DB32T-粳稻品種真實(shí)性和純度SSR分子標(biāo)記檢測(cè)法

粳稻品種真實(shí)性和純度SSR分子標(biāo)記檢測(cè)法范圍本文件規(guī)定了粳稻（OryzasativaL.japonica）品種真實(shí)性和品種純度SSR分子標(biāo)記的檢測(cè)原理、檢測(cè)方法和結(jié)果報(bào)告。本文件適用于江蘇地區(qū)推廣的粳稻品種的真實(shí)性驗(yàn)證和真實(shí)性身份鑒定，也適用于粳稻常規(guī)種、雜交種及其親本的純度檢測(cè)。江蘇秈稻品種（包括常規(guī)種、雜交種及其親本）的真實(shí)性和純度測(cè)定可參照?qǐng)?zhí)行。本文件不適用于粳稻實(shí)質(zhì)性派生品種（EssentiallyDerivedVariety,EDV）和轉(zhuǎn)基因品種的鑒定。規(guī)范性引用文件下列文件中的內(nèi)容通過文中的規(guī)范性引用而構(gòu)成本文件必不可少的條款。其中，標(biāo)注日期的引用文件，僅該日期對(duì)應(yīng)的版本適用于本文件；不標(biāo)注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改單）適用于本文件。GB/T39917-2021主要農(nóng)作物品種真實(shí)性和純度SSR分子標(biāo)記檢測(cè)稻術(shù)語和定義GB/T39917—2021界定的術(shù)語和定義適用于本文件。4總則簡(jiǎn)單序列重復(fù)（SSR）是一類由2個(gè)~6個(gè)堿基組成的串聯(lián)重復(fù)DNA序列。水稻不同品種在SSR重復(fù)次數(shù)上會(huì)存在差異，這種差異可在世代間穩(wěn)定遺傳。篩選在品種間重復(fù)次數(shù)變異豐富的SSR位點(diǎn)是利用SSR分子標(biāo)記鑒定品種真實(shí)性和純度的關(guān)鍵。采用固定數(shù)量的SSR引物對(duì)抽取品種的代表性樣品DNA進(jìn)行擴(kuò)增和電泳檢測(cè)，并通過與標(biāo)準(zhǔn)樣品比較或與已知品種SSR指紋數(shù)據(jù)庫比對(duì)，可對(duì)抽樣品種的真實(shí)性或身份進(jìn)行鑒定。篩選能夠鑒別品種群體中異常個(gè)體的SSR引物，進(jìn)而利用其檢測(cè)該品種的一定數(shù)量個(gè)體，根據(jù)檢測(cè)到的異常個(gè)體數(shù)占比，可對(duì)該品種的整體一致性或純度作出評(píng)價(jià)。中國(guó)栽培稻分為秈稻和粳稻兩個(gè)亞種，江蘇水稻以粳稻為主。秈稻和粳稻在基因組組成和生態(tài)適應(yīng)性上存在明顯差異，造成一些SSR位點(diǎn)的重復(fù)次數(shù)差異在秈稻品種間廣泛存在，但卻不存在于粳稻品種間。依據(jù)江蘇粳稻品種間的序列變異特征，篩選在品種間變異豐富的SSR位點(diǎn)，結(jié)合GB/T39917-2021中的SSR位點(diǎn)和檢測(cè)流程，可提高SSR標(biāo)記在江蘇粳稻品種真實(shí)性和純度檢測(cè)中的鑒定效率。5檢測(cè)方法5.1基本要求檢測(cè)平臺(tái)、樣品要求、儀器設(shè)備、試劑溶液配制、檢測(cè)程序、DNA提取、PCR擴(kuò)增、擴(kuò)增產(chǎn)物分離和數(shù)據(jù)分析應(yīng)符合GB/T39917—2021的規(guī)定。5.2真實(shí)性檢測(cè)5.2.1根據(jù)分辨率高、多態(tài)性信息含量值高、染色體分布均勻、與GB/T39917—2021間的銜接等篩選原則，本文件確定76對(duì)SSR引物作為江蘇粳稻品種真實(shí)性鑒定引物，其中48對(duì)為GB/T39917—2021中的引物（編號(hào)為PR01~PR48），另外28對(duì)為新增引物（編號(hào)R49~R76）見表1。5.2.2利用76對(duì)引物構(gòu)建江蘇已知粳稻品種及部分雜交秈稻品種的SSR指紋數(shù)據(jù)庫。各對(duì)引物擴(kuò)增的部分代表性帶紋和品種見附錄A。5.2.3進(jìn)行品種真實(shí)性驗(yàn)證檢測(cè)時(shí)，將76對(duì)SSR引物分為Ⅰ組和Ⅱ組兩組依次進(jìn)行，其中I組為GB/T39917—2021中的48對(duì)引物；II組為新增的28對(duì)引物。在Ⅰ組引物檢測(cè)中，若檢測(cè)到可以判定“否定”結(jié)果的差異位點(diǎn)數(shù)的，終止檢測(cè)；未檢測(cè)到或檢測(cè)到但未達(dá)到可以判定“否定”結(jié)果的差異位點(diǎn)數(shù)的，應(yīng)繼續(xù)完成Ⅱ組引物的檢測(cè)。5.2.4進(jìn)行品種真實(shí)性身份鑒定檢測(cè)時(shí)，應(yīng)完成全部76對(duì)引物檢測(cè)，可采用I組和II組序貫方式進(jìn)行，也可采用其它次序進(jìn)行。利用江蘇已推廣粳稻品種的SSR指紋數(shù)據(jù)庫，通過指紋數(shù)據(jù)比對(duì)篩查確定具體品種。經(jīng)比較后與已知品種存在沒有位點(diǎn)差異或差異位點(diǎn)數(shù)不足而無法得出結(jié)論或有爭(zhēng)議的，允許采用田間種植鑒定方法等其他方法進(jìn)行進(jìn)一步檢測(cè)鑒定。5.3純度檢測(cè)5.3.1品種純度檢測(cè)所選的引物，應(yīng)通過檢測(cè)樣品預(yù)試驗(yàn)，從76對(duì)SSR引物中篩選出能夠準(zhǔn)確識(shí)別該樣品品種中異常個(gè)體的引物。5.3.2異常個(gè)體的類型不同，所選引物和數(shù)目也應(yīng)不同。篩選時(shí)應(yīng)綜合考慮引物的雜合度、DNA快速提取和多重引物組合電泳的潛力，選擇合適引物。注：雜交種異常個(gè)體主要類型為自交、異交、混雜；常規(guī)種和雜交親本種子異常個(gè)體為異交、混雜。5.3.3篩選結(jié)果表明樣品在個(gè)別位點(diǎn)存在遺傳不穩(wěn)定狀況的可將其剔除；檢測(cè)樣品存在嚴(yán)重遺傳不穩(wěn)定狀況的可終止純度測(cè)定。5.4引物合成5.4.1真實(shí)性檢測(cè)或身份鑒定引物表1給出了28對(duì)新增的真實(shí)性驗(yàn)證或身份鑒定引物，其中各引物染色體位置參考的基因組版本號(hào)為Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0。選用PAGE電泳，只需合成普通引物，采用單引物電泳；選用熒光毛細(xì)管電泳，應(yīng)在正向引物的5’端標(biāo)記熒光染料合成引物，采用單引物或組合引物電泳。表1新增的28對(duì)真實(shí)性驗(yàn)證或身份鑒定引物編號(hào)引物名稱染色體（位置bp）退火溫度℃引物序列（5'→3'）標(biāo)記熒光R49RM13311（1670278）55正向：CACCAGCTTCATGCATGCFAM反向：AGCACTCAACTGATGCAGTGR50RM91（23326225）55正向：GGTGCCATTGTCGTCCTCVIC反向：ACGGCCCTCATCACCTTCR51RM38251（36471203）55正向：AAAGCCCCCAAAAGCAGTACVIC反向：GTGAAACTCTGGGGTGTTCGR52ZY24.5-2-62（5126573）55正向：CACTCCTACTTCCTCCGTTFAM反向：AGGCGTGATGTTCTACTGTTAR53RM13582（10185685）55正向：GATCGATGCAGCAGCATATGNED反向：ACGTGTGGCTGCTTTTGCR54RM54722（30643072）55正向：CACTCAAGACCAGACCTGTACGPET反向：CGGCACGTCATTGTAGTGACR55RM2183（8406429）55正向：TGGTCAAACCAAGGTCCTTCFAM反向：GACATACATTCTACCCCCGGR56RM32973（13289444）55正向：CTCGTACTCCTCTTCCACCGVIC反向：GTAACCTAGCTGCCCCTTCCR57LG25.4-3-13（25378971）55正向：AACTGAATAATAAGCCAACCPET反向：AGAATGCTCTGAGGGATGTR58XG16.6-4-14（15247546）55正向：AAAGTGTCCCAGTCCATTFAM反向：CCTTTACTCGCCAGATGCR59RM13594（20032557）55正向：CTCGCGAGGAAGAAGACAACPET反向：CGCCGGCTGGTTAATTAATCR60RM37965（488187）55正向：ATTAGCCTTTAATTCCACTGFAM反向：ATACAAACAAACAGCTTGTGR61RM11155（14816294）55正向：GCTGCAATTTATACCGGAGGPET反向：AGCCACCACCATCTATCTGCR62RM31836（12448177）55正向：GCTCCACAGAAAAGCAAAGCVIC反向：TGCAACAGTAGCTGTAGCCGR63RM71936（20258707）55正向：ATGTGGGAATTTCTAGCCCCNED反向：CCCTAGTTTTCCAAATGGCCR64RM4126（30328850）55正向：CACTTGAGAAAGTTAGTGCAGCFAM反向：CCCAAACACACCCAAATAC注：標(biāo)記熒光欄中所列的熒光標(biāo)記如FAM等僅作為示例，只適用于本文件中的檢測(cè)平臺(tái)使用。表1（續(xù)）編號(hào)引物名稱染色體（位置bp）退火溫度℃引物序列（5'→3'）標(biāo)記熒光R65RM57117（3142306）55正向：GTCCATGCATCCATCTCTAGFAM反向：ACGGAAGGAATACGTCTGTAR66RM68727（4660489）55正向：GGATGAACACTGATGATGGCFAM反向：ACCTCCACCACGATATCCACR67RM547N8（5592401）55正向：GTCAAGATCATCCTCGTAGCNED反向：TGTCGATTGTATCAGTTTGGR68RM228258（11759304）55正向：AGCACATCACAAACCTACCCTACCVIC反向：CCTAATTAATCCCGCGGAACCR69RM54858（24072903）55正向：CTTCCACAAGCTTGGCTAGGPET反向：AATGCCATCCCCTACTCATGR70WY13.3-99（13265227）55正向：CTGACTCCGACATCCGAAACFAM反向：AACCCTGGCAAGTAGTAAAGR71RM568910（13554862）55正向：GCACATGGTGAGACGTCCTCFAM反向AAGTCCTGTAGTAGGTCACACCGR72RM5918N11（3025975）55正向：AAAGGAAAGCCACAGAAGTGNED反向：TTGCAACCAGGTTGGTAAGAR73RM536N11（8990595）55正向：ACATGCACCAGAGTTCATAATFAM反向：TTTCTTTGCTCAGACCTTACAR74RM2780812（7358562）55正向:GGAAGTGCCCGATTAGTATAGGFAM反向:ATCACCTACTACCTCCATTTCAGGR75ZY15.1-12-412（24434567）55正向：TAACGGTTGGATGTTTTGCTFAM反向：AGAGTTTTCGATGCTTTGATR76RM697312（694000）55正向：CAACTCCAGCTTCGCCAACVIC反向：CGGCCACACCTAAATAAACG注：標(biāo)記熒光欄中所列的熒光標(biāo)記如FAM等僅作為示例，只適用于本文件中的檢測(cè)平臺(tái)使用。5.4.2品種純度檢測(cè)引物表2給出了13對(duì)品種純度檢測(cè)推薦引物，作為優(yōu)先篩選的候選引物。篩選時(shí)，可用至少含20粒的小樣品進(jìn)行試驗(yàn)，依據(jù)5.3的要求，確定適宜的引物或引物組合。推薦的13對(duì)引物未達(dá)到效果的，可選擇另外63對(duì)引物或其他引物進(jìn)行篩選。表2品種純度檢測(cè)推薦引物編號(hào)引物名稱染色體（位置bp）退火溫度℃引物序列（5'→3'）標(biāo)記熒光PR01RM5831（8329859）55正向：AGATCCATCCCTGTGGAGAGFAM反向：GCGAACTCGCGTTGTAATCPR07RM3367（21872197）55正向：CTTACAGAGAAACGGCATCGVIC反向：GCTGGTTTGTTTCAGGTTCGPR14RM2082（35141667）55正向：TCTGCAAGCCTTGTCTGATGPET反向：TAAGTCGATCATTGTGTGGACCPR18RM2536（5426496）55正向：TCCTTCAAGAGTGCAAAACCPET反向：GCATTGTCATGTCGAAGCCPR19RM4817（2876164）55正向：TAGCTAGCCGATTGAATGGCFAM反向：CTCCACCTCCTATGTTGTTGPR23RM22411（27673250）55正向：ATCGATCGATCTTCACGAGGNED反向：TGCTATAAAAGGCATTCGGGPR43RM5674（34718825）55正向：ATCAGGGAAATCCTGAAGGGFAM反向：GGAAGGAGCAATCACCACTGPR46RM2789（19320429）55正向：GTAGTGAGCCTAACAATAATCNED反向：TCAACTCAGCATCTCTGTCCR57LG25.4-3-13（25378971）55正向：AACTGAATAATAAGCCAACCPET反向：AGAATGCTCTGAGGGATGTR65RM57117（3142306）55正向：GTCCATGCATCCATCTCTAGFAM反向：ACGGAAGGAATACGTCTGTAR67RM547N8（5592401）55正向：GTCAAGATCATCCTCGTAGCNED反向：TGTCGATTGTATCAGTTTGGR71RM568910（13554862）55正向：GCACATGGTGAGACGTCCTCFAM反向：AAGTCCTGTAGTAGGTCACACCGR74RM2780812（7358562）55正向：GGAAGTGCCCGATTAGTATAGGFAM反向：ATCACCTACTACCTCCATTTCAGG注：標(biāo)記熒光欄中所列的熒光標(biāo)記如FAM等僅作為示例，只適用于本文件中的檢測(cè)平臺(tái)使用。6結(jié)果報(bào)告真實(shí)性鑒定和純度檢測(cè)的結(jié)果報(bào)告應(yīng)符合GB/T39917—2021的要求。附錄A（資料性）等位基因擴(kuò)增片段信息表A.1列出了76對(duì)引物在江蘇推廣粳稻品種及部分秈稻品種中擴(kuò)增的片段長(zhǎng)度范圍、主要等位基因擴(kuò)增片段大小，以及參照樣品對(duì)應(yīng)的擴(kuò)增片段信息。其中參照樣品只是列舉，考慮到在某一SSR位點(diǎn)多個(gè)品種存在相同的擴(kuò)增片段大小，確認(rèn)某一品種在該位點(diǎn)擴(kuò)增片段大小與參照樣品是相同的，該品種也可替代相應(yīng)的參照樣品。另外，GB/T39917-2021中的48對(duì)引物在本表中的擴(kuò)增范圍是與GB/T39917-2021給出的范圍間進(jìn)行了整合，保留了最大擴(kuò)增范圍值。表A.1已知品種主要等位基因擴(kuò)增片段信息引物等位基因擴(kuò)增片段參照樣品編號(hào)名稱范圍/bp片段定義/bp名稱擴(kuò)增片段/bpPR01RM583

157~198157保稻701157/157178鎮(zhèn)糯19號(hào)178/178180浙粳優(yōu)1758180/189183武育粳18號(hào)183/183186蘇秀326號(hào)186/186189太湖糯2號(hào)189/189192淮糯12號(hào)192/192195蘇香粳3號(hào)195/195198武運(yùn)粳23號(hào)198/198PR02RM424

239~287239蘇香粳3號(hào)239/239278連黑糯1號(hào)278/278287PR03RM85

75~1407580蘇香粳3號(hào)80/8085武香粳10085/8595甬優(yōu)16號(hào)85/95140PR04RM471

98~12098鹽稻18號(hào)98/100100豐粳1606100/104102蘇香粳2號(hào)102/102104蘇香粳3號(hào)104/104120PR05RM598144~168144甬優(yōu)1516144/147147甬優(yōu)1516144/147150武運(yùn)粳29號(hào)150/150156淮稻56156/156159武育粳18號(hào)159/159表A.1（續(xù)）引物等位基因擴(kuò)增片段參照樣品編號(hào)名稱范圍/bp片段定義/bp名稱擴(kuò)增片段/bpPR05RM598144~168162蘇香粳3號(hào)162/162165168甬優(yōu)2640168/168PR06RM190

103~126103鎮(zhèn)稻16號(hào)103/103120蘇香粳3號(hào)120/120122鎮(zhèn)稻15號(hào)122/122124揚(yáng)粳3012124/124126太湖糯2號(hào)126/126PR07RM336

119~196119136太湖糯2號(hào)136/136145148蘇香粳2號(hào)148/148154揚(yáng)育粳2號(hào)154/154157皖墾粳516157/157160太湖糯160/160163鹽稻10號(hào)163/163166蘇香粳3號(hào)166/166169金地糯288169/169191193196PR08RM72

147~214147甬優(yōu)4543147/151151常優(yōu)粳11號(hào)151/151154鎮(zhèn)稻32號(hào)154/154156甬優(yōu)1662156/156172南粳9108172/172175蘇香粳3號(hào)175/175184187鎮(zhèn)稻11號(hào)187/187190武運(yùn)粳24號(hào)190/190214PR09RM219

182~248182184186蘇秀10號(hào)186/186188190192淮稻13號(hào)192/192表A.1（續(xù)）引物等位基因擴(kuò)增片段參照樣品編號(hào)名稱范圍/bp片段定義/bp名稱擴(kuò)增片段/bpPR09RM219

182~248194196198鎮(zhèn)稻13198/198200華豐稻1號(hào)200/200202南粳55202/202220金香糯1號(hào)220/220230連粳18號(hào)230/230244淮稻33244/244248PR10RM590

117~150117132134甬優(yōu)6818134/136136甬優(yōu)6818134/136139蘇香粳3號(hào)139/139142145甬優(yōu)1516139/145148常優(yōu)粳13號(hào)139/148150PR11RM209

102~162102鎮(zhèn)稻18號(hào)102/102104常農(nóng)粳6號(hào)104/104108111連粳10號(hào)111/111118鹽糯17118/118121鹽田育3號(hào)121/121126蘇香粳2號(hào)126/126128津稻263128/128134常農(nóng)粳10號(hào)134/134139連粳17號(hào)139/139141甬優(yōu)2640141/141152蘇秀326號(hào)152/152162PR12RM19

209~252209鹽稻12號(hào)209/209213南粳5718213/213216蘇香粳2號(hào)216/216233浙粳優(yōu)1758233/235235浙粳優(yōu)1758233/235242寧粳8號(hào)242/242表A.1（續(xù)）引物等位基因擴(kuò)增片段參照樣品編號(hào)名稱范圍/bp片段定義/bp名稱擴(kuò)增片段/bpPR12RM19

209~252246蘇香粳3號(hào)246/246252PR13RM1195

138~152138142常優(yōu)粳158142/146144中江粳228144/144146南粳55146/146148150152常農(nóng)粳13號(hào)152/152PR14RM208

159~181159167蘇香粳2號(hào)167/167169泗稻785169/169171太湖糯2號(hào)171/171175179蘇香粳3號(hào)179/179181揚(yáng)育粳2號(hào)181/181PR15RM232121~179121129蘇鹽粳302129/129150152蘇香粳2號(hào)152/152158蘇香粳3號(hào)158/158160通粳981160/160162金粳18162/162179PR16RM119

153~190153武運(yùn)粳29號(hào)153/153157163166蘇香粳3號(hào)166/166190PR17RM267136~168136蘇香粳3號(hào)136/136138太湖糯2號(hào)138/138168PR18RM253

117~163117甬優(yōu)16號(hào)117/117125武香糯7368125/125129蘇稻5號(hào)129/129131武育粳18號(hào)131/131135蘇香粳3號(hào)135/135表A.1（續(xù)）引物等位基因擴(kuò)增片段參照樣品編號(hào)名稱范圍/bp片段定義/bp名稱擴(kuò)增片段/bpPR18RM253

117~163137通優(yōu)粳1號(hào)137/137141143149豐粳3227149/149151鎮(zhèn)稻16號(hào)151/151154武育粳39號(hào)154/154163PR19RM481

138~189138141太湖糯141/141144鹽稻10號(hào)144/144147甬優(yōu)2640144/147156159南粳優(yōu)293159/162162南粳優(yōu)293159/162165蘇香粳3號(hào)165/165168171連粳13號(hào)171/171180甬優(yōu)6711147/180189PR20RM339

130~187130甬優(yōu)1516130/137137鎮(zhèn)稻15號(hào)137/137140華粳15號(hào)140/140143蘇香粳3號(hào)143/143187廣陵優(yōu)粳187/187PR21RM316

190~214190192甬優(yōu)16號(hào)192/192194蘇香粳2號(hào)194/194196南粳9108196/196214南粳優(yōu)293214/214PR22RM258

126~167126128130134144146148揚(yáng)農(nóng)粳1030148/148167表A.1（續(xù)）引物等位基因擴(kuò)增片段參照樣品編號(hào)名稱范圍/bp片段定義/bp名稱擴(kuò)增片段/bpPR23RM224117~159117123蘇香粳3號(hào)123/123125太湖糯125/125139通粳981139/139141廣陵優(yōu)粳141/141157常農(nóng)粳6號(hào)157/157159武運(yùn)粳24號(hào)159/159PR24RM17

143~189143太湖糯2號(hào)143/143156蘇香粳3號(hào)156/156159泗稻785159/159161泗稻20號(hào)161/161166鎮(zhèn)糯19號(hào)166/166189PR25RM493

208~266208212蘇香粳3號(hào)212/212236甬優(yōu)1516212/236242245揚(yáng)育粳2號(hào)245/245248武運(yùn)粳23號(hào)248/248266PR26RM561181~198181常優(yōu)粳10號(hào)181/185185連粳11號(hào)185/185187蘇香粳3號(hào)187/187191蘇香粳2號(hào)191/191195太湖糯195/195198PR27RM8277

163~217163甬優(yōu)6718163/179167遷粳26號(hào)167/167179甬優(yōu)16號(hào)179/203182常優(yōu)粳7號(hào)182/209185華粳7號(hào)185/185188鹽田育3號(hào)188/188191鎮(zhèn)稻448191/191197連粳11號(hào)197/197200203蘇香粳3號(hào)203/203206連粳10號(hào)206/206表A.1（續(xù)）引物等位基因擴(kuò)增片段參照樣品編號(hào)名稱范圍/bp片段定義/bp名稱擴(kuò)增片段/bpPR27RM8277

163~217209武運(yùn)粳29號(hào)209/209212豐粳1606212/212217PR28RM551

166~210166178184186188蘇香粳3號(hào)188/188190華粳7號(hào)190/190194連粳11號(hào)194/194210PR29RM274146~162146149蘇香粳3號(hào)149/149152武運(yùn)粳27號(hào)152/152162揚(yáng)育粳2號(hào)162/162PR30RM176

113~136113117常農(nóng)粳6號(hào)117/117123泗稻20號(hào)123/123127蘇香粳2號(hào)127/127133太湖糯2號(hào)133/133136蘇香粳3號(hào)136/136PR31RM432

168~188168常優(yōu)粳7號(hào)168/188172鎮(zhèn)稻13172/172184蘇墾118184/184188蘇香粳3號(hào)188/188PR32RM331

146~176146149152太湖糯2號(hào)152/152155蘇香粳2號(hào)155/155158廣陵優(yōu)粳158/158176PR33OSR28133~187133169南粳5055169/169172蘇香粳3號(hào)172/172175金粳18175/175181甬優(yōu)2640172/181187常優(yōu)粳6號(hào)172/187表A.1（續(xù)）引物等位基因擴(kuò)增片段參照樣品編號(hào)名稱范圍/bp片段定義/bp名稱擴(kuò)增片段/bpPR34RM311

156~190156揚(yáng)農(nóng)香28156/156158揚(yáng)育粳2號(hào)158/158162蘇香粳3號(hào)162/162166176常農(nóng)粳11號(hào)176/176182寧香粳9號(hào)182/182184186188揚(yáng)農(nóng)糯418188/188190甬優(yōu)4543190/190PR35RM21

122~168122蘇香粳2號(hào)122/122124揚(yáng)育粳2號(hào)124/124130泗稻20號(hào)130/130132華粳7號(hào)132/132134太湖糯134/134136蘇香粳3號(hào)136/136140南粳9212140/140142太湖糯2號(hào)142/142146武運(yùn)粳27號(hào)146/146152南粳晴谷152/152154常優(yōu)粳10號(hào)154/154156鎮(zhèn)稻14156/156158新稻25158/158160162常農(nóng)粳6號(hào)162/162164甬優(yōu)4543139/164168豐粳200168/168PR36RM3331

106~166106110常優(yōu)粳11號(hào)110/128118122連粳15號(hào)122/122126蘇香粳3號(hào)126/126128蘇香粳2號(hào)128/128130南粳優(yōu)293126/130166PR37RM443

109~139109121蘇香粳3號(hào)121/121表A.1（續(xù)）引物等位基因擴(kuò)增片段參照樣品編號(hào)名稱范圍/bp片段定義/bp名稱擴(kuò)增片段/bpPR37RM443

109~139123常農(nóng)粳7號(hào)123/123139PR38RM490

87~1088791通優(yōu)粳1號(hào)91/9193常優(yōu)粳15893/9997蘇香粳3號(hào)97/9799太湖糯2號(hào)99/99103105108南粳9108108/108PR39RM71

113~214113118121鎮(zhèn)稻15號(hào)121/121123蘇香粳3號(hào)123/123148揚(yáng)育粳3號(hào)148/148214PR40RM423244~304244268上農(nóng)粳219268/268271蘇香粳3號(hào)271/271289蘇秀867號(hào)289/289304PR41RM571

163~204163180甬優(yōu)6711180/186184皖墾粳516184/184186蘇香粳3號(hào)186/186188太湖糯188/188204PR42RM231168~196168172甬優(yōu)1662172/172188甬優(yōu)6818188/194192太湖糯2號(hào)192/192194蘇香粳3號(hào)194/194196鎮(zhèn)稻36號(hào)196/196PR43RM567

239~280239鎮(zhèn)稻17239/239244連粳11號(hào)244/244248連糯1號(hào)248/248250金粳18250/250表A.1（續(xù)）引物等位基因擴(kuò)增片段參照樣品編號(hào)名稱范圍/bp片段定義/bp名稱擴(kuò)增片段/bpPR43RM567

239~280252254256武運(yùn)粳29號(hào)256/256258260266通粳981266/266270甬優(yōu)16號(hào)270/270280連粳7號(hào)280/280PR44RM289

71~12771889092108通粳981

108/108127PR45RM542

71~1167188鎮(zhèn)稻11號(hào)88/8890100102106108110112114116PR46RM278126~158126中稻1號(hào)126/126128蘇香粳3號(hào)128/128140142144150武育粳528150/150158PR47RM332

155~179155158161連粳11號(hào)161/161164蘇香粳3號(hào)164/164167鎮(zhèn)糯20號(hào)167/167179表A.1（續(xù)）引物等位基因擴(kuò)增片段參照樣品編號(hào)名稱范圍/bp片段定義/bp名稱擴(kuò)增片段/bpPR48RM7102168~199168蘇香粳2號(hào)168/168170淮粳801170/170176188蘇香粳3號(hào)188/188190淮稻36190/190199甬優(yōu)6718168/199R49RM1331123~145123鹽稻10號(hào)123/123131蘇香粳3號(hào)131/131133137南粳9108137/137139通優(yōu)粳1號(hào)139/139143145常優(yōu)粳7號(hào)131/145R50RM9111~199111121大糧202121/143126蘇香粳3號(hào)126/126128揚(yáng)育粳2號(hào)128/128131135甬優(yōu)4543135/182137連黑糯1號(hào)137/137139揚(yáng)育粳3號(hào)139/139143連粳7號(hào)143/143148武運(yùn)6296148/148152156159180泗稻20號(hào)180/180182通粳981182/182184甬優(yōu)1526184/184186太湖糯2號(hào)186/186189揚(yáng)農(nóng)稻1號(hào)189/189199R51RM3825130~163130139145常優(yōu)粳11號(hào)145/158148連糯1號(hào)148/148150淮稻13號(hào)150/150表A.1（續(xù)）引物等位基因擴(kuò)增片段參照樣品編號(hào)名稱范圍/bp片段定義/bp名稱擴(kuò)增片段/bpR51RM3825130~163154蘇香粳2號(hào)154/154156連粳11號(hào)156/156158蘇香粳3號(hào)158/158160寧香粳11160/160163常農(nóng)粳8號(hào)163/163R52ZY24.5-2-6206~258206蘇秀326號(hào)206/206208皖墾粳1514208/208211徐稻15號(hào)211/211224甬優(yōu)1526224/228228常優(yōu)粳7號(hào)224/228231揚(yáng)農(nóng)粳1030231/231233蘇香粳3號(hào)233/233236蘇稻5號(hào)236/236244華粳7號(hào)244/244250泗稻15號(hào)250/250252太湖糯2號(hào)252255蘇香粳2號(hào)255/255258R53RM1358150~190150153常農(nóng)粳16號(hào)153/153155157太湖糯157/157164南粳9108164/164166南粳5818166/166168174連黑糯1號(hào)174/174176鹽粳21號(hào)176/176178淮稻13號(hào)178/178180蘇香粳3號(hào)180/180182常農(nóng)粳12號(hào)182/182190常優(yōu)粳7號(hào)164/190R54RM5472134~179134甬優(yōu)6711134/145145太湖糯145/145150蘇秀10號(hào)150/150152蘇香粳3號(hào)152/152154華粳7號(hào)154/154163連粳11號(hào)163/163表A.1（續(xù)）引物等位基因擴(kuò)增片段參照樣品編號(hào)名稱范圍/bp片段定義/bp名稱擴(kuò)增片段/bpR54RM5472134~179165167甬優(yōu)2640134/167169177134/177179常優(yōu)粳10號(hào)154/179R55RM218114~154114太湖糯114/114119蘇粳1180119/119123126南粳518126/126128徐稻3號(hào)128/128131134蘇香粳2號(hào)134/134136金武粳1號(hào)136/136145南粳9108145/145154武運(yùn)粳80154/154R56RM3297151~180151蘇香粳3號(hào)151/151162蘇香粳2號(hào)162/162168172175178180R57LG25.4-3-1144~171144蘇秀326號(hào)144/144151153新稻20153/153155太湖糯155/155169中科鹽3號(hào)169/169171蘇香粳3號(hào)171/171R58XG16.6-4-1192~219192寧粳5號(hào)192/192198武育粳377198/198213蘇香粳3號(hào)213/213215南粳0212215/215219鎮(zhèn)稻448219/219R59RM1359115~150115甬優(yōu)4543115/121121蘇香粳2號(hào)121/121123泗稻301123/123129太湖糯2號(hào)129/129表A.1（續(xù)）引物等位基因擴(kuò)增片段參照樣品編號(hào)名稱范圍/bp片段定義/bp名稱擴(kuò)增片段/bpR59RM1359115~150133南粳9108133/133135鎮(zhèn)稻14135/135137蘇香粳3號(hào)137/137140新科稻21140/140143常農(nóng)粳7號(hào)143/143150R60RM379684~10684鎮(zhèn)稻11號(hào)84/8489蘇香粳3號(hào)89/8992太湖糯92/929597連粳17號(hào)97/97102寧粳5號(hào)102/102104淮稻14號(hào)104/104106徐稻11號(hào)106/106R61RM1115139~163139揚(yáng)粳糯2號(hào)139/139146148武運(yùn)6296148/148152廣陵優(yōu)粳152/152155157蘇香粳3號(hào)157/157161甬優(yōu)2640161/161163常農(nóng)粳16號(hào)163/163R62RM3183121~140121寧粳5號(hào)121/121124新稻20124/140133138蘇秀326號(hào)138/138140蘇香粳3號(hào)140/140R63RM7193127~200127137蘇香粳3號(hào)137/137139蘇秀10號(hào)139/139146淮稻26號(hào)146/146155南粳8911155/155157159連糯1號(hào)159/159163金香玉1號(hào)163/163174176鎮(zhèn)稻16號(hào)176/176200表A.1（續(xù)）引物等位基因擴(kuò)增片段參照樣品編號(hào)名稱范圍/bp片段定義/bp名稱擴(kuò)增片段/bpR64RM412171~198171蘇香粳2號(hào)171/171173揚(yáng)粳5118173/173179常農(nóng)粳16號(hào)179/179190武育粳18號(hào)190/190196大糧202196/196198蘇香粳3號(hào)198/198R65RM5711110~164110113蘇香粳3號(hào)113/113115鎮(zhèn)稻18號(hào)115/115117華瑞稻1號(hào)117/117119揚(yáng)農(nóng)糯418119/119123126常優(yōu)粳7號(hào)126/129129常優(yōu)粳11號(hào)126/129132甬優(yōu)1516132/152135蘇研9981135/135138泰香粳999138/138142武香粳9127142/142145寧粳5號(hào)145/145148蘇秀326號(hào)148/148152甬優(yōu)1516132/152154常優(yōu)粳6號(hào)148/154161徐稻19號(hào)161/161164R66RM687274~9274華瑞稻1號(hào)74/7478蘇香粳3號(hào)78/788186通粳98186/8690南粳505590/9092寧粳5號(hào)92/92R67RM547N110~195110119140144甬優(yōu)1526144/147147太湖糯2號(hào)147/147150武育粳18號(hào)150/150153南粳49153/153表A.1（續(xù)）引物等位基因擴(kuò)增