基因檢測技術(shù)在肺癌精準(zhǔn)治療中的應(yīng)用

1基因檢測技術(shù)在肺癌精準(zhǔn)治療中的應(yīng)用靶向捕獲測序與ddPCR比較整理課件2LiTH,etal.JClinOncol31:1039-1049測序技術(shù)的開展帶來靶向治療的縱深研究整理課件3PCR技術(shù)也經(jīng)歷了3代的進(jìn)化整理課件41987年，KRAS基因突變?cè)诋?dāng)時(shí)50%的肺腺癌患者中被發(fā)現(xiàn)。2004年，EGFR突變作為新的肺腺癌驅(qū)動(dòng)基因被發(fā)現(xiàn)。2021年，隨著TCGA方案的完成，肺腺癌的基因突變圖譜被進(jìn)一步完善。對(duì)NSCLC驅(qū)動(dòng)基因的認(rèn)知隨著分子檢測技術(shù)的進(jìn)步在不斷深入AshleyJ.Vargasetal，NatureReviewsCancer16,525–537(2021)整理課件5遺傳易感性早期篩查伴隨診斷用藥指導(dǎo)復(fù)發(fā)與疾病進(jìn)展監(jiān)控血液組織良惡性判斷NGS在腫瘤臨床領(lǐng)域的應(yīng)用整理課件6遺傳易感性早期篩查伴隨診斷用藥指導(dǎo)復(fù)發(fā)與疾病進(jìn)展監(jiān)控良惡性或分子分型非小細(xì)胞肺癌NGS在肺癌臨床領(lǐng)域的應(yīng)用NGS+ddPCRNGS+ddPCRNGS整理課件7腫瘤的異質(zhì)性對(duì)傳統(tǒng)分子組織診斷提出了挑戰(zhàn)整理課件8NGS和ddPCR都是通過計(jì)算，看檢測出多少帶有突變的DNA〔突變型〕，和檢測到的所有的DNA〔野生型+突變型〕的比值來確定等位基因突變頻率〔AF〕。等位基因突變頻率=4/14=28.5%未突變的DNA來自正常組織或腫瘤中的其他亞克隆NGS和ddPCR都能夠報(bào)告等位基因突變頻率，反映不同亞克隆的比例關(guān)系EGFRL858通過等位基因突變頻率在結(jié)合樣本病理評(píng)估中的腫瘤細(xì)胞占比，我們能夠?qū)δ[瘤內(nèi)部帶有不同驅(qū)動(dòng)基因的腫瘤細(xì)胞亞克隆有一個(gè)大致的比例上的了解。對(duì)了解腫瘤異質(zhì)性有幫助。整理課件9NGS和ddPCR都可分辨分子順式/分子反式K.S.Thress,etal.NatMed,2021.21(6):p.560-562.有研究發(fā)現(xiàn)T790M和C797S突變分子順式/分子反式信息影響EGFRTKI治療療效；NGS和ddPCR都能夠提供EGFR突變的incis/intran信息，具有重要的臨床意義，傳統(tǒng)PCR檢測那么會(huì)遺漏這一信息；整理課件10基于靶向捕獲的NGS能夠同時(shí)檢測突變和未知突變ddPCRCaptureNGS熱點(diǎn)1熱點(diǎn)2熱點(diǎn)3熱點(diǎn)4檢測基因整理課件11NCCN指南建議初診患者進(jìn)行多靶點(diǎn)平行檢測整理課件12針對(duì)非小細(xì)胞肺癌的8個(gè)基因NGS可以完全覆蓋NGS與ddPCR在肺癌8基因檢測對(duì)比檢測基因型NGS組織NGS血液ddPCR組織ddPCR血液EGFR突變檢測已知+未知檢測已知+未知已知已知ALK融合檢測已知+未知檢測已知+未知已知難（已知）HER2突變檢測已知+未知檢測已知+未知已知已知BRAF突變檢測已知+未知檢測已知+未知已知已知MET擴(kuò)增可以難很好好MET14外顯子跳讀檢測已知+未知檢測已知+未知已知已知ROS1融合檢測已知+未知檢測已知+未知已知難（已知）KRAS突變檢測已知+未知檢測已知+未知已知已知整理課件13MET14exonskipping，HER220exoninsertion等情況復(fù)雜的突變EGFR等熱點(diǎn)基因的非熱點(diǎn)突變位點(diǎn)ALK等熱點(diǎn)基因的非常見融合方式約3/4ALK融合為經(jīng)典的EML4-ALK融合，但有1/4為與其他基因的融合，包括：STRN-ALKCATSPERB-ALKACVR1-ALKCLIP1-ALKDPH6-AS1-ALKKIF5B-ALKRP11-320M2.1-ALKUGP2-ALK罕見的EGFR-19Del可能會(huì)造成PCR方法假陰性

NGS能夠覆蓋傳統(tǒng)方法和ddPCR無法檢測的突變種類整理課件14NGS能夠發(fā)現(xiàn)新的耐藥機(jī)制15例患者一代TKI進(jìn)展，T790M+，應(yīng)用AZD9291后耐藥，經(jīng)檢測發(fā)現(xiàn)三種類型：6例出現(xiàn)C797S5例仍保持T790M，無C797ST790M消失

ThressKSetal,NatMed.2021Jun;21發(fā)現(xiàn)AZD9291獲得性耐藥機(jī)制----C797S突變整理課件15與EGFR不同ALK-TKI的耐藥機(jī)制更加復(fù)雜NGS檢測EGFR和ALK的耐藥位點(diǎn)都沒有問題。ddPCR只能做T790M這種比較集中出現(xiàn)的耐藥位點(diǎn)檢測。整理課件16隨著建庫技術(shù)和生物信息分析策略的進(jìn)步NGS液體活檢敏感性已經(jīng)遠(yuǎn)超ddPCR整理課件17在腫瘤克隆進(jìn)化的過程中，勞拉替尼耐藥相關(guān)亞克隆L1198F重拾對(duì)克唑替尼的敏感性ShawATetal,NEnglJMed.2021;374(1):54-61.BordiPetal,NEnglJMed.2021;374(18):1790.評(píng)論：相比反復(fù)活檢在臨床面臨的巨大挑戰(zhàn)，ctDNA動(dòng)態(tài)隨訪是對(duì)腫瘤克隆進(jìn)化監(jiān)控的最正確方式NGS檢測能夠幫助分析腫瘤克隆的進(jìn)化整理課件18N.Rizvietal,Science,vol348,2021全外顯子測序結(jié)果有助于評(píng)估接受免疫治療