七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋

Chapter6蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/20241七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋蛋白質(zhì)序列結(jié)構(gòu)信息1.氨基酸的理化性質(zhì)分析2.蛋白質(zhì)的亞細(xì)胞定位3.結(jié)構(gòu)域分析4.膜蛋白的跨膜區(qū)預(yù)測(cè)5.蛋白質(zhì)序列的二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)6.蛋白質(zhì)序列的三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)5/9/20242七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋確定功能和結(jié)構(gòu)5/9/20243七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/20244七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)問(wèn)題 序列——結(jié)構(gòu)——功能….-Gly-Ala-Glu-Phe-….FUNCTION通過(guò)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)其功能5/9/20245七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)問(wèn)題….-Gly-Ala-Glu-Phe-….FUNCTION?怎么樣獲得目標(biāo)蛋白的空間結(jié)構(gòu)呢？5/9/20246七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋解決方法….-Gly-Ala-Glu-Phe-….FUNCTION！利用x射線衍射和核磁共振等實(shí)驗(yàn)方法確定蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)存在成本較高，過(guò)程復(fù)雜等不足預(yù)測(cè)5/9/20247七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋首先從蛋白質(zhì)的一級(jí)結(jié)構(gòu)開始。。。5/9/20248七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋氨基酸按其R基的極性分類(在PH7)非極性R基不帶電荷的極性R基丙氨酸AlaA甘氨酸GlyG纈氨酸ValV絲氨酸SerS亮氨酸LeuL蘇氨酸ThrT異亮氨酸IleI半胱氨酸CysC脯氨酸ProP酪氨酸TysY苯丙氨酸PheF天冬酰胺AsnN色氨酸TrpW谷氨酰胺GlnQ蛋氨酸MetM帶正電荷的極性R基帶負(fù)電荷的極性R基賴氨酸LysK天冬氨酸AspD精氨酸ArgR谷氨酸GluE組氨酸HisH5/9/20249七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋蛋白質(zhì)基本理化性質(zhì)分析

蛋白質(zhì)理化性質(zhì)是蛋白質(zhì)研究的基礎(chǔ)

蛋白質(zhì)的基本性質(zhì)：相對(duì)分子質(zhì)量氨基酸組成等電點(diǎn)（PI）消光系數(shù)半衰期不穩(wěn)定系數(shù)總平均親水性……

通過(guò)傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)方法研究蛋白質(zhì)的理化性質(zhì)：相對(duì)分子質(zhì)量的測(cè)定、等電點(diǎn)實(shí)驗(yàn)、沉降實(shí)驗(yàn)缺點(diǎn)：費(fèi)時(shí)、耗資因此發(fā)展了基于實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn)值的計(jì)算機(jī)分析方法5/9/202410七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202411七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋滴定曲線5/9/202412七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋蛋白質(zhì)基本理化性質(zhì)分析基于一級(jí)序列的組分分析氨基酸親疏水性等分析為高級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)提供參考Expasy開發(fā)的針對(duì)蛋白質(zhì)基本理化性質(zhì)的分析：Protparam

工具

http:///tools/protparam.htmlProtScale

工具

http:///tools/protscale.html5/9/202413七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析Protparam工具

/tools/protparam.html計(jì)算以下物理化學(xué)性質(zhì)：相對(duì)分子質(zhì)量氨基酸組成等電點(diǎn)（PI）消光系數(shù)半衰期不穩(wěn)定系數(shù)總平均親水性……5/9/202414七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋主要選項(xiàng)/參數(shù)序列在線提交形式：如果分析SWISS-PORT和TrEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)中序列直接填寫Swiss-Prot/TrEMBLAC號(hào)(accessionnumber)如果分析新序列：直接在搜索框中粘貼氨基酸序列輸入Swiss-Prot/TrEMBLAC號(hào)在搜索框中粘貼序列5/9/202415七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋輸入Swiss-Prot/TrEMBLAC號(hào)—分不同的功能域肽段輸出結(jié)果功能域用戶自定義區(qū)段Protparam首先探測(cè)出目標(biāo)蛋白中都有哪些功能域，然后分不同的功能域計(jì)算其理化參數(shù)5/9/202416七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋點(diǎn)擊不同功能域或是以直接粘貼氨基酸序列的方式得到以下結(jié)果氨基酸數(shù)目相對(duì)分子質(zhì)量理論pI值氨基酸組成原子組成分子式總原子數(shù)5/9/202417七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋消光系數(shù)半衰期不穩(wěn)定系數(shù)脂肪系數(shù)總平均親水性5/9/202418七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋

ProtScale工具

/tools/protscale.html氨基酸標(biāo)度表示氨基酸在某種實(shí)驗(yàn)狀態(tài)下相對(duì)其他氨基酸在某些性質(zhì)的差異，如疏水性、親水性等收集50多個(gè)文獻(xiàn)中提供的氨基酸標(biāo)度默認(rèn)值為Hphob.Kyte&Doolittle，做疏水性分析蛋白質(zhì)疏水性分析5/9/202419七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋主要選項(xiàng)/參數(shù)序列在線提交形式：如果分析SWISS-PORT和TrEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)中序列直接填寫Swiss-Prot/TrEMBLAC號(hào)(accessionnumber)如果分析新序列：直接在搜索框中粘貼氨基酸序列輸入Swiss-Prot/TrEMBLAC號(hào)氨基酸標(biāo)度粘貼序列5/9/202420七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋計(jì)算窗口（7-11）相對(duì)權(quán)重值

權(quán)重值變化趨勢(shì)

5/9/202421七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋輸出結(jié)果輸入Swiss-Prot/TrEMBLAC號(hào)—分不同的功能域肽段功能域用戶自定義區(qū)段5/9/202422七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋點(diǎn)擊不同功能域或直接粘貼氨基酸序列的方式得到以下結(jié)果蛋白質(zhì)序列疏水區(qū)域分布預(yù)測(cè)圖圖形結(jié)果文本結(jié)果序列參數(shù)每個(gè)位置的得分5/9/202423七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋蛋白質(zhì)的亞細(xì)胞定位5/9/202424七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202425七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋蛋白質(zhì)的亞細(xì)胞定位

實(shí)驗(yàn)方法：GFP轟擊洋蔥表皮細(xì)胞瞬時(shí)表達(dá)選擇物種類型粘貼序列點(diǎn)擊查看詳細(xì)信息5/9/202426七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202427七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202428七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202429七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋最好利用多種預(yù)測(cè)軟件進(jìn)行預(yù)測(cè)，然后將結(jié)果進(jìn)行整合；結(jié)合已發(fā)表的文獻(xiàn)數(shù)據(jù)；結(jié)合同源序列搜索的結(jié)果。最后預(yù)測(cè)結(jié)果如何判斷5/9/202430七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)5/9/202431七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

基本的二級(jí)結(jié)構(gòu)α螺旋，β折疊，β轉(zhuǎn)角，無(wú)規(guī)則卷曲（coils）以及模序（motif）等蛋白質(zhì)局部結(jié)構(gòu)組件分析方法基于統(tǒng)計(jì)和機(jī)器學(xué)習(xí)方法進(jìn)行預(yù)測(cè)分析內(nèi)容α螺旋/β折疊等基本結(jié)構(gòu)PHD，JPRED，PROF，PSIpred，NNSSP信號(hào)位點(diǎn)的分析SignalP，PSORT，TargetP胞吞蛋白轉(zhuǎn)運(yùn)5/9/202432七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)BCMSearchLauncher/seq-search/struc-predict.htmlWebProteinSequenceAnalysishttp://bioweb.pasteur.fr/seqanal/protein/intro-uk.htmlWebPHDhttp://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/WebANTHEPROThttp://antheprot-pbil.ibcp.fr/WindowsSOMPAhttp://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.htmlWebJpredpbio.dundee.ac.uk/~www-jpred/submit.htmlWebPSIpredhttp://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/psiform.htmlWebSSPREDhttp://www.embl-heidelberg.de/sspred/ssp_mul.htmlWebNNPREDICT/~nomi/nnpredict.htmlWebPROFhttp://www.aber.ac.uk/~phiwww/prof/index.htmlWeb/Linux5/9/202433七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)TMpred/software/TMPRED_form.htmlWebTMHMMhttp://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/WebTopPred2http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/toppred.htmlWebCOILS/software/COILS_form.htmlWeb/LinuxPEPCOILhttp://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/pepcoil.htmlWeb/LinuxTargetP

http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/WebPSORThttp://psort.ims.u-tokyo.ac.jp/Web5/9/202434七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202435七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202436七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202437七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202438七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋NNPREDICT

（/~nomi/nnpredict.html）5/9/202439七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202440七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋結(jié)構(gòu)域分析結(jié)構(gòu)域是蛋白序列的功能、結(jié)構(gòu)和進(jìn)化單元Theconservedmotifsmaybeusedtobuildcharacteristicsignaturesthataidfamilyand/orfunctionaldiagnosesofnewlydeterminedsequences.5/9/202441七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋ProteindomainsandmotifsSignature:aproteincategorysuchasadomainormotifDomain:

aregionofaproteinthatcanadopta3Dstructureafoldafamilyisagroupofproteinsthatshareadomain

examples: zincfingerdomain immunoglobulindomainMotif(orfingerprint):

ashort,conservedregionofaproteintypically10to20contiguousaminoacidresidues5/9/202442七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋DefinitionofadomainAccordingtoInterProatEBI(http://www.ebi.ac.uk/interpro/):Adomainisanindependentstructuralunit,foundaloneorinconjunctionwithotherdomainsorrepeats.Domainsareevolutionarilyrelated.AccordingtoSMART(http://smart.embl-heidelberg.de):Adomainisaconservedstructuralentitywithdistinctivesecondarystructurecontentandahydrophobiccore.Homologousdomainswithcommonfunctionsusuallyshowsequencesimilarities.http://weblogo.berkeley.edu//logo.cgi

5/9/202443七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋VarietiesofproteindomainsExtendingalongthelengthofaproteinOccupyingasubsetofaproteinsequenceOccurringoneormoretimes5/9/202444七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋DefinitionofamotifAmotif(orfingerprint)isashort,conservedregionofaprotein.

Itssizeisoften10to20aminoacids.Simplemotifsincludetransmembranedomainsandphosphorylationsites.Thesedonotimplyhomologywhenfoundinagroupofproteins.PROSITE(/prosite)isadictionaryofmotifs(therearecurrently>1700entries)(9/04).InPROSITE,apatternisaqualitativemotifdescription(aproteineithermatchesapattern,ornot).Incontrast,aprofileisaquantitativemotifdescription.WewillencounterprofilesinPfam,ProDom,SMART,andotherdatabases.5/9/202445七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋PatternandmotifdatabasesandtoolsPROSITEhttp://www.expasy.ch/tools/scnpsite.htmlPRINTShttp://umber.sbs.man.ac.uk/dbbrowser/bioactivity/protein2frm.htmlBLOCKS/blocks/blocks_search.htmlTOPStructurehttp://bioinf.mii.lu.lv/tops/EMOTIF/emotif/emotif-search.htmlEMATRIX/ematrix/ematrix-scan.htmlProfileScanhttp://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan5/9/202446七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋選擇搜索數(shù)據(jù)庫(kù)5/9/202447七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋分析蛋白激酶、蛋白磷酸酶、膜轉(zhuǎn)運(yùn)子features5/9/202448七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋ProteindomaindatabasesandtoolsPfamhttp://www.sanger.ac.uk/Software/PfamSMARThttp://smart.embl-heidelberg.deProDomhttp://www.toulouse.inra.fr/prodom.htmlTigrfam/TIGRFAMs/InterProScanhttp://www.ebi.ac.uk/interproscanCDD/Structure/cdd/cdd.shtmlHAMAP/sprot/hamap/families.htmlCOG/COG5/9/202449七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋SearchingPfam5/9/202450七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋SearchingPfam5/9/202451七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋結(jié)構(gòu)域分析綜合的結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)網(wǎng)站：InterProScan（Web/Linux）http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/InterPro整合了多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，功能比較強(qiáng)大5/9/202452七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋可以利用鑒定的domain序列搜索蛋白序列數(shù)據(jù)庫(kù)查找其同源序列有六個(gè)跨膜區(qū)域TMs5/9/202453七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋跨膜區(qū)分析5/9/202454七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋跨膜區(qū)分析TMpred工具：/software/TMPRED_form.html預(yù)測(cè)跨膜區(qū)和跨膜方向依靠跨膜蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)Tmbase5/9/202455七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋主要參數(shù)/選項(xiàng)序列在線提交形式：直接貼入蛋白序列填寫SwissProt/TrEMBL/EMBL/EST的ID或AC輸出格式最短和最長(zhǎng)的跨膜螺旋疏水區(qū)長(zhǎng)度輸入序列名稱（可選）選擇序列的格式貼入蛋白序列5/9/202456七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋輸出結(jié)果包含四個(gè)部分可能的跨膜螺旋區(qū)相關(guān)性列表可能的跨膜螺旋區(qū)對(duì)應(yīng)列表位置分值片段中點(diǎn)位置5/9/202457七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋跨膜拓?fù)淠Ｐ图皥D示建議的跨膜拓?fù)淠Ｐ兔恳晃恢糜?jì)算分值最優(yōu)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)位置分值取向5/9/202458七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋TMHMM5/9/202459七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋HMMTOP5/9/202460七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋整合了多種預(yù)測(cè)方法5/9/202461七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋預(yù)測(cè)的跨膜結(jié)構(gòu)數(shù)目，位置及大小跨膜區(qū)域在蛋白序列上的具體位置表示圖形化表示蛇形圖可直接應(yīng)用到文章中5/9/202462七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)5/9/202463七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)結(jié)構(gòu)與功能、進(jìn)化密切相關(guān)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)PDB：/pdb/MMDB：/entrez/query.fcgi?db=StructureNRL-3D：/pirwww/dbinfo/nrl3d.htmlPsdb：.br/分析方法方法特點(diǎn)工具同源建模法(Homologymodelling)基于序列同源比對(duì)，對(duì)于序列相似度>25％的序列模擬比較有效，最常用的方法

SWISS-MODEL，TOPITS，VAST、HHPred串線法(Threading)“穿”入已知的各種蛋白質(zhì)折疊骨架內(nèi)，適于對(duì)蛋白質(zhì)核心結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測(cè)，計(jì)算量大Prospect，THREADER從頭預(yù)測(cè)法(abinitio)基于分子動(dòng)力學(xué)，尋找能量最低的構(gòu)象，計(jì)算量大，只能做小分子預(yù)測(cè)HMMSTR/ROSSETA5/9/202464七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)——同源建模法SWISS-MODEL/WebESyPred3Dhttp://www.fundp.ac.be/urbm/bioinfo/esypred/Web3Djigsawhttp://www.bmm.icnet.uk/servers/3djigsaw/WebTOPITShttp://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/submit_exp.htmlWebCPHmodelshttp://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/WebDalihttp://www.ebi.ac.uk/dali/Web/Linux3D-PSSMhttp://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~3dpssm/http://www.bmm.icnet.uk/~3dpssm/WebMODELLER/modeller/Windows/LinuxWHATIFhttp://www.cmbi.kun.nl/whatif/WindowsInsightII/QUANTA/WindowsDSModeling/dstudio/ds_modeling/ds_modeler.htmlWindows5/9/202465七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)——串線法

Prospect/structure/prospect/LinuxTHREADERhttp://bioinf.cs.ucl.ac.uk/threader/ftp://bioinf.cs.ucl.ac.uk/pub/threader/archive/Linux123D+http://123/123D+.htmlWebFRSVR/WebSAMt98http://www.ebi.ac.uk/~rost/predictprotein/doc/explain_meta.html#PX_about_samt98Web蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)-從頭預(yù)測(cè)法

HMMSTR/Rosetta/~bystrc/hmmstr/server.phpWeb/Linux蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)——三維結(jié)構(gòu)圖示和修改工具

Swiss-PdbViewer/spdbv/WebSeein3D/Structure/CN3D/cn3d.shtml/cn3d/Cn3D-4.1.msiWindows/LinuxRASMOL/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_.MSWIN/raswin.exeWindows/Linux5/9/202466七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202467七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋SWISS-MODEL網(wǎng)址http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html同源建模方法與PDB數(shù)據(jù)庫(kù)已知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)序列比對(duì)進(jìn)行預(yù)測(cè)5/9/202468七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202469七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋程序跑完后以郵件的形式通知5/9/202470七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋根據(jù)序列同源性建模，下載pdb文件5/9/202471七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋整合了同源比對(duì)和結(jié)果預(yù)測(cè)兩種軟件5/9/202472七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋SWISS-PdbView觀察三維模型SWISS-PdbView工具/spdbv/觀察和修改分子的三維結(jié)構(gòu)5/9/202473七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋菜單欄/工具欄圖層窗口主窗口序列聯(lián)配窗口控制面板5/9/202474七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋UCSFChimera可對(duì)特定的氨基酸或原子進(jìn)行特異顯示等等5/9/202475七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202476七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202477七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋其它蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)軟件很有用的webserver5/9/202478七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202479七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋可下載到本地PC機(jī)5/9/202480七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋若已知某蛋白的pdb編號(hào)，則可通過(guò)查詢PDB數(shù)據(jù)庫(kù)直接將該文件下載下來(lái)5/9/202481七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋下載PDB文件到PC機(jī)5/9/202482七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)5/9/202483七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋根據(jù)蛋白質(zhì)的一級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)其功能5/9/202484七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋實(shí)例：利用ProtFun預(yù)測(cè)水稻水通道蛋白NIP1;1的功能5/9/202485七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202486七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋初次使用者最好先閱讀相關(guān)說(shuō)明5/9/202487七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202488七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋Othertools5/9/202489七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋W(xué)hichprocessWherewhat5/9/202490七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋利用關(guān)鍵詞或GOterms查詢AmiGO數(shù)據(jù)庫(kù)5/9/202491七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202492七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202493七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202494七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋利用blast工具搜索GO數(shù)據(jù)庫(kù)設(shè)置參數(shù)5/9/202495七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/202496七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋

Annotationtool5/9/202497七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋可利用webserver5/9/202498七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋亦可下載到PC機(jī)5/9/202499七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋GOtchaGOtchaisasystemtopredictthefunctionofaprotein

andassignconfidencetotheprediction.數(shù)據(jù)庫(kù)選擇閾值確定5/9/2024100七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋以水稻NIP1;1蛋白為例。。。5/9/2024101七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋可在網(wǎng)頁(yè)上直接觀察結(jié)果，亦可下載到PC機(jī)上results5/9/2024102七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/2024103七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋研究目標(biāo)蛋白所在的代謝途徑。。。5/9/2024104七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋http://www.genome.jp/kegg/5/9/2024105七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/2024106七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/2024107七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/9/2024108七蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與功能初步注釋5/