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文檔簡(jiǎn)介
ACD/ChemSketch
Version10.0forMicrosoftWindows
中文使用指南
化學(xué)結(jié)構(gòu)式和圖形圖像的繪制
高級(jí)化學(xué)發(fā)展有限公司(ACD)
本書版權(quán)歸ACD公司所有。?1997-2006
ACD/LABS是ACD公司商標(biāo)。
Microsoft和Windows是微軟公司在美國(guó)(或其他國(guó)家)注冊(cè)商
標(biāo)。?2006
IBM(InternationalBusinessMachines)是國(guó)際商用機(jī)器公司
注冊(cè)商標(biāo)。?1994-2006
Adobe,Acrobat,PDF(PortableDocumentFormats)及關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)結(jié)
構(gòu)等都是Adobe系統(tǒng)組合公司在美國(guó)(或其他國(guó)家)的注冊(cè)商標(biāo)。
?2006
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TeachSmith公司的商標(biāo)。?1999-2006
本指南中提到的所有商標(biāo)均屬于其擁有者。且所有的商標(biāo)均是被
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本說明書中內(nèi)容可能不在任何通告下進(jìn)行改變,公司對(duì)以下情況
不承擔(dān)責(zé)任,包括但不限于商業(yè)或任何其他特殊用途。公司對(duì)使用該
說明書而直接、間接、專門、附帶的和因此而引起的任何錯(cuò)誤不承擔(dān)
責(zé)任。
ACD/ChemSketch中文使用指南2
目錄
1.引言8
1.1免費(fèi)版8
1.2關(guān)于本指南8
1.2.1高級(jí)理解9
1.3鼠標(biāo)慣用法10
1.4更多信息10
1.4.1如何聯(lián)絡(luò)我們11
1.4.2在線升級(jí)12
2.ACD/CHEMSKETCH基礎(chǔ)13
2.1目標(biāo):13
2.2啟動(dòng)ACD/CHEMSKETCH13
2.3設(shè)定可兼容的文件類型13
2.3.1改變可兼容的文件類型14
2.4改變默認(rèn)路徑15
2.5安裝附件16
2.6退出CHEMSKETCH17
3.繪制簡(jiǎn)單結(jié)構(gòu)18
3.1目標(biāo)18
3.2畫原子、化學(xué)鍵和標(biāo)簽18
3.2.1使用常用畫圖工具18
3.2.2雙鍵和三鍵19
3.2.3個(gè)別原子的刪除20
3.2.4撤銷命令20
3.2.5聚合物20
3.2.6非原子21
3.2.7改變?cè)?1
3.2.8使用連續(xù)畫圖工具23
3.2.9使用鼠標(biāo)拖拽繪圖23
3.2.10優(yōu)化結(jié)構(gòu)24
3.2.11編輯原子標(biāo)簽24
3.2.12使用畫鏈工具25
3.3清除屏幕26
3.4使用ACD/字典27
3.5翻轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)28
3.6輸出30
3.6.1保存ChemSketch(.sk2)文件30
ACD/ChemSketch中文使用指南3
3.6.2保存結(jié)構(gòu)為MDLMolfile格式30
3.6.3打印31
3.6.4在文件中插入結(jié)構(gòu)式32
4.繪制更復(fù)雜結(jié)構(gòu)33
4.1目標(biāo)33
4.2使用基團(tuán)表33
4.3使用環(huán)節(jié)構(gòu)34
4.4刪除原子和基團(tuán)35
4.4.1同時(shí)刪除多個(gè)原子36
4.5替換原子37
4.6設(shè)置雙鍵和三鍵37
4.7標(biāo)定電荷和定義陽(yáng)離子與陰離子38
4.8標(biāo)記鍵40
4.8.1原子團(tuán)標(biāo)記鍵41
4.9使用立體鍵42
4.10繪制配位鍵44
4.11離域電荷及曲線47
4.12更多鍵類型49
4.13改變?cè)訉傩?2
5.超級(jí)結(jié)構(gòu)、簡(jiǎn)化線性分子式和化學(xué)反應(yīng)式55
5.1目標(biāo)55
5.22D—優(yōu)化55
5.2.1創(chuàng)建環(huán)烷燒結(jié)構(gòu)55
5.2.2畫環(huán)形的縮氨酸56
5.3簡(jiǎn)化線性分子式(SMILESNOTATIONS)58
5.3.7創(chuàng)建簡(jiǎn)化線性分子式58
5.3.2從簡(jiǎn)化線性分子式創(chuàng)建結(jié)構(gòu)式59
5.4IUPAC國(guó)際化學(xué)標(biāo)識(shí)分子式60
5.4.1生成國(guó)際化工標(biāo)識(shí)分子式60
5.4.2從國(guó)際化學(xué)標(biāo)識(shí)分子式生成結(jié)構(gòu)62
5.53D-優(yōu)化62
5.5.1創(chuàng)建雙[2,2,21環(huán)己烷結(jié)構(gòu)63
5.5.2創(chuàng)建三蝶烯結(jié)構(gòu)64
5.5.3創(chuàng)建立方烷結(jié)構(gòu)66
5.5.4創(chuàng)建C2o球碳分子67
5.6繪制、標(biāo)記和映射化學(xué)反應(yīng)70
5.6.1繪制化學(xué)反應(yīng)70
5.6.2標(biāo)記化學(xué)反應(yīng)71
5.6.3映射化學(xué)反應(yīng)72
5.6.4計(jì)算化學(xué)反應(yīng)數(shù)據(jù)一僅限商業(yè)版!74
6.高級(jí)繪制:模型76
6.1目標(biāo)76
ACD/ChemSketch中文使用指南4
6.2概述76
6.3原子團(tuán)表77
6.3.1創(chuàng)建熒光胺結(jié)構(gòu)77
6.4快速模型工具79
6.4.1創(chuàng)建環(huán)狀體聚物結(jié)構(gòu)79
6.5模型窗口80
6.5.1創(chuàng)建DNA分子片斷81
繪制去氧核糖-5-磷酸鹽鏈的圖象81
6.5.1.2添加堿基82
6.6繪制復(fù)雜的生物化學(xué)結(jié)構(gòu)83
6.6.1創(chuàng)建B-麥芽糖酶結(jié)構(gòu)83
6.7定義用戶模型86
6.7.1模型窗口組織者86
6.7.2模板文件87
7.計(jì)算宏觀性質(zhì)89
7.1概述89
7.2計(jì)算宏觀性質(zhì)89
7.2.7菜單命令89
7.2.2狀態(tài)欄自動(dòng)顯示90
7.3計(jì)算單一同位素質(zhì)量91
8.特殊功能鍵93
8.1目標(biāo)93
8.2同分異構(gòu)體93
8.2.1舉例95
8.2.2化學(xué)文獻(xiàn)中的錯(cuò)誤95
8.3字典97
8.4ACD/免費(fèi)名稱附件97
8.4.1ACD/免費(fèi)名稱的局限99
9.結(jié)構(gòu)搜索一一僅限商業(yè)版!100
9.1目標(biāo)100
9.2搜索結(jié)構(gòu)100
9.2J通過哪些文件搜索100
9.2.2鑒于搜索結(jié)果103
10.創(chuàng)建繪畫對(duì)象105
10.1目標(biāo)105
10.2繪制反應(yīng)能量圖105
10.2.1畫一條曲線105
10.2.2修改曲線107
10.2.3繪制X、Y軸108
10.3繪制各種不同軌道109
10.3.1繪制p軌道109
ACD/ChemSketch中文使用指南5
10.3.2繪制d軌道110
10.3.3繪制pi軌道112
10.4繪制真空蒸馀裝置113
10.4.1在圖形上加注釋115
文字注釋115
插入注釋框117
修改注釋框的形狀117
將元素編組/拆開118
10.5繪制一個(gè)雙鏈DNA螺旋結(jié)構(gòu)118
10.6繪制脂肪和膠體123
10.6.1繪制脂肪123
10.7創(chuàng)建表格125
10.7.1繪制表格內(nèi)容126
10.7.2插入表格727
10.7.3置入數(shù)據(jù)127
10.7.4修改表格內(nèi)容729
10.7.5編輯表格外觀131
11.管理文件133
11.1插入頁(yè)眉和頁(yè)腳133
11.2轉(zhuǎn)換成PDF—僅限商業(yè)版!134
11.3創(chuàng)建海報(bào)135
12.結(jié)構(gòu)模式中的樣式137
12.1目標(biāo)137
12.2改變結(jié)構(gòu)樣式137
12.2.1應(yīng)用期刊樣式138
12.2.2準(zhǔn)備發(fā)表139
12.3創(chuàng)建用戶樣式140
12.3.1用戶定義樣式:糖140
12.3.2用戶定義樣式:磷酸鹽141
12.3.3用戶定義樣式:堿142
12.3.4用戶定義樣式:強(qiáng)調(diào)142
12.4應(yīng)用現(xiàn)有樣式144
12.5設(shè)定默認(rèn)樣式145
13.畫圖模式中的樣式146
13.1目標(biāo)146
13.2改變對(duì)象樣式146
13.3保存樣式147
13.4應(yīng)用現(xiàn)有樣式147
13.5設(shè)置默認(rèn)樣式148
13.6管理樣式149
14.創(chuàng)建匯報(bào)模型150
ACD/ChemSketch中文使用指南6
14.1目標(biāo)150
14.2關(guān)于匯報(bào)模型151
14.3輸入?yún)R報(bào)模型151
14.4插入模型對(duì)象151
14.5設(shè)定顯示參數(shù)154
14.6編排模型對(duì)象160
14.7保存和應(yīng)用匯報(bào)模型160
ACD/ChemSketch中文使用指南7
1.引言Top
感謝您購(gòu)買ACD/ChemSketcho我們一直致力于開發(fā)最簡(jiǎn)單易用、
最強(qiáng)大有效的程序來用于化學(xué)結(jié)構(gòu)、反應(yīng)、示意圖形的繪制以及化學(xué)
相關(guān)的報(bào)告和演講材料的設(shè)計(jì)。
1.1免費(fèi)版
從1999年4月開始,高級(jí)化學(xué)發(fā)展公司(ACD)在網(wǎng)站中的免費(fèi)材料
中(freestuff)提供免費(fèi)的ChemSketch。
重要啟事:ACDChemSketch的免費(fèi)軟件應(yīng)該單獨(dú)安裝,也可以與其他
目前可用的ACD/Labs免費(fèi)軟件安裝在同一個(gè)文件夾中,但不能包含
任何商業(yè)版的ACD/Labs軟件(既非免費(fèi)軟件)。
所有關(guān)于免費(fèi)軟件的限制和常見問題(FAQs)同樣可以在我們的網(wǎng)站上找到:
http:〃/products/chemdsnlab/chemsketch/tech.htmi
注意:盡管我們不對(duì)ACD/ChemSketch免費(fèi)版的用戶提供技術(shù)支持,
我們鼓勵(lì)用戶將您的問題和要求發(fā)放到新聞組(Newsgroup)的網(wǎng)頁(yè)上,
具體網(wǎng)址將在下面的章節(jié)中提到。
1.2關(guān)于本指南
閱讀完該指南您能夠獲得幫助您開始使用ACD/ChemSketch的工
具,同時(shí)本指南也用于在線使用和“硬拷貝”版的打印和使用。
ACD/ChemSketch中文使用指南8
本指南中使用的是較小屏幕的顯示。
本指南中的色彩和其他窗口元素的性質(zhì)取決于默認(rèn)的窗口顯示
性質(zhì)。
本用戶指南以電子形式提供,可使用通常使用的MicrosoftWord
閱讀。如果您找不到您需要的目錄標(biāo)題,請(qǐng)使用搜索功能查找相關(guān)的
字、詞語(yǔ)。
1.2.1高級(jí)理解
本指南是ACD/Labs軟件的技術(shù)支持文章的一部分。要循序漸進(jìn)
的學(xué)習(xí)ACD/Labs的產(chǎn)品,我們推薦您按以下步驟完成技術(shù)文章的學(xué)
習(xí)(相關(guān)的文章都在ACD/Labs文章的文件夾中,WDOCS):
1.參考手冊(cè)(CHEMSK_R.PDF)
2.ACD/字典用戶指南(DICT.PDF)和ACD/3DViewer3D閱讀器
(3D.PDF)
此外,如果能夠?qū)CD/Labs的如下產(chǎn)品進(jìn)行了解,那是明智的
(相關(guān)的文章都在ACD/Labs文章的文件夾中,WDOCS):
1.ACD/I-Lab(ILAB.PDF)—允許您得到基于互聯(lián)網(wǎng)的對(duì)化工數(shù)
據(jù)庫(kù)和性質(zhì)預(yù)測(cè)程序的立即通入的服務(wù)(可從
免費(fèi)下載)。
2.ACD/ChemBasic(CHEMBAS.PDF)一使用戶能定制
ACD/Labs的特殊編程語(yǔ)言軟件(可從免費(fèi)下
載)o
3.ACD/NametoStructure(NAMESTR.PDF)—幾乎能夠?yàn)樗?/p>
ACD/ChemSketch中文使用指南9
有化學(xué)名稱生成一個(gè)分子結(jié)構(gòu)。ACD/NametoStructure根據(jù)IUPAC
建議的關(guān)于有機(jī),生物化學(xué),和無機(jī)的命名原則可以給出相應(yīng)化學(xué)有
機(jī)物和天然產(chǎn)品衍生物IUPAC名稱的結(jié)構(gòu)式。
1.3鼠標(biāo)慣用法
在您使用本軟件的過程中您可能會(huì)執(zhí)行的個(gè)別動(dòng)作,我們用如下
的專業(yè)術(shù)語(yǔ)來描述。
>指向(Pointto):移動(dòng)鼠標(biāo)到一個(gè)物體。
>點(diǎn)擊或點(diǎn)擊左鍵(click):移動(dòng)鼠標(biāo)到一個(gè)物體,并按下鼠標(biāo)左鍵。
>點(diǎn)擊右鍵(right-click):移動(dòng)鼠標(biāo)到一個(gè)物體,并按下鼠標(biāo)右鍵。
>雙擊(double-click):移動(dòng)鼠標(biāo)到一個(gè)物體,并迅速按下左鍵兩
次。
>拖動(dòng)(drag):當(dāng)你移動(dòng)鼠標(biāo)時(shí),按下鼠標(biāo)左鍵并移動(dòng)。
>選擇(select):通過點(diǎn)擊或拖拽來突出或激活某個(gè)界面元素。
1.4更多信息
要想了解更新的產(chǎn)品和服務(wù),請(qǐng)?jiān)L問我公司網(wǎng)站:
http:〃
我們網(wǎng)站正以每天數(shù)以萬計(jì)的“點(diǎn)擊”的速率被訪問.原因是:我
們提供了很多有用的產(chǎn)品和信息。從2006年夏天,我們提供免費(fèi)的
ChemSketch10.0,免費(fèi)的ISIS3D附件,免費(fèi)的CHEMDRAW擴(kuò)展,
和經(jīng)濟(jì)的“互動(dòng)性界面實(shí)驗(yàn)室”討論組,您可以不用購(gòu)買軟件就可使用
JavaApplets運(yùn)行測(cè)試計(jì)算。還可下載許多以Lotus公司CAM形式的
ACD/ChemSketch中文使用指南10
影像資料,這些資料顯示各種軟件包的操作。
我們正不斷更新關(guān)于我們網(wǎng)站的信息。網(wǎng)站將向你顯示在哪一個(gè)
科學(xué)會(huì)議方面你能訪問ACD/Labs銷售產(chǎn)品。通過我們的網(wǎng)頁(yè),您還
能瀏覽常見問題頁(yè)面或者在我們的新聞組訪問“Chat”的連接。
如果您想隨時(shí)了解ACD公司化學(xué)軟件的最新進(jìn)展,情給我們網(wǎng)站
中的廣播站發(fā)郵件:
http:〃/feedback/mailinK.html
如果您想加入ACD/Labs的討論組,請(qǐng)您訪問:
http:〃
1.4.1如何聯(lián)絡(luò)我們
可通過訪問網(wǎng)站、電話、傳真和郵件與我們聯(lián)系,但最常用的方
法是電子郵件。關(guān)于價(jià)格、銷售、供貨、和一般問題,請(qǐng)發(fā)郵件:
info@
技術(shù)和科學(xué)問題,請(qǐng)發(fā)郵件:
support@
與我們聯(lián)系時(shí),請(qǐng)告訴我們軟件擁有者的名字,版本號(hào),產(chǎn)品證
書號(hào)(這些信息可在幫助/關(guān)于文件中找到)。如果可能,請(qǐng)告訴我們供
應(yīng)商的名字。
ACD/ChemSketch中文使用指南11
1.4.2在線升級(jí)
所有ACD計(jì)算機(jī)軟件都可以在網(wǎng)上進(jìn)行升級(jí).您需要準(zhǔn)備好您
的產(chǎn)品登記號(hào),并且用您安裝了ACD軟件的計(jì)算機(jī)進(jìn)行升級(jí)。通常
升級(jí)只是很小的改進(jìn),比如:將實(shí)際版本從10.00升至10.01.詳情請(qǐng)
參閱您的產(chǎn)品說明文件中的在線升級(jí)\\DOCS\UP_CLNT.PDF?;蚺c
我們的技術(shù)支持部聯(lián)系。
ACD/ChemSketch中文使用指南12
2.ACD/ChemSketch基礎(chǔ)Top
2.1目標(biāo):
本章講解如下內(nèi)容:
>如何啟動(dòng)ACD/ChemSketch
>如何設(shè)定和改變文件可兼容的文件類型(RieAssosciation)
>如何設(shè)定默認(rèn)文件路徑
>如何退出ACD/ChemSketch
2.2啟動(dòng)ACD/ChemSketch
安裝完畢后,按以下步驟操作可啟動(dòng)程序。
1.打開Windows。
2.雙擊圖標(biāo),啟動(dòng);
或任務(wù)欄中,由開始菜單擊圖標(biāo);
或在ACD欄目中雙擊CHEM.exe程序文件;
或從正在運(yùn)行的其他ACD程序中的ACD/Labs目錄中選擇
ChemSketcho
3.如果是免費(fèi)版本,您將看到15秒ACD產(chǎn)品滾動(dòng)圖象,請(qǐng)等待
并點(diǎn)擊取消鍵(Cancel)。
2.3設(shè)定可兼容的文件類型
1.在您第一次使用此軟件時(shí),設(shè)定可兼容的文件類型(File
ACD/ChemSketch中文使用指南13
Associations)對(duì)話框?qū)⒊霈F(xiàn).
2.這些可兼容的形式包括CSChemDraw(*.CHM),REACCS
Rxnfiles(*.RXN),ISIS/Sketch(*.SKC),可能還有其他格式的文件,
這些文件都可以在ChemSketch中打開.具體做法是在您想要添加
的選項(xiàng)前的方框內(nèi)點(diǎn)上對(duì)號(hào),然后點(diǎn)擊YES鍵即可。
3.如果您不知道或者不確切地知道ChemSketch將打開的文
件的擴(kuò)展名,不要選任何選項(xiàng),然后點(diǎn)擊NO鍵。
4.然后今日訣竅(TipoftheDay)窗口將跳出,您可以在閱讀結(jié)
束后關(guān)閉。
2.3.1改變可兼容的文件類型
在您沒有選擇可兼容文件類型以前,ChemSketch將自動(dòng)使用默
認(rèn)的文件類型,您可以隨時(shí)改變默認(rèn)文件類型,只要在文件(File)菜
單下選擇相關(guān)ACD產(chǎn)品命令(FileAssociations)即可。
重要啟事:如果在WindowNT的系統(tǒng)中您沒有被授權(quán)改變可兼容文
ACD/ChemSketch中文使用指南14
件的同時(shí)選擇FileAssociations的命令,會(huì)出現(xiàn)警告信息,請(qǐng)聯(lián)系您
的系統(tǒng)管理員解決問題。
如果您已經(jīng)選擇了所有的可兼容文件類型,一條信息會(huì)提示您
已經(jīng)選擇了所有的文件類型-"allsupportedfiletypesarealready
associatedwiththecurrentapplication,您可以通過Windows
Explorer選擇選項(xiàng):
1.打開WindowsExplorer,選擇您想選的選項(xiàng):
2.按住SHIFT鍵,在要打開的文件上右擊鼠標(biāo),在菜單中選擇
OpenWith.
3.選擇您要打開的文件相對(duì)應(yīng)的文件類型,然后選擇Always
usethisprogram(只要在前面的方框內(nèi)打?qū)μ?hào)即可)。
4.點(diǎn)擊0K,然后關(guān)閉WindowsExplorer.
2.4改變默認(rèn)路徑
如果您使用的是單一用戶(可以單獨(dú)使用的版本),默認(rèn)路徑可能
是沒有任何問題的.
如果您使用的是網(wǎng)絡(luò)版本,我們建議您改變您的默認(rèn)路徑,將您
的文件保存在您自己的硬盤,而不是網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器。當(dāng)做好了單機(jī)路徑
后,再在每一個(gè)單機(jī)上進(jìn)行以下操作:
1.打開ChemSketch的窗口后,從Options菜單中選擇
Preferences命令鍵。
2.點(diǎn)擊General,然后在默認(rèn)欄內(nèi)鍵入每次您要輸入,打開,
保存和輸出文件的路徑。
ACD/ChemSketch中文使用指南15
Directories
Private:C:\MyDocuments…
Default:E:\Tmp…
注意:在Private欄內(nèi),您可以設(shè)定記錄每次ChemSketch操作的
設(shè)置。
3.點(diǎn)擊OKo
2.5安裝附件
從8.00的版本開始就可以安裝附件了一編寫的用于擴(kuò)展主要應(yīng)
用的一些程序(有.ADDON的擴(kuò)展名)。每個(gè)附件都包含了用于當(dāng)前
記錄或整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的一整套命令。當(dāng)附件被安裝,它的命令可能被安
置或在工具欄作為按鈕或在主菜單作為添加子菜單的命令,或二者
都有。
請(qǐng)按以下步驟安裝附件:
1.從選擇菜單,選擇附件組織者(Add-onOrganizer)。
2.點(diǎn)擊添加,在出現(xiàn)的打開對(duì)話框中,找到.ADDON文件。點(diǎn)
擊打開將其添加至目錄中。
3.用戶化一些添加選項(xiàng),在目錄選擇它點(diǎn)擊編輯:
ACD/ChemSketch中文使用指南16
4.在可用的命令框中,從ChemSketch界面選擇命令是容易實(shí)現(xiàn)
的。在插入?yún)^(qū)域,選擇添加命令應(yīng)該增加的地方:作為命令對(duì)菜單并
且/或者作為按鈕對(duì)一般工具欄(若通過附件自動(dòng)執(zhí)行)。點(diǎn)擊OK。
5.點(diǎn)擊0K在附件組織者對(duì)話框和核實(shí)是否菜單或按鈕增加到
界面。
2.6退出ChemSketch
您能從以下方式中選擇任意一種來退出程序:
>在屏幕右上腳點(diǎn)擊囚。
>在ACD/Labs菜單中選擇CloseAIL這將退出所有ACD
軟件。
>從File菜單中選擇Exit,這將只退出現(xiàn)有的軟件。
在退出之前,計(jì)算機(jī)將提示您存盤。
ACD/ChemSketch中文使用指南17
3.繪制簡(jiǎn)單結(jié)構(gòu)Top
3.1目標(biāo)
本章介紹繪制結(jié)構(gòu)的一些基本知識(shí),這些功能只在結(jié)構(gòu)模式適
用。您將掌握以下的功能:
>畫原子,化學(xué)鍵(單鍵,雙鍵,三鍵,共價(jià)鍵,等等),和標(biāo)簽。
>翻轉(zhuǎn)分子結(jié)構(gòu)式。
>選擇,旋轉(zhuǎn)和擴(kuò)大與縮小結(jié)構(gòu)圖。
>將結(jié)構(gòu)式輸出至文件夾,文件及打印機(jī)。
>清理屏幕。
3.2畫原子、化學(xué)鍵和標(biāo)簽
ChemSketch的基本功能是畫化學(xué)鍵和原子,您必須在結(jié)構(gòu)模
式進(jìn)行以下操作:[StructureDraw
3.2.1使用常用畫圖工具
當(dāng)程序開始時(shí),常用畫圖工具團(tuán)是默認(rèn)的。在這種模式
下,您可以很容易地畫直和分支結(jié)構(gòu),并用元素周期表中
的原子取代所畫的原子。
5.在畫圖模式(DrawMode)下口,從原子工具條選擇碳原子
H
6.單擊空白處,畫出CHm
ACD/ChemSketch中文使用指南18
7.單擊CPU以增加一個(gè)C%基團(tuán),并以標(biāo)準(zhǔn)鍵長(zhǎng)連接。再雙擊同
一個(gè)碳原子,畫出
8.單擊SetBondVerticallyU/I,將從上一步得到的結(jié)構(gòu)旋轉(zhuǎn)
10.單擊最右邊的碳原子,畫出
11.重復(fù)以上步驟,畫出一些結(jié)構(gòu)
H3c
3.2.2雙鍵和三鍵
1.在3.2.1節(jié)的第7步所畫的結(jié)構(gòu)式中的最后一個(gè)單鍵上再次單擊
2
2.再次在雙鍵上單擊獲得三鍵:
H3cCH
CH
3.再次在三鍵上點(diǎn)擊將重新得到單鍵.
ACD/ChemSketch中文使用指南19
3.2.3個(gè)別原子的刪除
如果您加了過多的原子,可以逐一去除原子:
1.點(diǎn)擊Delete鍵E
2.在以上的分子結(jié)構(gòu)上進(jìn)行逐一去除原子的練習(xí).
3.2.4撤銷命令
另外一個(gè)重要的功能是如何恢復(fù)以前的界面設(shè)置:
1.單擊Undo五]鍵。這會(huì)將ChemSketch的界面恢復(fù)到以前的
設(shè)置.
注意:點(diǎn)擊Undo鍵將會(huì)擊活重做(Redo)鍵。
2.多次單擊恢復(fù)Undo臼鍵,直到將其恢復(fù)至以下結(jié)構(gòu):
CH3
注意:Undo鍵可以連續(xù)點(diǎn)擊50次當(dāng)您畫比較復(fù)雜的結(jié)構(gòu)或者物體
時(shí),我們建議您養(yǎng)成及時(shí)保存文件的習(xí)慣。
3.2.5聚合物
ChemSketch提供了聚合物結(jié)構(gòu)的繪制功能:
1.在結(jié)構(gòu)工具欄上點(diǎn)擊PolymersE鍵,出現(xiàn)聚合物面板后
就可以進(jìn)行如下設(shè)置的更改了:
ACD/ChemSketch中文使用指南20
2.通過點(diǎn)擊或拖拽來選定產(chǎn)生聚合物的區(qū)域。當(dāng)區(qū)域被選擇,
聚合物出現(xiàn)在工作區(qū):
CH3
3.再次點(diǎn)擊Polymers囚鍵就可以離開聚合物繪制模式。
3.2.6非原子
按照以下步驟來創(chuàng)建無終止的聚合物和彎鍵:
1.在原子工具欄,點(diǎn)擊PseudoAtom0鍵。
2.點(diǎn)擊結(jié)構(gòu)的結(jié)束原子用空的原子替換他們。那么就可以得到
一個(gè)無終止的聚合物了。
3.2.7改變?cè)?/p>
按以下方式用一個(gè)原子工具欄中沒有的元素替換當(dāng)前元素:
1.點(diǎn)擊撤銷鍵51直至回到下面的結(jié)構(gòu)或者畫出它:
CHa
2.單擊原子工具條下的元素周期表(PeriodicTable)鍵部,打開元
素周期表(PeriodicTableofElements):
ACD/ChemSketch中文使用指南21
PeriodicTableofElements
1FFluorine918
Maos:18.9984032lie
1314151617
Valence:1
LiBeBCNOFNe
Electronconfiguration:2-7
NaMg3456789101112Al
vMmN1?
SYCTi
zrTcpd
*HfNb
Rf
TaRapt
Db
“
BhDs
D
T
Characters:green-yellowgas,poisonous
Diecoverer:1886zH.Moiecan,France
NameOrigin:from'flucre'(Latin)-toflowDensity,g/L:1.7
AtomicRadius,A:0.67IonizationPotentialkJ/mol:1681MeltingPoint,K:54
日ectronegativity:3.98ElectronAffinity,kJ/mol:328BoilingPointK:85
GeneralNMRJMassJColorationJ
LX:盍9]|?四|
3.單擊元素周期表中的氟(Fluorine)鍵F,注意現(xiàn)在氟
(Fluorine)鍵出現(xiàn)在原子工具條中。
4.單擊最左邊的碳(Carbon),用氟原子替代碳原子:
注意:當(dāng)您選擇了元素周期表中的某個(gè)元素時(shí);相應(yīng)的元素鍵將自動(dòng)
加到原子工具條中。去除工具條中的原子鍵可以通過雙擊任何一個(gè)原
子鍵或者雙擊原子工具條,然后選擇YES。但是后者將刪除默認(rèn)原子
以外的所有原子鍵。
ACD/ChemSketch中文使用指南22
3.2.8使用連續(xù)畫圖工具
當(dāng)連續(xù)畫圖工具(DrawcontinuousTool)SI被激活后,只有
在原子工具條中被選定的原子才能用于畫化學(xué)鍵。點(diǎn)擊工具條中的原
子鍵,可使其成為被選中的原子。這種連續(xù)畫圖工具模式在由一個(gè)選
定原子“衍生”多個(gè)相同原子時(shí),非常方便。
1.在結(jié)構(gòu)工具欄中,點(diǎn)擊連續(xù)畫圖鍵。或者單擊鼠標(biāo)右鍵,
選擇畫圖模式。
2.在原子工具欄(Atoms)中選擇M原子。
3.點(diǎn)擊最右邊的碳原子,雙擊以“衍生”出F原子。在同一碳原子
上雙擊,以“衍生”第二個(gè)F原子CHa。
3.2.9使用鼠標(biāo)拖拽繪圖
在正常畫圖(DrawNormal)H和連續(xù)畫圖(Draw
Continuous)日兩種模式下,您可以從一個(gè)原子拖動(dòng)鼠標(biāo)到另一個(gè)
原子,畫出單鍵。如果您從一個(gè)空白處開始(或結(jié)束)拖動(dòng),將在開始
處(或結(jié)束處)生成一個(gè)新的原子。在下面結(jié)構(gòu)中,點(diǎn)擊一端的碳原子,
拖動(dòng)鼠標(biāo)到另一端的碳原子。
當(dāng)正常畫圖(DrawNormal)I‘I和連續(xù)畫圖(Draw
Continuous)匚71被激活后,指向到終端碳的當(dāng)中一個(gè)和扯拽到其它
終端碳畫以下結(jié)構(gòu):
ACD/ChemSketch中文使用指南23
3.2.10優(yōu)化結(jié)構(gòu)
點(diǎn)擊結(jié)構(gòu)工具欄中“清潔”后命令,將使結(jié)構(gòu)中所有的鍵長(zhǎng)與
角度平均化,得到如下結(jié)構(gòu):
Clean命令不僅使鍵長(zhǎng)和角度平均化,令結(jié)構(gòu)看上去更好看,更
使該結(jié)構(gòu)符合于化學(xué)意義。例如循環(huán)結(jié)構(gòu),它將SP2軌道上的碳原子
的鍵按120度分布,將SP軌道上的碳原子的鍵按180度分布。當(dāng)畫平面
和立體異構(gòu)體時(shí),Clean命令保持以上特性將鍵長(zhǎng)和角度平均化。
3.2.11編輯原子標(biāo)簽
編輯原子標(biāo)簽工具麻允許您用簡(jiǎn)短的縮寫代替最終端的原子。
1.在原子工具欄中,點(diǎn)擊原子標(biāo)簽工具睡鍵,然后將鼠標(biāo)移
動(dòng)到結(jié)構(gòu)中最右端的F原子上。
2.在打開的編輯標(biāo)簽(EditLabel)對(duì)話框中,鍵入(CFOBPH,再
點(diǎn)擊插入鍵(Insert),畫出如下結(jié)構(gòu)。
3.選擇改變位置(ChangePosition)然后點(diǎn)擊原子標(biāo)
簽,調(diào)換Ph和(CH2)的位置得到以下結(jié)構(gòu):
ACD/ChemSketch中文使用指南24
F
提示:用手指按住Shift,同時(shí)
點(diǎn)擊結(jié)構(gòu)中的原子標(biāo)簽將達(dá)到與3.同樣的效果。
4.利用已激活的編輯原子標(biāo)簽工具(EditAtomLabel)
點(diǎn)擊已得到的縮寫,將編輯標(biāo)簽對(duì)話框再次打開,點(diǎn)擊“展
開”(Expand)
3.2.12使用畫鏈工具
使用畫鏈畫工具,通過點(diǎn)擊和拖動(dòng)鼠標(biāo),您可以很容易地畫出
長(zhǎng)、短鍵。
1.點(diǎn)擊結(jié)構(gòu)工具欄中畫鏈工具鍵將鼠標(biāo)移動(dòng)到鍵頭所指的
Kf/_P
原子上。廠丫廠
2.按下鼠標(biāo)鍵,向左拖動(dòng)。當(dāng)鼠標(biāo)離開結(jié)構(gòu)時(shí),自動(dòng)生成碳鏈。
注意鼠標(biāo)箭頭旁的碳原子數(shù)(C#)隨著碳原子的增減而變化:
ACD/ChemSketch中文使用指南25
F
3.激活畫鏈工具(DrawChains)司,在原子工具欄中選擇
向原子,點(diǎn)擊最左邊的碳原子,衍生出F原子。點(diǎn)擊結(jié)構(gòu)
3.3清除屏幕
如果您需要清除屏幕,您可以選擇以下的一種方式:
>從文件(File)菜單,選擇新建(New)。這將打開一個(gè)新的空
白文件。
在左上方選擇創(chuàng)建新頁(yè)按鈕(NewPage)[fl],創(chuàng)建新的一頁(yè)。
在編輯菜單中選擇“全選”按鈕(SelectAll),再選擇“刪除,命令
(Delete)。
>在工具欄中(Generaltoolbar)點(diǎn)擊刪除「司(Delete)按鈕,點(diǎn)擊
空白處,再點(diǎn)擊結(jié)構(gòu)的任意部分,將其全部刪除。
ACD/ChemSketch中文使用指南26
3.4使用ACD/字典
我們?cè)试S您從普通藥品名字中查找分子結(jié)構(gòu),但這個(gè)模塊是只
可利用的在ACD/ChemSketch的商業(yè)版本。如果您使用免費(fèi)軟件
版本ACD/Dictionary是不可用的,請(qǐng)?zhí)^這個(gè)部分。
1.在參考工具欄點(diǎn)擊*IACD/字典按鈕(ACD/Dictionary)
來顯示ACD/字典:
2.在對(duì)話框的標(biāo)題欄上單擊鼠標(biāo)右鍵來顯示快捷菜單,確信沒
有選中復(fù)制帶有命名的結(jié)構(gòu)(CopyStructurewithName)。
3.在快速查找箱,輸入咖啡因。當(dāng)您鍵入名單即顯示對(duì)應(yīng)的名
稱。當(dāng)必需的名稱在表單中可見的時(shí)候,點(diǎn)擊它來選擇。對(duì)
應(yīng)的結(jié)構(gòu)就會(huì)被顯示在右邊的預(yù)覽區(qū)域。
ACD/ChemSketch中文使用指南27
4.將被選擇的化合物置入工作區(qū),點(diǎn)擊OK即可。
5.結(jié)構(gòu)陰影附有指針,指向空白區(qū)域并點(diǎn)擊即可插入結(jié)構(gòu):
注意:更多細(xì)節(jié)在ACD/Dictionary選項(xiàng)中,參見ACD/DictionaryUser's
Gudie位于ACD/Labs文獻(xiàn)文件夾(\\DOCS\DICT.PDF)。
3.5翻轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)
您可以在結(jié)構(gòu)工具欄中通過點(diǎn)擊一個(gè)鍵來實(shí)現(xiàn)整個(gè)結(jié)構(gòu)的旋轉(zhuǎn)
和翻轉(zhuǎn)。
1.我們拿前面一節(jié)字典中的或手工繪制的咖啡因?yàn)槔?,將下圖中紅
線標(biāo)記的雙鍵進(jìn)行翻轉(zhuǎn)。
2..(SetBondHorizontally)然后再點(diǎn)擊目標(biāo)
鍵使其處于水平,結(jié)構(gòu)其它部分將相應(yīng)轉(zhuǎn)動(dòng)。用該工具反復(fù)點(diǎn)擊
此鍵可使結(jié)構(gòu)繞鍵不斷翻轉(zhuǎn)。
ACD/ChemSketch中文使用指南28
3.點(diǎn)擊設(shè)置垂直鍵(SetBondVertically)然后點(diǎn)擊目標(biāo)鍵使
其處于垂直,其它部分將相應(yīng)翻轉(zhuǎn)。
4.點(diǎn)擊翻轉(zhuǎn)鍵解(FliponBond)然后點(diǎn)擊目標(biāo)鍵,結(jié)構(gòu)將會(huì)繞
著被點(diǎn)擊的鍵轉(zhuǎn)動(dòng)。
5.首先選中整個(gè)分子(或基團(tuán)),點(diǎn)擊上下翻轉(zhuǎn)卜&I(FlipTopto
Bottom)按鈕,則選中的結(jié)構(gòu)或基團(tuán)(若無選中項(xiàng),則所有已繪
結(jié)構(gòu))將從上部旋轉(zhuǎn)至下部。
6.點(diǎn)擊左右翻轉(zhuǎn)畫(FlipLefttoRight)使被選結(jié)構(gòu)或基團(tuán)(若無選
中項(xiàng),則所有已繪結(jié)構(gòu))將從右方旋轉(zhuǎn)至左方。
注意:應(yīng)用翻轉(zhuǎn)工具可能改變立體結(jié)構(gòu)??梢詮倪x項(xiàng)(Options)菜單
中選擇參數(shù)(Preferences),然后切換至結(jié)構(gòu)(Structure)標(biāo)簽來進(jìn)行
控制。保持立體構(gòu)型(KeepStereoConfigurationon)選區(qū)將控制程序
是否對(duì)分子的真實(shí)3D排列進(jìn)行記憶:
KeepStereoConfigurationon:FCleanFFlips
它可以保持真正的3D結(jié)構(gòu)的分子結(jié)構(gòu).我們建議選擇Flips,這樣一
ACD/ChemSketch中文使用指南29
來盡管位置改變了,分子結(jié)構(gòu)將和翻轉(zhuǎn)以前的一樣.
CHCH
I3YesI3
Br、CICl、Br
否則,分子將變成原來分子的對(duì)應(yīng)異構(gòu)體:
3.6輸出
輸出的方式有存盤,打印或者插入其他文件中,如:MSWord,
Excel等.您還可以試試I-Lab服務(wù)。(參見ACD/I-LabUser'sGuide
位于ACD/Labs文獻(xiàn)文件夾,\\DOCSVLAB.PDF)
3.6.1保存ChemSketchCsk2)文件
將我們?cè)谇耙还?jié)中所畫的結(jié)構(gòu)式存為ACD格式,1文件名為
example1.sk2o
1.從File菜單選擇Save。
2.在對(duì)話框中輸入文件名和路徑,然后點(diǎn)擊0K。
3.6.2保存結(jié)構(gòu)為MDLMolfile格式
一種比較標(biāo)準(zhǔn)的文件格式是由MDL公司開發(fā)的MDLmolfile格
式。注意:只有結(jié)構(gòu)式可以存盤,圖象和文字不能以這種格式存盤。
1.選擇您要存盤的結(jié)構(gòu)式。
2.從文件夾(File)菜單選擇輸出(Export)命令,在對(duì)話框下部的文件
1SK2格式的細(xì)節(jié)請(qǐng)參閱http://www.acdlabs.eom/download/#misc.
ACD/ChemSketch中文使用指南30
類型選擇欄中選擇MDLMolfiles:
Saveastype:MDLMolfiles(z.rnol)▼
x
MDLMolfiles(moll1k▲
ISIS/Sketch(x.$kc)
REACCSRxnfiles(".rxn)
CSChemDraw(xchm)
CMLfile(xcml)
AdobeAcrobat(x.pdf)
WindowsMetafiles
WindowsBitmaps「.bmp;*dib)
Paintbrush(X.pcx),
TIFFBitmaps(Mif);
3.輸入文件名和路徑,點(diǎn)擊OK。
3.6.3打印
其它方式保存您的工作將打印報(bào)告。在開始的打印之前,核實(shí)頁(yè)
面設(shè)置。
1.若您想設(shè)置海報(bào)選項(xiàng),從文件菜單,選擇頁(yè)面設(shè)置顯示您能
指定紙張大小,取向等(更多有關(guān)海報(bào)制作的細(xì)節(jié)可在11.3獲
得)。
2.點(diǎn)擊0K保存。
3.點(diǎn)擊全頁(yè)(FullPage)鍵國(guó)進(jìn)行預(yù)覽。
ACD/ChemSketch中文使用指南31
4.進(jìn)行適當(dāng)?shù)恼{(diào)整。
5.從文件夾(File)菜單選擇打印(Print)或者點(diǎn)擊閾。點(diǎn)擊
0K開始打印。
3.6.4在文件中插入結(jié)構(gòu)式
有時(shí)侯您需要將結(jié)構(gòu)式插入其他類型的文件中。例如:Word
document,Excelspreadsheet等。
1.選擇所需的結(jié)構(gòu)式。
2.若想從圖畫板拷貝結(jié)構(gòu)式,單擊拷貝鍵畫。
或者
從編輯(Edit)菜單鍵選擇拷貝Copy命令。
或者
在鍵盤上按CTRL+C鍵。
3.然后在您選定的文件中,點(diǎn)擊粘貼(Paste)鍵。
重要說明:當(dāng)把結(jié)構(gòu)式粘貼至其他文件時(shí),如:MicrosoftExcel,結(jié)構(gòu)
式可能會(huì)變成數(shù)字或者圖形(MDLmolfile格式),為了得到結(jié)構(gòu)式,可
以點(diǎn)擊特殊粘貼(PasteSpecial),在粘貼選擇(pasteoptions)中,選擇
ACDChemSketch2.0Object或者Picture鍵,前者將結(jié)構(gòu)式作為OLE
物體插入,因此您可以將插入的結(jié)構(gòu)式通過ChemSketch進(jìn)行修改。
ACD/ChemSketch中文使用指南32
4.繪制更復(fù)雜結(jié)構(gòu)Top
4.1目標(biāo)
在這一章中,主要講解以下內(nèi)容:
>如何用化學(xué)基團(tuán)表畫化學(xué)基團(tuán);
>如何迅速地畫環(huán)結(jié)構(gòu);
>如何刪除和替換原子;
>如何畫雙鍵和三鍵;
>如何畫原子的電荷,陽(yáng)離子和陰離子;
>如何改變不同原子的性能。
4.2使用基團(tuán)表
化學(xué)基團(tuán)表(TableofRadicals)中包括預(yù)先畫好的氨
基酸及其保護(hù)基的結(jié)構(gòu),還有核甘酸及其他常用結(jié)構(gòu)。
1.在常用工具欄(Generaltoolbar)點(diǎn)擊保存文件圈1(Save
File),然后點(diǎn)擊新頁(yè)面I人I(NewPage)在同一文件中
開始新的繪圖。
2.在參考工具欄(ReferencesToolbar)中點(diǎn)擊基團(tuán)表I冒鼠冒
(TableofRadicals),顯示如下基團(tuán):
ACD/ChemSketch中文使用指南33
3.在表中點(diǎn)擊環(huán)己烷鍵(Cyclohexane)|0|。環(huán)己烷鍵被選
定,同時(shí)選定屏幕右邊的參考工具欄(References
toolbar)。
4.對(duì)環(huán)戊烷鍵叵和羥基國(guó)重復(fù)以上步驟。
注意:當(dāng)基團(tuán)表中新的化學(xué)基團(tuán)被選中后,在參考工具欄中將自動(dòng)添
加該鍵??赏ㄟ^雙擊該鍵或在參考工具欄再選擇YES,刪除該鍵。
4.3使用環(huán)節(jié)構(gòu)
1.在右邊參考工具欄中選擇環(huán)戊烷鍵[SI(Cyclopentane),
或者從化學(xué)基團(tuán)表中選擇。
2.在工作區(qū)點(diǎn)擊創(chuàng)建新的五元環(huán)。
3.在同一工具欄中,選擇環(huán)己烷離子束,將鼠標(biāo)移動(dòng)到環(huán)
ACD/ChemSketch中文使用指南34
戊烷鍵d再點(diǎn)擊創(chuàng)建如下結(jié)構(gòu)
4.重復(fù)以上步驟,創(chuàng)建如下結(jié)構(gòu):4
5.點(diǎn)擊垂直鍵(SetBondVertically)1J,再點(diǎn)擊刖頭所
一
指的鍵,使結(jié)構(gòu)圍繞該鍵旋轉(zhuǎn):
6.在基團(tuán)表中點(diǎn)擊C00H按鈕包L
7.點(diǎn)擊箭頭所指的原子一^
[^廣,以衍生出竣基:
-OH
I人
>
4.4刪除原子和基團(tuán)
-0H?—
4二
0H
=0?-
我們將在0'結(jié)構(gòu)刪除箭頭所指的原子
ACD/ChemSketch中文使用指南35
CH3
使其成為如下結(jié)構(gòu)CH3O
您可以這樣作:依次刪除每個(gè)原子,或一次自動(dòng)刪除所有原子。
4.4.1同時(shí)刪除多個(gè)原子
在這個(gè)部分,您將學(xué)會(huì)怎樣立即刪除所有必需的結(jié)構(gòu)元素:
1.點(diǎn)擊結(jié)構(gòu)工具欄中套索開關(guān)鍵(Lassoon/off)RI,以激活套索
選擇模式;^|。注意此時(shí)選擇/移動(dòng)工具0^(Select/Move)也被
激活。
2.用套索線圍住所有要?jiǎng)h除的原子。
3.點(diǎn)擊工具欄中的刪除(Delete)鍵「可。點(diǎn)擊任意一個(gè)被選定的原
子,將它們?nèi)縿h除。
或者
在鍵盤上按Delete刪除。
、、、、力
注意:您可以通過套索(Lassoselector)和矩形套索(Rectangle
selector)區(qū)選定原子、鍵和圖象。不選擇圖象時(shí),點(diǎn)擊任意空白即
可。
ACD/ChemSketch中文使用指南36
4.5替換原子
替換箭頭所指的原子,使結(jié)構(gòu)成為:
1.點(diǎn)擊原子工具欄(Atomstoolbar)中氮原子鍵|N再點(diǎn)擊所有細(xì)
箭頭指定的碳原子。
2.點(diǎn)擊原子工具欄中氧原子鍵6|,再點(diǎn)擊三個(gè)粗箭頭指定的碳原
子。
注意:在連續(xù)畫圖模式目下,您不能替換原子(見3.2.8章)
4.6設(shè)置雙鍵和三鍵
I-(DrawContinuous)
1.或(Draw
Chains)任一處于激活狀態(tài)下時(shí),點(diǎn)擊箭頭所指的鍵
2.使用改變雙鍵(ChangeDoubleBond)或氫原子位置(Hydrogen
Position)鍵|買,可以使結(jié)構(gòu)更精細(xì)。選定這個(gè)鍵,并點(diǎn)擊箭頭
所在的氫原子和雙鍵。注意:氫原子圍繞氮原子和氧原子移動(dòng),
ACD/ChemSketch中文使用指南37
雙鍵圍繞單鍵移動(dòng)。
4.7標(biāo)定電荷和定義陽(yáng)離子與陰離子
本章將畫下列結(jié)構(gòu):
H3CH3CH3C
NH2-CH3CH3N—CHO
陽(yáng)禹子陰禹子自由基
H3C邱\H3C鄴\
\H-CHNH二CH3N:
3?N?
正禹子基負(fù)禺子基單雙自由基三雙自山基
1.在原子工具欄中選擇碳原子鍵Carbon0,并且保證通用畫圖
工具處于激活狀態(tài)(DrawNormal二不),畫出如下結(jié)構(gòu):
2.選擇氮鍵(NitrogenH),并且點(diǎn)擊中間的碳鍵,用氮替換碳:
NH—C出
3.點(diǎn)擊原子工具欄中的Increment(+)Charge鍵的右下角
的三角形擴(kuò)展得到以下各項(xiàng):
ACD/ChemSketch中文使用指南38
TIIncrement(+)Charge正電荷
IDecrement(-)Charge負(fù)電荷
I*IRadical自由基;
I**IPositiveRadicalIon正離子基;
I_JNegativeRadicalIon負(fù)離子基.
4.點(diǎn)擊負(fù)電荷Decrement(-)Charge鍵F"'I,然后點(diǎn)擊NH,得到一
個(gè)陰離子:
N—CH3
5.右擊鼠標(biāo)得到正電荷鍵Increment(+)Chargel(或者選擇
H),雙擊將得到陽(yáng)離子:
H
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