色譜定性分析方法

1、第七章定性分析,本章將學(xué)到: 數(shù)據(jù)分析主菜單的特征 熟練處理數(shù)據(jù)的性能 積分參數(shù) 利用反檢索 (PBM) 進(jìn)行定性分析 自動(dòng)譜庫(kù)檢索及報(bào)告 參數(shù)恢復(fù) 如何自建庫(kù),定性分析,加載數(shù)據(jù)文件 放大縮小 獲得質(zhì)譜圖 扣除本底譜圖 檢查峰純度 庫(kù)檢索,常用的定性程序,數(shù)據(jù)分析中鼠標(biāo)的功能,按相對(duì)豐度顯示質(zhì)譜圖,選用命令行tools/option/command line 輸入normal 100 按enter鍵 從spectrum/tabulate可列出相對(duì)豐度表 繼續(xù)鍵入draw 按enter鍵.即可按相對(duì)豐度顯示質(zhì)譜圖,測(cè)定信噪比的方法（僅對(duì)5973A,調(diào)用相應(yīng)的數(shù)據(jù)文件 選用命令行 鍵入macro

2、,回車(chē) 從load macro 欄目中選擇sig_n.mac,雙擊 在命令行鍵入sig_n.mac 當(dāng)被問(wèn)到是否使用當(dāng)前文件時(shí)回答yes 鍵入目標(biāo)離子或輸入0表示用總離子流圖 拖住左鍵指定信號(hào)范圍 拖住左鍵指定噪音范圍 工作站自動(dòng)從打印機(jī)輸出報(bào)告,用于設(shè)置 RTE 積分參數(shù) 用于保存當(dāng)前 RTE 積分參數(shù) 用于加載，修復(fù)，保存 RTE積分參數(shù),RTE 積分參數(shù),峰起點(diǎn)與終點(diǎn)豐度差與峰高相比,基線位置。分離相鄰兩峰的最少掃描次數(shù),基線落下或切線,峰位置（頂點(diǎn)或峰重心,最小峰面積,最多峰數(shù)目,RTE積分文件擴(kuò)展名為 .P,關(guān)于RTE積分的說(shuō)明,Data point sampling :。采樣點(diǎn)數(shù)

3、默認(rèn)值為1。 ，即每個(gè)點(diǎn)都用，選擇 2則每隔一點(diǎn)取一個(gè)點(diǎn)，選擇 3 每隔 2 點(diǎn)取一個(gè)點(diǎn)等等，其范圍從 1-9，負(fù)值是不允許的。對(duì)毛細(xì)管色譜柱在掃描方式 (Scan) 采集的數(shù)據(jù)通常采樣點(diǎn)數(shù)設(shè)為 1，在 SIM 采集的數(shù)據(jù)或噪音大的數(shù)據(jù)（任何時(shí)候積分器都顯示是分叉的峰）一般設(shè)為 2 或 3。這個(gè)參數(shù)在早期版本的PTINT 中稱(chēng)作束 (bench)。掃描方式采集選1；SIM方式可以選2或3 smoothing: 默認(rèn)值為不選，即不做平滑處理 detection filtering:用來(lái)改善色譜噪音 start threshold:默認(rèn)值為0.2，很少 改變 stopthreshold;用于改善拖

4、尾峰的積分情況，閾值越大，拖尾峰的面積越大 baseline reset(#points):是分開(kāi)兩個(gè)相鄰色譜峰的最小掃描數(shù)。如果相鄰兩個(gè)峰之間的掃描數(shù)小于該值，劃出的基線會(huì)低于峰起點(diǎn)或終點(diǎn) if leading or trailing edge和baseline preference一起用來(lái)確定以切線或陡線方式進(jìn)行面積積分。例如：前者選擇20%；后者選擇切線方式，其余陡線方式，則總離子流中峰起點(diǎn)與終點(diǎn)豐度差值小于峰高20%者用切線方式積分；其余的峰按陡線方式積分。 Minimum peak area:面積閾值。對(duì)目標(biāo)化合物分析，一般最好選擇面積計(jì)數(shù) (Area counts) 而不選擇最大峰

5、面積百分?jǐn)?shù) (% of largest peak)。當(dāng)目標(biāo)化合物不存在時(shí)，系統(tǒng)會(huì)去積分噪音峰，因而出現(xiàn)“假陽(yáng)性”。 Peak location:選擇定量報(bào)告中保留時(shí)間在峰尖或峰重心位置,用于設(shè)置化學(xué)工作站 積分參數(shù) 用于保存當(dāng)前化學(xué)工作站 積分參數(shù) 用于加載，修復(fù)，保存化學(xué)工作站 積分 參數(shù),化學(xué)工作站積分參數(shù),確定積分器的初始靈敏度。閾值每增加1, 靈敏度就降低一半。其范圍從 -12.0 到 25.0。缺省值為18，但這個(gè)值通常太高。閾值是以2 為底的對(duì)數(shù),化學(xué)工作站積分文件的擴(kuò)展名為 .e,提取離子色譜,將所有離子色譜顯示在一起,本底扣除,首先在本底處雙擊鼠標(biāo)右鍵，得到一張質(zhì)譜圖。點(diǎn)擊Fi

6、le/Subtract Background(BSB,峰純度,什么是庫(kù)檢索,PBM 庫(kù)檢索運(yùn)用所包含的壓縮譜圖,壓縮譜圖: 當(dāng) U+A 值 最大時(shí)， 質(zhì)譜圖包含 15-26 質(zhì)量 ( “最重要的峰,定義,由檢索目錄決定. 0 - 100% 分組 唯一性和豐度的函數(shù),唯一性: 豐度: 意義,PBM 庫(kù)檢索的概念,U+A: 予設(shè)一個(gè)質(zhì)譜峰重要性的過(guò)濾值，對(duì)質(zhì)譜峰進(jìn)行予篩選 增大 U+A (Default = 2, Range = 1-9) 增加檢索時(shí)間 不會(huì)改變匹配質(zhì)量 很少發(fā)現(xiàn)增加額外的好的匹配 最小峰純度: 未知譜圖中基峰相當(dāng)于參考譜中基峰的比例 增加 MEP (Default = 50, R

7、ange = 20-80%) 減少檢索時(shí)間 可以排除共流出峰的匹配 Tilting: 應(yīng)用一個(gè)二次函數(shù)調(diào)整參考譜中的相對(duì)豐度，以改善匹配度 ON/OFF (Default=ON) 用外部數(shù)據(jù)庫(kù)檢索時(shí)，設(shè)為 OFF 會(huì)降低匹配度 Flag Threshold: 為參考譜中重要的離子設(shè)定一個(gè)相對(duì)豐度限制，在此限度之上的離子，要求未知物譜圖中含有。 增加 Flag Threshold (Default=3, Range=0-99%) 可以改善匹配度 可以增加匹配的數(shù)目 應(yīng)該與數(shù)據(jù)采集的閾值吻合 靈活運(yùn)用,庫(kù)檢索步驟,選擇所要檢索的譜庫(kù),選擇 Spectrum/Select Library.” 輸入

8、? 選擇所需譜庫(kù) 單擊 OK,庫(kù)檢索和報(bào)告,設(shè)置檢索策略,選擇 Spectrum/Edit Strategy. 設(shè)置所需參數(shù) 單擊 OK,庫(kù)檢索和報(bào)告,Reverse Search Parameters,U+A: 予設(shè)一個(gè)質(zhì)譜峰重要性的過(guò)濾值，對(duì)質(zhì)譜峰進(jìn)行予篩選 增大 U+A (Default = 2, Range = 1-9) 增加檢索時(shí)間 不會(huì)改變匹配質(zhì)量 很少發(fā)現(xiàn)增加額外的好的匹配 最小峰純度: 未知譜圖中基峰相當(dāng)于參考譜中基峰的比例 增加 MEP (Default = 50, Range = 20-80%) 減少檢索時(shí)間 可以排除共流出峰的匹配,Tilting: 應(yīng)用一個(gè)二次函數(shù)調(diào)整參

9、考譜中的相對(duì)豐度，以改善匹配度 ON/OFF (Default=ON) 用外部數(shù)據(jù)庫(kù)檢索時(shí)，設(shè)為 OFF 會(huì)降低匹配度 Flag Threshold: 為參考譜中重要的離子設(shè)定一個(gè)相對(duì)豐度限制，在此限度之上的離子，要求未知物譜圖中含有。 增加 Flag Threshold (Default=3, Range=0-99%) 可以改善匹配度 可以增加匹配的數(shù)目 應(yīng)該與數(shù)據(jù)采集的閾值吻合 靈活運(yùn)用,檢索策略,由 McLafferty等建立的以 “uniqueness” 與 “abundance”之和來(lái)確定質(zhì)譜峰的重要性，具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義. 概率 = 0.5 (U+A) U+A值越高則該離子在所有譜圖中

10、出現(xiàn)的幾率越小, 因此更有意義,Abundance: 0-100% 分為7組,Uniqueness: 取決于質(zhì)譜峰在所有譜圖中出現(xiàn)的次數(shù)，分為13組,基峰: 包括在內(nèi) 分子離子: 包括在內(nèi) 合邏輯的丟失: 包括在內(nèi),共同的離子: Uniqueness = 0 不和合邏輯的丟失: 唯一性減小,逆檢索綜述,未知譜 減少至 15-26 個(gè)最有意義的離子 與譜庫(kù)中的譜圖相對(duì)照 未知譜的峰是否在譜庫(kù)中? 豐度相同否? 評(píng)價(jià)比較 顯示結(jié)果,檢索結(jié)果,82,182,303,94,198,272,3.0E5,2.0E5,1.0E5,0.0E5,40,80,120,160,200,240,280,檢索步驟 未知

11、物譜 簡(jiǎn)化為10個(gè)最有意義的峰 與譜庫(kù)比較 譜庫(kù)中是否有這些峰? 豐度比是否正確? 評(píng)價(jià)對(duì)比結(jié)果 顯示檢索結(jié)果,Significance = Mass x Abundance,相似指數(shù),Perfect match = 1, Perfect mismatch = 0 Reports SI x 10,000,驗(yàn)證手段 分子式計(jì)算 氮規(guī)則 同位素簇摸樣 合理丟失 丟失中性碎片,PBM 檢索結(jié)果,檢索結(jié)果,注意:沒(méi)有一個(gè)檢索程式，或一種經(jīng)驗(yàn)保證100%的正確檢索結(jié)果. 很多因素會(huì)影響檢索的質(zhì)量,檢索統(tǒng)計(jì)表,檢索統(tǒng)計(jì)表說(shuō)明,檢索統(tǒng)計(jì)表說(shuō)明(續(xù),檢索報(bào)告作為方法的一部分,選擇 Method/Edit Me

12、thod. 選擇 LibSearch Report 設(shè)置所需報(bào)告格式 和目的文件,自動(dòng)庫(kù)檢索,譜庫(kù)檢索報(bào)告,影響檢索的因素,參數(shù)檢索,參數(shù)檢索結(jié)果,選用分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)步驟,點(diǎn)擊Add new file,在molstruc處雙擊左鍵,在molstruc.sdb處雙擊左鍵,點(diǎn)擊OK,從view/standard menu 轉(zhuǎn)回原窗口,用戶自建庫(kù),建立自建庫(kù),添加和編輯信息（將用戶當(dāng)前數(shù)據(jù)文件中的一張質(zhì)譜圖放入自建庫(kù),把商品譜庫(kù)中的一張放入自建庫(kù)（連同結(jié)構(gòu)式,自動(dòng)化工具: DOSCAN,將光標(biāo)放在總離子流圖中目標(biāo)化合物處，同時(shí)點(diǎn)擊鼠標(biāo)左右鍵,NIST檢索,標(biāo)準(zhǔn)譜,局部放大,命中者,豐度表,未知譜,比較,標(biāo)準(zhǔn)譜,化合物名字檢索,從tools菜單下選擇Mass Spectrum Interpreter進(jìn)入譜圖解析,譜圖解析,同位素計(jì)算,結(jié)構(gòu)信息,可能含Cl、Br數(shù)目,通過(guò)