miRNA-ceRNA的相互作用Word版

1、傳播優(yōu)秀Word版文檔 ，希望對您有幫助，可雙擊去除！研究ceRNA,這一篇太值了(內含實用圖表數據庫)RNA家族作為科研界的后起之秀，一直備受矚目。而近年來，除了魅力不減當年的miRNA、炙手可熱的lncRNA，ceRNA也開始嶄露頭角，成為科研界的耀眼明星。最新研究表明ceRNA在異常轉錄組變化相關的病理方面（如腫瘤）起著重要的作用，目前發(fā)現ceRNAs調控模式的有13種腫瘤，了解相關靶基因及調控方式，見下表。希望對拓寬大家的研究方向有所幫助表：ceRNAS的cancer調控模式傳播優(yōu)秀Word版文檔 ，希望對您有幫助，可雙擊去除！miRNA-ceRNA的相互作用由上表可知，對于一個RNA

2、轉錄物而言，無論它是否編碼蛋白，都能與miRNA產生競爭性結合，相互調節(jié)，從而構成龐大的ceRNA網絡。通過ceRNA網絡和全基因組測序技術可以在細胞整體轉錄水平了解RNA之間的相互作用，同時利用數學建模可發(fā)現ceRNA只有在細胞內的基因豐度達到一定值才起到miRNA競爭抑制作用，且該模型也計算出了miRNA和ceRNA的化學計量比在接近1:1時，才可以使ceRNA的功能活性達到最佳水平。下圖也展示了用全基因組測序技術來分析miRNA-ceRNA之間相互作用的3個策略。傳播優(yōu)秀Word版文檔 ，希望對您有幫助，可雙擊去除！Strategiesused to assess tranome-wid

3、e competition for microRNA binding認識ceRNA與miRNA其實，ceRNA并不是一種新的RNA分子，只是一種新發(fā)現的基因表達調節(jié)機制。且在此基礎上提出的ceRNA假說是對傳統(tǒng)miRNARNA學說的補充，并認為存在反向RNAmiRNA作用方式，即ceRNA是通過與miRNA反應原件（MREs）競爭相同的miRNA，進而調節(jié)靶基因轉錄本的表達。正如下圖所示，當ceRNA表達沉默時，mRNA則在miRNA介導的沉默復合體（RISC）作用下降解；而當ceRNA被轉錄后，可競爭結合RISC復合物，降低miRNA抑制功能，上調靶基因的表達量。傳播優(yōu)秀Word版文檔 ，希

4、望對您有幫助，可雙擊去除！傳播優(yōu)秀Word版文檔 ，希望對您有幫助，可雙擊去除！而且相比于miRNA調控網絡，ceRNA調控網絡更為精細復雜，涉及到更多的RNA分子，包括人工miRNA抑制劑（ Artificial miRNA sponges）、假基因（pseudogene）、環(huán)狀mRNA（circRNA）、病毒RNA抑制劑（viralmiRNA sponges）和mRNA。（見下圖）The active tranome available for microRNAbinding competition傳播優(yōu)秀Word版文檔 ，希望對您有幫助，可雙擊去除！ 人工miRNA抑制劑主要有兩類：反義

5、寡核苷酸（antimiRs）和構建含有MREs的轉基因載體。前者主要是與miRNA幾乎完全互補的小單鏈RNA寡核苷酸，可通過2-O-甲基化或形成一個發(fā)夾結構來增強其穩(wěn)定性。后者可以構建表達3UTRs（富集多個MREs）的基因表達載體，而后在哺乳細胞內的強啟動子的作用下進行穩(wěn)定表達。然而，只有人工miRNA抑制劑在細胞內達到較高水平時，才能發(fā)揮有效的競爭miRNA的作用。 假基因假基因通常是基因組中與編碼基因序列高度同源的非功能性DNA拷貝。因其在一般情況下都不編碼蛋白而常被視為“進化垃圾”，但是ceRNA假說使假基因具備了調節(jié)功能。第一個在腫瘤中起著調節(jié)作用的假基因是PTENP1，它與腫瘤抑制

6、基因PTEN同源，可競爭結合miR-19、miR-21等miRNA，上調PTEN基因的表達量，抑制腫瘤的生長。 circRNA與傳統(tǒng)的線性RNA（含有5和3末端）不同，circRNA呈封閉環(huán)狀結構，不受RNA外切酶影響。盡管circRNA是由外顯子序列構成，但是一般并不翻譯成蛋白，被定義為新型非編碼RNA?，F已證明具有調控功能的cirRNA有：在中樞神經系統(tǒng)影響miR-7靶標基因活性的cIRS-7（CDR1-AS）、影響miR-138功能活性的cir-Sry和在食管鱗癌中影響miR-7，miR-17和miR-214活性的cir-ITCH。傳播優(yōu)秀Word版文檔 ，希望對您有幫助，可雙擊去除！

7、病毒miRNA抑制劑病毒可通過多種機制來控制宿主基因表達，最新研究表明病毒也可產生非編碼RNA來調控S宿主靶基因表達。如在皰疹病毒轉染的T細胞中高表達的富含尿嘧啶的HSURs，具有多個宿主miRNA家族（miR-16、miR-27a和miR-142-3p）的結合位點，可調節(jié)目的基因表達水平。此外，逆轉錄病毒的基因組RNA可作為ceRNA，如HCV的5UTR可競爭結合miR-122。不同的是HCV RNA結合miR-122后并沒有被降解，且依然能夠穩(wěn)定存在。 mRNA編碼蛋白的mRNA的3UTR是miRNA結合位點的高度保守區(qū)域，因而也具有反式調節(jié)其他mRNA的作用。如腫瘤抑制基因PTENg，該

8、基因不僅在多種腫瘤如惡性膠質瘤、前列腺癌中起調控作用，且可以和其他蛋白編碼轉錄本進行miRNA的競爭結合。ceRNA數據庫推薦做研究少不了要數據庫 ，這個小魚也為你想到了，精心梳理，選出10個最為實用的ceRNA數據庫供你所用，小魚夠貼心吧，1StarBase /一個高通量實驗數據CLIP-Seq（或稱為HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解組測序數據支持的microRNA靶標數據庫,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的

9、調控關系。整合和構建了最全面的靶標預測軟件的交集和調控關系。2TargetScan /基于靶mRNA序列的進化保守等特征搜尋動物的microRNA靶基因。是預測microRNA靶標假陽性率較低的軟件。3PicTar http:/pictar.mdc-berlin.de/基于microRNA或microRNA靶標聯(lián)合作用等特征開發(fā)的搜尋動物的microRNA靶基因。假陽性率也較低。4miRbase /index.shtml眾所周知的microRNA基因注釋數據庫。目前miRBase只提供了microRNA的靶標的預

10、測軟件的鏈接（如：PicTar）。5ChIPBase /chipbase/整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的數據探討microRNA的轉錄和轉錄后調控，構建轉錄因子microRNA靶標的調控網絡。6StarScan /starscan/基于降解組測序（degradomesequencing）數據預測動植物的各類小RNA（miRNA、piRNA和內源的siRNA）靶向的lncRNA，circRNA, pseudogene和mRNA的軟件服務平臺。目前已經整合了20個動物和植物的物種的降解組測

11、序數據。1miRecord /一個整合的microRNA靶標數據庫，整合了多個靶標預測軟件的調控關系。8PITA http:/genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html一個整合的microRNA靶標數據庫，整合了多個靶標預測軟件的調控關系。這里9miRTarBase .tw/index.html整合已由實驗證實的microRNA靶標的數據庫。10miRGator v2.0 http:/mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/整合microRNA表達、靶標和疾病相關信息的數據庫。參考文