水稻瘤矮病毒

1、水稻瘤矮病毒Rice gall dwarf Virus (RGDV) 生物信息學分析搜索感興趣的基因1找出自己想要的基因片段2CONTENTS目錄LOREM IPSUM DOLOR SIT AMET1LOREM IPSUM DOLOR SIT AMET2LOREM IPSUM DOLOR SIT AMET3LOREM IPSUM DOLOR SIT AMET4找出FASTA格式的基因序列，復制下來，保存在文本文檔中3CONTENTS目錄LOREM IPSUM DOLOR SIT AMET1LOREM IPSUM DOLOR SIT AMET2LOREM IPSUM DOLOR SIT AMET

2、3LOREM IPSUM DOLOR SIT AMET6LOREM IPSUM DOLOR SIT AMET4LOREM IPSUM DOLOR SIT AMET5搜索對應的蛋白質(zhì)序列4CONSECTETURADIPISICINGELITProparam軟件分析蛋白質(zhì)理化性質(zhì)4氨基酸數(shù)目相對分子質(zhì)量理論pI值氨基酸組成不穩(wěn)定系數(shù)從分析結(jié)果可知：RGDV p8 各個氨基酸所占的比重，如上圖。分子質(zhì)量為47422da，氨基酸數(shù)目為426，正負電荷殘基總數(shù)30/30，分子式為C2126H3316O623S15，在M-1 cm-1單位在280 海里的水里測量的消光系數(shù)為48610和48360，脂肪指數(shù)

3、為92.68，組氨酸His (H)最少為0.5%，絲氨酸含量最多Ser (S) 9.9%。疏水性分析5氨基酸的疏水性=各種氨基酸的疏水性甘氨酸的疏水性疏水性氨基酸在蛋白質(zhì)的內(nèi)部，由于其疏水性的像相互作用，在保持蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)的形成和穩(wěn)定中起著重要的作用。由圖可知在P8蛋白C端位置有一個典型的疏水區(qū)域。對RGDV P8蛋白使用TMHMM的跨膜區(qū)域分析6膜蛋白是一類結(jié)構(gòu)獨特的蛋白質(zhì)，執(zhí)行著重要的細胞生物學功能。蛋白質(zhì)序列含有跨膜區(qū)，提示他可能作為膜受體起作用，也可能定位在膜上的錨定蛋白或離子通道蛋白。對膜蛋白的跨膜螺旋進行預測是生物信息學的重要應用。SED DO EIUSMOD TEMPOR IN

4、CIDIDUNTLOREM通過ProtParam軟件預測得知,P8蛋白的理論等電點pI為7.62,溶解度為86%,屬于不可溶蛋白,根據(jù)Guruprasad等的方法確定P8蛋白的不穩(wěn)定 指數(shù)為41.90,表明P8蛋白不穩(wěn)定。分析P8蛋白序列組成可知,P8蛋白近C端約20個氨基酸長度的肽段組成典型的疏水段特征,表明此肽段可能是跨膜區(qū)。依據(jù)TMHMM2.0預測結(jié)果顯示,P8蛋白的1403位氨基酸位于細胞膜表面,404425位氨基酸之間形成典型的跨膜螺旋區(qū)(TM),表明P8蛋白可能是一個與細胞信號傳導有關(guān)的膜受體蛋白。水稻瘤矮病發(fā)生與危害 水稻瘤矮病于1976年在廣東湛江地區(qū)發(fā)現(xiàn)，局部縣市危害嚴重，近年在兩廣陸續(xù)有此病危害的報告，且有逐年加重的趨勢，我國廣東茂名地區(qū)曾大面積發(fā)生危害，近年在福建福州以南的一些縣零星發(fā)生。病原及發(fā)病條件 為水稻瘤矮病毒Rice gall dwarf Virus (RGDV)。病毒粒體球狀，直徑65nm，由單一粒體組分和十二個片段的雙鏈RNA組成。此病可由電光葉蟬、二條黑尾葉蟬；二點黑尾葉蟬、黑尾葉蟬和馬