生物信息學序列分析

1、1BioinformaticsREVIEWSREVIEWShttp:/www.bio-http:/www.bio-以SRZ1基因序列為例/ Motif Scan: http:/hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCANhttp:/hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCANhttp:/smart.embl-heidelberg.de/http:/Softberry的不足：不能給出信號肽的（裂解）位置和核定位的不足：不能給出信號肽的（裂解）位置和核定位信號等序列的特征信號等序列的特征因此：我們還采用因此：我們還采用

2、SignalP和和Predict NLS等程序進行預測等程序進行預測http:/genome.cbs.dtu.dk/services/SignalP/查找核定位信號：查找核定位信號：NLSTSSATGTATApromoter方法一方法一: 用用FGENESH預測預測.TTATAAAAAGGATTGACATTTGTATTCCATTGTTAhttp:/方法二方法二: 用用Fruitfly網(wǎng)站的網(wǎng)站的promoter預測程序預測預測程序預測.方法二方法二: 用用Fruitfly網(wǎng)站的網(wǎng)站的promoter預測程序預測預測程序預測.方法三方法三: 用全長用全長cDNA比對預測比對預測. (搜索搜索nr

3、數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫)ggctgcacgc ctttccgcga 與與fruitfly網(wǎng)站的預測結果非常接近網(wǎng)站的預測結果非常接近!方法四方法四: 搜索搜索dbEST方法四方法四: 搜索搜索dbESTWe care?方法四方法四: 搜索搜索dbESTatcgctgcacgcctttccgcgatttcgtca 與與fruitfly的結果幾乎一致的結果幾乎一致. 因此因此,我們初步認為我們初步認為ATC.為為TSS確定確定TSS后的實驗驗證也是很重要的后的實驗驗證也是很重要的.可以選擇推測的可以選擇推測的TSS之前之前, 之后的序列設計引物之后的序列設計引物, 進行進行RT-PCR擴增擴增, 初步確定初

4、步確定TSS. (該步驟也可以不做該步驟也可以不做)下一步下一步: 選擇選擇TSS(or ATG)之前的之前的2000bp左右的序列左右的序列, 通過通過MatInspector程序進行分析程序進行分析.1、BLAST檢索NR或基因組數(shù)據(jù)庫， 打開檢索結果，選取基因起始部分拷貝至BioXM軟件，手工查找；2、自動搜索：適合于水稻等基因組公布的作物,而且一般只限定于查找ATG上游序列。Select more than 2000bp sequence and copy it into BioXM注意是否需要將序列反向互補？查找SRZ1基因的起始序列藍色部分即為啟動子序列可以直接將結果放在論文里發(fā)表可以直接將結果放在論文里發(fā)表. EMBOSS 6.3.1: tfscan1. Search for rice ZFP252 protein sequence, predict the MW and pI(BioXM);2. Subcellular localization prediction for ZFP252(ProtCOMP);3. Motif(Motif Scan) prediction for ZFP252;4. Extract the ZFP252 promoter sequence(1800bp upstream sequence)(BLAST)