豬基因組選擇育種技術(shù)規(guī)程

豬基因組選擇育種技術(shù)規(guī)程范圍本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了XX省豬的基因組選擇育種技術(shù)的實(shí)施流程和基本要求。本標(biāo)準(zhǔn)適用于XX省豬的基因組選擇育種，也可為省內(nèi)其他動(dòng)植物育種參考使用。規(guī)范性引用文件下列文件對(duì)于本文件的應(yīng)用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，僅注日期的版本適用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改單）適用于本文件。GB/T31016移動(dòng)實(shí)驗(yàn)室樣品采集與處理通用技術(shù)規(guī)范NY/T1673畜禽微衛(wèi)星DNA遺傳多樣性檢測(cè)技術(shù)規(guī)程GB/T32759瘦肉型豬活體質(zhì)量評(píng)定NY/T2894豬活體背膘厚和眼肌面積的測(cè)定NY/T821豬肌肉品質(zhì)測(cè)定技術(shù)規(guī)范NY/T825瘦肉型豬胴體性狀測(cè)定技術(shù)規(guī)范DB43/T1193沙子嶺豬生產(chǎn)性能測(cè)定技術(shù)規(guī)程N(yùn)Y/T822種豬生產(chǎn)性能測(cè)定規(guī)程GB/T22283長(zhǎng)白豬種豬GB/T22284大約克夏豬種豬GB/T22285杜洛克豬種豬GB23238種豬常溫精液GB/T40184-2021畜禽基因組選擇育種技術(shù)規(guī)程術(shù)語(yǔ)和定義下列術(shù)語(yǔ)和定義適用于本文件。3.1基因組選擇genomicselection利用全基因組均勻分布的XX度單核苷酸多態(tài)性遺傳標(biāo)記，基于全基因組信息，結(jié)合表型記錄和系譜信息估計(jì)或預(yù)測(cè)豬個(gè)體基因組育種值實(shí)現(xiàn)個(gè)體遺傳評(píng)估和選擇的方法。3.2參考群referencepopulation選擇來(lái)自目標(biāo)豬品種核心群、符合品種特征、同時(shí)基因組信息和表型信息記錄完整的個(gè)體，組成參考群，用于估計(jì)標(biāo)記效應(yīng)或遺傳參數(shù)。3.3候選群candidatepopulation由具有基因組信息，沒(méi)有表型記錄或僅具有少量標(biāo)記記錄，需利用參考群信息（部分個(gè)體同時(shí)利用其自身表型信息）預(yù)測(cè)其育種值的個(gè)體構(gòu)成的群體，即初步確定為留種對(duì)象的個(gè)體所組成的群體。3.4遺傳背景geneticbackground研究某一個(gè)或幾個(gè)育種目標(biāo)性狀時(shí)，基因組中與其相關(guān)的基因組區(qū)域之外的DNA組成?；蛐蜋z測(cè)4.1.采樣對(duì)于需進(jìn)行基因分型的個(gè)體采集生物樣本。生物樣本包括血液、新生仔豬尾組織、耳朵、毛發(fā)等可提取DNA的組織，或者公豬精液。樣品采集避免個(gè)體間DNA交叉污染，相關(guān)操作要求參見(jiàn)GB/T31016規(guī)定。4.2DNA提取根據(jù)采集樣品類型，選擇最適DNA提取方法。所提取的DNA樣本應(yīng)符合基因芯片或測(cè)序?qū)悠焚|(zhì)量和數(shù)量的要求。DNA提取和質(zhì)量檢測(cè)方法參見(jiàn)NY/T1673。4.3基因型檢測(cè)方法可采用基因芯片或測(cè)序方式對(duì)所采集的生物樣品進(jìn)行基因分型。參考群建立5.1群體規(guī)模根據(jù)待選豬種的品種和目標(biāo)性狀選擇適度的育種群，要求單一品種不少于1000頭。5.2群體結(jié)構(gòu)宜選擇與候選群具有親緣關(guān)系且具有群體代表性的個(gè)體構(gòu)建參考群。表型測(cè)定瘦肉型豬活體質(zhì)量的測(cè)定按照GB/T32759的要求執(zhí)行。豬活體背膘厚和眼肌面積的測(cè)定按照NY/T2894的規(guī)定進(jìn)行。豬肌肉品質(zhì)測(cè)定的指標(biāo)、方法和條件按照NY/T821的規(guī)定執(zhí)行。瘦肉型豬胴體性狀測(cè)定的方法按照NY/T825的規(guī)定執(zhí)行。XX地方豬沙子嶺豬性能測(cè)定的方法按照DB43/T1193執(zhí)行。種豬生產(chǎn)性能測(cè)定中心的基本測(cè)定條件，受測(cè)豬的選擇，測(cè)定項(xiàng)目、方法及結(jié)果的評(píng)定方法按照NY/T822的要求執(zhí)行。種豬性能要求按照GB/T22283、GB/T22284、GB/T22285、GB23238的要求執(zhí)行?；蚪M育種值預(yù)測(cè)模型構(gòu)建基因組選擇的育種值預(yù)測(cè)方程包括BLUP類方法、貝葉斯方法、機(jī)器學(xué)習(xí)方法等。根據(jù)育種群體所采集的信息、目標(biāo)性狀表型信息的分布和是否具有系譜信息，選取可最大化利用群體信息且育種值估計(jì)準(zhǔn)確性最高的基因組育種值預(yù)測(cè)模型，參考GB/T40184-2021。候選個(gè)體遺傳評(píng)估及選留8.1候選個(gè)體確定根據(jù)育種目標(biāo)，選留體型外貌符合品種特征的個(gè)體，候選個(gè)體應(yīng)盡量和參考群有較近的親緣關(guān)系。8.2基因型測(cè)定按照的要求執(zhí)行。8.3個(gè)體基因組遺傳評(píng)估使用4.4中建立的預(yù)測(cè)模型對(duì)個(gè)體進(jìn)行遺傳評(píng)估。8.5基因組綜合選擇指數(shù)建立針對(duì)育種目標(biāo)，將主選性狀的基因組育種值進(jìn)行加權(quán)累加，構(gòu)建基因組綜合選擇指數(shù)。8.5種用個(gè)體選留基于中估計(jì)的所有個(gè)體的遺傳參數(shù)，選留外形好、健康狀況好、近