第五章采購需求

PAGEPAGE1第五章采購需求一、采購標(biāo)的需實現(xiàn)的功能或者目標(biāo)，以及為落實政府采購政策需滿足的要求(一)采購標(biāo)的需實現(xiàn)的功能或者目標(biāo)：本項目為北京市神經(jīng)外科研究所二批試點項目-腦干膠質(zhì)瘤多中心臨床大數(shù)據(jù)研究暨多路徑發(fā)生機(jī)制及精準(zhǔn)診療轉(zhuǎn)化研究項目-3基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究服務(wù)采購項目服務(wù)采購，投標(biāo)人應(yīng)根據(jù)招標(biāo)文件所提出的技術(shù)規(guī)格和服務(wù)要求，綜合考慮，以技術(shù)先進(jìn)的技術(shù)、優(yōu)良的服務(wù)和優(yōu)惠的價格，充分顯示自己的競爭實力。（二）為落實政府采購政策需滿足的要求促進(jìn)中小企業(yè)發(fā)展政策：根據(jù)《政府采購促進(jìn)中小企業(yè)發(fā)展管理辦法》規(guī)定，本項目采購服務(wù)由小型或微型企業(yè)承接的，投標(biāo)人應(yīng)出具招標(biāo)文件要求的《中小企業(yè)聲明函》給予證明，否則評標(biāo)時不予認(rèn)可。投標(biāo)人應(yīng)對提交的中小企業(yè)聲明函的真實性負(fù)責(zé)，提交的中小企業(yè)聲明函不真實的，應(yīng)承擔(dān)相應(yīng)的法律責(zé)任。（注：依據(jù)《政府采購促進(jìn)中小企業(yè)發(fā)展管理辦法》規(guī)定享受扶持政策獲得政府采購合同的小微企業(yè)不得將合同分包給大中型企業(yè)，中型企業(yè)不得將合同分包給大型企業(yè)。）監(jiān)獄企業(yè)扶持政策：投標(biāo)人如為監(jiān)獄企業(yè)將視同為小型或微型企業(yè)，且所投產(chǎn)品為小型或微型企業(yè)生產(chǎn)的，應(yīng)提供由省級以上監(jiān)獄管理局、戒毒管理局（含新疆生產(chǎn)建設(shè)兵團(tuán)）出具的屬于監(jiān)獄企業(yè)的證明文件。投標(biāo)人應(yīng)對提交的屬于監(jiān)獄企業(yè)的證明文件的真實性負(fù)責(zé)，提交的監(jiān)獄企業(yè)的證明文件不真實的，應(yīng)承擔(dān)相應(yīng)的法律責(zé)任。促進(jìn)殘疾人就業(yè)政府采購政策：根據(jù)《三部門聯(lián)合發(fā)布關(guān)于促進(jìn)殘疾人就業(yè)政府采購政策的通知》（財庫〔2017〕141號）規(guī)定，符合條件的殘疾人福利性單位在參加本項目政府采購活動時，投標(biāo)人應(yīng)出具招標(biāo)文件要求的《殘疾人福利性單位聲明函》，并對聲明的真實性承擔(dān)法律責(zé)任。中標(biāo)、成交投標(biāo)人為殘疾人福利性單位的，采購代理機(jī)構(gòu)將隨中標(biāo)結(jié)果同時公告其《殘疾人福利性單位聲明函》，接受社會監(jiān)督。殘疾人福利性單位視同小型、微型企業(yè)。不重復(fù)享受政策。鼓勵節(jié)能政策：投標(biāo)人的投標(biāo)產(chǎn)品屬于財政部、發(fā)展改革委公布的“節(jié)能產(chǎn)品政府采購品目清單”范圍的，投標(biāo)人需提供國家確定的認(rèn)證機(jī)構(gòu)出具的、處于有效期之內(nèi)的節(jié)能產(chǎn)品認(rèn)證證書。國家確定的認(rèn)證機(jī)構(gòu)和節(jié)能產(chǎn)品獲證產(chǎn)品信息可從市場監(jiān)管總局組建的節(jié)能產(chǎn)品、環(huán)境標(biāo)志產(chǎn)品認(rèn)證結(jié)果信息發(fā)布平臺或中國政府采購網(wǎng)（）建立的認(rèn)證結(jié)果信息發(fā)布平臺鏈接中查詢下載。鼓勵環(huán)保政策：投標(biāo)人的投標(biāo)產(chǎn)品屬于財政部、生態(tài)環(huán)境部公布的“環(huán)境標(biāo)志產(chǎn)品政府采購品目清單”范圍的，投標(biāo)人需提供國家確定的認(rèn)證機(jī)構(gòu)出具的、處于有效期之內(nèi)的環(huán)境標(biāo)志產(chǎn)品認(rèn)證證書。國家確定的認(rèn)證機(jī)構(gòu)和環(huán)境標(biāo)志產(chǎn)品獲證產(chǎn)品信息可從市場監(jiān)管總局組建的節(jié)能產(chǎn)品、環(huán)境標(biāo)志產(chǎn)品認(rèn)證結(jié)果信息發(fā)布平臺或中國政府采購網(wǎng)（）建立的認(rèn)證結(jié)果信息發(fā)布平臺鏈接中查詢下載。二、采購標(biāo)的需執(zhí)行的國家相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)、行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)、地方標(biāo)準(zhǔn)或者其他標(biāo)準(zhǔn)、規(guī)范無三、采購標(biāo)的的數(shù)量、采購項目交付或者實施的時間和地點（一）采購標(biāo)的的數(shù)量包號品目號標(biāo)的名稱數(shù)量是否接受進(jìn)口產(chǎn)品11-1空間轉(zhuǎn)錄組測序40例否1-2單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測序40例否（二）采購項目交付或者實施的時間和地點：1、采購項目（標(biāo)的）交付的時間：合同簽訂后7個日內(nèi)和相應(yīng)科室對接；2、采購項目（標(biāo)的）交付的地點：北京市神經(jīng)外科研究所指定地點。四、采購標(biāo)的需滿足的服務(wù)標(biāo)準(zhǔn)、期限、效率等要求（一）采購標(biāo)的需滿足的服務(wù)標(biāo)準(zhǔn)、效率要求（1）配合采購人，完成標(biāo)本檢測工作，滿足檢測需求；（2）在采購人相關(guān)人員的指導(dǎo)下，專人和對接科室完成標(biāo)本交接工作。（二）采購標(biāo)的需滿足的服務(wù)期限要求1.服務(wù)期限：自樣本收取之日起45日內(nèi)交付數(shù)據(jù)（三）采購標(biāo)的需滿足的服務(wù)效率要求1.在采購人方要求期限內(nèi)出具準(zhǔn)確的檢測報告；2.具備客服部，且一周七天均可對采購人相關(guān)人員的問題進(jìn)行實時響應(yīng)；3.投標(biāo)人可提供7*24*365天（含節(jié)假日）接收標(biāo)本服務(wù)；4.及時完成項目耗材的配送，不延誤采購人使用。五、采購標(biāo)的的驗收標(biāo)準(zhǔn)1.投標(biāo)人實驗操作人員的數(shù)量和條件符合采購人要求；2.投標(biāo)人具備的實驗設(shè)備符合采購人要求；3.有效處理檢測項目問題，不對采購人構(gòu)成經(jīng)濟(jì)和社會聲譽(yù)影響；4.達(dá)到采購人要求的服務(wù)和質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)。六、采購標(biāo)的的其他技術(shù)、服務(wù)等要求1.投標(biāo)人接收標(biāo)本后，送交報告時間：投標(biāo)人應(yīng)在投標(biāo)文件中清楚表明是否響應(yīng)采購人報告周期的要求，并需征得采購人相關(guān)科室的同意；2.投標(biāo)人可提供標(biāo)本冷鏈運輸（冷藏-20至-40℃）；3.采購人不定期對投標(biāo)人進(jìn)行質(zhì)量監(jiān)控；4.投標(biāo)人可提供7*24*365天（含節(jié)假日）接收標(biāo)本服務(wù)；七、采購標(biāo)的需滿足的具體要求：第1包品目1-1空間轉(zhuǎn)錄組測序一、供應(yīng)商具有的硬件配置1．冷凍切片機(jī)；2．正置熒光掃描顯微鏡；3．烤片機(jī)；4．深孔PCR儀；5．恒溫干燥箱；6．生物安全柜；7．核酸分析儀器；8．測序儀；9．服務(wù)器：配置不低于1500的運算核心、15TB的運行內(nèi)存。二、空間轉(zhuǎn)錄組項目詳細(xì)技術(shù)要求1.技術(shù)要求：▲1.1超高分辨率：兩個檢測Spot點中心距離不高于1um，達(dá)到單細(xì)胞（直徑10um）級分辨率。1.2高組織兼容性：對人、鼠等多物種多組織類型均適用?！?.3整個切片轉(zhuǎn)錄本信息捕獲：標(biāo)準(zhǔn)芯片可對10×10mm內(nèi)整個切片的轉(zhuǎn)錄本原位信息捕獲，且可申請30×40mm面積以內(nèi)的切片進(jìn)行定制化實驗。1.4對合格樣本的冷凍切片進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本信息捕獲、文庫構(gòu)建并完成測序，數(shù)據(jù)量不少于3Greads/樣本。2.測序分析：2.1通過使用BarcodeMap工具將存儲在FASTQ文件中的原始測序reads的CID與STOmicsChipMask文件包含的CID進(jìn)行匹配，為CID能夠匹配的reads添加坐標(biāo)信息。ValidCIDReads過濾接頭后，得到CleanReads；2.2使用STAR工具將CleanReads與相應(yīng)物種的參考基因組進(jìn)行比對，并使用Bam2Gem工具對比對結(jié)果進(jìn)行基因注釋和基因表達(dá)定量分析，得到基因表達(dá)矩陣。表達(dá)矩陣經(jīng)TissueCut工具處理，勾畫組織輪廓，并提取組織區(qū)域內(nèi)的表達(dá)數(shù)據(jù)，生成樣本組織覆蓋區(qū)域基因表達(dá)矩陣；2.3表達(dá)矩陣經(jīng)Gem2Gef工具處理后在StereoMap可視化系統(tǒng)展示基因表達(dá)熱圖，查看基因在組織上的空間位置和表達(dá)情況；2.4得到樣本組織覆蓋區(qū)域的基因表達(dá)矩陣后，使用Stereopy或者Seurat工具的聚類模塊進(jìn)行降維聚類，篩選差異高表達(dá)基因；2.5基因注釋分析：GO注釋分析；KEGG注釋分析；Reactome富集分析；2.6通過SingleR數(shù)據(jù)庫進(jìn)行細(xì)胞類型自動化注釋；2.7通過CellphoneDB工具進(jìn)行細(xì)胞網(wǎng)絡(luò)互作分析；2.8擬時序分析及基因表達(dá)量動態(tài)變化；2.9通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)注釋空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞類群（需要單細(xì)胞分析結(jié)果*.rds文件）；2.10通過已知Marker基因校正細(xì)胞類群（需提供Marker基因）；2.11GSEA富集分析，對特定的類群表達(dá)基因進(jìn)行富集分析；2.12各簇細(xì)胞組分分析，對比不同類群細(xì)胞組成比例的差異（需要在細(xì)胞注釋的基礎(chǔ)上展開）；2.13基因表達(dá)量動態(tài)變化分析（針對特定需求的基因分析）；2.14細(xì)胞周期分析（需要提供相關(guān)Marker基因）；2.15組間差異表達(dá)基因分析（需要有實驗組對照組設(shè)計）；2.16細(xì)胞類型人工校正；▲2.17空間轉(zhuǎn)錄組＋單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析；2.18單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組＋ATAC分析；2.19跨物種分析（單細(xì)胞水平上的物種差異和進(jìn)化關(guān)系）；▲2.203D重構(gòu)（整合多張空間切面，使用計算機(jī)的方法對他們進(jìn)行配準(zhǔn)，構(gòu)建組織的3維空間表達(dá)模型）。第1包品目1-2單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測序一、供應(yīng)商具有的硬件配置1．水平離心機(jī)；2．熒光顯微鏡；3．倒置顯微鏡；4．PCR儀；5．核酸分析儀器；6．生物安全柜；7．測序儀。二、單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測序項目詳細(xì)技術(shù)要求1．技術(shù)要求：1.1單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組應(yīng)基于液滴微流控體系；1.2單樣本實驗可獲細(xì)胞核數(shù)＞6000；標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系樣本捕獲基因數(shù)＞4000/細(xì)胞，細(xì)胞回收率＞30%，雙胞率＜5%；1.3對合格的單個樣本進(jìn)行單細(xì)胞核捕獲、文庫構(gòu)建并完成測序，數(shù)據(jù)量不少于100G。2．測序分析：2.1數(shù)據(jù)質(zhì)控：通過scRNA_parse，STAR，PISA進(jìn)行數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制；2.2數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化：單細(xì)胞采樣具有dropout，使用normalization的方法消除測序不均勻給基因表達(dá)豐度帶來的影響；2.3高變基因選擇和PCA降維：計算出在數(shù)據(jù)集中表現(xiàn)出細(xì)胞間高差異特征的子集和確定用于進(jìn)行聚類分析的PCA維度；2.4細(xì)胞聚類：將細(xì)胞類別進(jìn)行分組成簇；2.5maker基因鑒定：每個cluster細(xì)胞中表達(dá)比例高，且表達(dá)量高的基因；2.6marker基因分析：對每個cluster的marker基因，利用不同形式進(jìn)行展示（山脊圖，小提琴圖，氣泡圖和點陣圖等），并對每個cluster中最顯著的20個marker基因，進(jìn)行kegg和GO富集分析，進(jìn)行表達(dá)量熱圖繪制；2.7細(xì)胞類型注釋：確定每簇細(xì)胞的類型；2.8功能富集分析：每個cluster的差異基因的GO，KEGG功能富集；2.9蛋白互作分析：對差異表達(dá)基因進(jìn)行編碼蛋白間的互作關(guān)系；2.10多樣本整合分析：整合多個樣本的單細(xì)胞數(shù)據(jù)，默認(rèn)使用使用MNN+CCA提供的方法；2.11多樣本整合后細(xì)胞聚類：將細(xì)胞類別進(jìn)行分組成簇；2.12多樣本整合后細(xì)胞類型注釋：確定每簇細(xì)胞的類型；2.13多樣本整合后marker基因鑒定：每個cluster細(xì)胞中表達(dá)比例高，且表達(dá)量高的基因；2.14多樣本整合后marker基因分析：對每個cluster的marker基因，利用不同形式進(jìn)行展示（山脊圖，小提琴圖，氣泡圖和點陣圖等），并對每個cluster中最顯著的20個marker基因，進(jìn)行kegg和GO富集分析，進(jìn)行表達(dá)量熱圖繪制。同時，進(jìn)行樣品中各個細(xì)胞cluster分類比例