基因組學(xué)作業(yè) - Copy課件

小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌外膜蛋白Ail的生物信息學(xué)分析專業(yè)：遺傳學(xué)基因組學(xué)作業(yè)-Copy主要內(nèi)容外膜蛋白OMP研究目的、意義及進(jìn)展Y.enterocolitica

Ail核酸序列的簡單分析Y.enterocolitica

Ail編碼蛋白序列的簡單分析基因組學(xué)作業(yè)-Copy一、OMP研究目的、意義及進(jìn)展研究意義及進(jìn)展：1、隨著抗生素在水產(chǎn)養(yǎng)殖中的濫用，細(xì)菌的耐藥性日趨嚴(yán)重，相比之下對(duì)高效疫苗的研發(fā)也就越發(fā)重要。2、目前，已有學(xué)者對(duì)耶爾森氏菌屬外膜蛋白Ail進(jìn)行了致病性、作用靶位點(diǎn)及在免疫中的防護(hù)作用等研究。3、Ail作為耶爾森氏菌屬一種特定的外膜蛋白，對(duì)其結(jié)構(gòu)信息尚報(bào)道較少。基因組學(xué)作業(yè)-Copy

目的：本次以小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌外膜蛋白Ail基因序列為基礎(chǔ)，對(duì)此進(jìn)行一系列生物信息學(xué)分析，期望能對(duì)該蛋白的特性和功能有一定了解。為進(jìn)一步對(duì)疫苗的研制提供理論依據(jù)。基因組學(xué)作業(yè)-Copy二、Y.enterocoliticaAil核酸序列的簡單分析

1序列拼接

序列拼接常用軟件：（1）Biolign（2）CAP（3）Seqman（4）ContigExpress基因組學(xué)作業(yè)-Copy以ContigExpress為例：載入目的序列、進(jìn)行拼接、導(dǎo)出拼接后序列?；蚪M學(xué)作業(yè)-Copy2核酸序列的同源性分析基于NCBI/Blast軟件的序列同源性分析比對(duì)結(jié)果基因組學(xué)作業(yè)-Copy3核酸序列組成分析（1）基于Biolign軟件四種堿基類型的統(tǒng)計(jì)基因組學(xué)作業(yè)-CopyAorC基因組學(xué)作業(yè)-Copy基因組學(xué)作業(yè)-Copy（2）核酸序列的限制性酶切圖譜（部分）基因組學(xué)作業(yè)-Copy（3）核酸序列的開放閱讀框架分析基于NCBI/ORFfinder的ORF分析

基因組學(xué)作業(yè)-Copy（4）核酸序列翻譯成蛋白質(zhì)序列結(jié)合GENESCAN工具與BioEdit軟件將核酸序列翻譯成蛋白質(zhì)基因組學(xué)作業(yè)-Copy①

利用GENESCAN工具分析基因組學(xué)作業(yè)-Copy核酸翻譯結(jié)果基因組學(xué)作業(yè)-Copy②利用BioEdit軟件對(duì)核酸進(jìn)行分析結(jié)果翻譯后氨基酸數(shù)量基因組學(xué)作業(yè)-Copy小結(jié)1、該基因序列中A+T含量較高。2、該基因序列存在多個(gè)酶切位點(diǎn)。3、在384-320之間的序列存在能翻譯成178個(gè)氨基酸?；蚪M學(xué)作業(yè)-Copy三、Y.enterocoliticaOMP編碼蛋白序列的簡單分析1編碼蛋白質(zhì)基本性質(zhì)（1）蛋白質(zhì)的理化性質(zhì)分析結(jié)合EXPASY/ProtParam及BioEdit軟件分析氨基酸及原子組成、等電點(diǎn)、消光系數(shù)等。/基因組學(xué)作業(yè)-Copy基因組學(xué)作業(yè)-Copy基因組學(xué)作業(yè)-Copy基因組學(xué)作業(yè)-Copy（2）編碼蛋白酶切位點(diǎn)分析基于Expasy/PeptideCutter軟件

基因組學(xué)作業(yè)-Copy（3）親疏水性分析基因組學(xué)作業(yè)-Copy平均疏水性值為-0.111，整個(gè)蛋白表現(xiàn)為親水性?；蚪M學(xué)作業(yè)-Copy（4）編碼蛋白跨膜區(qū)分析結(jié)合TMHMM與HMMTOP工具對(duì)膜區(qū)進(jìn)行分析/

http://基因組學(xué)作業(yè)-Copy預(yù)測結(jié)果表明該蛋白于6~24區(qū)域預(yù)存在一個(gè)跨膜螺旋基因組學(xué)作業(yè)-Copy（5）編碼蛋白信號(hào)肽預(yù)測分析基于SignalP4.0軟件對(duì)信號(hào)肽進(jìn)行預(yù)測該編碼蛋白存在信號(hào)肽，剪切位點(diǎn)位于23~24之間MeanS=0.806>0.5基因組學(xué)作業(yè)-Copy2蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測（1）基于PredictProtein軟件α螺旋，β折疊，β轉(zhuǎn)角，無規(guī)則卷曲（coils）以及模序（motif）等局部結(jié)構(gòu)組件構(gòu)成了蛋質(zhì)基本的二級(jí)結(jié)構(gòu)。基因組學(xué)作業(yè)-Copy（1）PROF二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)果

螺旋占11.8%，折疊占50%，環(huán)占38.2%基因組學(xué)作業(yè)-Copy

二硫鍵位子預(yù)測

（2）二硫鍵位子預(yù)測基因組學(xué)作業(yè)-Copy（3）模體搜索結(jié)果基因組學(xué)作業(yè)-Copy（2）蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測基于InterPro

數(shù)據(jù)庫分析蛋白序列的功能、結(jié)構(gòu)和進(jìn)化單元http:///基因組學(xué)作業(yè)-Copy（1）保守區(qū)分析基因組學(xué)作業(yè)-Copy保守區(qū)位置基因組學(xué)作業(yè)-Copy（2）蛋白家族信息基因組學(xué)作業(yè)-Copy結(jié)構(gòu)鏈接基因組學(xué)作業(yè)-Copy在其他物種中的分布基因組學(xué)作業(yè)-Copy4

蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測SWISS-MODEL預(yù)測結(jié)果基因組學(xué)作業(yè)-Copy小結(jié)1、