腫瘤基因檢測(cè)必須知道的十問十答

腫瘤基因檢測(cè)必須知道的十問十答！腫瘤基因檢測(cè)，對(duì)于業(yè)內(nèi)人士來說，從來就不是什么“高大尚”的技術(shù)；但是，對(duì)于醫(yī)生或患者來說，那可就真的是“既熟悉又陌生”的高科技技術(shù)！如何能讓醫(yī)生或患者通俗易懂的了解腫瘤基因檢測(cè)，那可真是一門技術(shù)活，畢竟市場(chǎng)的教育還不夠！今天，小編先跟大家分享關(guān)于腫瘤基因檢測(cè)的十個(gè)問題，希望能對(duì)大家有所幫助！1，大家經(jīng)常說腫瘤基因檢測(cè)，那么什么是腫瘤基因檢測(cè)呢？基因Talks:腫瘤基因檢測(cè)，顧名思義，就是針對(duì)與腫瘤相關(guān)的基因進(jìn)行檢測(cè)的一門技術(shù)。目前的市場(chǎng)上，腫瘤基因檢測(cè)的產(chǎn)品方向主要有以下幾種:1，腫瘤易感基因檢測(cè):主要檢測(cè)遺傳多態(tài)性，這類產(chǎn)品的特點(diǎn)是頻率高，致病性低，通常不直接致病，而是增加患病的風(fēng)險(xiǎn)；2，遺傳性腫瘤基因檢測(cè):主要檢測(cè)胚系突變，這類產(chǎn)品的特點(diǎn)是頻率低，致病性高，一旦攜帶有這種突變，則得病的概率非常高，可能在50%以上，甚至于100%；3，腫瘤精準(zhǔn)用藥基因檢測(cè):主要包括化療、靶向及免疫等藥物。化療藥物基因檢測(cè)比較簡(jiǎn)單，主要檢測(cè)人體正常細(xì)胞的基因多態(tài)性（除了腫瘤組織的基因表達(dá)量），而不是測(cè)腫瘤細(xì)胞的基因突變，所以化療藥物基因檢測(cè)還不能算是完全意義上的精準(zhǔn)醫(yī)療，因?yàn)闆]有涉及對(duì)腫瘤細(xì)胞基因突變的分析；靶向藥物基因檢測(cè)通常會(huì)檢測(cè)腫瘤信號(hào)通路中特定基因的點(diǎn)突變/插入缺失/拷貝數(shù)變異/融合（結(jié)構(gòu)變異）情況，從而找到對(duì)特定患者有效的藥物或方案，算是真正意義上的精準(zhǔn)醫(yī)療；免疫藥物基因檢測(cè)主要還是檢測(cè)與免疫治療相關(guān)的生物標(biāo)志物，比如TMB，PD-L1，MSI，MMR，HLA等，以期指導(dǎo)免疫治療；4，腫瘤早期篩查基因檢測(cè)：通過液體活檢技術(shù)對(duì)ctDNA（甲基化）進(jìn)行檢測(cè)，在腫瘤早期或超早期的時(shí)候就能夠發(fā)現(xiàn)基因水平的變化，從而達(dá)到早篩查，早發(fā)現(xiàn)，早診斷及早治療的目的；5，腫瘤預(yù)后預(yù)測(cè)、療效評(píng)估等基因檢測(cè)...2，說到腫瘤基因檢測(cè)，大家必定會(huì)說到panel，那么panel到底是個(gè)啥東西？基因Talks:Panel其實(shí)是NGS(二代測(cè)序，高通量測(cè)序技術(shù))技術(shù)發(fā)展起來的一個(gè)詞語(yǔ)，主要指同時(shí)檢測(cè)多個(gè)基因、多個(gè)位點(diǎn)?；驒z測(cè)的Panel官方稱之為“基因包”，也可以稱之為“基因組合”，商業(yè)化的市場(chǎng)習(xí)慣稱之為“基因套餐”。就基因Panel本身來說，其實(shí)并沒有指明所檢測(cè)的基因數(shù)目應(yīng)該是多少。幾個(gè)基因可以是一個(gè)Panel，幾十個(gè)基因也可以是一個(gè)Panel，幾百上千個(gè)基因也可以是一個(gè)Panel。就Panel大小來說，不僅需要看檢測(cè)基因的數(shù)目，還需要看基因所覆蓋的區(qū)域大小。3，說到腫瘤基因檢測(cè)Panel，通常都會(huì)提及測(cè)序覆蓋度、測(cè)序深度、有效測(cè)序深度、靈敏度、特異性、檢測(cè)限，這些到底是個(gè)啥？基因Talks:測(cè)序覆蓋度指測(cè)序獲得的序列占整個(gè)panel基因組size比例。由于Panel基因組中的高GC、重復(fù)序列等復(fù)雜結(jié)構(gòu)的存在，測(cè)序最終拼接組裝獲得的序列往往無(wú)法覆蓋有所的區(qū)域，這部分沒有獲得的區(qū)域就稱為Gap。比如一個(gè)腫瘤panel測(cè)序，覆蓋度是99%的話，那么還有1%的序列區(qū)域是沒有通過測(cè)序獲得的，Gap就是1%。測(cè)序深度指測(cè)序得到的總堿基數(shù)/待測(cè)基因組大小，它是評(píng)價(jià)測(cè)序量的指標(biāo)之一。假設(shè)一個(gè)panel的size為2.0M，測(cè)序深度為500X，那么獲得的總數(shù)據(jù)量為1.0G。它的測(cè)序深度二總數(shù)據(jù)量1.0G/panel大小2.0M=500X)。有效測(cè)序深度:不等同于測(cè)序深度，是指可信的去除重復(fù)序列(dup)后目標(biāo)區(qū)域的平均深度。比如2.0M的PanelSize，下機(jī)數(shù)據(jù)量1.0G，有50%數(shù)據(jù)落在目標(biāo)區(qū)域(ontarget)，50%為重復(fù)序列，那么其測(cè)序深度為500X(1.0G/2.0M)，有效深度僅為125X(1G*50%*50%/2.0M)。靈敏度(sensitivity):指患者中試驗(yàn)陽(yáng)性者所占比例。對(duì)應(yīng)假陰性率。計(jì)算公式:靈敏度(Sen)=a/(a+c)%。特異度(specificity):指沒有患病的人中試驗(yàn)陰性者所占比例。對(duì)應(yīng)假陽(yáng)性率。計(jì)算公式:特異度(Spe)=d/(b+d)%。診斷試驗(yàn)（新方法）金標(biāo)準(zhǔn)或?qū)け确椒ê嫌?jì)有病或陽(yáng)性5）無(wú)病或陰性（門）陽(yáng)性a（真陽(yáng)性）b（假陽(yáng)性）a+b陰性C（假陰性）d（真陰性｝c+d訐亠廠h+rl靈敏度和特異性計(jì)算參考表檢出限（LOD）:Limitofdetection，是指樣品中分析物可被檢出的最低的含量，此項(xiàng)指標(biāo)體現(xiàn)了試劑檢測(cè)的分析靈敏度。4，提高測(cè)序深度會(huì)不會(huì)提高檢出限（LOD）?基因Talks：提高測(cè)序深度可以增加檢測(cè)靈敏度、特異性，同時(shí)提高檢出限，但不能突破極限檢出限。在DNA量一定的情況下，滿足一定量測(cè)序深度后，檢出限存在理論極限值，單純通過增加測(cè)序深度并不能降低檢出限，盲目加大測(cè)序深度只會(huì)產(chǎn)生更多的重復(fù)（duplication），造成數(shù)據(jù)浪費(fèi)，所以測(cè)序深度并非越深越好。比如ctDNA上樣量為33ng（10000拷貝），文庫(kù)構(gòu)建轉(zhuǎn)化率50%，就是5000個(gè)拷貝，測(cè)序深度增加再深，理論上最多也只能測(cè)出5000個(gè)拷貝，LOD也不可能達(dá)到萬(wàn)分之一的。5，腫瘤基因檢測(cè)技術(shù)中，對(duì)于Reads，RawReads及CleanReads是如何進(jìn)行理解的？基因Talks:Reads:高通量測(cè)序平臺(tái)產(chǎn)生的序列就稱為reads。RawReads:原始下機(jī)數(shù)據(jù)稱為RawReads（Rawdata）。CleanReads:通過生物信息的方法，去除一些質(zhì)量差的reads（比如測(cè)序錯(cuò)誤，長(zhǎng)度小于20的reads，接頭序列，UMI序列等），得到CleanReads（Cleandata）。6，腫瘤基因檢測(cè)，對(duì)于新鮮組織、石蠟切片、胸腹水、外周血樣本類型應(yīng)該如何選擇呢？基因Talks：毋庸置疑，組織應(yīng)該是金標(biāo)準(zhǔn)，有組織的情況下，肯定組織優(yōu)先。按照檢出率的話，新鮮組織＞石蠟切片＞胸腹水上清＞胸腹水細(xì)胞＞外周血。不過做腫瘤基因檢測(cè)的話，最主要的還是要考慮臨床取樣的便捷性！7，無(wú)法取到組織的時(shí)候，什么情況下才適合用外周血進(jìn)行基因檢測(cè)呢？基因Talks:無(wú)法取得組織的話，最好是臨床處于中晚期（臨床III期后）的患者才適合用夕卜周血進(jìn)行基因檢測(cè)，同時(shí)，外周血ctDNA檢測(cè)最好是在沒有經(jīng)過任何治療之前進(jìn)行采血檢測(cè)，放化療和靶向治療均會(huì)對(duì)外周血ctDNA檢測(cè)結(jié)果產(chǎn)生影響。8，在使用腫瘤大panel做腫瘤用藥或TMB檢測(cè)的時(shí)候，是否需要提供外周血作為對(duì)照呢？基因Talks:最好提供外周血進(jìn)行對(duì)照，這樣可以確保檢測(cè)出的基因變異都是腫瘤細(xì)胞特有的。有的公司是通過公共的SNP數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行過濾，比如1000g,ExAC_ALL,gnomAD，這些SNP數(shù)據(jù)其實(shí)絕大多數(shù)都是外國(guó)人的，中國(guó)人群自己的SNP數(shù)據(jù)則是非常少的，如果保證種系變異能夠精準(zhǔn)的過濾，最好還是提供外周血作一個(gè)對(duì)照吧！

TbmourmatenaLAlignmMMatchedrwmal[bicodl□llgOTbU€toOtl(te&Hy±ndizarionTbmourmatenaLAlignmMMatchedrwmal[bicodl□llgOTbU€toOtl(te&Hy±ndizarion9，做腫瘤基因檢測(cè)的話，是不是panel越大越好呢？基因Talks:其實(shí)，每種腫瘤基因檢測(cè)產(chǎn)品（大中小panel）都有自己的優(yōu)勢(shì)，在真正選擇產(chǎn)品的時(shí)候建議大家根據(jù)經(jīng)濟(jì)條件及患者的情況來選擇。比如剛確診的時(shí)候，可以選擇幾個(gè)/幾十個(gè)基因的panel來進(jìn)行檢測(cè)。但是如果晚期多處轉(zhuǎn)移的時(shí)候，尤其是耐藥的患者，基因突變比較復(fù)雜紊亂，可以選擇更大的基因panel去檢測(cè)。如果需要進(jìn)行免疫治療，想檢查TMB，MSI及MMR的情況，也可以選擇大panel進(jìn)行檢測(cè)，總之一句話，根據(jù)具體的情況來吧，比如腫瘤的類型，檢測(cè)的目的及意義，經(jīng)濟(jì)壓力，消費(fèi)能力等。10，是不是所有的靶向藥在用藥前都需要做腫瘤基因檢測(cè)？基因Talks：不是的，這個(gè)之前也說過很多次。目前有接近一半的的靶