遺傳占5-15%。RPGR是X連鎖視網(wǎng)膜色素變性的主要致病基因，外顯子ORF15具有復(fù)雜結(jié)構(gòu)在各類遺傳型的RP患者中，X連鎖視網(wǎng)膜色素變性(X-linkedretinitispigmentosa，XLRP)臨床表現(xiàn)最為嚴(yán)重，患者發(fā)病早，通常在20歲之前出現(xiàn)夜盲等視覺(jué)障礙，在40歲之前可進(jìn)展為部分或完全失明。RPGR是XLRP最重要的的致病基因，能解釋XLRP70%-75%的病因［參考文獻(xiàn)1］。RPGR又稱為視網(wǎng)膜色素變性GTP酶調(diào)控因子(retinitispigmentosaGTPaseregulator)，位于Xp21.1。該基因有多種剪切體，最初發(fā)現(xiàn)的剪切體A含有19個(gè)外顯子，編碼815個(gè)氨基酸的蛋白。檢測(cè)該轉(zhuǎn)錄本上的變異，能夠找到10-20%的XLRP患者的致病變異。后來(lái)剪切體C的發(fā)現(xiàn)是RPGR研究的一個(gè)重要的里程碑，該轉(zhuǎn)錄本含有15個(gè)外顯子，編碼1152個(gè)氨基酸。該轉(zhuǎn)錄本含有一個(gè)新的外顯子ORF15，它是由原來(lái)的Exon15及一部分Intron15序列組合構(gòu)成。研究表明，60%左右的XLRP致病突變發(fā)生在該區(qū)域。RPGR基因剪接體C的ORF15區(qū)雖然是一個(gè)重要的突變熱點(diǎn)，但是對(duì)該區(qū)域的檢測(cè)并不容易。原因在于該區(qū)域含有大量嘌吟重復(fù)序列，編碼富含谷氨酸的氨基酸序列。二代高通量測(cè)序?qū)υ搮^(qū)域的捕獲存在局限性，如果不了解這一點(diǎn)，在數(shù)據(jù)解讀時(shí)僅分析二代數(shù)據(jù)，很可能會(huì)造成漏檢。建議對(duì)XLRP的所有男性患者，加測(cè)RPGR基因ORF15的sanger測(cè)序。4.案例分析：臨床印象：患者，男，10歲。臨床診斷為RP，家族中多位男性患病，符合X連鎖遺傳(詳見(jiàn)以下家系圖)。檢測(cè)項(xiàng)目：眼科遺傳病基因檢測(cè)(441個(gè)基因)方法說(shuō)明：從受檢者外周血中提取基因組DNA，構(gòu)建基因組文庫(kù)，通過(guò)探針雜交捕獲相關(guān)的目的基因外顯子及相鄰內(nèi)含子部分區(qū)域，進(jìn)行富集。富集的目的基因片段基于NovaSeq6000技術(shù)測(cè)序平臺(tái)測(cè)序，對(duì)明確的致病性變異，采用Sanger測(cè)序進(jìn)行驗(yàn)證。檢測(cè)結(jié)果：該病例最初采用二代芯片未檢測(cè)到致病基因，加測(cè)RPGR基因的ORF15sanger測(cè)序之后，檢測(cè)到如下致病變異?；蛎Q基因組位置變異合子類型ACMG變異評(píng)級(jí)遺傳方式變異來(lái)源關(guān)聯(lián)疾病RPGRchrX:3814579638145897CT>-NM_001034853.1：c.2405_2406delAG;p.Glu802Glyfs*32半合子PathogenicX-Linked母源視網(wǎng)膜色素變性3型［MIM:300029］備注：按照美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(huì)（ACMG）制定的遺傳變異分類標(biāo)準(zhǔn)，變異分為以下5種類型，Pathogenic表示致病的變異；Likelypathogenic表示可能致病的變異；Benign表示良性的變異；Likelybenign表示可能良性的變異；Uncertainsignificance表示意義不明確的變異。AD表示常染色體顯性遺傳；AR表示常染色體隱性遺傳；X-linked表示X連鎖遺傳。遺傳解析：RPGR基因變異常引起視網(wǎng)膜色素變性3型（Retinitispigmentosa3），以X-Linked方式遺傳。該病男性患者病情較重，女性攜帶者因?yàn)榇嬖赬染色體隨機(jī)失活現(xiàn)象，表型差異較大，從無(wú)癥狀到表型嚴(yán)重均可能發(fā)生［參考文獻(xiàn)4］。先證者樣本經(jīng)檢測(cè)發(fā)現(xiàn)：RPGRc.2405_2406delAG;p.Glu802Glyfs*32，此變異巳被HGMD數(shù)據(jù)庫(kù)收錄為有害變異［參考文獻(xiàn)1-3］。根據(jù)《ACMG遺傳變異分類標(biāo)準(zhǔn)與指南》，該變異符合“致病性變異”：PVS1+PM2+PS4_Moderate。PVS1：該變異為移碼變異，功能喪失（LOF）為其致病機(jī)制；PM2:該變異在gnomAD、ExAC等多個(gè)正常人群數(shù)據(jù)庫(kù)中的人群頻率均未收錄；PS4_Moderate:中因數(shù)據(jù)庫(kù)中，在6個(gè)男性RP患者檢測(cè)到該變異。遺傳咨詢建議:RPGR關(guān)聯(lián)的視網(wǎng)膜色素變性3型，以X-Linked方式遺傳。本次檢測(cè)先證者和患病的外祖父該變異為半合子，母親和堂姨均為雜合。MRPGRC.2405_2406<1&lAGip.Gln0O2GI2先證者父母：母親為雜合攜帶者。如果父親為野生型，再生育時(shí)，兒子有50%概率患?。ò牒献樱?0%概率不患?。ㄒ吧停Ｅ畠河?0%概率為雜合攜帶者（無(wú)癥狀到癥狀嚴(yán)重均有可能），50%概率為野生型（不患病）。先證者堂姨：先證者堂姨為雜合攜帶者，如果配偶為野生型，再生育時(shí)兒子有50%概率患病（半合子），50%概率不患病（野生型）。女兒有50%概率為雜合攜帶者（無(wú)癥狀到癥狀嚴(yán)重均有可能），50%概率為野生型（不患?。?。先證者：先證者為患者（半合子），將來(lái)生育時(shí)，如果配偶正常（野生型），則兒子均正常（野生型），女兒均為雜合攜帶者（無(wú)癥狀到癥狀嚴(yán)重均有可能）。建議：對(duì)家系中其他成員，尤其是患病成員進(jìn)行該變異位點(diǎn)檢測(cè)。生育之前進(jìn)行遺傳咨詢。金標(biāo)準(zhǔn)檢驗(yàn):RPGRc.2405_2406delAG參考序列CCTCTCCCCTCTGTTTCCTCCT合子類型先證者CCTCTCCCCTGTTTCCTCCT半合子先證者母親CCTCTCCCCTGTGTCTTCCC雜合先證者堂姨CCTCTCCCCTGTGTCTCCTC雜合先證者外祖父CCTCTCCCCTGTTTCCTCCT半合子參考文獻(xiàn)：VervoortR,LennonA,BirdAC,etal.MutationalhotspotwithinanewRPGRexoninX-linkedretinitispigmentosa.NatGenet.2000,25(4):462-6.[PMID:10932196].JiY,WangJ,XiaoX，etal.MutationsinRPGRandRP2ofChinesepatientswithX-linkedretinitispigmentosa.CurrEyeRes.2010，35(1):73-9.[PMID:20021257].ThiadensAA1,PhanTM,Zekveld-VroonRC,etal.Clinicalcourse,geneticetiology,andvisualoutcomeinconeandcone-roddystrophy.Ophthalmology.2012,119(4):819