小角X射線散射數(shù)據(jù)處理方法課件

SAXS數(shù)據(jù)處理方法

1.FIT2D

2.PRIMUS

3.CRYSOL

4.GNOM

5.DAMIN/GASBOR

6.SASREF

SAXS數(shù)據(jù)處理方法

1第一部分FIT2D使用方法第一部分FIT2D使用方法點(diǎn)擊fit2d.exe，將會(huì)出現(xiàn)圖形界面窗口和DOS界面窗口。DOS界面顯示實(shí)時(shí)運(yùn)行數(shù)據(jù)，程序運(yùn)行過(guò)程中不能關(guān)掉。點(diǎn)擊fit2d.exe，將會(huì)出現(xiàn)圖形界面窗口和DOS界面窗口點(diǎn)擊IACCEPT點(diǎn)擊IACCEPT點(diǎn)擊X-DIMENSION,第一二行均改為2048或其它數(shù)值以使圖像能滿幅顯示為準(zhǔn),三四行默認(rèn)，確認(rèn)后點(diǎn)OK.點(diǎn)擊X-DIMENSION,第一二行均改為2048或其它數(shù)點(diǎn)擊SAXS/GISAXS點(diǎn)擊SAXS/GISAXS點(diǎn)擊INPUT點(diǎn)擊INPUT點(diǎn)擊UPDIR，再點(diǎn)相應(yīng)的盤符和路徑，直至找到數(shù)據(jù)文件目錄。點(diǎn)擊UPDIR，再點(diǎn)相應(yīng)的盤符和路徑，直至找到數(shù)據(jù)文件目錄單擊選定后綴為mccd或者tif的文件單擊選定后綴為mccd或者tif的文件如果選的圖像顯示范圍為2048，則點(diǎn)擊選中樣品后會(huì)出現(xiàn)此窗口，然后點(diǎn)擊OK如果選的圖像顯示范圍為2048，則點(diǎn)擊選點(diǎn)擊ZOOM-IN點(diǎn)擊ZOOM-IN用鼠標(biāo)圍繞圖像畫個(gè)方框，然后左擊鼠標(biāo)即可放大方框內(nèi)圖像。用鼠標(biāo)圍繞圖像畫個(gè)方點(diǎn)擊Z-SCALING點(diǎn)擊Z-SCALING連續(xù)點(diǎn)擊-MAXIMUM調(diào)整圖像亮度及對(duì)比度并放大圖像直至圖像粉紅色內(nèi)環(huán)超過(guò)beamstop（黑色矩形）.連續(xù)點(diǎn)擊-MAXIMUM調(diào)整接下來(lái)確定光斑中心，點(diǎn)擊EXIT后，再點(diǎn)擊BEAMCENTRE接下來(lái)確定光斑中心，點(diǎn)擊EXIT后，再點(diǎn)擊BEAMCENTR點(diǎn)擊CIRCLECOORDINATES點(diǎn)擊CIRCLECOORDINATES用鼠標(biāo)沿粉紅角內(nèi)環(huán)畫4~10個(gè)點(diǎn)然后點(diǎn)此黃色區(qū)域確定用鼠標(biāo)沿粉紅角自動(dòng)顯示出BEAMCENTER具體的BEAMCENTER坐標(biāo)在DOS中顯示自動(dòng)顯示出BEAMCENTER點(diǎn)擊FULL,使圖像滿屏，再點(diǎn)cake，使用扇形積分點(diǎn)擊FULL,使圖像滿屏，再點(diǎn)cake，使用扇形積分在接下來(lái)的界面中點(diǎn)右下角的NOCHANGE后，需要在界面依次點(diǎn)4個(gè)點(diǎn)，完成積分過(guò)程。其中第三個(gè)點(diǎn)較關(guān)鍵，需要點(diǎn)在夾角的白色區(qū)域內(nèi)，同時(shí)不能碰到beamstop.再點(diǎn)INTEGRATE,去選定參數(shù)1234在接下來(lái)的界面中點(diǎn)右下角的NOCHANGE后，需要在界面依出現(xiàn)新界面的第一行和第二行都改為79，第三行樣品到探測(cè)器之間的距離為1640，第四行波長(zhǎng)1.54A，第五六行是BEAMCENTER,最后兩行默認(rèn)一般選0出現(xiàn)新界面的第一行和第二行都改為79，第三行樣品到探測(cè)器之間改后如圖，點(diǎn)擊OK改后如圖，點(diǎn)擊OK新出現(xiàn)的界面中，第一二行角度范圍65~115，三四行內(nèi)徑和外徑50~1280，第五行選Q-SPACE,第七行為得到數(shù)據(jù)一定選1，第八行是點(diǎn)數(shù)（行數(shù)），其他默認(rèn)。除了第七行為1，其他的可以根據(jù)結(jié)果圖調(diào)至滿意值。但這頁(yè)參數(shù)，要保證蛋白樣品和buffer一樣。新出現(xiàn)的界面中，第一二行角度范圍65~115，三四行內(nèi)徑和外盡量得到如圖的單曲線，若出現(xiàn)其他形式的曲線，可能上一頁(yè)參數(shù)值不對(duì)，需要重調(diào)。盡量得到如圖的單曲線，若出現(xiàn)其他形式的曲線，可能上一頁(yè)參數(shù)值點(diǎn)擊EXIT后，點(diǎn)擊OUTPUT,輸出數(shù)據(jù)。點(diǎn)擊EXIT后，點(diǎn)擊OUTPUT,輸出數(shù)據(jù)。點(diǎn)CHIPLOT,將數(shù)據(jù)保存為chi后綴文件，默認(rèn)放在源文件夾里.點(diǎn)CHIPLOT,將數(shù)據(jù)保存為chi后綴文件，默認(rèn)放在源文件完了后不要關(guān)掉，點(diǎn)擊INPUT輸入對(duì)應(yīng)的的buffer或蛋白的mccd文件，直接點(diǎn)擊cake積分（光斑中心一樣）完了后不要關(guān)掉，點(diǎn)擊INPUT輸入對(duì)應(yīng)的的buffer或蛋白點(diǎn)擊INTEGRATE,在如果界面中，將第一第二行都改為79。其他不變。點(diǎn)擊OK后，下一界面不用改動(dòng)，直接OK,輸出CHI文件。點(diǎn)擊INTEGRATE,在如果界面中，將第一第二行都改為79第二部分ATSAS系列軟件第二部分ATSAS系列軟件primus打開(kāi)蛋白和buffer的CHI文件；crysol打開(kāi)已知蛋白PDB和扣除buffer的dat;gnom打開(kāi)扣除buffer后的dat文件；damin打開(kāi)gnom生成的gnom.out文件；sasref打開(kāi)扣除buffer后的dat文件，及crysol生成的alm文件.這部分軟件比較智能化，很多只需按enter。得到CHI文件后，用excel或者primus扣除buffer，這里介紹primus方法。primus打開(kāi)蛋白和buffer的CHI文件；在ATSAS系列軟件中打開(kāi)primus，點(diǎn)擊Tools，出現(xiàn)如下窗口。點(diǎn)#1后面的Select，先選擇蛋白的CHI,點(diǎn)#2后面的Select，再選擇buffer的CHI如果這里打不開(kāi)chi文件，很可能是名字含有中文，只要改成數(shù)字或英文就可以在ATSAS系列軟件中打開(kāi)primus，點(diǎn)擊Tools，出現(xiàn)第一行#1蛋白最后的Multiplier，輸入相應(yīng)buffer的電離室計(jì)數(shù)；第二行buffer輸入蛋白的電離室計(jì)數(shù)，反過(guò)來(lái)。點(diǎn)擊Plot后可以看曲線第一行#1蛋白最后的Multiplier，輸入相應(yīng)buffe點(diǎn)擊Subtract相減后，粉紅色曲線即是扣除buffer后的蛋白樣品.結(jié)果以subtr00.dat自動(dòng)保存在源數(shù)據(jù)文件夾。點(diǎn)擊Subtract相減后，粉紅色曲線即是扣除buffer后啟動(dòng)crysol軟件，按默認(rèn)一直點(diǎn)enter，先輸入已知結(jié)構(gòu)的PDB文件，再輸入扣除buffer后的subtr00.dat啟動(dòng)crysol軟件，按默認(rèn)一直點(diǎn)enter，先輸入已知結(jié)構(gòu)輸入PDB和CHI后，得到擬合曲線，誤差項(xiàng)為1.0539，比之前的處理方法最好的2.4599要小。之后不要直接點(diǎn)叉關(guān)閉，一直點(diǎn)enter，會(huì)生成6個(gè)文件后自動(dòng)關(guān)閉。輸入PDB和CHI后，得到擬合曲線，誤差項(xiàng)為1.0539，比打開(kāi)gnom軟件，輸入扣除buffer后的dat文件，之后大部分用默認(rèn)，按enter，有一個(gè)值要注意打開(kāi)gnom軟件，輸入扣除buffer后的dat文件，之后大出現(xiàn)第一張圖出現(xiàn)第一張圖這一項(xiàng)，根據(jù)蛋白PDB尺寸大小確定，可調(diào)，單位?。gnom會(huì)出現(xiàn)5張圖，以下是例子這一項(xiàng)，根據(jù)蛋白PDB尺寸大小確定，可調(diào)，單位?。小角X射線散射數(shù)據(jù)處理方法ppt課件小角X射線散射數(shù)據(jù)處理方法ppt課件小角X射線散射數(shù)據(jù)處理方法ppt課件小角X射線散射數(shù)據(jù)處理方法ppt課件小角X射線散射數(shù)據(jù)處理方法ppt課件

根據(jù)以上gnom得到的內(nèi)部距離分布函數(shù)P(R)圖，判斷散射體的形狀。從上到下依次為實(shí)心球狀，長(zhǎng)柱狀，圓盤狀，空心球狀，啞鈴狀。根據(jù)以上gnom得到的內(nèi)部距離分布函數(shù)P(R)圖，判斷這是mrjp1四聚體結(jié)果圖，據(jù)此判斷為啞鈴狀。這是mrjp1四聚體結(jié)果圖，據(jù)此打開(kāi)damin，輸入gnom生成的out文件。一直按enter打開(kāi)damin，輸入gnom生成的out文件。一直按ente擬合后的低分辨率原子結(jié)構(gòu)圖，但這只是一開(kāi)始的狀態(tài)，要等它算完，估計(jì)得幾十分鐘，最后在源文件夾里輸出PDB文件擬合后的低分辨率原子結(jié)構(gòu)圖，但這只是一開(kāi)始的狀態(tài)，要等它算完提交次數(shù)取決于需要擬合的pdb的個(gè)數(shù)提交次數(shù)取決于需要擬合的pdb的個(gè)數(shù)提交完pdb后，跳出如圖窗口，需要新建個(gè)連接文件，后綴為cnd提交完pdb后，跳出如圖窗口，需要新建個(gè)連接文件，后綴為cn打開(kāi)cnd文件，比如有3個(gè)pdb要連接第一行表示第一個(gè)pdb的尾部，用00代表，去連接第二個(gè)pdb的頭部，用11代表第二行表示第二個(gè)pdb的尾部，用0