Topos4.0分析拓?fù)浜?jiǎn)單流程-ZIF-8為例

Topos4.0分析拓?fù)浜?jiǎn)單流程---ZIF-8為例打開topos4.0軟件，在database里，點(diǎn)擊“import”出現(xiàn)下面對(duì)話框，找到zif-8.cif文件，點(diǎn)擊“打開”出現(xiàn)下面對(duì)話框：“文件名”輸入任意名字（如zif-8），“打開”，出現(xiàn)確認(rèn)對(duì)話框，點(diǎn)擊“yes”，用戶代碼輸入“1”，點(diǎn)擊“OK”，文件導(dǎo)入完成，可以進(jìn)行分析。首先，運(yùn)行“IsoCryst”，點(diǎn)擊圖標(biāo)，出現(xiàn)新的界面，點(diǎn)擊“Drawstructure”，為便于分析金屬zn原子的配位情況，可以左鍵點(diǎn)擊任一個(gè)金屬Zn原子，此時(shí)，選中的金屬原子為黃色，工具欄中的“showselectiononly”按鈕也由灰色（不可選）變?yōu)辄S色高亮顯示，，點(diǎn)擊，只有該金屬原子顯示在圖中。圖中任意空白處點(diǎn)擊右鍵，取消選擇，金屬原子顏色恢復(fù)，點(diǎn)擊“growingstructure”按鈕，即顯示與該金屬原子配位的所有原子（該示例中均為N原子），Zn為4-配位，4-連接節(jié)點(diǎn)。繼續(xù)點(diǎn)擊，3D結(jié)構(gòu)顯示。同樣地，每個(gè)咪唑配體為2-連接節(jié)點(diǎn)。ZIF-8為高對(duì)稱性結(jié)構(gòu)，每個(gè)金屬原子均為4-配位，4-連接節(jié)點(diǎn)，每個(gè)咪唑?yàn)闃蜻B配體，2-連接節(jié)點(diǎn)。因此，上面的檢查已經(jīng)結(jié)束，可以進(jìn)下一步。第二步，運(yùn)行autoCN，點(diǎn)擊圖標(biāo)，出現(xiàn)對(duì)話框點(diǎn)擊option選項(xiàng)，點(diǎn)擊matrix默認(rèn)選擇的“Spec.Cont.”和“vdWCont”這2項(xiàng)不要，把前面的勾點(diǎn)掉，不選，然后OK。點(diǎn)擊run。第三步，runADS。點(diǎn)擊圖標(biāo)，出現(xiàn)點(diǎn)擊run，“yes”,輸入“1”按下ctrl鍵，同時(shí)左鍵點(diǎn)擊Zn原子，，Zn原子被選中，高亮顯示。點(diǎn)擊“OK”，即可進(jìn)行拓?fù)浣Y(jié)果分析。結(jié)果查看：點(diǎn)擊program，每一步的運(yùn)行結(jié)果均在其中，選則ADS的結(jié)果或者，在存放文件夾下，找到.ado文件可直接打開查看結(jié)果。到此，整個(gè)流程結(jié)束，對(duì)于簡(jiǎn)單結(jié)構(gòu)，基本全部選擇默認(rèn)的（default）選項(xiàng)即可完成。需要注意一下，autoCN中，我們?nèi)∠恕癝pec.Cont.”和“vdWCont”這2項(xiàng)，他們對(duì)應(yīng)的分別是特殊相互作用和范德華相互作用（即弱的相互作用），在對(duì)一些氫鍵網(wǎng)絡(luò)分析拓?fù)鋾r(shí)需要用到。而且，這種情況下，沒辦法畫出最后的拓?fù)鋱D，我們沒有生成拓?fù)湮募?。需要用topos作圖的話，可以進(jìn)行如下操作：ADS中