Gaussview軟件使用手冊(cè)

1、Gaussview軟件使用手冊(cè)Gaussview軟件使用手冊(cè)GaussView是一個(gè)被設(shè)計(jì)來幫助準(zhǔn)備輸入進(jìn)入高斯軟件的文檔以及以圖形的形式來檢驗(yàn)高斯軟件完成并輸出 的結(jié)果的圖形化的用戶界面。GaussView是不在高斯軟件的計(jì)算模塊中，而是以前端/后端的模式來協(xié)助高斯軟件的運(yùn)行。GaussView為高斯用戶提供了三種主要的便利。首先，通過它先進(jìn)的可視化工具，GaussView使得用戶可以很快的做出大分子的結(jié)構(gòu)圖甚至是很大的分子，然后旋轉(zhuǎn)，在這些分子的基礎(chǔ)上經(jīng)過簡單的搜尋操作來編譯和放大。它同樣可以載入例如 PDB類型的標(biāo)準(zhǔn)的分子結(jié)構(gòu)文檔。GQMDV第二，GaussView使得建立多種形式的高斯

2、計(jì)算變得容易。它使得準(zhǔn)備為普通工作模式以及如ONIOM ,QST2/OST3轉(zhuǎn)變結(jié)構(gòu)優(yōu)化方法，CASSCF計(jì)算方法，周期邊緣狀態(tài)計(jì)算方法（ PBC）以及其他的許多前沿方法的復(fù)雜的載入更加簡單。如果高斯軟件被安裝在了同一臺(tái)電腦上的話，用戶同樣可以使用GaussView來進(jìn)行工作。pIdORAmc27經(jīng)過優(yōu)化的分子結(jié)構(gòu)；分子軌道任何估算密度的電子密度表面；靜電潛在表面；原子價(jià)；與振動(dòng)頻率相符的一般模型；IR,Rama n,NMR,VCD以及其他的頻譜；結(jié)構(gòu)優(yōu)化，IRC反應(yīng)途徑的后續(xù)，能級(jí)表面的掃描以及ADMP和BOMD軌道的模擬;整體能量的小部分以及其他來自于相同工作類型的數(shù)據(jù)；最后，GaussV

3、iew使得用戶可以通過多種的圖形技巧來檢驗(yàn)高斯計(jì)算的結(jié)果。高斯的計(jì)算結(jié)果中可以用圖形 來表示的有下列幾種：1.2.3.4.5.6.7.8.9.這本書為所有的 GaussView結(jié)構(gòu)提供了一個(gè)參考。該軟件的每一個(gè)程序的結(jié)構(gòu)都被詳細(xì)記錄。將項(xiàng)目按照一 般目的分類。在每一個(gè)分類中，項(xiàng)目是按照邏輯結(jié)構(gòu)來排列的，開始于最簡單的項(xiàng)目，然后是引用最廣泛的 項(xiàng)目，最后是更加復(fù)雜和不經(jīng)常使用的項(xiàng)目。為了找出用戶感興趣的特殊信息，可以通過索引來打開有關(guān)主 題或者是特殊的對(duì)話框。顏色收集以及對(duì)話在索引中的主題菜單下（下面直接中英語）顯示了出來。菜單項(xiàng) 目通過菜單=> 項(xiàng)目的格式顯示出來。按鈕在索引中顯示為“名

4、稱按鈕”。如下圖（從圖1開始）顯示了一系列的按鈕名稱，菜單途徑一等價(jià)于按鈕和鍵盤的快捷鍵。94SIC.在多種GaussView結(jié)構(gòu)的基于指導(dǎo)的幫助包含在了網(wǎng)上幫助中。在主幫助窗口中選擇指導(dǎo)主題來打開他們。jYRISGaussView 指導(dǎo)基礎(chǔ)分子創(chuàng)建分子創(chuàng)建的例子和策略下面舉例說明怎樣利用 GaussView來創(chuàng)建分子。創(chuàng)建維生素分子：利用不典型的原子下面是一個(gè)使用 GaussView創(chuàng)建維生素分子的例子:1.II I在View窗口中的File菜單中選擇New的選項(xiàng)來創(chuàng)建一個(gè)新的文件；2.3.4.5.6.在Builder窗口中選擇好 Rings ；在Active Fragme nt butt

5、on上面點(diǎn)擊。在環(huán)碎片中選擇苯。返回到View窗口。點(diǎn)擊一下演示苯。在Builder窗口中點(diǎn)擊 Element選項(xiàng)，在氮上點(diǎn)擊。點(diǎn)擊Active Fragment，點(diǎn)擊氮原子。在View窗口中，點(diǎn)擊你想變成氮的碳原子。注意：不要選擇雜交原子中的一個(gè)，通常選擇不典型的原子 更加容易。P 1eKl O7.Gaussview軟件使用手冊(cè)8. 在創(chuàng)建窗口中點(diǎn)擊 Delete Atom鍵。9. 在View窗口上，通過點(diǎn)擊該鍵刪除與氮相連的氫。10. 在Builder窗口上點(diǎn)擊 Rebond按鈕，然后點(diǎn)擊 Clean按鈕。注意：通常在清除前應(yīng)該重新成鍵。 維生素現(xiàn)在已經(jīng)完成了。創(chuàng)建芳環(huán)維生素：在環(huán)之間設(shè)置

6、角度1、2、3、4、5、F面的例子展示了怎樣在已存在的文件上創(chuàng)建芳環(huán)維生素。在這個(gè)例子中，以維生素為基礎(chǔ)來創(chuàng)建。 你可以接著上述例子來做，創(chuàng)建維生素；在Builder窗口上點(diǎn)擊 Rings按鈕。確保芳環(huán)已經(jīng)被選中；Move Group 被標(biāo)記;在View窗口上點(diǎn)擊氮原子對(duì)面碳原子上的氫原子。另一個(gè)環(huán)就在屏幕上顯示了出來； 在Builder窗口上選擇 Dihedral按鈕。確保選擇兩環(huán)之間的原子，如下所示：更改角度6、移動(dòng)光標(biāo)來是的各環(huán)所處的平面相互垂直（或者 是在文本框中輸入 90.0）;7、點(diǎn)擊Ok按鈕；芳環(huán)維生素現(xiàn)在完成了。:nil'bill “del3劉iIScfWL 虻 m S

7、modSl* 蛙吋廣汕嘗R G 燉5&I CTfflB創(chuàng)建五價(jià)鐵原子：在指定的項(xiàng)目上選擇最好的構(gòu)型F面是創(chuàng)建五價(jià)鐵原子的一個(gè)例子打開一個(gè)新的模型。選擇鐵分子然后選擇雙錐形的鐵的構(gòu)型：選擇線形的C-N構(gòu)型然后將該基團(tuán)連接在鐵原子上。須注意的是我們選擇這種構(gòu)型而不是選擇一種 基團(tuán)是因?yàn)槠涫蔷€形的。X5AKM將氮原子轉(zhuǎn)換成氧原子（選擇氧元素之后再是自由電子模板）1、2、3、C-O現(xiàn)在分子已經(jīng)完成了。HIC盼 H 、CICCI匚hn/C O =BeC/3創(chuàng)建初級(jí)紫染：懸掛結(jié)構(gòu)1、2、3、4、5、6、7、82、3、4、來完成該過程:llr-B II將環(huán)放置使得它們重疊同時(shí)碳原子的成鍵位置正確;刪

8、除重疊部位的氫原子同時(shí)移動(dòng)鍵;AN 卅 + ”1 upFgOGaussview軟件使用手冊(cè)F面是一個(gè)展示怎樣在 GaussView上面創(chuàng)建一個(gè)初級(jí)紫染的6，6'-dibromoindigo :創(chuàng)創(chuàng)建一個(gè)新文件；在Builder窗口上選擇互聯(lián)的 5和6元碳環(huán)（在左側(cè)中的插圖中），然后再View窗口上點(diǎn)擊來放置一個(gè)片 段; UVZN0在五元環(huán)中，點(diǎn)擊合適的氧原子來將其換成氫原子；將與氧原子相對(duì)的碳原子改變成氮原子；將六圓環(huán)（在氮原子同一側(cè)的）中的最外層碳原子上的氫原子改成在相同形式的溴原子；在Builder窗口上點(diǎn)擊Clean按鈕。不要重新成鍵。然后保存文件；在View窗口上展示剛剛保存的

9、文檔；旋轉(zhuǎn)和移動(dòng)另一個(gè)環(huán)是的兩個(gè)碳原子近到足夠成鍵，同時(shí)使得兩結(jié)構(gòu)方向合適；注意：如果只是要兩個(gè)結(jié)構(gòu)中的一個(gè)，在按住 Alt鍵的同時(shí)拖動(dòng)鼠標(biāo)即可。在展示復(fù)雜結(jié)構(gòu)的同時(shí)使用另外 一個(gè)窗口同樣也是很有用處的。在View菜單上通過 Add View選項(xiàng)來創(chuàng)建。zv61E9、將兩個(gè)成鍵碳原子上的氫原子刪除；10、在Builder窗口上選擇 Bond來創(chuàng)建一個(gè) C=C；11、點(diǎn)擊 Clean；分子結(jié)構(gòu)完成。取代兩種結(jié)構(gòu)：創(chuàng)建二氯化二苯下面的例子給出了一種包含取代結(jié)構(gòu)的分子結(jié)構(gòu)。1、創(chuàng)建一個(gè)新的View窗口，然后在上面放置一個(gè)苯環(huán)。將其中的一個(gè)碳原子換成氯原子。重復(fù)該過程創(chuàng)建 另一個(gè)氯代苯環(huán)。InsgBo

10、旋轉(zhuǎn)其中的一個(gè)環(huán)，使得氯原子處于另一換的相反位置。用戶可以通過按住 Alt鍵同時(shí)按下鼠標(biāo)左鍵拖動(dòng)Gaussview軟件使用手冊(cè)IZJ5蹴:*吐 II5、在兩個(gè)碳原子之間創(chuàng)建一個(gè)鍵，完成分子結(jié)構(gòu): 分子結(jié)構(gòu)完成。ONIOM例子在一個(gè)小的縮氨酸鏈中的ONIOM層上分配原子注意：這個(gè)例子是為了更好的說明而不是為了精確1、 創(chuàng)建一個(gè)包含以下氨基酸的縮氨酸鏈：Phe-Ala-Gly ;選擇氨基末端的Ala nine以及有羰基末端的甘氨酸。tittz。2、 將所有院子分配在最底層，在Edit菜單上選擇Assign Layer，然后點(diǎn)擊Select All。確定當(dāng)前層被設(shè)定為Low。結(jié)構(gòu)大致如下：2F9gf

11、。Phenylalanine ,中心 Fragment 的點(diǎn)擊Apply3、將下列原子分配到中間層：所有在Ala中的中心碳原子。點(diǎn)擊 Expand Selection的右端然后添加更多的原子（兩到三倍） 比添加很多更容易。點(diǎn)擊Apply。KMXNO在下列添加附加的原子（選擇然后點(diǎn)擊 來給選項(xiàng)添加原子，然后點(diǎn)擊Apply出現(xiàn)，底層則以線狀出現(xiàn)：S7cYy。Ala中的原子，在 Phe環(huán)上的碳原子以及甘氨酸雙鍵上的原子：選擇 。添加少量原子通常Apply）直到結(jié)構(gòu)正確是十分必要的。根據(jù)需要利用中間的鼠標(biāo)鍵 來固定結(jié)構(gòu)，根據(jù)需要重復(fù)操作。下圖中中間層軌道的原子以棍狀I(lǐng)tfffIjlnLJ BCi jJ

12、h i 初 I - eZ* >! ' fE 4、將下列原子分配到高層上：Ala上所有包括與之相連的重原子在內(nèi)的所有原子。點(diǎn)擊Ala中的中間碳原子。將Using場(chǎng)轉(zhuǎn)換成Distanee。在Expand選項(xiàng)的右端點(diǎn)擊兩次。結(jié)果如下： ricjs。IF屮a 9B3I=：r iT fl點(diǎn)擊Apply。然后結(jié)果如下:已完成的ONIOM分配的原子點(diǎn)擊剛才放置到高層的氫原子然后將其移動(dòng)（放置）至中間層。點(diǎn)擊Close。原子層的分配完成。運(yùn)行一個(gè)ONIOM工作該例子使用了創(chuàng)建的分子，層在創(chuàng)建程序中最終的例子上被定義，然后接著以下步驟來。1、在 Calculate 菜單中選擇 Gaussian。2

13、、點(diǎn)擊Multilayer ONIOM Model 。三種選項(xiàng)（High , Medium和Low ）出現(xiàn)在了 Method系列中，從這些選 項(xiàng)中用戶可以分別選擇作用于不同層原子的方法。w2l3a。3、點(diǎn)擊High選項(xiàng)，然后選擇 RHF/6-31G工作。AM1工作。4、點(diǎn)擊Medium選項(xiàng)，然后選擇受限制的5、點(diǎn)擊Low選項(xiàng)具體說明一種在使用Amber force區(qū)域的原子結(jié)構(gòu)計(jì)算方法。6、下列的結(jié)構(gòu)（高斯 ONIOM工作的運(yùn)行例子）顯示了在正常運(yùn)行狀態(tài)的著三種選項(xiàng)（一個(gè)重疊著一個(gè)）這些運(yùn)行的區(qū)域在工作的route section 顯示：# ONIOM= （ RHF/6-31G : RAM1

14、: Amber） Ko8Nc用戶現(xiàn)在可以繼續(xù)填寫剩下的文本框，然后工作就可以準(zhǔn)備好保存并運(yùn)行了。R VJIM WDmmbrIH論葉I Mf車1 4卻IInzl. -J I FilvMd Hb.1L -I I4M1iHsPiMd -創(chuàng)建周期性的結(jié)構(gòu)周期性束縛狀態(tài)（PBC）指示1通過乙烯創(chuàng)建一個(gè)經(jīng)過多元炔的聚合體P BC/1D1-11-2通過點(diǎn)擊工具欄的“ New ”按鈕來創(chuàng)建一個(gè)新的分子和一個(gè)對(duì)應(yīng)的視圖窗口。首先雙擊“ R-Group Fragment”的工具箱按鈕，然后點(diǎn)擊“Select R-Group Fragment”對(duì)話框中的“ vinyl ”按鈕來創(chuàng)建乙烯基（乙烯）（當(dāng)前的結(jié)構(gòu)）。uO

15、JLCo1-31-4在視圖窗口中的任意空白位置點(diǎn)擊來創(chuàng)建一個(gè)乙烯分子。點(diǎn)擊“Center “工具箱按鈕來使得視圖窗口以該分子為中心。1-5在住窗口中的“ View”菜單中點(diǎn)擊“ Labels”來打開該視圖窗口的原子標(biāo)簽。1-6在視圖窗口中，點(diǎn)擊乙烯的原子5來創(chuàng)建一個(gè)穿過丁烷基的分子1-7在主窗口的“ Edit ”菜單中選擇“ PBC”來顯示分子的 PBC對(duì)話框。1-8vKJEH1-9在PBC對(duì)話框的“ Symmetry”選項(xiàng)中，選擇“ Lattice Dimensions ”多選框中的“ 1”。在PBC對(duì)話框的“ Cell”選項(xiàng)中，在確定“ Vertex"被選擇的情況下按下“Plac

16、e"按鈕，這樣就可以在視圖窗口中使用鼠標(biāo)來選擇任何原子的細(xì)胞起源定點(diǎn)（“0 （ 0” ”）。在視圖窗口中，點(diǎn)擊原子2.1-10在PBC對(duì)話框的“ Cell ”選項(xiàng)上,用鼠標(biāo)在 View窗口中點(diǎn)擊選擇“ a（ 1）”來代替“ 0 （ 0）”使得a胞的替代。在View窗口中，點(diǎn)擊原子Cell選型上,7XwZx在“Trim Contents"菜單中選擇 "Delete All Atoms Outside Cell”。1-12在PBC對(duì)話框的” Cell”選項(xiàng)上，點(diǎn)擊“1-13這樣，我們就為穿越多乙炔的聚合體的1-14在PBC對(duì)話框的“ View ”選型上，使用Center Con te nts"按鈕。PBC/1D模型定義了一個(gè)初始合成胞體。"Cell Replication "的旋轉(zhuǎn)空間來顯示兩個(gè)沿著“a "軸的胞體。特殊情