藥物組學ppt課件

1、定義：定義：主要是指在基因組水平上由單個核主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。序列多態(tài)性。其比較的不是DNA的片段長度，而是相同序列長度里的單個堿基的差別。 1996年，年，Lander報道了用單核苷酸多態(tài)性報道了用單核苷酸多態(tài)性標記（標記（single nucleotid polymorphism SNP）制備第三代遺傳連鎖圖的遺傳標記。制備第三代遺傳連鎖圖的遺傳標記。單核苷酸多態(tài)性單核苷酸多態(tài)性（single nucleotid polymorphism，SNP）是一種以是一種以測序測序為基礎(chǔ)為基礎(chǔ),采用數(shù)字化分析手段，在轉(zhuǎn)錄采用數(shù)字化分析手

2、段，在轉(zhuǎn)錄物水平上分析特定組織或細胞中基因群體表達狀態(tài)物水平上分析特定組織或細胞中基因群體表達狀態(tài)的（的（基因組表達模式）基因組表達模式）的技術(shù)。的技術(shù)。通過快速和詳細分析成千上萬個通過快速和詳細分析成千上萬個EST來尋找出表達豐來尋找出表達豐度不同的度不同的SAGE標簽序列，從而比較完整的獲得基因標簽序列，從而比較完整的獲得基因組的表達信息。已成為基因表達定量和定性研究的組的表達信息。已成為基因表達定量和定性研究的一種有效工具。一種有效工具。2.2. 基因表達系列分析技術(shù)基因表達系列分析技術(shù)（serial analysis of gene expression，SAGE）。）。1999年發(fā)明

3、基因表達系列分析技術(shù)年發(fā)明基因表達系列分析技術(shù)標簽標簽1標簽標簽2連接酶連接連接酶連接雙標簽雙標簽(ditag)根據(jù)連接子根據(jù)連接子1和和2的序列的序列引物進行引物進行PCR擴增擴增錨定酶（錨定酶（AE）切掉接頭）切掉接頭連接雙標簽成收含連接雙標簽成收含2050 個標簽個標簽的多標簽串聯(lián)體，克隆串聯(lián)體到的多標簽串聯(lián)體，克隆串聯(lián)體到載體中載體中,得到得到SAGE 文庫、測序。文庫、測序。用用SAGE 軟件分析所得標簽數(shù)據(jù)軟件分析所得標簽數(shù)據(jù)進行表達頻率的分析。進行表達頻率的分析。將每將每3050個雙標簽連接起來，并克隆到載體中，建立個雙標簽連接起來，并克隆到載體中，建立SAGE文庫；文庫； 常規(guī)

4、常規(guī)SAGE方法方法 （short SAGE）基本）基本 流程流程P194SAGE實例實例v蛋白質(zhì)組學（proteomics）是指研究蛋白質(zhì)組的科學，實質(zhì)上采用大規(guī)模、高通量、高效率的技術(shù)手段研究蛋白質(zhì)的特征、功能，整體上研究基因組所表達的所有蛋白質(zhì)在不同時間與空間的表達譜，全景式地揭示生命活動的本質(zhì)。（一）（一） 雙向電泳技術(shù)雙向電泳技術(shù)1、等電聚焦電泳等電聚焦電泳pHpI 帶負電帶負電pHpI 帶正電帶正電pH=pI 不帶電不帶電溶液溶液蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)十二烷基磺酸鈉十二烷基磺酸鈉原態(tài)蛋白質(zhì)原態(tài)蛋白質(zhì)磺酸基磺酸基 極性親水極性親水烷基烷基 親油（蛋白質(zhì)疏水區(qū)）親油（蛋白質(zhì)疏水區(qū)）2、SDS-聚

5、丙烯酰胺凝膠電泳聚丙烯酰胺凝膠電泳（SDS-PAGE）雙向電泳雙向電泳野生型和突變體棉花胚珠總蛋白質(zhì)樣品的雙向電泳圖譜比較（二）（二） 質(zhì)譜質(zhì)譜(mass spectrometry，MS)進樣系統(tǒng)離子源質(zhì)量分析器檢測器1.氣體擴散2.直接進樣3.氣相色譜1.電子轟擊2.化學電離3.場致電離4.激光 1.單聚焦 2.雙聚焦 3.飛行時間4.四極桿 質(zhì)譜儀需要在高真空下工作：離子源質(zhì)譜儀需要在高真空下工作：離子源（10-3 10 -5 Pa ） 質(zhì)量分析器質(zhì)量分析器（10 -6 Pa ）質(zhì)譜分析原理質(zhì)譜分析原理在磁場存在下，帶電離子按曲線軌跡飛行；在磁場存在下，帶電離子按曲線軌跡飛行；改變加速電壓

6、改變加速電壓V, 可以使不同可以使不同m/e 的離子進入檢測器。的離子進入檢測器。質(zhì)譜分辨率質(zhì)譜分辨率 = M / M （分辨率與選定分子質(zhì)量有關(guān)（分辨率與選定分子質(zhì)量有關(guān)）質(zhì)量分析器原理質(zhì)量分析器原理LDI-1700激光解吸飛行時間質(zhì)譜儀激光解吸飛行時間質(zhì)譜儀 圖圖5-31 MALDI5-31 MALDITOFTOF分子質(zhì)譜儀原理圖分子質(zhì)譜儀原理圖 （三）（三） 酵母雙雜交系統(tǒng)（酵母雙雜交系統(tǒng)（Yeast two-hybrid system）也叫做相互作用陷井，是在紐約州立大學建立的雙雜交測試也叫做相互作用陷井，是在紐約州立大學建立的雙雜交測試技術(shù)的基礎(chǔ)上，于技術(shù)的基礎(chǔ)上，于90年代初期發(fā)展出來的一種年代初期發(fā)展出來的一種分析蛋白質(zhì)與分析蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)相互作用蛋白質(zhì)相互作用的方法。的方法。酵母雙雜交系統(tǒng)酵母雙雜交系統(tǒng)的建立得力于對真核生物調(diào)控轉(zhuǎn)錄起始過的建立得力于對真核生物調(diào)控轉(zhuǎn)錄起始過程的認識。自建立以來已經(jīng)成為分析蛋白質(zhì)相互作用的強有程的認識。自建立以來已經(jīng)成為分析蛋白質(zhì)相互作用的強有力的方法之一。力的方法之一。 “誘餌誘餌”(bait)“獵物獵物”或靶蛋白或靶蛋白(prey or target protein)酵母雙雜交技術(shù)的基本原理酵母雙雜交技術(shù)的基本原理已知蛋白編已知蛋白