DB32-T 4539-2023 淡水生物環(huán)境DNA監(jiān)測(cè)技術(shù)方法

ICS

.CCS

Z

DB

DNA

METHOD

ENVIRONMENTAL

DNA

MONITORING

ORGANISMS??

發(fā)

布 ??

實(shí)

施江蘇省市場(chǎng)監(jiān)督管理局 發(fā)布DB

目次前言

……………………………Ⅲ1

范圍

…………………………12

規(guī)范性引用文件

……………13

術(shù)語(yǔ)和定義

…………………14

監(jiān)測(cè)點(diǎn)位布設(shè)

………………35

監(jiān)測(cè)頻次與時(shí)間

……………46

試劑和材料

…………………47

儀器和設(shè)備

…………………58

環(huán)境DNA宏條形碼監(jiān)測(cè)內(nèi)容和方法………………………59

質(zhì)量控制與質(zhì)量保證

………………………910

廢棄物處理

………………10附錄A料

環(huán)境DNA固定劑…………11附錄B料

常用淡水生物

DNA條形碼擴(kuò)增引物信息

……………12附錄C范

淡水生物DNA條形碼構(gòu)建方法…………14附錄D料

生物統(tǒng)計(jì)表

………………17附錄E范

野外質(zhì)量控制與保證

……………………18附錄F范

實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量控制與保證

…………………19參考文獻(xiàn)

………………………21DB

本文件按照

GB/T

—2020《標(biāo)準(zhǔn)化工作導(dǎo)則第

1

部分：標(biāo)準(zhǔn)化文件的結(jié)構(gòu)和起草規(guī)規(guī)定起草。請(qǐng)注意本文件的某些內(nèi)容可能涉及專利。本文件的發(fā)布機(jī)構(gòu)不承擔(dān)識(shí)別專利的責(zé)任。本文件由江蘇省生態(tài)環(huán)境廳提出并歸口。本文件起草單位：江蘇省環(huán)境監(jiān)測(cè)中心、南京大學(xué)。本

文

件

主

要

起

草

人

：張

詠

、張

效

偉

、楊

雅

楠

、楊

江

華

、蔡

琨

、王

晨

波

、呂

學(xué)

研

、李

婧

慧

、張

麗

娟

、鐘

文

軍

、侍昊、朱晨、毛成責(zé)、卜亞謙、范帆。DB

DNA

范圍本文件規(guī)定了利用環(huán)境

DNA

技術(shù)監(jiān)測(cè)淡水生物的采樣、試劑和材料、儀器和設(shè)備、監(jiān)測(cè)內(nèi)容和步驟，以及質(zhì)量控制與保證。本文件適用于生態(tài)環(huán)境監(jiān)測(cè)領(lǐng)域湖泊、水庫(kù)、溪流、河流、河口區(qū)等水域浮游植物、浮游動(dòng)物、著生藻類、大型底棲無脊椎動(dòng)物和魚類等淡水生物物種組成及相對(duì)豐度的監(jiān)測(cè)。

規(guī)范性引用文件下列文件中的內(nèi)容通過文中的規(guī)范性引用而構(gòu)成本文件必不可少的條款。其中，注日期的引用文件，僅該日期對(duì)應(yīng)的版本適用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版括所有的修改用于本文件。GB

19489實(shí)驗(yàn)室生物安全通用要求GB/T

20001.4標(biāo)準(zhǔn)編寫規(guī)則第

4

部分：試驗(yàn)方法標(biāo)準(zhǔn)GB/T

29859生物信息學(xué)術(shù)語(yǔ)GB/T

30989高通量基因測(cè)序技術(shù)規(guī)程GB/T

34265SANGER

法測(cè)序技術(shù)指南GB/T

35890高通量測(cè)序數(shù)據(jù)序列格式規(guī)范GB/T

37874核酸提取純化方法評(píng)價(jià)通則GB/T

40226環(huán)境微生物宏基因組檢測(cè)高通量測(cè)序法HJ

地表水環(huán)境質(zhì)量監(jiān)測(cè)技術(shù)規(guī)范HJ

494水質(zhì)采樣技術(shù)指導(dǎo)HJ

生物多樣性觀測(cè)技術(shù)導(dǎo)則內(nèi)陸水域魚類HJ

生物多樣性觀測(cè)技術(shù)導(dǎo)則淡水底棲大型無脊椎動(dòng)物HJ

1216水質(zhì)浮游植物的測(cè)定

ML

計(jì)數(shù)框?顯微鏡計(jì)數(shù)法HJ

1295水生態(tài)監(jiān)測(cè)技術(shù)指南河流水生生物監(jiān)測(cè)與評(píng)HJ

1296水生態(tài)監(jiān)測(cè)技術(shù)指南湖泊和水庫(kù)水生生物監(jiān)測(cè)與評(píng)SC/T

9402淡水浮游生物調(diào)查技術(shù)規(guī)范SN/T

4835實(shí)驗(yàn)室生物廢棄物管理要求DB

21/T

2777

海洋浮游微藻分離和篩選技術(shù)規(guī)程DB

32/T

4178河流水生態(tài)監(jiān)測(cè)規(guī)范

術(shù)語(yǔ)和定義GB/T

20001.4、GB/T

29859

和

GB/T

30989

界定的以及下列術(shù)語(yǔ)和定義適用于本文件。.淡水生物FRESHWATER

ORGANISMS生活在各類淡水生境中的生物。DB

、浮、大.環(huán)境

DNAENVIRONMENTAL

DNA；EDNA環(huán)境介、土壤、沉積物、生物膜、空氣混合生物組織中存在的脫氧核糖核酸（DNA）等生物遺傳物質(zhì)。.DNA

條形碼 DNA

BARCODE生物體細(xì)胞核或者細(xì)胞器中能夠代表該物種的、有足夠變異的、易擴(kuò)增的短

DNA

序列，可用于物種的識(shí)別和鑒定。[來源：SN/T

4278—2015，，有修改].引物 PRIMER在

DNA

復(fù)制過程中，結(jié)合于模板鏈上并提供

DNA

合成起點(diǎn)，具有一定長(zhǎng)度和順序的寡核苷酸鏈。.聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng) POLYMERASE

CHAIN

；PCR一種體外酶促合成特異

DNA

片段的分子技術(shù)，由高溫變性、低溫退火及適溫延伸等組成一個(gè)周期，循環(huán)進(jìn)行，使目的

DNA

得以迅速擴(kuò)增，具有特異性強(qiáng)、靈敏度高、操作簡(jiǎn)便省時(shí)等特點(diǎn)。.SANGER測(cè)序 SANGER

SEQUENCING用于基因測(cè)序的雙脫氧末端終止法，在鏈延伸過程中利用熒光標(biāo)記雙脫氧堿基隨機(jī)阻斷，產(chǎn)生以A/T/G/C

結(jié)束的四組不同長(zhǎng)度的核苷酸鏈，通過讀取熒光信號(hào)實(shí)現(xiàn)對(duì)核酸堿基序列信息的讀取。.遺傳距離

群或分類單元間的遺傳差異程度，可以通過遺傳標(biāo)記如

DNA

條形碼的序列差異來表示。.高通量測(cè)序 HIGH

SEQUENCING區(qū)

別

于

傳

統(tǒng)

SANGER

脫

氧

鏈

末

端

終

止

序，能

夠

一

次

并

行

對(duì)

大

量

核

酸

分

子

進(jìn)

行

平

行

序

列

測(cè)

定的技術(shù)。[來源：GB/T

30989—2014，，有修改].S核糖體 DNAS

RIBOSOMAL

DNA；S

RDNA原核生物編碼核糖體小亞基

RRNA

的

DNA

序列。.S核糖體 DNAS

RIBOSOMAL

DNA；S

RDNA真核生物編碼核糖體小亞基

RRNA

的

DNA

序列。.線粒體S

核糖體

DNAMITOCHONDRIAL

S

RIBOSOMAL

DNA；MT

S

RDNA后生動(dòng)物線粒體編碼

12S

RRNA

的

DNA

序列。.線粒體細(xì)胞色素氧化酶

MITOCHONDRIAL

CYTOCHROME

；COI后生動(dòng)物線粒體編碼細(xì)胞色素

氧化酶

I

的

DNA

序列。.DNA

宏條形碼DNA

METABARCODING利用高通量測(cè)序獲取環(huán)境

DNA

中特定的

DNA

片段，根據(jù)

DNA

序列差異識(shí)別物種，獲取物種組成DB

和群落結(jié)構(gòu)。.標(biāo)簽 通過

PCR

或文庫(kù)準(zhǔn)備過程中為每個(gè)樣品添加一個(gè)短序列的核苷酸堿基對(duì)，允許多個(gè)樣品在一個(gè)高通量測(cè)序運(yùn)行中被匯集。，并.序列相似性 SEQUENCE

反映序列間相似程度的數(shù)值，即序列間相同

DNA

堿基數(shù)目所占的比例。[來源：SN/T

4278—2015，，有修改].序列相似性閾值

SEQUENCE

判定兩條

DNA

序列是否為同一分類單元的最小序列相似值。.擴(kuò)增序列變體 AMPLICON

SEQUENCE

；ASVDNA

宏條形碼技術(shù)中，通過生物信息學(xué)剔除

PCR

擴(kuò)增和測(cè)序產(chǎn)生的錯(cuò)誤序列后形成的獨(dú)特

DNA序列，即任意兩條序列間至少有一個(gè)堿基存在差異。.操作分類單元

TAXONOMIC

；OTUDNA

宏條形碼測(cè)序數(shù)據(jù)按照一定的序列相似性閾值進(jìn)行聚類，獲得的用于表征物種的分子水平分類單元。.相對(duì)豐度

ABUNDANCE樣品中分配到某一分類單元的序列數(shù)占該樣品序列總數(shù)的比例。[來源：GB/T

40226—2021，，有修改].陰性質(zhì)控樣本

SAMPLE確定不含特定物種或者所有物種的樣如無菌水），與待測(cè)樣本同步試驗(yàn)，用于判斷待測(cè)樣本是否被污染。.陽(yáng)性質(zhì)控樣本

SAMPLE已確定物種組成的樣本，與待測(cè)樣本同步試驗(yàn)，用于判斷測(cè)序結(jié)果是否可靠。

監(jiān)測(cè)點(diǎn)位布設(shè).

通則按照

HJ

設(shè)置環(huán)境

DNA

采樣點(diǎn)位，應(yīng)遵循連續(xù)性、一致性、代表性和可行性原則。結(jié)合環(huán)境DNA

的時(shí)空分布特征，綜合考慮監(jiān)測(cè)類群的生態(tài)和生活史特征、水體類型、大小、深度、分層、連通性、基質(zhì)、溫度、水文和水化學(xué)等因素的影響。

DNA，采，并DB

.

溪流、河流點(diǎn)位布設(shè)按照

HJ

1295

的規(guī)定設(shè)置監(jiān)測(cè)斷面，每個(gè)斷面設(shè)置不少于

3

個(gè)代表性點(diǎn)位。在緩慢流動(dòng)的低地溪流和河流中，宜間隔

1

KM

設(shè)置采樣點(diǎn)。在快速流動(dòng)的高山溪流和河流中，采樣位點(diǎn)宜間隔

10

KM

以上。應(yīng)詳實(shí)記錄河流的地形特地形、河岸結(jié)構(gòu)、河床沉積物、人工改造等）、流速、水溫、PH

值等影響環(huán)境DNA

擴(kuò)散的因素。.

湖泊、水庫(kù)監(jiān)測(cè)點(diǎn)位布設(shè)按照

HJ

1296

的規(guī)定設(shè)置監(jiān)測(cè)點(diǎn)位，大型湖泊應(yīng)適當(dāng)增加監(jiān)測(cè)點(diǎn)位。湖庫(kù)構(gòu)成湖庫(kù)群，當(dāng)對(duì)區(qū)域湖庫(kù)作整體監(jiān)測(cè)時(shí)，可適當(dāng)減少單個(gè)湖庫(kù)的監(jiān)測(cè)點(diǎn)位。宜設(shè)置湖庫(kù)監(jiān)測(cè)點(diǎn)位周邊

100

M

的范圍內(nèi)為采樣區(qū)域。深水型湖泊宜間隔

5

M

深度分層采樣。

監(jiān)測(cè)頻次與時(shí)間.

監(jiān)測(cè)頻次綜合考慮水域環(huán)境條件、生物類群的時(shí)空分布特點(diǎn)、監(jiān)測(cè)目的及人力、費(fèi)用投入，確定監(jiān)測(cè)頻次?？蛇x擇季度或月度開展監(jiān)測(cè)，應(yīng)避開雨水集中的時(shí)間。針對(duì)重點(diǎn)關(guān)注區(qū)域、突發(fā)環(huán)境問題或其他條件下，可開展更高頻次的監(jiān)測(cè)。.

監(jiān)測(cè)時(shí)間采樣時(shí)間宜綜合考慮靶向監(jiān)測(cè)類群的生態(tài)特征和生活史及水體類型。例如：湖泊、水庫(kù)，宜考慮生物類群的季節(jié)性分層；溪流、河流，宜考慮遷移物種的分布模魚類洄

試劑和材料.

超純水。.

分析純無水乙醇。.

環(huán)境

DNA

固定劑，可參考附錄

A。.

DNA

提取試劑盒或

CTAB

法提取

DNA

所用到的試劑。.

PCR

擴(kuò)增試劑：用于特異性片段

PCR

擴(kuò)增，通常包含緩沖液、擴(kuò)增酶等。.

PCR

擴(kuò)增引物：可參考附錄

B。.

PCR

產(chǎn)物純化試劑盒：用于

PCR

產(chǎn)物純化。.

DNA

濃度測(cè)定試劑：用于

DNA

濃度測(cè)定，主要成分包括緩沖液和染色劑。.

凝膠電泳相關(guān)試劑：用于

PCR

產(chǎn)物凝膠電泳檢測(cè)，通常包含瓊脂糖、電泳緩沖液（TAE）、片段大小標(biāo)記。.

文庫(kù)構(gòu)建試劑：用于樣品的基因文庫(kù)構(gòu)建，試劑盒內(nèi)至少應(yīng)包含末端修復(fù)酶、測(cè)序接頭、DNA

連接酶、緩沖液。.

高通量測(cè)序試劑：用于對(duì)測(cè)序文庫(kù)進(jìn)行高通量基因測(cè)序，試劑盒內(nèi)至少應(yīng)包含測(cè)序引物、測(cè)序反應(yīng)酶、緩沖液。1.

無菌采樣瓶或采樣袋：

L

及以上規(guī)格。1.

無菌微孔濾膜：

μM、

μM、

μM

和

5

μM

等。.

無菌鑷子。DB

25.

無菌離心管：

ML、

ML、10

ML，無

DNA

和生物殘留。25.

凍存管：

ML，無

DNA

和生物殘留。1.

槍頭：10

μL、200

μL、

000

μL

和

5

ML

等，無

DNA

和生物殘留。1.

PCR

管、96

孔板等類似的

PCR

反應(yīng)容器：無

DNA

和生物殘留。.

無菌手套。

儀器和設(shè)備.

恒溫水浴鍋。.

渦旋振蕩器或均質(zhì)儀。.

冷凍干燥儀。.

真空離心濃縮儀。.

高速冷凍離心機(jī)：離心轉(zhuǎn)速可達(dá)

13

000

R/MIN，溫控范圍低至

4

℃。.

微量移液器：

μL^10

μL、20

μL^200

μL

和

100

μL^1

000

μL

等。.

超微量分光光度計(jì)：測(cè)量體積最小

1

μL，波長(zhǎng)范圍包括

230

NM、260

NM

和

280

NM。.

PCR

儀。.

電子天平。.

水平式核酸電泳儀。.

凝膠成像分析儀。.

高通量測(cè)序儀。2.

高溫高壓滅菌器：可達(dá)到標(biāo)準(zhǔn)要求的

121

℃、21

MIN

滅菌條件。2.

采水器：

L

或

5

L。.

浮游生物網(wǎng)：25

號(hào)浮游動(dòng)物網(wǎng)，孔徑

64

μM。.

著生藻類采集器具：毛刷、刀片、托盤、洗瓶等。D.

大型底棲無脊椎動(dòng)物采集裝置：如彼得森采泥器、

型抄網(wǎng)、踢網(wǎng)、索伯網(wǎng)等。D.

水樣抽濾設(shè)備：具備-91.2

KPA

以上的真空抽濾設(shè)備。.

大型底棲無脊椎動(dòng)物清洗裝置：如

40

目篩網(wǎng)等。.

超凈工作臺(tái)。.

低溫存儲(chǔ)設(shè)備：普通冰箱、低溫冰箱和超低溫冰箱。.

液氮罐。.

工作站：運(yùn)行內(nèi)存不低于

16

GB，硬盤存儲(chǔ)不低于

1

TB，處理器不低于

8

核。.

高通量測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制和分析軟件。

環(huán)境DNA宏條形碼監(jiān)測(cè)內(nèi)容和方法.

環(huán)境DNA宏條形碼監(jiān)測(cè)內(nèi)容環(huán)境

DNA

宏條形碼監(jiān)測(cè)包括環(huán)境

DNA

樣品采集、環(huán)境

DNA

提取、宏條形碼擴(kuò)增與測(cè)序、生物信息學(xué)分析、生物統(tǒng)計(jì)表和質(zhì)量控制與質(zhì)量保證等過圖

1）。生物類群水樣沉積物生物膜混合生物組織浮游植物++++著生藻類+++++浮游動(dòng)物++++++大型底棲無脊椎動(dòng)物+++++++B魚類+++++

+++++

DNAB

，進(jìn)DNADB

圖環(huán)境DNA宏條形碼監(jiān)測(cè)技術(shù)流程.

環(huán)境DNA樣品采集..

通則根據(jù)監(jiān)測(cè)的生物類群，按照表

1

選擇合適的環(huán)境

DNA

采集方法，每個(gè)位點(diǎn)采集

3

個(gè)生物重復(fù)樣品。表

不同生物類群的環(huán)境

DNA

采樣介質(zhì)表

不同生物類群的環(huán)境

DNA

采樣介質(zhì)水

樣

采

集

按

照

HJ

494

的

規(guī)

定

執(zhí)

行

，采

樣

體

積

不

宜

小

于

1

L。

浮

游

植

物

監(jiān)

測(cè)

的

水

樣

體

積

宜

為

1

L，底棲動(dòng)物和魚類監(jiān)測(cè)的水樣體積宜為

3

L?，F(xiàn)場(chǎng)過濾至一定孔般為

μM）的濾膜上，高泥沙水樣，應(yīng)

低

溫（4

℃或

冰

袋

保

置

分

離

懸

浮

顆

粒

物

，再

過

濾

。

生

物

密

度

較

高

的

水

處

于

藻

華

爆

發(fā)

期），可將水樣等體積分開過濾至多張（1^5）濾膜作為子樣本。野外干冰、液氮或-20

℃保存，實(shí)驗(yàn)室-20

℃以下保存；或者加入附錄

A

推薦的固定劑，常溫保存。..

沉積物樣品按照

HJ

494

的規(guī)定采集

50

ML

的表層沉積物（0

CM^5

CM），剔除礫石、木屑、雜草、貝殼及其他大體積生物殘?bào)w，收集至無菌管中，同一采樣點(diǎn)沉積物采集宜涵蓋各類小生沉水植被覆蓋區(qū)野外干冰或-20

℃

保存，實(shí)驗(yàn)室-20

℃

保存；或者加入無水乙醇，確保樣品中最終的乙醇濃度≥80%，低溫DB

保存。..

生物膜樣品按照

DB32/T

4178

的規(guī)定從不同自然基粗礫石、鵝卵石以及樹木殘干面刮取

25

CM2樣品

，無菌水清洗至采樣瓶中

，野外干冰或-20

℃保存

，實(shí)驗(yàn)室-20

℃保存

；或者加入無水乙醇

，確保最終的乙醇體積分?jǐn)?shù)≥80%，低溫保存。..

混合生物組織樣品1... 按照

SC/T

9402

的規(guī)定用浮游生物網(wǎng)定量采集浮游動(dòng)物樣品，采樣體積不小于

20

L，過濾至15

μM

孔徑濾膜，野外干冰保存，實(shí)驗(yàn)室-20

℃保存；或者加入附錄

A

推薦的固定劑，常溫保存。...

大型底棲無脊椎動(dòng)物采集與篩選應(yīng)按照

HJ

，加入

3

倍體積的無水乙醇，

G

換算為

1

ML，常溫保存。.

環(huán)境DNA樣品前處理..

濾膜樣合浮游動(dòng)物組織樣利用研磨珠和裂解液將濾膜振蕩破碎。.. 沉積物樣品：乙醇保存的樣品應(yīng)高低于

12

000

R/MIN）離心

20

MIN，留取沉淀物。低溫保存的樣品可經(jīng)均質(zhì)儀均質(zhì)后冷凍干燥，充分混勻。4.. 生物膜樣品：

℃解凍，振蕩混勻，取

2

ML

樣品，高低于

12

000

R/MIN心

20

MIN，留取沉4淀物。.. 混合底棲動(dòng)物組織樣品：室溫放置

5

D，多次振蕩混勻，吸取浸出液，真空離心濃縮至乙醇完全去除。.

環(huán)境DNA提取..

DNA提取按照

GB/T

40226

中的操作步驟，借助物理和化學(xué)方法充分釋放環(huán)境介質(zhì)中蘊(yùn)含的

DNA，并去除樣品中的蛋白質(zhì)、脂類、多糖、RNA

等雜質(zhì)，采用離心柱法和磁珠法等常規(guī)分子生物學(xué)操作純化

DNA。..

DNA濃度測(cè)定與保存，樣本

DNA

質(zhì)量濃度應(yīng)不低于

1

NG/μL，最佳質(zhì)量濃度范圍為

10

NG

/μL^100

NG/μL

260

NM

和

280

NM，波長(zhǎng)處的吸光度值比值（OD260

NM/OD280

NM）應(yīng)在

1.7^2.0

范圍內(nèi)，OD260

NM/OD230

NM應(yīng)大于

。DNA

平行分裝后，應(yīng)在—20

℃及以下溫度條件保存，避免反復(fù)凍融。.

宏條形碼擴(kuò)增與測(cè)序..

宏條形碼擴(kuò)增...

針對(duì)不同生物類群選擇特異性一對(duì)或多對(duì)引物擴(kuò)增目標(biāo)條形碼序列，可在引物序列前添加標(biāo)簽以區(qū)分樣品。推薦引物參照附錄

B。...

宏條形碼產(chǎn)物用

1%^2%

的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)，應(yīng)呈現(xiàn)單一清晰明亮、無拖尾的條帶。若樣品出現(xiàn)多個(gè)條帶，需純化

PCR

產(chǎn)物，純化過程參考

SN/T

4278。...

條形碼擴(kuò)增產(chǎn)物在-20

℃及以下保存，保存時(shí)間一般不超過

1

年。DB

..

高通量測(cè)序... 宜將含有不同的引物標(biāo)簽的宏條形碼擴(kuò)增產(chǎn)物等摩爾量混合構(gòu)建測(cè)序文庫(kù)。文庫(kù)構(gòu)建起始量應(yīng)不低于

100

NG。當(dāng)文庫(kù)的片段長(zhǎng)度分布符合預(yù)期，且文庫(kù)濃度滿足高通量測(cè)序要求時(shí)，文庫(kù)質(zhì)檢合格。...

將多個(gè)質(zhì)檢合格的文庫(kù)按比例混合，參考

GB/T

30989

和

GB/T

35537

對(duì)宏條形碼擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序。同一試驗(yàn)樣本宜安排在同一批次上機(jī)測(cè)序。每個(gè)樣本的預(yù)期的有效序列數(shù)不宜低于

30

000

條。.

生物信息學(xué)分析..

一般要求同一批試驗(yàn)數(shù)據(jù)，生物信息學(xué)分析流程及關(guān)鍵參數(shù)應(yīng)保持一致。..

序列質(zhì)量控制雙端測(cè)序應(yīng)進(jìn)行序列合并。通過搜索特定序除測(cè)序接頭

、樣品標(biāo)簽

和引物），并基于堿基識(shí)別質(zhì)>Q20，參序列長(zhǎng)>預(yù)期長(zhǎng)度的

70%，參行序列修剪，確保前端序列長(zhǎng)度+后端序列長(zhǎng)度?兩段序列的重疊長(zhǎng)度（）≥目標(biāo)序列長(zhǎng)度。..

文庫(kù)拆分根據(jù)每個(gè)樣品的標(biāo)簽將序列分配到不同的樣品中。..

序列聚類及質(zhì)量控制...

可選用

OTU

或

ASV

方法進(jìn)行序列聚類和或降噪，獲得分子分類單元，并過濾掉非目標(biāo)序列。...

OTU

方法：將相似性大于或等于閾似性閾值一般為

97%）的序列合并成

OTUS，將序列比對(duì)到每個(gè)

OTU

的代表性序列，獲得每個(gè)

OTU

在每個(gè)樣品中出現(xiàn)的序列數(shù)。...

ASV

方法：每個(gè)獨(dú)特的序列即為一個(gè)

ASV，根據(jù)生物信息學(xué)方法過濾潛在的

PCR

和測(cè)序錯(cuò)誤的

ASV

序列，將序列比對(duì)到每個(gè)

ASV，獲得每個(gè)

ASV

在每個(gè)樣品中出現(xiàn)的序列數(shù)。..

過濾低豐度的分子分類單元過濾低豐總序列數(shù)為

1^5，可能為假陽(yáng)性、污染序列或未去除的嵌合陰性對(duì)照中相對(duì)序列豐度超過千分之一的分子分類單元，也可根據(jù)實(shí)際監(jiān)測(cè)需求調(diào)整過濾的豐度閾值。

PCR

..

物種注釋將分子分類單元的序列與條形碼數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)分析，獲得物種注釋信息。物種注釋方法和物種鑒定閾要是序列相似選擇，宜綜合考慮選用的條形碼片段、參考數(shù)據(jù)庫(kù)的完整性及數(shù)據(jù)用途。當(dāng)參考數(shù)據(jù)庫(kù)中不存在目標(biāo)物種的

DNA

序列時(shí)，按照附錄

C

構(gòu)建

DNA

條形碼。.

結(jié)果統(tǒng)計(jì)..

檢出判定分子分類單元在某一位點(diǎn)的生物重復(fù)樣品中檢出種檢出的樣品數(shù)除以總樣品應(yīng)低于2/3。建議每個(gè)樣品宜保留相對(duì)豐度>0.01%，出現(xiàn)在兩個(gè)樣點(diǎn)以上的分子分類單元。操作過程陰性質(zhì)控樣本陽(yáng)性質(zhì)控樣本過濾無菌水DNA無菌水已知組成的混合群落PCR無菌水DNA測(cè)序無菌水測(cè)序試劑盒中的對(duì)照試劑DB

..

序列相對(duì)豐度每個(gè)位點(diǎn)檢出的分子分類單元的序列相對(duì)豐度應(yīng)為所有生物重復(fù)樣品中序列相對(duì)豐度的平均值。針對(duì)相對(duì)豐度差異較大的生物重復(fù)，宜取幾何平均數(shù)。..

生物統(tǒng)計(jì)表每個(gè)樣品的生物多樣性統(tǒng)計(jì)表由分子分類單

ASVS

或

OTUS）名稱、序列、物種注釋信息、序列數(shù)和相對(duì)豐度組成，可參考附錄

D。

質(zhì)量控制與質(zhì)量保證.

質(zhì)量控制..

質(zhì)量控制參數(shù)...

陰性對(duì)照在每天的樣品采集、同一批次

DNA

提取和

PCR

擴(kuò)增階段應(yīng)分別設(shè)置不少于

3

個(gè)陰性對(duì)照，高通量測(cè)序時(shí)可適當(dāng)設(shè)置

1^3

個(gè)測(cè)序的陰性對(duì)表

2）。表

環(huán)境

DNA

宏條形碼技術(shù)每個(gè)流程設(shè)置的陰性和陽(yáng)性對(duì)照...

陽(yáng)性對(duì)照宜設(shè)置不少于

6

個(gè)

PCR

擴(kuò)增的陽(yáng)性對(duì)照。PCR

擴(kuò)增的陽(yáng)性對(duì)照應(yīng)為不少于表

環(huán)境

DNA

宏條形碼技術(shù)每個(gè)流程設(shè)置的陰性和陽(yáng)性對(duì)照...

陽(yáng)性對(duì)照DNA知可以有效擴(kuò)等量混合物，質(zhì)量濃度一般為

1

NG/μL。也可根據(jù)試驗(yàn)需要和試驗(yàn)條件在DNA

提取和測(cè)序過程中適當(dāng)設(shè)置陽(yáng)性對(duì)表

2）。...

平行樣品每個(gè)位點(diǎn)應(yīng)設(shè)置至少

3

個(gè)生物重復(fù)樣品，可根據(jù)試驗(yàn)需求和試驗(yàn)條件適當(dāng)設(shè)置

DNA

提取、PCR

和建庫(kù)測(cè)序平行樣品。平行樣品的相對(duì)豐度取平均值作為位點(diǎn)的相對(duì)豐度。..

質(zhì)量控制評(píng)價(jià)指標(biāo)...

假陰性率使用

PCR

擴(kuò)增的陽(yáng)性對(duì)照評(píng)估監(jiān)測(cè)的假陰性率。重復(fù)測(cè)定

6

次，計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)樣品中含有但測(cè)量結(jié)果中未檢出的物種所占比例，即假陰性率（FN）。假陰性率不應(yīng)超過

10%。按照公式（1）計(jì)算。FN

=

N1

N ………1）式中：FN——假陰性率；DB

N1

——標(biāo)準(zhǔn)樣品中未被測(cè)出的物種數(shù)目，單位為個(gè)；N

——標(biāo)準(zhǔn)樣品的實(shí)際物種數(shù)目，單位為個(gè)。...

假陽(yáng)性率使用

PCR

擴(kuò)增的陽(yáng)性對(duì)照評(píng)估監(jiān)測(cè)的假陽(yáng)性率。重復(fù)測(cè)定

6

次，計(jì)算測(cè)量結(jié)果的中標(biāo)準(zhǔn)樣品中未包含物種的出現(xiàn)概率，即假陽(yáng)性率（FP）。假陽(yáng)性率不應(yīng)超過

10%。按照公式（2）計(jì)算。FP=

N2

N ………1）式中：FP——假陽(yáng)性率；N2

——未在標(biāo)準(zhǔn)樣品物種清單的物種數(shù)目，單位為個(gè)；N ——標(biāo)準(zhǔn)樣品的實(shí)際物種數(shù)目，單位為個(gè)。.

質(zhì)量保證..

野外質(zhì)量保證按照附錄

E

的規(guī)定做好野外樣品采集、運(yùn)輸與保存，防止樣品的交叉污染。..

實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量保證試驗(yàn)過程應(yīng)防止樣品的污染，并按照附錄

F

的規(guī)定做好數(shù)據(jù)記錄和樣品保存。

廢棄物處理廢棄物的分類、收集、存放和集中處理應(yīng)按照

GB

19489

和

SN/T

4835

的規(guī)定執(zhí)行，其中生物廢棄物在處理之前應(yīng)采用高壓滅菌、消毒或灼燒等方式滅活，對(duì)含核酸染料的廢液和廢膠單獨(dú)收集和處理。10序號(hào)成分濃度體積

MOL/L100

MLEDTA

MOL/L200

MLNACL

MOL/L

MLSDS

定容雙蒸水

LDB

附 錄 A料環(huán)境DNA固定劑A.

乙醇固定劑乙醇的體積分?jǐn)?shù)不小于

96%，且其中不含甲醇等其他醇類。固定劑需浸沒整個(gè)樣本，樣本在乙醇中可以在常溫下穩(wěn)定儲(chǔ)存3個(gè)月^6個(gè)月。乙醇保存樣本不可在10

℃以下儲(chǔ)存。A.

LONGMIRE’固定劑 LONGMIRE’固定劑應(yīng)浸沒整個(gè)樣本。常溫下，樣本在LONGMIRE’中可以穩(wěn)定儲(chǔ)存2周^6 ’

固定劑在低溫下可能會(huì)出現(xiàn)沉淀，可適當(dāng)加熱待沉淀溶解再使用。LONGMIRE’

固定劑配方見表A.1。表

A.表

A.LONGMIRE’

固定劑配方目標(biāo)群落基因名稱引物名稱列（’^3’預(yù)期長(zhǎng)度BP退火溫度℃藍(lán)藻門16S_V316S_341FACCTACGGGRSGCWGCAG100^20055^6216S_518RATTACCGCGGCTGCTGG16S_V416S_515FGTGCCAGCMGCCGCGGTAA^30055^6216S_806RGGACTACHVGGGTWTCTAAT16S_V3_V416S_338FACTCCTACGGGAGGCAGCAG400^50055^6216S_806RGGACTACHVGGGTWTCTAAT23SP23SRV_F1GGACAGAAAGACCCTATGAA400^45049^52P23SRV_R1TCAGCCTGTTATCCCTAGAG真核藻類18S_V918S_1389FTCCCTGCCHTTTGTACACAC100^20055^6218S_1510RCCTTCYGCAGGTTCACCTAC18S_V4TAREUK454FWD1CCAGCASCYGCGGTAATTCC300^40055^62TAREUKREV3ACTTTCGTTCTTGATYRA著生硅藻18S_V4DIV4_FGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG400^50048^55DIV4_RCTCTGACAATGGAATACGAATA浮游動(dòng)物大型底棲無脊椎動(dòng)物MLCOIINTFGGWACWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC^31345^55DGHCO2198TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA大型底棲無脊椎動(dòng)物MLCOIINTFGGWACWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC^31345^55JGHCO2198TAIACYTCIGGRTGICCRAARAAYCA魚類MT

12S

RD?NA?1TCGTGCCAGCCACCGCGGTTA150^20060^63METAFISHR1ATAGTGGGGTATCTAATCCCAGMT

12S

RD?NA?2TELEO_FACACCGCCCGTCACTCT^10055^60TELEO_RCTTCCGGTACACTTACCATGMT

12S

RD?NA?3TELE02_FAAACTCGTGCCAGCCACC150^20055^60TELE02_RGGGTATCTAATCCCAGTTTGDB

附 錄B料常用淡水生物DNA條形碼擴(kuò)增引物信息常用淡水生物DNA條形碼擴(kuò)增引物信息如表B.1所列。表

表

常用淡水生物

DNA

條形碼擴(kuò)增引物信息目標(biāo)群落基因名稱引物名稱列（’^3’預(yù)期長(zhǎng)度BP退火溫度℃魚類MT

12S

RD?NA?4MIFISH_U_FGTCGGTAAAACTCGTGCCAGC150^20055^60MIFISH_U_RCATAGTGGGGTATCTA?ATCCCAGTTTGMT

16S

RD?NAFISH16S_FGGTCGCCCCAACCRAAG^10055^60FISH16S_RCGAGAAGACCCTWTGGAGCTTIAGDB

表

常用淡水生物

DNA

條形碼擴(kuò)增引物信息

（續(xù)）（V R H 表

常用淡水生物

DNA

條形碼擴(kuò)增引物信息

（續(xù)）（V R H D S（ （ （ （ （（簡(jiǎn)并堿基代碼：M：A/C

：A/C/G

：A/G

：A/C/TW：A/T

：A/G/T

：C/B（ Y N K（ （ （13DB

附 錄C范淡水生物DNA條形碼構(gòu)建方法C.

DNA條形碼構(gòu)建流程當(dāng)參考數(shù)據(jù)庫(kù)中不存在目標(biāo)物種的

DNA序列時(shí)，按照本附錄構(gòu)建

DNA條形碼。水生生物

DNA條形碼構(gòu)建流程主要包括物種鑒定、條形碼擴(kuò)增與測(cè)序、條形碼評(píng)估和條形碼入庫(kù)等過程。C.

樣品采集和物種鑒定C.. 浮游植物的定性樣品采集、保存與鑒定應(yīng)按照

HJ

1216的規(guī)定執(zhí)行，浮游植物的分離培養(yǎng)按照DB21/T

2777的規(guī)定執(zhí)行。C..

浮游動(dòng)物的定性樣品采集與鑒定應(yīng)按照

SC/T

9402的規(guī)定執(zhí)行，加乙醇溶液固醇體積分?jǐn)?shù)≥90%），常溫保存。C..

大型底棲無脊椎動(dòng)物的定性樣品采集與鑒定應(yīng)按照

HJ

的規(guī)定執(zhí)行，加乙醇溶液固醇體積分?jǐn)?shù)≥90%），常溫保存。C..

魚類樣品采集與鑒定應(yīng)按照

HJ

的規(guī)定執(zhí)行，野外干冰或-20

℃保存，實(shí)驗(yàn)室-20

℃保存

；或加乙醇溶液固醇體積分?jǐn)?shù)≥90%），常溫保存。C..

浮游動(dòng)物、大型底棲無脊椎動(dòng)物和魚類的每個(gè)物種個(gè)體數(shù)不宜少于

5個(gè)（株），浮游植物和著生藻類的純培養(yǎng)藻種樣品數(shù)不宜少于5個(gè)。C..

形態(tài)學(xué)鑒定應(yīng)由三名具有豐富鑒定經(jīng)驗(yàn)的專業(yè)人員獨(dú)立完成后匯總，結(jié)果不一致的重新鑒定，并保留憑證標(biāo)本。C.

條形碼擴(kuò)增與測(cè)序C..

DNA提取和濃度及純度測(cè)定C...

常用

DNA提取方法包括離心柱法和磁珠法。選取完整個(gè)體或合適部位的組織提取

DNA，避免外源污染。植物和動(dòng)物組織DNA的提取分別參考LY/T

3191和

SN/T

4278。C... 按

GB/T

37874的

規(guī)

定

評(píng)

價(jià)

提

取

的

DNA濃

度

和

純

度

，一

般

要

求

濃

度

不

低

于

1

NG/μL，在

260

NM和

280

NM波長(zhǎng)處的吸光度值比值（OD260

NM/OD280

NM）應(yīng)在

1.7^1.9范圍內(nèi)，OD260

NM/OD230

NM應(yīng)>2.0。有效的DNA樣品分裝為兩份，一份在-80

℃長(zhǎng)期保存，另一份保存在-20

℃用于后續(xù)試驗(yàn)，避免反復(fù)凍融。C..

條形碼擴(kuò)增與檢測(cè)C...

針對(duì)不同生物類群選擇引物擴(kuò)增目標(biāo)

DNA條形碼序列，常用

PCR擴(kuò)增引物和擴(kuò)增反應(yīng)條件參照表B.1。C... PCR擴(kuò)

增

產(chǎn)

物

通

過

1%^2%

瓊

脂

糖

凝

膠

電

泳

檢

測(cè)

擴(kuò)

增

的

有

效

性

，應(yīng)

在

目

標(biāo)

長(zhǎng)

度

位

置

出

現(xiàn)

一

條單一的條帶。若樣品出現(xiàn)多個(gè)條帶，需純化PCR產(chǎn)物。具體過程參考SN/T

4278。C..

測(cè)序使用

SANGER法測(cè)序儀或第二代高通量測(cè)序儀對(duì)目標(biāo)條帶進(jìn)行測(cè)序。為減少

SANGER法測(cè)序出現(xiàn)雙峰14DB

或者測(cè)序失敗

，可以先將

PCR產(chǎn)物克隆到質(zhì)粒中再進(jìn)行測(cè)序。第二代高通量測(cè)序可為每個(gè)樣本提供不少于

1

000

條高質(zhì)量序列。SANGER法測(cè)序要求參考

GB/T

34265，高通量測(cè)序要求參考

GB/T

30989

和GB/T

35537。C.

條形碼評(píng)估C..

序列質(zhì)量控制將

一

代

測(cè)

序

雙

端

測(cè)

序

文

件

進(jìn)

行

拼

接

，按

照

GB/T

34265去

除

測(cè)

序

結(jié)

果

兩

端

的

低

質(zhì)

量

序

列

，序

列

方

向應(yīng)與

PCR擴(kuò)增正向引物方向一致。第二代高通量測(cè)序通常保留數(shù)量最多的序列，去除擴(kuò)增引物，保證序列方向與PCR擴(kuò)增正向引物方向一致。SANGER測(cè)序和高通量測(cè)序分別達(dá)到QV20和Q20。C..

遺傳距離分析C... 將

有

效

的

樣

本

序

列

合

并

整

理

成

FASTA

格

式

的

文

件

，采

用

CLUSTALW、MUSCLE等

方

法

進(jìn)

行

多

序

列核苷酸或氨基酸密碼子比對(duì)，檢查蛋白編碼基因是否存在終止密碼子，并修剪對(duì)齊雙端序列。遺傳距離計(jì)算基于有差異的核苷酸位點(diǎn)在序列中所占的比例，同時(shí)需要考慮

4種核苷酸的發(fā)生頻率和核苷酸替換類型。遺傳距離計(jì)算模型包括P距離模型、模型和

KIMURA兩參數(shù)（K2P）模型，一般采用

K2P模型。C... P

距離模型：利用兩個(gè)同源基因

DNA

序列間的核苷酸差異數(shù)所占的比例來表示基因間的分歧度。C...

模型：本模型假定

4種核苷酸之間相互隨機(jī)替代，即某一核苷酸替代變成其他

3種核苷酸的概率是等同的。GCC...

KIMURA兩參數(shù)模型：本模型將核苷酸替代分成轉(zhuǎn)換替代和顛換替代，其中轉(zhuǎn)換指

A、

間替代或GCT、

間替代。顛換指

A和

T/C間的替代或

G和

T/C間的替代。根據(jù)實(shí)際監(jiān)測(cè)數(shù)據(jù)，核苷酸的轉(zhuǎn)換替代率約為顛換替代率的2倍，該方法可以更加真實(shí)地反映核苷酸序列間的差異。C..

條形碼有效性成功的物種條形碼應(yīng)同時(shí)滿足以下條件：（1）

陰性對(duì)照PCR無條帶；（2）

陽(yáng)性對(duì)照的PCR產(chǎn)物在預(yù)期的DNA條形碼序列長(zhǎng)度位置出現(xiàn)目的條帶；（3）

同一個(gè)樣本SANGER測(cè)序獲得的序列相似性≥99%；（4）

同一個(gè)樣本高通量測(cè)序獲得的第一優(yōu)勢(shì)序列占比≥90%；（5）

種內(nèi)遺傳距離明顯小于種間距般5^10C.

物種條形碼入庫(kù)成功的物種條形碼相關(guān)信息導(dǎo)入

DNA條形碼數(shù)據(jù)庫(kù)。DNA條形碼由樣本信息、DNA條形碼信息、分類信息構(gòu)成。樣本信息庫(kù)包括完整的樣本采集和鑒定信息，即樣本編號(hào)、憑證標(biāo)本存放地、采樣信息、分類信息、鑒定者、數(shù)張樣本照片等。DNA條形碼信息包括每個(gè)樣本擴(kuò)增采用的引物，DNA序列及基本信息統(tǒng)計(jì)。DNA條形碼信息表格可參考表C.1。15樣本編號(hào)樣本照片采樣位點(diǎn)采樣時(shí)間經(jīng)緯度海拔溫度鑒定時(shí)間分類特征中文名拉丁名分類信息DNA引物信息□16S

□18S

□COI

12S

GC序列長(zhǎng)度測(cè)序平臺(tái)序列序列原始峰圖DB

表

C.DNA

表

C.DNA

條形碼信息表C..嚴(yán)格按標(biāo)準(zhǔn)要求進(jìn)行信息采集

，填寫各項(xiàng)數(shù)據(jù)記錄。記錄表格編頁(yè)裝訂成冊(cè)

，內(nèi)容齊全

，填寫翔實(shí)，字跡工整、清晰。原始數(shù)據(jù)記錄表、圖片、樣品和分類憑證標(biāo)本應(yīng)及時(shí)保存歸檔，并及時(shí)填寫和歸檔電子數(shù)括數(shù)據(jù)記錄表和數(shù)碼圖片C.. 采樣完成后

，將所有樣品運(yùn)回實(shí)驗(yàn)室

，與實(shí)驗(yàn)室人員交接

，填寫實(shí)驗(yàn)室樣品記錄表。將樣品瓶上的所有信息抄寫在實(shí)驗(yàn)室樣品登記表上，按照采樣區(qū)域或樣點(diǎn)對(duì)樣品登記表進(jìn)行統(tǒng)一編號(hào)。C..

試驗(yàn)場(chǎng)所應(yīng)具備分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的基本條件。C..

為防止外源污染，試驗(yàn)前應(yīng)將試驗(yàn)用具進(jìn)行高壓滅菌，并用75%乙醇擦洗表面。C..DNA提取陰性對(duì)照（

，NIC），用于監(jiān)控

DNA提取過程中的污染：在

DNA提取過程中設(shè)置一個(gè)空管，和樣品同步操作。C.. PCR

擴(kuò)增陰性對(duì)

，NAC），用于排除

PCR

反應(yīng)混合物制備過程中由于污染造成的假陽(yáng)性：用無菌水替代DNA樣品進(jìn)行同步PCR擴(kuò)增。C..

PCR擴(kuò)增效率的陽(yáng)性對(duì)照（

，PAC）：添加等體積已知濃度的靶向生物的基因組DNA，同步進(jìn)行PCR擴(kuò)增。16檢測(cè)單位點(diǎn)位名稱樣品采集日期樣品處理日期測(cè)序日期測(cè)序引物分子分類單元編號(hào)序列序列數(shù)相對(duì)豐度DB

附 錄 D料生物統(tǒng)計(jì)表淡水生物環(huán)境DNA監(jiān)測(cè)生物統(tǒng)計(jì)表見表D.1。表

D.表

D.淡水生物環(huán)境

DNA

監(jiān)測(cè)生物統(tǒng)計(jì)表DB

附 錄E范野外質(zhì)量控制與保證E.

樣品的采集E..

制定合理的采樣操作程序，在確定的采樣時(shí)間、采樣點(diǎn)、采樣層次，用符合質(zhì)量要求的統(tǒng)一設(shè)備采樣，采水量或采泥量盡量保持一致，以保證采集的樣品具有代表性和可比性。E..

保證所有野外設(shè)備處于良好的運(yùn)行狀態(tài)，應(yīng)制定一項(xiàng)常規(guī)檢查、維護(hù)及或校準(zhǔn)的計(jì)劃，以確保野外數(shù)據(jù)的異質(zhì)性和質(zhì)量。E..

合理安排各類生物樣品采集順序，盡量避免生物類群在采集前受到較大擾動(dòng)。E..

正確填寫樣品標(biāo)簽，包括樣品編號(hào)、日期、水體名稱、采樣位置以及采集人姓名。E..

及時(shí)在現(xiàn)場(chǎng)處理樣品。受生物活動(dòng)影響，隨時(shí)間變化明顯的項(xiàng)目應(yīng)在規(guī)定時(shí)間內(nèi)測(cè)定。E..

水樣采集后應(yīng)選用冰袋或4

℃短暫保存，并在12

H內(nèi)完成過濾。E..

整個(gè)采樣和前處理過程應(yīng)保持無外源污染，并符合以下要求。）

應(yīng)全程佩戴無菌實(shí)驗(yàn)手套，采集下一個(gè)樣品應(yīng)及時(shí)更換手套。建議佩戴口罩。B）

采樣和前處理過程宜采用一次性無菌裝置或耗材。對(duì)于重復(fù)使用裝置和耗材，應(yīng)選用

1.5%

的次氯酸鈉消毒不少于1

MIN。）

重復(fù)使用的采樣瓶，應(yīng)浸泡在

1.5%

的次氯酸鈉中不少于

5

MIN，用蒸餾水重復(fù)沖洗

3次，并晾干。在采樣點(diǎn)，再次用水樣沖洗三次，在采集樣品前應(yīng)除去任何殘留的次氯酸鈉。確保清洗后丟棄的水樣未與待取的水樣混合。D）

應(yīng)只從外部接觸采樣瓶，不應(yīng)接觸采樣瓶及瓶蓋內(nèi)部。）

如果有必要進(jìn)入水中采樣，應(yīng)使用膠靴，并在采樣點(diǎn)之間進(jìn)行消毒。清除鞋底和靴子兩側(cè)的所有污垢、鵝卵石和其他環(huán)境碎屑。F）

水樣過濾前，不應(yīng)讓手套接觸被污染的表面，如任何未消毒的設(shè)備。若接觸，應(yīng)及時(shí)更換手套。G）

過濾每個(gè)位點(diǎn)的水樣前，過濾器接觸面應(yīng)使用漂白劑消毒不少于

1

MIN，并用蒸餾水反復(fù)沖洗3次。E.

采樣記錄除了樣品相關(guān)信息，采樣時(shí)間、地點(diǎn)、水溫、氣溫、水文、植被等也應(yīng)有詳細(xì)記錄，確保采樣現(xiàn)場(chǎng)數(shù)據(jù)的完整性。E.

樣品的運(yùn)輸E..

應(yīng)根據(jù)采樣記錄或登記表核對(duì)清點(diǎn)樣品，以免有誤或丟失。E..

樣品運(yùn)輸中貯存溫度不超過采樣時(shí)的溫度，必要時(shí)需準(zhǔn)備冷藏設(shè)備。E..

運(yùn)輸中應(yīng)仔細(xì)保管樣品，以確保樣品無破損、無污染。應(yīng)避免強(qiáng)光照射及強(qiáng)烈震動(dòng)。E..

不同介質(zhì)來源的環(huán)境DNA樣品應(yīng)單獨(dú)保存運(yùn)輸。E..

樣品的運(yùn)輸盡量迅速。18DB

附 錄F范實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量控制與保證F.

實(shí)驗(yàn)室要求F..

DNA提取實(shí)驗(yàn)室和PCR實(shí)驗(yàn)室應(yīng)在物理空間上相互獨(dú)立，不應(yīng)有空氣的直接相通。F..

PCR實(shí)驗(yàn)室應(yīng)配備紫外線超凈工作臺(tái)。F..

每個(gè)實(shí)驗(yàn)室應(yīng)配備專用的實(shí)驗(yàn)工作服，并定期清洗。F.

基本操作要求F..

實(shí)驗(yàn)人員不應(yīng)在同一天進(jìn)行DNA提取和PCR擴(kuò)增試驗(yàn)。F..

確保所有儀器和設(shè)備處于良好的工作狀態(tài)，重要儀

PCR儀、離心機(jī)、冰箱和移液進(jìn)行定期校準(zhǔn)和維護(hù)。F..

確保所有的試驗(yàn)耗材和試劑在保質(zhì)期內(nèi)，在正確的PH值下，可適當(dāng)?shù)剡M(jìn)行高壓蒸汽滅菌。F..

試驗(yàn)耗槍頭、離心管和PCR管進(jìn)行高壓蒸汽滅菌。F.. 試驗(yàn)操作前，應(yīng)用

1.5%

的消毒劑擦拭桌面，用

75%

乙醇消毒雙手，用

1.5%

的消毒劑消毒實(shí)驗(yàn)儀器。F..

試驗(yàn)操作前，移液槍應(yīng)選用75%的酒精消毒或紫外線消毒30

MIN。F..

試驗(yàn)過程中，實(shí)驗(yàn)人員應(yīng)全程穿著實(shí)驗(yàn)服，并佩戴一次性無菌實(shí)驗(yàn)手套。F..

試驗(yàn)過程中，移液槍不應(yīng)接觸任何盛放樣品或試劑的容器內(nèi)壁。F..

同一耗如

ML離心管、移液槍頭應(yīng)重復(fù)接觸來自不同樣品的試驗(yàn)材料。F..

試驗(yàn)過程中，應(yīng)小心開關(guān)容器蓋，樣品不宜長(zhǎng)時(shí)間敞口放置。F..

懷疑或確定產(chǎn)生交叉污染的樣品、試劑或耗材，不應(yīng)繼續(xù)使用。F.

環(huán)境DNA提取F..

試驗(yàn)操作前，應(yīng)用1.5%的漂白劑擦拭桌面。F..

DNA提取應(yīng)全程佩戴口罩，防止刺激性氣味和交叉污染。F..

沉積物稱量和轉(zhuǎn)移宜選用一次性無菌稱量匙。F..

同一批次試驗(yàn)應(yīng)最后處理陽(yáng)性對(duì)照樣品。F..

準(zhǔn)確記錄陰性對(duì)照、陽(yáng)性對(duì)照和試驗(yàn)樣品的DNA濃度和質(zhì)量。F..

應(yīng)按照要求對(duì)DNA樣品進(jìn)行分裝和保存。環(huán)境DNA應(yīng)長(zhǎng)期保存，記錄準(zhǔn)確，標(biāo)記完整。F..

陰性對(duì)照、陽(yáng)性對(duì)照和樣品的

DNA應(yīng)分開保存，在物理空間上相互獨(dú)立?？杀４嬖诓煌洌魲l件有限，可保存在冰箱的不同分層。F.

宏條形碼擴(kuò)增與保存F..

PCR反應(yīng)宜在紫外線超凈工作臺(tái)