新版PubMed檢索

1、精選課件1浙江中醫(yī)藥大學(xué)圖書館 劉春金精選課件2uPubMed及NCBI相關(guān)數(shù)據(jù)庫uPubMed數(shù)據(jù)范圍u認(rèn)識新版PubMeduPubMed檢索方法uPubMed RSS學(xué)科跟蹤精選課件3uNCBI(National Center for Biotechnology Information，美國國立生物技術(shù)信息中心)uNCBI是目前國際上幾個(gè)重要分子生物信息網(wǎng)站之一，其成立的原因是為已故的參議院議員Claude Pepper發(fā)現(xiàn)計(jì)算信息處理方法對生物醫(yī)學(xué)研究的重要性，因此，在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是National Institutes of Health（NIH）底下的N

2、ational Library of Medicine（NLM）的部門之一。由于NLM具有建立與維護(hù)生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫經(jīng)驗(yàn)，且因它是NIH的單位，因此可執(zhí)行計(jì)算分子生物計(jì)劃。NIH目前是全世界最大的生物醫(yī)學(xué)研究單位。 uNCBI成立的主要任務(wù)為：u提供生物醫(yī)學(xué)的分析與計(jì)算工具，協(xié)助研究人員了解生物的語言-DNA在健康與疾病中所扮演的角色u發(fā)展新技術(shù)協(xié)助了解調(diào)控健康與疾病的基本分子與遺傳過程， 包括建立儲存與分析分子生物、生化與遺傳學(xué)知識的自動系統(tǒng)；促 進(jìn)研究與醫(yī)學(xué)社群使用數(shù)據(jù)庫與軟件；協(xié)調(diào)生物技術(shù)信息的傳遞與 管理；執(zhí)行以計(jì)算機(jī)為基礎(chǔ)的進(jìn)階信息分析過程，用以分析生物重要分子的結(jié)構(gòu)與功能。精選課件4

3、uComputational Biology Branch （CBB）uInformation Engineering Branch（IEB）uInformation Resources Branch（IRB）精選課件5uComputational Biology Branch（CBB）u處理運(yùn)算、數(shù)學(xué)及分子生物、生物與遺傳學(xué)理論問題的基礎(chǔ)與應(yīng)用研究，包括基因體分析、序列比對、序列搜尋方法、巨分子結(jié)構(gòu)、動力學(xué)與交互作用、結(jié)構(gòu)/功能預(yù)測等。u建立NIH實(shí)驗(yàn)室、政府機(jī)構(gòu)、學(xué)術(shù)單位與產(chǎn)業(yè)界之生物學(xué)家、化學(xué)家、數(shù)學(xué)家與計(jì)算機(jī)科學(xué)家間的計(jì)算分子生物合作研究計(jì)劃。u提供研究分子生物分析工具的咨詢與建議。u

4、與分子生物社群互動，利用計(jì)算與理論方法提高實(shí)驗(yàn)研究質(zhì)量。精選課件6uInformation Engineering Branch（IEB）u進(jìn)行數(shù)據(jù)表現(xiàn)與分析的應(yīng)用研究，包括在分子生物、遺傳學(xué)與生物化學(xué)的計(jì)算機(jī)儲存、管理與檢索系統(tǒng)。u設(shè)計(jì)各種呈現(xiàn)分子生物信息的數(shù)據(jù)庫架構(gòu)與規(guī)格書，包括核酸、蛋白質(zhì)與結(jié)構(gòu)信息。u設(shè)計(jì)與發(fā)展分布式軟件系統(tǒng)，提供研究人員本機(jī)與遠(yuǎn)程的計(jì)算服務(wù)。u協(xié)調(diào)公開序列、遺傳、結(jié)構(gòu)、目錄信息，建立管理與整合數(shù)據(jù)庫或連結(jié)至外部數(shù)據(jù)庫。u建立NIH內(nèi)部與外部學(xué)術(shù)單位的信息學(xué)合作研究計(jì)劃。u提供軟件與數(shù)據(jù)庫設(shè)計(jì)咨詢與建議。u發(fā)展與提倡數(shù)據(jù)庫、數(shù)據(jù)交換與生物命名的標(biāo)準(zhǔn)。精選課件7uInfo

5、rmation Resources Branch（IRB）u計(jì)劃、監(jiān)督與管理NCBI的計(jì)算機(jī)技術(shù)操作，包含用來研究、發(fā)展與存取公開數(shù)據(jù)庫的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)。u提供NCBI人員與外來使用者技術(shù)支持。u提供NCBI服務(wù)之網(wǎng)絡(luò)操作指導(dǎo)。u規(guī)劃使用NCBI資源的教育訓(xùn)練與研討會。u計(jì)劃、發(fā)展與管理政府合約與合作協(xié)議書，已獲得支持NCBI信息u功能的設(shè)備與服務(wù)。u作為基因體計(jì)劃使用者與服務(wù)辦事處之聯(lián)絡(luò)人。u執(zhí)行應(yīng)用研究與發(fā)展，提供技術(shù)支持與指導(dǎo)，鑒定使用者需求；u管理生物使用社群之問卷調(diào)查，以評估NCBI發(fā)展的軟件使用情形。u協(xié)調(diào)政府其它辦事處與生物信息資源，促進(jìn)NCBI數(shù)據(jù)儲存的發(fā)展。精選課件8uNCBI還

6、有一個(gè)跨多學(xué)科的基礎(chǔ)研究群，組成人員包括計(jì)算機(jī)科學(xué)家、分子生物學(xué)家、數(shù)學(xué)家、生化學(xué)家與物理學(xué)家，共同致力于計(jì)算分子生物的基礎(chǔ)與應(yīng)用研究。他們一起研究利用數(shù)學(xué)與計(jì)算機(jī)方法解決分子層面的基本生物醫(yī)學(xué)問題，這些問題包含了基因結(jié)構(gòu)偵測與分析、序列分析、立體結(jié)構(gòu)預(yù)測、重復(fù)序列類型（Pattern）、建立基因體圖譜、HIV感染動力學(xué)的數(shù)學(xué)模型、分析序列錯誤對數(shù)據(jù)庫搜尋的影響、發(fā)展數(shù)據(jù)庫搜尋與多重序列比對的新算法、建立無重復(fù)的序列數(shù)據(jù)庫、使用數(shù)學(xué)模型評估序列相似性在統(tǒng)計(jì)學(xué)上的重要性、建立文章檢索的載體（Vector）模型等。除此之外，這些研究人員尚與NIH的研究單位、學(xué)術(shù)單位的研究實(shí)驗(yàn)室與政府機(jī)構(gòu)的研究實(shí)驗(yàn)

7、室間維持合作關(guān)系，目前仍有多項(xiàng)研究計(jì)劃正在進(jìn)行當(dāng)中。精選課件9uNCBI目前提供的生物信息資源主要分為u生物數(shù)據(jù)庫u生物信息工具精選課件10u生物數(shù)據(jù)庫u生物數(shù)據(jù)庫是一個(gè)永久數(shù)據(jù)的大的組織體，通常結(jié)合計(jì)算機(jī)軟件執(zhí)行更新、查詢與存取數(shù)據(jù)的功能。對于研究人員而言，數(shù)據(jù)庫必須符合：容易取得信息以及只取得回答特殊生物問題的信息兩項(xiàng)功能。uNCBI的數(shù)據(jù)庫搜尋與存取系統(tǒng)-Entrez，可用來獲取單一數(shù)據(jù)庫或許多數(shù)據(jù)庫的整合數(shù)據(jù)。例如Entrez蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫除了可查詢蛋白質(zhì)信息，同時(shí)亦可連結(jié)到生物分類數(shù)據(jù)庫查詢生物分類信息。目前，NCBI提供的公開（Open Access）數(shù)據(jù)庫包括如下：精選課件11精選

8、課件12uEntrez是NCBI的為用戶提供整合的訪問序列，定位，分類，和結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的搜索和檢索系統(tǒng)。Entrez同時(shí)也提供序列和染色體圖譜的圖形視圖。Entrez是一個(gè)用以整合NCBI數(shù)據(jù)庫中信息的搜尋和檢索工具。這些數(shù)據(jù)庫包括核酸序列，蛋白序列，大分子結(jié)構(gòu)，全基因組，和通過PubMed檢索的MEDLINE。Entrez的一個(gè)強(qiáng)大和獨(dú)特的特點(diǎn)是檢索相關(guān)的序列，結(jié)構(gòu)和參考文獻(xiàn)的能力。PubMed是一個(gè)網(wǎng)絡(luò)搜索界面，可以提供對在MEDLINE上的九百萬雜志引用的訪問，包含了鏈接到參與的出版商網(wǎng)絡(luò)站點(diǎn)的全文文章。 uBLAST是一個(gè)NCBI開發(fā)的序列相似搜索程序，還可作為鑒別基因和遺傳特點(diǎn)的手段。B

9、LAST能夠在小于15秒的時(shí)間內(nèi)對整個(gè)DNA數(shù)據(jù)庫執(zhí)行序列搜索。NCBI提供的附加的軟件工具有：開放閱讀框?qū)ひ捚鳎∣RF Finder），電子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。所有的NCBI數(shù)據(jù)庫和軟件工具可以從HTTP或FTP來獲得。精選課件13uBooks 出版社提供之?dāng)?shù)字生醫(yī)圖書與醫(yī)生參考書籍?dāng)?shù)據(jù)庫uCancer Chromosomes 美國國立癌癥研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer數(shù)據(jù)庫里已經(jīng)整合好的cytogenetic、臨床與文獻(xiàn)相關(guān)數(shù)據(jù)uConserved Domain Databa

10、se（CDD），蛋白質(zhì)功能區(qū)塊保留序列數(shù)據(jù)庫u3D Domains，蛋白質(zhì)功能區(qū)塊立體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)uGene，包含許多物種的基因數(shù)據(jù)庫uGenome，包含超過800種物種的基因組數(shù)據(jù)庫uGENSAT，小鼠中樞神經(jīng)系統(tǒng)基因表現(xiàn)圖譜uGEO Datasets，基因表現(xiàn)實(shí)驗(yàn)與生物芯片數(shù)值結(jié)果數(shù)據(jù)uGEO Profiles，基因表現(xiàn)圖譜uHomoloGene，同源基因批注數(shù)據(jù)庫uJournals，期刊文獻(xiàn)（包含PubMed）uMeSH，醫(yī)學(xué)主題詞數(shù)據(jù)庫uNCBI Web Site，所有NCBI網(wǎng)頁uNLM Catalog，美國國立醫(yī)學(xué)圖書館館藏書目、期刊、視聽數(shù)據(jù)目錄uNucleotide sequenc

11、e database，核酸序列數(shù)據(jù)庫（包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列數(shù)據(jù)庫）精選課件14uOnline Mendelian Inheritance in Man (OMIM)，人類遺傳疾病相關(guān)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫uPopSet，族群演化分析相關(guān)研究資料uProtein sequence database，蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等數(shù)據(jù)庫與從GenBank、RefSeq核酸序列轉(zhuǎn)譯之蛋白質(zhì)序列資料）uPubChem BioAssay，化學(xué)成分之生物活性篩選資料uPubChem Compound，小分子化學(xué)物質(zhì)結(jié)構(gòu)uPubChem Substan

12、ce，具生物活性之化學(xué)物質(zhì)篩選數(shù)據(jù)uPubMed，科學(xué)文獻(xiàn)報(bào)導(dǎo)數(shù)據(jù)庫uPubMed Central，科學(xué)文獻(xiàn)數(shù)字全文數(shù)據(jù)庫uSite Search，可搜尋NCBI的網(wǎng)頁與FTPuSNP，單點(diǎn)核酸多樣性數(shù)據(jù)庫(dbSNP)uStructure，分子模型數(shù)據(jù)(MMDB) uTaxonomy，以核酸或蛋白質(zhì)為基礎(chǔ)的分類學(xué)信息uUniGene，人類unique基因序列數(shù)據(jù)庫uUniSTS，unique序列卷標(biāo)地址數(shù)據(jù)庫精選課件15u數(shù)據(jù)類型：期刊論文、綜述以及與其他數(shù)據(jù)資源鏈接。u特點(diǎn)：u免費(fèi)提供題錄和文摘u提供與原文的網(wǎng)址鏈接(部分免費(fèi)獲取） u提供檢索詞自動轉(zhuǎn)換匹配u操作簡便、快捷精選課件16uM

13、EDLINEu4800余種生物醫(yī)學(xué)期刊，內(nèi)容涉及醫(yī)學(xué)、護(hù)理、牙科、獸醫(yī)、健康保健系統(tǒng)、前臨床醫(yī)學(xué)等學(xué)科。這些期刊來源于美國和世界上70多個(gè)國家和地區(qū)。u文獻(xiàn)量達(dá)1千2百多萬條記錄，并回溯到1966年。u記錄中用PubMed-indexed for MEDLINE標(biāo)記表示注 截止2006年3月15日PubMed公布的數(shù)據(jù)精選課件17uIn process citationu提供MEDLINE尚未經(jīng)規(guī)范處理的數(shù)據(jù)。u獲MeSH詞后，再加入MEDLINE。u記錄中用PubMed-in process標(biāo)記表示。精選課件18uPublisher Supplied Citationsu出版商直接向PubM

14、ed提供電子記錄u包括MEDLINE未收錄的部分記錄u記錄中用PubMed-as supplied by publisher標(biāo)記表示。精選課件19uOldMedlineu1950-1965年間發(fā)表的200多萬篇文獻(xiàn)u沒有MeSH字段和摘要u記錄中用PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966標(biāo)記表示。精選課件20uPubMed not MedlineuPubMed收錄Medline不收錄的文獻(xiàn)。u記錄中用PubMed標(biāo)記表示。精選課件21精選課件22u收錄范圍廣：uMEDLINE收錄的部分生命科學(xué)相關(guān)文章的非醫(yī)學(xué)專業(yè)期刊（物理、天文、化學(xué)等）u收錄記錄新：u在MEDLINE數(shù)據(jù)標(biāo)

15、引前的最新題錄u文獻(xiàn)類型全：u提供電子原文鏈接（部分免費(fèi)）精選課件23uPubMed首頁uPubMed檢索結(jié)果頁uPubMed結(jié)果顯示uPubMed摘要顯示精選課件24新版PubMed特色：簡潔、清新檢索速度較快精選課件25精選課件26精選課件27精選課件28精選課件29精選課件30精選課件31精選課件32uPubMed基本檢索uPubMed高級檢索uPubMed限定檢索uPubMed主題檢索u臨床查詢檢索uPubMed全文獲取精選課件33u在檢索框中鍵入一個(gè)或多個(gè)英文單詞（大寫或小寫均可），點(diǎn)擊GO按鈕，PubMed系統(tǒng)會自動在主題詞表，期刊名表，短語表及作者索引中查詢與輸入的詞相匹配的形式

16、，這就是它特有的“自動詞匯匹配功能”。u例如：檢索腫瘤 (cancer)方面的文章。u在檢索框中輸入：“cancer”，再點(diǎn)擊“Go”按鈕。 PubMed將自動地利用它的“自動詞匯匹配”功能將重要的詞語結(jié)合在一起，并將不規(guī)范的詞語轉(zhuǎn)換成MeSH詞表中規(guī)范的用詞進(jìn)行檢索，比如，檢索“cancer” 將自動轉(zhuǎn)換為：neoplasmsMeSH Terms OR neoplasmsAll Fields OR cancerAll Fields精選課件34u自動轉(zhuǎn)換匹配：自動轉(zhuǎn)換匹配： PubMed對對輸入檢索框中的檢索輸入檢索框中的檢索詞進(jìn)行智能化地校對，詞進(jìn)行智能化地校對，將其逐步地與其數(shù)據(jù)將其逐步地

17、與其數(shù)據(jù)庫中的各類術(shù)語匹配庫中的各類術(shù)語匹配的原則。的原則。MeSH Translation Table主題詞注釋表主題詞注釋表Journals Translation Table期刊注釋表期刊注釋表Common Phrase List常用詞組表常用詞組表Author Index作者索引表作者索引表檢索詞拆分檢索詞拆分AND精選課件35精選課件36A BA B A B精選課件37 精選課件38精選課件39精選課件40精選課件41精選課件42精選課件43期刊數(shù)據(jù)庫（journal database)期刊數(shù)據(jù)庫的作用：1、可以查看期刊的詳細(xì)信息，包括出版國家，出版社，出版語言，期刊類目等等；2、可

18、以根據(jù)期刊的主題分類，查看medline收錄的各學(xué)科的期刊，比如查看medline收錄的關(guān)于麻醉學(xué)(Anesthesiology)方面的期刊；2、方便檢索某本期刊上被PubMed收錄的所有文章。比如：我們想知道期刊Acad Pediatr的全稱以及具體的出版社，以方便投稿，如何查？操作方法：點(diǎn)擊導(dǎo)航欄上的Journal database，打開期刊數(shù)據(jù)庫檢索界面，在檢索框中輸入Acad Pediatr，再點(diǎn)擊Go按鈕即可。精選課件44精選課件45精選課件46精選課件47精選課件48精選課件49截詞檢索截詞檢索的作用：擴(kuò)大檢索范圍，提高查全率。截詞符：用*表示，代表多個(gè)字符，將*加在檢索詞后可以表

19、示對所有以該詞開頭的詞進(jìn)行檢索。如：bacter*，可以檢出bacter，bacteria， bacteriophage ，bacterium，等最多600個(gè)單詞。精選課件50精選課件51精選課件52 精選課件53常用檢索字段描述和標(biāo)識Titleti：篇名字段Abstractab：摘要字段Affiliation ad：著者地址字段。Author nameau：文章的作者，檢索格式：姓+名。如：smith jaauJournal titleta：期刊名稱。如：celltaLanguagela：論文出版語種。語種檢索時(shí)可只輸入前3個(gè)字母，如：chila=chinesela；Englishlang=

20、engla比如：檢索文章題目中含有高血壓的中文文獻(xiàn)檢索式:hypertensionti AND chila精選課件54精選課件55常用檢索字段描述和標(biāo)識Publication datedp:出版日期指論文所在期刊的出版日期日期檢索的形式為：YYYY/MM/DDDP要檢索一段時(shí)期內(nèi)的文章，日期之間可以加冒號，如：1993/01:1995/06DPPublication typept:出版類型。有綜述，新聞，傳記，臨床試驗(yàn)等。如：reviewptMeSH termsmh：主題詞字段。如：hypertensionmhSubheadingssh:副主題詞。與主題詞組配檢索.比如：檢索1995年到199

21、6年出版的關(guān)于高血壓方面的綜述性文獻(xiàn)。hypertensionmh AND 1995/01:1996/12DP AND reviewpt精選課件56精選課件57強(qiáng)制檢索功能PubMed允許使用雙引號來強(qiáng)制系統(tǒng)進(jìn)行短語檢索。如：在PubMed主頁的檢索提問框中鍵入“single cell”，并用雙引號引起來。點(diǎn)擊“GO”按鈕，系統(tǒng)會將其作為一個(gè)不可分割的詞組在數(shù)據(jù)庫的全部字段中進(jìn)行檢索。如果不使用雙引號進(jìn)行強(qiáng)制檢索，系統(tǒng)就會將其分成2個(gè)詞：single和cell檢索，其檢索表達(dá)式為：single AND cell. 很明顯這樣的檢索結(jié)果是不符號要求的。精選課件58精選課件59精選課件60精選課件

22、61精選課件62醫(yī)學(xué)主題詞表數(shù)據(jù)庫(MeSH Database) 醫(yī)學(xué)主題詞表是對生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)進(jìn)行主題分析、標(biāo)引和檢索的權(quán)威性詞表，它的作用是使醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)的主題標(biāo)引和檢索達(dá)到統(tǒng)一和一致，并指導(dǎo)用戶高質(zhì)量地檢索醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)。它可以指導(dǎo)用戶從同義詞發(fā)現(xiàn)主題詞，告訴用戶主題詞如何使用，顯示主題詞之間的相互關(guān)系。精選課件63醫(yī)學(xué)主題詞表數(shù)據(jù)庫(MeSH Database)利用主題詞進(jìn)行檢索方法:1、點(diǎn)擊主頁右下角的MeSH Database進(jìn)入主題詞檢索界面；2、輸入檢索詞后，點(diǎn)擊go按鈕，系統(tǒng)將顯示與該詞有關(guān)主題詞；3、點(diǎn)擊該主題詞進(jìn)一步顯示該主題詞的定義、樹狀結(jié)構(gòu)、組配的副主題詞；4、選擇合適的主題詞與

23、副主題詞后，點(diǎn)擊send to按鈕，進(jìn)入檢索表達(dá)式瀏覽窗口；5、點(diǎn)擊Search PubMed將顯示檢索結(jié)果。精選課件64精選課件65精選課件66精選課件67精選課件68精選課件69精選課件70精選課件71文摘文摘第一著者單位地址第一著者單位地址出版商提供文獻(xiàn)識別號出版商提供文獻(xiàn)識別號著者群著者群版權(quán)說明版權(quán)說明參考評論文獻(xiàn)參考評論文獻(xiàn)合著者合著者文獻(xiàn)參考評論文獻(xiàn)參考評論定稿版定稿版校樣版校樣版輸入日期輸入日期輸入完成日期輸入完成日期電子出版日期電子出版日期精選課件72電子出版日期電子出版日期文獻(xiàn)出版日期文獻(xiàn)出版日期數(shù)據(jù)加入數(shù)據(jù)加入PubMed日期日期文獻(xiàn)勘誤文獻(xiàn)勘誤參考文獻(xiàn)勘誤參考文獻(xiàn)勘誤全

24、部著者姓名全部著者姓名全部調(diào)研者姓名全部調(diào)研者姓名作為文章主題的著者全稱作為文章主題的著者全稱文獻(xiàn)相關(guān)注釋文獻(xiàn)相關(guān)注釋基金編號基金編號基因符號基因符號期編號期編號資助調(diào)研者資助調(diào)研者資助調(diào)研單位資助調(diào)研單位國際標(biāo)準(zhǔn)期刊號國際標(biāo)準(zhǔn)期刊號美國立醫(yī)學(xué)圖書館識別號美國立醫(yī)學(xué)圖書館識別號期刊全稱期刊全稱精選課件73最后修訂日期最后修訂日期規(guī)范詞表詞規(guī)范詞表詞規(guī)范詞確立日期規(guī)范詞確立日期系統(tǒng)組織的文摘系統(tǒng)組織的文摘版權(quán)擁有者版權(quán)擁有者題錄提供機(jī)構(gòu)的識別號題錄提供機(jī)構(gòu)的識別號病史相關(guān)與原始記錄病史相關(guān)與原始記錄其他關(guān)鍵詞其他關(guān)鍵詞提供其他關(guān)鍵詞的機(jī)構(gòu)提供其他關(guān)鍵詞的機(jī)構(gòu)數(shù)據(jù)提供者機(jī)構(gòu)數(shù)據(jù)提供者機(jī)構(gòu)文章總頁數(shù)文章總頁數(shù)出版商提供數(shù)據(jù)時(shí)間出版商提供數(shù)據(jù)時(shí)間期刊出版國期刊