化學結(jié)構(gòu)式和圖形圖像的繪制中文使用指南

ACD/ChemSketch

Version10.0forMicrosoftWindows

中文使用指南

化學結(jié)構(gòu)式和圖形圖像的繪制

高級化學發(fā)展有限公司（ACD）

本書版權(quán)歸ACD公司所有。?1997-2006

ACD/LABS是ACD公司商標。

Microsoft和Windows是微軟公司在美國（或其他國家）注冊商

標。?2006

IBM（InternationalBusinessMachines）是國際商用機器公司

注冊商標。?1994-2006

Adobe,Acrobat,PDF（PortableDocumentFormats）及關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)結(jié)

構(gòu)等都是Adobe系統(tǒng)組合公司在美國（或其他國家）的注冊商標。

?2006

Camtasia是TechSmith公司的注冊商標，CamtasiaStudio是

TeachSmith公司的商標。?1999-2006

本指南中提到的所有商標均屬于其擁有者。且所有的商標均是被

許可的。

本說明書中內(nèi)容可能不在任何通告下進行改變，公司對以下情況

不承擔責任，包括但不限于商業(yè)或任何其他特殊用途。公司對使用該

說明書而直接、間接、專門、附帶的和因此而引起的任何錯誤不承擔

責任。

ACD/ChemSketch中文使用指南2

目錄

1.引言8

1.1免費版8

1.2關(guān)于本指南8

1.2.1高級理解9

1.3鼠標慣用法10

1.4更多信息10

1.4.1如何聯(lián)絡(luò)我們11

1.4.2在線升級12

2.ACD/CHEMSKETCH基礎(chǔ)13

2.1目標：13

2.2啟動ACD/CHEMSKETCH13

2.3設(shè)定可兼容的文件類型13

2.3.1改變可兼容的文件類型14

2.4改變默認路徑15

2.5安裝附件16

2.6退出CHEMSKETCH17

3.繪制簡單結(jié)構(gòu)18

3.1目標18

3.2畫原子、化學鍵和標簽18

3.2.1使用常用畫圖工具18

3.2.2雙鍵和三鍵19

3.2.3個別原子的刪除20

3.2.4撤銷命令20

3.2.5聚合物20

3.2.6非原子21

3.2.7改變原子21

3.2.8使用連續(xù)畫圖工具23

3.2.9使用鼠標拖拽繪圖23

3.2.10優(yōu)化結(jié)構(gòu)24

3.2.11編輯原子標簽24

3.2.12使用畫鏈工具25

3.3清除屏幕26

3.4使用ACD/字典27

3.5翻轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)28

3.6輸出30

3.6.1保存ChemSketch(.sk2)文件30

ACD/ChemSketch中文使用指南3

3.6.2保存結(jié)構(gòu)為MDLMolfile格式30

3.6.3打印31

3.6.4在文件中插入結(jié)構(gòu)式32

4.繪制更復雜結(jié)構(gòu)33

4.1目標33

4.2使用基團表33

4.3使用環(huán)節(jié)構(gòu)34

4.4刪除原子和基團35

4.4.1同時刪除多個原子36

4.5替換原子37

4.6設(shè)置雙鍵和三鍵37

4.7標定電荷和定義陽離子與陰離子38

4.8標記鍵40

4.8.1原子團標記鍵41

4.9使用立體鍵42

4.10繪制配位鍵44

4.11離域電荷及曲線47

4.12更多鍵類型49

4.13改變原子屬性52

5.超級結(jié)構(gòu)、簡化線性分子式和化學反應式55

5.1目標55

5.22D—優(yōu)化55

5.2.1創(chuàng)建環(huán)烷燒結(jié)構(gòu)55

5.2.2畫環(huán)形的縮氨酸56

5.3簡化線性分子式(SMILESNOTATIONS)58

5.3.7創(chuàng)建簡化線性分子式58

5.3.2從簡化線性分子式創(chuàng)建結(jié)構(gòu)式59

5.4IUPAC國際化學標識分子式60

5.4.1生成國際化工標識分子式60

5.4.2從國際化學標識分子式生成結(jié)構(gòu)62

5.53D-優(yōu)化62

5.5.1創(chuàng)建雙［2,2,21環(huán)己烷結(jié)構(gòu)63

5.5.2創(chuàng)建三蝶烯結(jié)構(gòu)64

5.5.3創(chuàng)建立方烷結(jié)構(gòu)66

5.5.4創(chuàng)建C2o球碳分子67

5.6繪制、標記和映射化學反應70

5.6.1繪制化學反應70

5.6.2標記化學反應71

5.6.3映射化學反應72

5.6.4計算化學反應數(shù)據(jù)一僅限商業(yè)版!74

6.高級繪制：模型76

6.1目標76

ACD/ChemSketch中文使用指南4

6.2概述76

6.3原子團表77

6.3.1創(chuàng)建熒光胺結(jié)構(gòu)77

6.4快速模型工具79

6.4.1創(chuàng)建環(huán)狀體聚物結(jié)構(gòu)79

6.5模型窗口80

6.5.1創(chuàng)建DNA分子片斷81

繪制去氧核糖-5-磷酸鹽鏈的圖象81

6.5.1.2添加堿基82

6.6繪制復雜的生物化學結(jié)構(gòu)83

6.6.1創(chuàng)建B-麥芽糖酶結(jié)構(gòu)83

6.7定義用戶模型86

6.7.1模型窗口組織者86

6.7.2模板文件87

7.計算宏觀性質(zhì)89

7.1概述89

7.2計算宏觀性質(zhì)89

7.2.7菜單命令89

7.2.2狀態(tài)欄自動顯示90

7.3計算單一同位素質(zhì)量91

8.特殊功能鍵93

8.1目標93

8.2同分異構(gòu)體93

8.2.1舉例95

8.2.2化學文獻中的錯誤95

8.3字典97

8.4ACD/免費名稱附件97

8.4.1ACD/免費名稱的局限99

9.結(jié)構(gòu)搜索一一僅限商業(yè)版！100

9.1目標100

9.2搜索結(jié)構(gòu)100

9.2J通過哪些文件搜索100

9.2.2鑒于搜索結(jié)果103

10.創(chuàng)建繪畫對象105

10.1目標105

10.2繪制反應能量圖105

10.2.1畫一條曲線105

10.2.2修改曲線107

10.2.3繪制X、Y軸108

10.3繪制各種不同軌道109

10.3.1繪制p軌道109

ACD/ChemSketch中文使用指南5

10.3.2繪制d軌道110

10.3.3繪制pi軌道112

10.4繪制真空蒸馀裝置113

10.4.1在圖形上加注釋115

文字注釋115

插入注釋框117

修改注釋框的形狀117

將元素編組/拆開118

10.5繪制一個雙鏈DNA螺旋結(jié)構(gòu)118

10.6繪制脂肪和膠體123

10.6.1繪制脂肪123

10.7創(chuàng)建表格125

10.7.1繪制表格內(nèi)容126

10.7.2插入表格727

10.7.3置入數(shù)據(jù)127

10.7.4修改表格內(nèi)容729

10.7.5編輯表格外觀131

11.管理文件133

11.1插入頁眉和頁腳133

11.2轉(zhuǎn)換成PDF—僅限商業(yè)版！134

11.3創(chuàng)建海報135

12.結(jié)構(gòu)模式中的樣式137

12.1目標137

12.2改變結(jié)構(gòu)樣式137

12.2.1應用期刊樣式138

12.2.2準備發(fā)表139

12.3創(chuàng)建用戶樣式140

12.3.1用戶定義樣式:糖140

12.3.2用戶定義樣式:磷酸鹽141

12.3.3用戶定義樣式:堿142

12.3.4用戶定義樣式:強調(diào)142

12.4應用現(xiàn)有樣式144

12.5設(shè)定默認樣式145

13.畫圖模式中的樣式146

13.1目標146

13.2改變對象樣式146

13.3保存樣式147

13.4應用現(xiàn)有樣式147

13.5設(shè)置默認樣式148

13.6管理樣式149

14.創(chuàng)建匯報模型150

ACD/ChemSketch中文使用指南6

14.1目標150

14.2關(guān)于匯報模型151

14.3輸入?yún)R報模型151

14.4插入模型對象151

14.5設(shè)定顯示參數(shù)154

14.6編排模型對象160

14.7保存和應用匯報模型160

ACD/ChemSketch中文使用指南7

1.引言Top

感謝您購買ACD/ChemSketcho我們一直致力于開發(fā)最簡單易用、

最強大有效的程序來用于化學結(jié)構(gòu)、反應、示意圖形的繪制以及化學

相關(guān)的報告和演講材料的設(shè)計。

1.1免費版

從1999年4月開始，高級化學發(fā)展公司（ACD）在網(wǎng)站中的免費材料

中（freestuff）提供免費的ChemSketch。

重要啟事:ACDChemSketch的免費軟件應該單獨安裝,也可以與其他

目前可用的ACD/Labs免費軟件安裝在同一個文件夾中，但不能包含

任何商業(yè)版的ACD/Labs軟件（既非免費軟件）。

所有關(guān)于免費軟件的限制和常見問題（FAQs）同樣可以在我們的網(wǎng)站上找到：

http:〃/products/chemdsnlab/chemsketch/tech.htmi

注意：盡管我們不對ACD/ChemSketch免費版的用戶提供技術(shù)支持，

我們鼓勵用戶將您的問題和要求發(fā)放到新聞組（Newsgroup）的網(wǎng)頁上,

具體網(wǎng)址將在下面的章節(jié)中提到。

1.2關(guān)于本指南

閱讀完該指南您能夠獲得幫助您開始使用ACD/ChemSketch的工

具，同時本指南也用于在線使用和“硬拷貝”版的打印和使用。

ACD/ChemSketch中文使用指南8

本指南中使用的是較小屏幕的顯示。

本指南中的色彩和其他窗口元素的性質(zhì)取決于默認的窗口顯示

性質(zhì)。

本用戶指南以電子形式提供，可使用通常使用的MicrosoftWord

閱讀。如果您找不到您需要的目錄標題，請使用搜索功能查找相關(guān)的

字、詞語。

1.2.1高級理解

本指南是ACD/Labs軟件的技術(shù)支持文章的一部分。要循序漸進

的學習ACD/Labs的產(chǎn)品，我們推薦您按以下步驟完成技術(shù)文章的學

習(相關(guān)的文章都在ACD/Labs文章的文件夾中，WDOCS)：

1.參考手冊(CHEMSK_R.PDF)

2.ACD/字典用戶指南(DICT.PDF)和ACD/3DViewer3D閱讀器

(3D.PDF)

此外，如果能夠?qū)CD/Labs的如下產(chǎn)品進行了解，那是明智的

(相關(guān)的文章都在ACD/Labs文章的文件夾中，WDOCS)：

1.ACD/I-Lab(ILAB.PDF)—允許您得到基于互聯(lián)網(wǎng)的對化工數(shù)

據(jù)庫和性質(zhì)預測程序的立即通入的服務(可從

免費下載)。

2.ACD/ChemBasic(CHEMBAS.PDF)一使用戶能定制

ACD/Labs的特殊編程語言軟件(可從免費下

載)o

3.ACD/NametoStructure(NAMESTR.PDF)—幾乎能夠為所

ACD/ChemSketch中文使用指南9

有化學名稱生成一個分子結(jié)構(gòu)。ACD/NametoStructure根據(jù)IUPAC

建議的關(guān)于有機，生物化學，和無機的命名原則可以給出相應化學有

機物和天然產(chǎn)品衍生物IUPAC名稱的結(jié)構(gòu)式。

1.3鼠標慣用法

在您使用本軟件的過程中您可能會執(zhí)行的個別動作，我們用如下

的專業(yè)術(shù)語來描述。

＞指向(Pointto)：移動鼠標到一個物體。

＞點擊或點擊左鍵(click)：移動鼠標到一個物體，并按下鼠標左鍵。

＞點擊右鍵(right-click)：移動鼠標到一個物體，并按下鼠標右鍵。

＞雙擊(double-click)：移動鼠標到一個物體，并迅速按下左鍵兩

次。

＞拖動(drag)：當你移動鼠標時，按下鼠標左鍵并移動。

＞選擇(select)：通過點擊或拖拽來突出或激活某個界面元素。

1.4更多信息

要想了解更新的產(chǎn)品和服務，請訪問我公司網(wǎng)站：

http:〃

我們網(wǎng)站正以每天數(shù)以萬計的“點擊”的速率被訪問.原因是:我

們提供了很多有用的產(chǎn)品和信息。從2006年夏天，我們提供免費的

ChemSketch10.0,免費的ISIS3D附件，免費的CHEMDRAW擴展,

和經(jīng)濟的“互動性界面實驗室”討論組，您可以不用購買軟件就可使用

JavaApplets運行測試計算。還可下載許多以Lotus公司CAM形式的

ACD/ChemSketch中文使用指南10

影像資料，這些資料顯示各種軟件包的操作。

我們正不斷更新關(guān)于我們網(wǎng)站的信息。網(wǎng)站將向你顯示在哪一個

科學會議方面你能訪問ACD/Labs銷售產(chǎn)品。通過我們的網(wǎng)頁，您還

能瀏覽常見問題頁面或者在我們的新聞組訪問“Chat”的連接。

如果您想隨時了解ACD公司化學軟件的最新進展,情給我們網(wǎng)站

中的廣播站發(fā)郵件：

http:〃/feedback/mailinK.html

如果您想加入ACD/Labs的討論組，請您訪問：

http:〃

1.4.1如何聯(lián)絡(luò)我們

可通過訪問網(wǎng)站、電話、傳真和郵件與我們聯(lián)系，但最常用的方

法是電子郵件。關(guān)于價格、銷售、供貨、和一般問題，請發(fā)郵件：

info@

技術(shù)和科學問題，請發(fā)郵件：

support@

與我們聯(lián)系時，請告訴我們軟件擁有者的名字，版本號，產(chǎn)品證

書號（這些信息可在幫助/關(guān)于文件中找到）。如果可能，請告訴我們供

應商的名字。

ACD/ChemSketch中文使用指南11

1.4.2在線升級

所有ACD計算機軟件都可以在網(wǎng)上進行升級.您需要準備好您

的產(chǎn)品登記號，并且用您安裝了ACD軟件的計算機進行升級。通常

升級只是很小的改進，比如：將實際版本從10.00升至10.01.詳情請

參閱您的產(chǎn)品說明文件中的在線升級\\DOCS\UP_CLNT.PDF?；蚺c

我們的技術(shù)支持部聯(lián)系。

ACD/ChemSketch中文使用指南12

2.ACD/ChemSketch基礎(chǔ)Top

2.1目標:

本章講解如下內(nèi)容：

>如何啟動ACD/ChemSketch

>如何設(shè)定和改變文件可兼容的文件類型(RieAssosciation)

>如何設(shè)定默認文件路徑

>如何退出ACD/ChemSketch

2.2啟動ACD/ChemSketch

安裝完畢后，按以下步驟操作可啟動程序。

1.打開Windows。

2.雙擊圖標，啟動；

或任務欄中，由開始菜單擊圖標；

或在ACD欄目中雙擊CHEM.exe程序文件；

或從正在運行的其他ACD程序中的ACD/Labs目錄中選擇

ChemSketcho

3.如果是免費版本，您將看到15秒ACD產(chǎn)品滾動圖象，請等待

并點擊取消鍵(Cancel)。

2.3設(shè)定可兼容的文件類型

1.在您第一次使用此軟件時，設(shè)定可兼容的文件類型(File

ACD/ChemSketch中文使用指南13

Associations)對話框?qū)⒊霈F(xiàn).

2.這些可兼容的形式包括CSChemDraw(*.CHM),REACCS

Rxnfiles(*.RXN),ISIS/Sketch(*.SKC),可能還有其他格式的文件,

這些文件都可以在ChemSketch中打開.具體做法是在您想要添加

的選項前的方框內(nèi)點上對號，然后點擊YES鍵即可。

3.如果您不知道或者不確切地知道ChemSketch將打開的文

件的擴展名，不要選任何選項，然后點擊NO鍵。

4.然后今日訣竅(TipoftheDay)窗口將跳出，您可以在閱讀結(jié)

束后關(guān)閉。

2.3.1改變可兼容的文件類型

在您沒有選擇可兼容文件類型以前，ChemSketch將自動使用默

認的文件類型，您可以隨時改變默認文件類型，只要在文件(File)菜

單下選擇相關(guān)ACD產(chǎn)品命令(FileAssociations)即可。

重要啟事：如果在WindowNT的系統(tǒng)中您沒有被授權(quán)改變可兼容文

ACD/ChemSketch中文使用指南14

件的同時選擇FileAssociations的命令，會出現(xiàn)警告信息，請聯(lián)系您

的系統(tǒng)管理員解決問題。

如果您已經(jīng)選擇了所有的可兼容文件類型，一條信息會提示您

已經(jīng)選擇了所有的文件類型-"allsupportedfiletypesarealready

associatedwiththecurrentapplication,您可以通過Windows

Explorer選擇選項：

1.打開WindowsExplorer,選擇您想選的選項：

2.按住SHIFT鍵，在要打開的文件上右擊鼠標，在菜單中選擇

OpenWith.

3.選擇您要打開的文件相對應的文件類型，然后選擇Always

usethisprogram（只要在前面的方框內(nèi)打?qū)μ柤纯桑?/p>

4.點擊0K,然后關(guān)閉WindowsExplorer.

2.4改變默認路徑

如果您使用的是單一用戶（可以單獨使用的版本），默認路徑可能

是沒有任何問題的.

如果您使用的是網(wǎng)絡(luò)版本，我們建議您改變您的默認路徑，將您

的文件保存在您自己的硬盤,而不是網(wǎng)絡(luò)服務器。當做好了單機路徑

后，再在每一個單機上進行以下操作：

1.打開ChemSketch的窗口后，從Options菜單中選擇

Preferences命令鍵。

2.點擊General,然后在默認欄內(nèi)鍵入每次您要輸入，打開,

保存和輸出文件的路徑。

ACD/ChemSketch中文使用指南15

Directories

Private:C:\MyDocuments…

Default:E:\Tmp…

注意：在Private欄內(nèi)，您可以設(shè)定記錄每次ChemSketch操作的

設(shè)置。

3.點擊OKo

2.5安裝附件

從8.00的版本開始就可以安裝附件了一編寫的用于擴展主要應

用的一些程序(有.ADDON的擴展名)。每個附件都包含了用于當前

記錄或整個數(shù)據(jù)庫的一整套命令。當附件被安裝，它的命令可能被安

置或在工具欄作為按鈕或在主菜單作為添加子菜單的命令，或二者

都有。

請按以下步驟安裝附件：

1.從選擇菜單，選擇附件組織者(Add-onOrganizer)。

2.點擊添加，在出現(xiàn)的打開對話框中，找到.ADDON文件。點

擊打開將其添加至目錄中。

3.用戶化一些添加選項，在目錄選擇它點擊編輯：

ACD/ChemSketch中文使用指南16

4.在可用的命令框中，從ChemSketch界面選擇命令是容易實現(xiàn)

的。在插入?yún)^(qū)域，選擇添加命令應該增加的地方：作為命令對菜單并

且/或者作為按鈕對一般工具欄（若通過附件自動執(zhí)行）。點擊OK。

5.點擊0K在附件組織者對話框和核實是否菜單或按鈕增加到

界面。

2.6退出ChemSketch

您能從以下方式中選擇任意一種來退出程序：

＞在屏幕右上腳點擊囚。

＞在ACD/Labs菜單中選擇CloseAIL這將退出所有ACD

軟件。

＞從File菜單中選擇Exit,這將只退出現(xiàn)有的軟件。

在退出之前，計算機將提示您存盤。

ACD/ChemSketch中文使用指南17

3.繪制簡單結(jié)構(gòu)Top

3.1目標

本章介紹繪制結(jié)構(gòu)的一些基本知識，這些功能只在結(jié)構(gòu)模式適

用。您將掌握以下的功能：

＞畫原子，化學鍵(單鍵，雙鍵，三鍵，共價鍵，等等)，和標簽。

＞翻轉(zhuǎn)分子結(jié)構(gòu)式。

＞選擇，旋轉(zhuǎn)和擴大與縮小結(jié)構(gòu)圖。

＞將結(jié)構(gòu)式輸出至文件夾，文件及打印機。

＞清理屏幕。

3.2畫原子、化學鍵和標簽

ChemSketch的基本功能是畫化學鍵和原子，您必須在結(jié)構(gòu)模

式進行以下操作：［StructureDraw

3.2.1使用常用畫圖工具

當程序開始時，常用畫圖工具團是默認的。在這種模式

下，您可以很容易地畫直和分支結(jié)構(gòu)，并用元素周期表中

的原子取代所畫的原子。

5.在畫圖模式(DrawMode)下口,從原子工具條選擇碳原子

H

6.單擊空白處，畫出CHm

ACD/ChemSketch中文使用指南18

7.單擊CPU以增加一個C%基團，并以標準鍵長連接。再雙擊同

一個碳原子，畫出

8.單擊SetBondVerticallyU/I,將從上一步得到的結(jié)構(gòu)旋轉(zhuǎn)

10.單擊最右邊的碳原子，畫出

11.重復以上步驟，畫出一些結(jié)構(gòu)

H3c

3.2.2雙鍵和三鍵

1.在3.2.1節(jié)的第7步所畫的結(jié)構(gòu)式中的最后一個單鍵上再次單擊

2

2.再次在雙鍵上單擊獲得三鍵:

H3cCH

CH

3.再次在三鍵上點擊將重新得到單鍵.

ACD/ChemSketch中文使用指南19

3.2.3個別原子的刪除

如果您加了過多的原子，可以逐一去除原子:

1.點擊Delete鍵E

2.在以上的分子結(jié)構(gòu)上進行逐一去除原子的練習.

3.2.4撤銷命令

另外一個重要的功能是如何恢復以前的界面設(shè)置：

1.單擊Undo五］鍵。這會將ChemSketch的界面恢復到以前的

設(shè)置.

注意：點擊Undo鍵將會擊活重做(Redo)鍵。

2.多次單擊恢復Undo臼鍵,直到將其恢復至以下結(jié)構(gòu)：

CH3

注意：Undo鍵可以連續(xù)點擊50次當您畫比較復雜的結(jié)構(gòu)或者物體

時，我們建議您養(yǎng)成及時保存文件的習慣。

3.2.5聚合物

ChemSketch提供了聚合物結(jié)構(gòu)的繪制功能：

1.在結(jié)構(gòu)工具欄上點擊PolymersE鍵，出現(xiàn)聚合物面板后

就可以進行如下設(shè)置的更改了：

ACD/ChemSketch中文使用指南20

2.通過點擊或拖拽來選定產(chǎn)生聚合物的區(qū)域。當區(qū)域被選擇,

聚合物出現(xiàn)在工作區(qū)：

CH3

3.再次點擊Polymers囚鍵就可以離開聚合物繪制模式。

3.2.6非原子

按照以下步驟來創(chuàng)建無終止的聚合物和彎鍵：

1.在原子工具欄，點擊PseudoAtom0鍵。

2.點擊結(jié)構(gòu)的結(jié)束原子用空的原子替換他們。那么就可以得到

一個無終止的聚合物了。

3.2.7改變原子

按以下方式用一個原子工具欄中沒有的元素替換當前元素：

1.點擊撤銷鍵51直至回到下面的結(jié)構(gòu)或者畫出它：

CHa

2.單擊原子工具條下的元素周期表(PeriodicTable)鍵部,打開元

素周期表(PeriodicTableofElements)：

ACD/ChemSketch中文使用指南21

PeriodicTableofElements

1FFluorine918

Maos:18.9984032lie

1314151617

Valence:1

LiBeBCNOFNe

Electronconfiguration:2-7

NaMg3456789101112Al

vMmN1?

SYCTi

zrTcpd

*HfNb

Rf

TaRapt

Db

“

BhDs

D

T

Characters:green-yellowgas,poisonous

Diecoverer:1886zH.Moiecan,France

NameOrigin:from'flucre'(Latin)-toflowDensity,g/L:1.7

AtomicRadius,A:0.67IonizationPotentialkJ/mol:1681MeltingPoint,K:54

日ectronegativity:3.98ElectronAffinity,kJ/mol:328BoilingPointK：85

GeneralNMRJMassJColorationJ

LX：盍9]|?四|

3.單擊元素周期表中的氟(Fluorine)鍵F，注意現(xiàn)在氟

(Fluorine)鍵出現(xiàn)在原子工具條中。

4.單擊最左邊的碳(Carbon),用氟原子替代碳原子：

注意：當您選擇了元素周期表中的某個元素時;相應的元素鍵將自動

加到原子工具條中。去除工具條中的原子鍵可以通過雙擊任何一個原

子鍵或者雙擊原子工具條，然后選擇YES。但是后者將刪除默認原子

以外的所有原子鍵。

ACD/ChemSketch中文使用指南22

3.2.8使用連續(xù)畫圖工具

當連續(xù)畫圖工具(DrawcontinuousTool)SI被激活后，只有

在原子工具條中被選定的原子才能用于畫化學鍵。點擊工具條中的原

子鍵，可使其成為被選中的原子。這種連續(xù)畫圖工具模式在由一個選

定原子“衍生”多個相同原子時，非常方便。

1.在結(jié)構(gòu)工具欄中，點擊連續(xù)畫圖鍵?；蛘邌螕羰髽擞益I,

選擇畫圖模式。

2.在原子工具欄(Atoms)中選擇M原子。

3.點擊最右邊的碳原子，雙擊以“衍生”出F原子。在同一碳原子

上雙擊，以“衍生”第二個F原子CHa。

3.2.9使用鼠標拖拽繪圖

在正常畫圖(DrawNormal)H和連續(xù)畫圖(Draw

Continuous)日兩種模式下，您可以從一個原子拖動鼠標到另一個

原子，畫出單鍵。如果您從一個空白處開始(或結(jié)束)拖動，將在開始

處(或結(jié)束處)生成一個新的原子。在下面結(jié)構(gòu)中，點擊一端的碳原子,

拖動鼠標到另一端的碳原子。

當正常畫圖(DrawNormal)I‘I和連續(xù)畫圖(Draw

Continuous)匚71被激活后，指向到終端碳的當中一個和扯拽到其它

終端碳畫以下結(jié)構(gòu):

ACD/ChemSketch中文使用指南23

3.2.10優(yōu)化結(jié)構(gòu)

點擊結(jié)構(gòu)工具欄中“清潔”后命令，將使結(jié)構(gòu)中所有的鍵長與

角度平均化，得到如下結(jié)構(gòu)：

Clean命令不僅使鍵長和角度平均化，令結(jié)構(gòu)看上去更好看，更

使該結(jié)構(gòu)符合于化學意義。例如循環(huán)結(jié)構(gòu)，它將SP2軌道上的碳原子

的鍵按120度分布，將SP軌道上的碳原子的鍵按180度分布。當畫平面

和立體異構(gòu)體時，Clean命令保持以上特性將鍵長和角度平均化。

3.2.11編輯原子標簽

編輯原子標簽工具麻允許您用簡短的縮寫代替最終端的原子。

1.在原子工具欄中，點擊原子標簽工具睡鍵，然后將鼠標移

動到結(jié)構(gòu)中最右端的F原子上。

2.在打開的編輯標簽(EditLabel)對話框中，鍵入(CFOBPH,再

點擊插入鍵(Insert),畫出如下結(jié)構(gòu)。

3.選擇改變位置(ChangePosition)然后點擊原子標

簽，調(diào)換Ph和(CH2)的位置得到以下結(jié)構(gòu)：

ACD/ChemSketch中文使用指南24

F

提示:用手指按住Shift,同時

點擊結(jié)構(gòu)中的原子標簽將達到與3.同樣的效果。

4.利用已激活的編輯原子標簽工具(EditAtomLabel)

點擊已得到的縮寫，將編輯標簽對話框再次打開，點擊“展

開”(Expand)

3.2.12使用畫鏈工具

使用畫鏈畫工具，通過點擊和拖動鼠標，您可以很容易地畫出

長、短鍵。

1.點擊結(jié)構(gòu)工具欄中畫鏈工具鍵將鼠標移動到鍵頭所指的

Kf/_P

原子上。廠丫廠

2.按下鼠標鍵，向左拖動。當鼠標離開結(jié)構(gòu)時，自動生成碳鏈。

注意鼠標箭頭旁的碳原子數(shù)(C#)隨著碳原子的增減而變化:

ACD/ChemSketch中文使用指南25

F

3.激活畫鏈工具(DrawChains)司，在原子工具欄中選擇

向原子，點擊最左邊的碳原子，衍生出F原子。點擊結(jié)構(gòu)

3.3清除屏幕

如果您需要清除屏幕，您可以選擇以下的一種方式:

>從文件(File)菜單，選擇新建(New)。這將打開一個新的空

白文件。

在左上方選擇創(chuàng)建新頁按鈕(NewPage)[fl],創(chuàng)建新的一頁。

在編輯菜單中選擇“全選”按鈕(SelectAll),再選擇“刪除，命令

(Delete)。

>在工具欄中(Generaltoolbar)點擊刪除「司(Delete)按鈕，點擊

空白處，再點擊結(jié)構(gòu)的任意部分，將其全部刪除。

ACD/ChemSketch中文使用指南26

3.4使用ACD/字典

我們允許您從普通藥品名字中查找分子結(jié)構(gòu)，但這個模塊是只

可利用的在ACD/ChemSketch的商業(yè)版本。如果您使用免費軟件

版本ACD/Dictionary是不可用的，請?zhí)^這個部分。

1.在參考工具欄點擊*IACD/字典按鈕(ACD/Dictionary)

來顯示ACD/字典：

2.在對話框的標題欄上單擊鼠標右鍵來顯示快捷菜單，確信沒

有選中復制帶有命名的結(jié)構(gòu)(CopyStructurewithName)。

3.在快速查找箱，輸入咖啡因。當您鍵入名單即顯示對應的名

稱。當必需的名稱在表單中可見的時候，點擊它來選擇。對

應的結(jié)構(gòu)就會被顯示在右邊的預覽區(qū)域。

ACD/ChemSketch中文使用指南27

4.將被選擇的化合物置入工作區(qū)，點擊OK即可。

5.結(jié)構(gòu)陰影附有指針，指向空白區(qū)域并點擊即可插入結(jié)構(gòu):

注意:更多細節(jié)在ACD/Dictionary選項中，參見ACD/DictionaryUser's

Gudie位于ACD/Labs文獻文件夾(\\DOCS\DICT.PDF)。

3.5翻轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)

您可以在結(jié)構(gòu)工具欄中通過點擊一個鍵來實現(xiàn)整個結(jié)構(gòu)的旋轉(zhuǎn)

和翻轉(zhuǎn)。

1.我們拿前面一節(jié)字典中的或手工繪制的咖啡因為例，將下圖中紅

線標記的雙鍵進行翻轉(zhuǎn)。

2..(SetBondHorizontally)然后再點擊目標

鍵使其處于水平，結(jié)構(gòu)其它部分將相應轉(zhuǎn)動。用該工具反復點擊

此鍵可使結(jié)構(gòu)繞鍵不斷翻轉(zhuǎn)。

ACD/ChemSketch中文使用指南28

3.點擊設(shè)置垂直鍵(SetBondVertically)然后點擊目標鍵使

其處于垂直，其它部分將相應翻轉(zhuǎn)。

4.點擊翻轉(zhuǎn)鍵解(FliponBond)然后點擊目標鍵，結(jié)構(gòu)將會繞

著被點擊的鍵轉(zhuǎn)動。

5.首先選中整個分子(或基團)，點擊上下翻轉(zhuǎn)卜&I(FlipTopto

Bottom)按鈕，則選中的結(jié)構(gòu)或基團(若無選中項，則所有已繪

結(jié)構(gòu))將從上部旋轉(zhuǎn)至下部。

6.點擊左右翻轉(zhuǎn)畫(FlipLefttoRight)使被選結(jié)構(gòu)或基團(若無選

中項，則所有已繪結(jié)構(gòu))將從右方旋轉(zhuǎn)至左方。

注意：應用翻轉(zhuǎn)工具可能改變立體結(jié)構(gòu)。可以從選項(Options)菜單

中選擇參數(shù)(Preferences),然后切換至結(jié)構(gòu)(Structure)標簽來進行

控制。保持立體構(gòu)型(KeepStereoConfigurationon)選區(qū)將控制程序

是否對分子的真實3D排列進行記憶：

KeepStereoConfigurationon:FCleanFFlips

它可以保持真正的3D結(jié)構(gòu)的分子結(jié)構(gòu).我們建議選擇Flips,這樣一

ACD/ChemSketch中文使用指南29

來盡管位置改變了，分子結(jié)構(gòu)將和翻轉(zhuǎn)以前的一樣.

CHCH

I3YesI3

Br、CICl、Br

否則，分子將變成原來分子的對應異構(gòu)體：

3.6輸出

輸出的方式有存盤，打印或者插入其他文件中，如：MSWord,

Excel等.您還可以試試I-Lab服務。(參見ACD/I-LabUser'sGuide

位于ACD/Labs文獻文件夾,\\DOCSVLAB.PDF)

3.6.1保存ChemSketchCsk2)文件

將我們在前一節(jié)中所畫的結(jié)構(gòu)式存為ACD格式，1文件名為

example1.sk2o

1.從File菜單選擇Save。

2.在對話框中輸入文件名和路徑，然后點擊0K。

3.6.2保存結(jié)構(gòu)為MDLMolfile格式

一種比較標準的文件格式是由MDL公司開發(fā)的MDLmolfile格

式。注意：只有結(jié)構(gòu)式可以存盤，圖象和文字不能以這種格式存盤。

1.選擇您要存盤的結(jié)構(gòu)式。

2.從文件夾(File)菜單選擇輸出(Export)命令，在對話框下部的文件

1SK2格式的細節(jié)請參閱http://www.acdlabs.eom/download/#misc.

ACD/ChemSketch中文使用指南30

類型選擇欄中選擇MDLMolfiles：

Saveastype:MDLMolfiles(z.rnol)▼

x

MDLMolfiles(moll1k▲

ISIS/Sketch(x.$kc)

REACCSRxnfiles(".rxn)

CSChemDraw(xchm)

CMLfile(xcml)

AdobeAcrobat(x.pdf)

WindowsMetafiles

WindowsBitmaps「.bmp;*dib)

Paintbrush(X.pcx),

TIFFBitmaps(Mif);

3.輸入文件名和路徑，點擊OK。

3.6.3打印

其它方式保存您的工作將打印報告。在開始的打印之前，核實頁

面設(shè)置。

1.若您想設(shè)置海報選項，從文件菜單，選擇頁面設(shè)置顯示您能

指定紙張大小，取向等(更多有關(guān)海報制作的細節(jié)可在11.3獲

得)。

2.點擊0K保存。

3.點擊全頁(FullPage)鍵國進行預覽。

ACD/ChemSketch中文使用指南31

4.進行適當?shù)恼{(diào)整。

5.從文件夾(File)菜單選擇打印(Print)或者點擊閾。點擊

0K開始打印。

3.6.4在文件中插入結(jié)構(gòu)式

有時侯您需要將結(jié)構(gòu)式插入其他類型的文件中。例如：Word

document,Excelspreadsheet等。

1.選擇所需的結(jié)構(gòu)式。

2.若想從圖畫板拷貝結(jié)構(gòu)式，單擊拷貝鍵畫。

或者

從編輯(Edit)菜單鍵選擇拷貝Copy命令。

或者

在鍵盤上按CTRL+C鍵。

3.然后在您選定的文件中，點擊粘貼(Paste)鍵。

重要說明：當把結(jié)構(gòu)式粘貼至其他文件時，如:MicrosoftExcel,結(jié)構(gòu)

式可能會變成數(shù)字或者圖形(MDLmolfile格式)，為了得到結(jié)構(gòu)式，可

以點擊特殊粘貼(PasteSpecial),在粘貼選擇(pasteoptions)中，選擇

ACDChemSketch2.0Object或者Picture鍵，前者將結(jié)構(gòu)式作為OLE

物體插入，因此您可以將插入的結(jié)構(gòu)式通過ChemSketch進行修改。

ACD/ChemSketch中文使用指南32

4.繪制更復雜結(jié)構(gòu)Top

4.1目標

在這一章中,主要講解以下內(nèi)容：

＞如何用化學基團表畫化學基團；

＞如何迅速地畫環(huán)結(jié)構(gòu)；

＞如何刪除和替換原子；

＞如何畫雙鍵和三鍵；

＞如何畫原子的電荷，陽離子和陰離子；

＞如何改變不同原子的性能。

4.2使用基團表

化學基團表(TableofRadicals)中包括預先畫好的氨

基酸及其保護基的結(jié)構(gòu)，還有核甘酸及其他常用結(jié)構(gòu)。

1.在常用工具欄(Generaltoolbar)點擊保存文件圈1(Save

File),然后點擊新頁面I人I(NewPage)在同一文件中

開始新的繪圖。

2.在參考工具欄(ReferencesToolbar)中點擊基團表I冒鼠冒

(TableofRadicals),顯示如下基團：

ACD/ChemSketch中文使用指南33

3.在表中點擊環(huán)己烷鍵(Cyclohexane)|0|。環(huán)己烷鍵被選

定，同時選定屏幕右邊的參考工具欄(References

toolbar)。

4.對環(huán)戊烷鍵叵和羥基國重復以上步驟。

注意：當基團表中新的化學基團被選中后，在參考工具欄中將自動添

加該鍵。可通過雙擊該鍵或在參考工具欄再選擇YES,刪除該鍵。

4.3使用環(huán)節(jié)構(gòu)

1.在右邊參考工具欄中選擇環(huán)戊烷鍵［SI(Cyclopentane),

或者從化學基團表中選擇。

2.在工作區(qū)點擊創(chuàng)建新的五元環(huán)。

3.在同一工具欄中，選擇環(huán)己烷離子束，將鼠標移動到環(huán)

ACD/ChemSketch中文使用指南34

戊烷鍵d再點擊創(chuàng)建如下結(jié)構(gòu)

4.重復以上步驟，創(chuàng)建如下結(jié)構(gòu)：4

5.點擊垂直鍵(SetBondVertically)1J，再點擊刖頭所

一

指的鍵，使結(jié)構(gòu)圍繞該鍵旋轉(zhuǎn):

6.在基團表中點擊C00H按鈕包L

7.點擊箭頭所指的原子一^

[^廣，以衍生出竣基：

-OH

I人

>

4.4刪除原子和基團

-0H?—

4二

0H

=0?-

我們將在0'結(jié)構(gòu)刪除箭頭所指的原子

ACD/ChemSketch中文使用指南35

CH3

使其成為如下結(jié)構(gòu)CH3O

您可以這樣作：依次刪除每個原子，或一次自動刪除所有原子。

4.4.1同時刪除多個原子

在這個部分，您將學會怎樣立即刪除所有必需的結(jié)構(gòu)元素：

1.點擊結(jié)構(gòu)工具欄中套索開關(guān)鍵(Lassoon/off)RI,以激活套索

選擇模式;^|。注意此時選擇/移動工具0^(Select/Move)也被

激活。

2.用套索線圍住所有要刪除的原子。

3.點擊工具欄中的刪除(Delete)鍵「可。點擊任意一個被選定的原

子，將它們?nèi)縿h除。

或者

在鍵盤上按Delete刪除。

、、、、力

注意：您可以通過套索(Lassoselector)和矩形套索(Rectangle

selector)區(qū)選定原子、鍵和圖象。不選擇圖象時，點擊任意空白即

可。

ACD/ChemSketch中文使用指南36

4.5替換原子

替換箭頭所指的原子，使結(jié)構(gòu)成為:

1.點擊原子工具欄（Atomstoolbar）中氮原子鍵|N再點擊所有細

箭頭指定的碳原子。

2.點擊原子工具欄中氧原子鍵6|,再點擊三個粗箭頭指定的碳原

子。

注意：在連續(xù)畫圖模式目下，您不能替換原子（見3.2.8章）

4.6設(shè)置雙鍵和三鍵

I-(DrawContinuous)

1.或(Draw

Chains）任一處于激活狀態(tài)下時，點擊箭頭所指的鍵

2.使用改變雙鍵（ChangeDoubleBond）或氫原子位置（Hydrogen

Position）鍵|買，可以使結(jié)構(gòu)更精細。選定這個鍵，并點擊箭頭

所在的氫原子和雙鍵。注意：氫原子圍繞氮原子和氧原子移動,

ACD/ChemSketch中文使用指南37

雙鍵圍繞單鍵移動。

4.7標定電荷和定義陽離子與陰離子

本章將畫下列結(jié)構(gòu):

H3CH3CH3C

NH2-CH3CH3N—CHO

陽禹子陰禹子自由基

H3C邱\H3C鄴\

\H-CHNH二CH3N：

3?N?

正禹子基負禺子基單雙自由基三雙自山基

1.在原子工具欄中選擇碳原子鍵Carbon0，并且保證通用畫圖

工具處于激活狀態(tài)(DrawNormal二不)，畫出如下結(jié)構(gòu)：

2.選擇氮鍵(NitrogenH),并且點擊中間的碳鍵，用氮替換碳:

NH—C出

3.點擊原子工具欄中的Increment(+)Charge鍵的右下角

的三角形擴展得到以下各項：

ACD/ChemSketch中文使用指南38

TIIncrement(+)Charge正電荷

IDecrement(-)Charge負電荷

I*IRadical自由基；

I**IPositiveRadicalIon正離子基；

I_JNegativeRadicalIon負離子基.

4.點擊負電荷Decrement(-)Charge鍵F"'I，然后點擊NH,得到一

個陰離子：

N—CH3

5.右擊鼠標得到正電荷鍵Increment(+)Chargel(或者選擇

H)，雙擊將得到陽離子：

H