藥物基因組學相關數(shù)據(jù)庫

1、-作者xxxx-日期xxxx藥物基因組學相關數(shù)據(jù)庫【精品文檔】藥物基因組學數(shù)據(jù)庫1、 Drugbank2、dgidb3、 pharmGKB4、cancercommon5、ChEMBL 6、mycancergenome7、TTD8、guidetopharmcology9、clearityfoundation10、 CIViC/#/home11、 DoCM 1 Drugbank藥物和藥物靶標資源庫。廣泛應用于計算機輔助的藥物靶標的發(fā)現(xiàn)、藥物設計、藥物分子對接或篩選、藥物活性和作用預測等。 在查詢中，每一種藥物對應1個DrugCard，即我們

2、所得到的檢索結果。每一個DrugCard都包含的數(shù)據(jù)信息分為藥物、靶標和酶三部分。 藥物信息包括了該藥物的CAS號、商品名、分子式、分子量、SMILES、2D和3D結構、logP、logS、pKa、熔點、吸收性、Caco-2細胞穿透性、藥物類別和臨床使用、性質描述、劑型與給藥途徑、半衰期、體內的生物轉化、毒性、作用于哪些生物體、食物對服用的影響、與其它藥物的相互作用、作用機理、代謝途徑、藥理學特征、與蛋白質的結合情況、溶解度、物質形態(tài)、同義詞、關于合成的相關文獻等，還與ChEBI、GenBank、PubChem等外部數(shù)據(jù)庫有鏈接。 靶標的信息包括ID、名稱、靶標基因的名稱、蛋白質序列、殘基數(shù)目

3、、分子量、等電點、功能和活性、參與的代謝途徑和反應、體內分布、靶標信號、跨膜區(qū)域、靶標基因序列及其在GenBank、HGNC等外部數(shù)據(jù)庫中的ID和鏈接、參考文獻，以及在GenBank和Swiss-Prot中的鏈接。酶的信息包括名稱、蛋白質序列、基因名稱、在Swiss-Prot 等數(shù)據(jù)庫中的鏈接。在DrugBank的主界面上，在Browse菜單下可以瀏覽數(shù)據(jù)庫的內容，其中PharmaBrowse為用戶提供了分類瀏覽的功能。這為藥劑師、醫(yī)生以及尋找潛在藥物的研究人員提供了方便。在Search下拉菜單下，就是Drug Bank的4類檢索方式。ChemQuery允許用戶通過繪制結構

4、圖或書寫SMILES、分子式進行結構搜索。在檢索過程中還可以對搜索藥物類型、分子量范圍、搜索結果相似度、結果數(shù)量最大值等進行設置。TextQuery則為文本檢索功能。文本檢索支持邏輯運算符連接及在特定領域內搜索。例如，在“dextromethorphan”中檢索混合物，可以鍵入“mixtures：dextromethorphan”，即用分號在后面輸入領域，同時可以加入邏輯運算符，例如，在“dextrome thorphan”和“doxylamine”2個領域進行檢索，可以鍵入“mixtures:dextromethorphan AND mixtures:doxyl

5、amine”。SeqSearch為用戶提供了通過序列檢索蛋白質的功能。Data Extractor是1個組合檢索工具。用戶可以對DrugCard所包含的信息進行選擇性的組合檢索（1）   Browse按鈕：Drug Browse、Category Browse、Geno Browse、Reaction Browse、Pathway Browse、Class Browse、Target Browse；（2）   Search按鈕：ChemQuery Structure Search、Interax Interaction Se

6、arch、Sequence Search、Advanced Search、MS Search、MS/MS Search、GC/MS Search、1D NMR Search、2D NMR Search；（3）   其他Tool按鈕：HMDB、T3DB、SMPDB、FooDB、PPT-DB、CSF、Serum Metabolome、CCDB、YMDB、BMDB、ECMDB、MarkerDB、BacMap、Ref-DB。Drug Browse： 小分子藥物、生物技術藥物、顯示藥物在DrugBank中的ID、藥物名稱、分子量、化學式、化學結構、藥物類型、治療癥狀。Dru

7、gs：顯示ID、藥物名稱、治療疾病Drugs and Targets：顯示ID、藥物名稱、作用位點（靶標）、靶標類型總結：可以查找藥物名稱、分子量、化學式、分子結構、藥物所屬類型、靶標、靶標類型、治療疾病、代謝途徑等，還可鏈接到相關網(wǎng)站。（較實用）Drug Browse：藥名、分子量、化學式、化學結構、藥物分類、藥效Geno Browse：藥物名稱，相互作用的基因/酶，SNP位點、等位基因名稱、堿基變化、副作用Pathway Browse：可查看代謝通路Classification Browse：藥物分類Target Browse：查靶標及靶標分類和詳細細節(jié)（藥物分類、藥理學等）2 ChEMB

8、L 生物活性藥物類小分子數(shù)據(jù)庫。總結：輸入分子結構或已知靶標描述或靶標蛋白，每條記錄都包括分子的分類、名稱、ChEMBI ID、功能、毒性、亞細胞定位、結構、序列、參考文獻等。（偏向于化學）3 clearityfoundation關于卵巢癌的公益網(wǎng)站。治療卵巢癌復發(fā)、有關腫瘤分子信息、臨床試驗、卵巢癌診斷和治療分析、新型靶向制劑的臨床開發(fā)、治療結果。（基本無用）4 DoCM位點突變數(shù)據(jù)庫，總結：查找染色體、基因、疾病、突變類型、氨基酸、起始位置、參考文獻（稍微簡單了點）5 CIViCSearch：查找描述、疾病名稱、疾病DOID、藥物PubChem ID、藥物名稱、 證據(jù)水平、基因名

9、、PubChem ID、突變位點等查找相關信息?？偨Y：evidence ID、基因、氨基酸變化、描述、病名、藥物、evidence level（A：經(jīng)過驗證的；B：臨床；C：臨床前；D：個體研究；E：推理的）、evidence type (predictive、diagnostic、prognostic）、evidence direction(supports、dose not support)、clinical significance(sensitivice/resistance or non-response/better outcome/poor outcome/positive/negative)、variant origin(somatic/germline)、trust rating(