生物信息學(xué)檢索系統(tǒng)

1、生物信息學(xué)檢索系統(tǒng)生物信息學(xué)檢索系統(tǒng)1、EntrezEntrezEntrez的特點的特點 鏈接的數(shù)據(jù)庫多鏈接的數(shù)據(jù)庫多 使用方便使用方便 實際匹配、相近匹配、查詢結(jié)果按匹配實際匹配、相近匹配、查詢結(jié)果按匹配程度排列程度排列Entrez集成的各種數(shù)據(jù)庫集成的各種數(shù)據(jù)庫核酸序列核酸序列蛋白質(zhì)序列蛋白質(zhì)序列生物大分子結(jié)構(gòu)生物大分子結(jié)構(gòu)基因組數(shù)據(jù)基因組數(shù)據(jù)生物分類數(shù)據(jù)庫生物分類數(shù)據(jù)庫孟德爾人類遺傳學(xué)數(shù)據(jù)（孟德爾人類遺傳學(xué)數(shù)據(jù)（OMIM）PubmedEntrezEntrez的查詢方式的查詢方式快速查詢快速查詢限定查詢限定查詢其他查詢方式其他查詢方式 批處理查詢批處理查詢 交叉引用的信息查詢交叉引用的信息

2、查詢 Email查詢查詢Entrez基本查詢功能基本查詢功能 主題詞（主題詞（Subject）搜索）搜索 短語（短語（phrase）搜索）搜索 文獻作者（文獻作者（Authous）搜索）搜索 序列獨特識別信息（序列獨特識別信息（Unique Identifiers）搜索搜索 序列分子量搜索序列分子量搜索 區(qū)域搜索區(qū)域搜索 通配符搜索通配符搜索2. SRS SRS（Sequence Retrieval System）是是EMBL研制的一個基于研制的一個基于WEB的查詢系的查詢系統(tǒng)統(tǒng),是目前生物信息界應(yīng)用最為廣泛的數(shù)是目前生物信息界應(yīng)用最為廣泛的數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)。據(jù)庫系統(tǒng)。 SRS在中國的鏡像站點建立在

3、北京大學(xué)在中國的鏡像站點建立在北京大學(xué)生物信息中心。生物信息中心。 SRS采用全菜單驅(qū)動方式采用全菜單驅(qū)動方式 包括包括EMBL、EMBL_NEW、SwissProt、PIR等一級數(shù)據(jù)庫等一級數(shù)據(jù)庫 還包括許多二級數(shù)據(jù)庫還包括許多二級數(shù)據(jù)庫如蛋白質(zhì)家族和結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫如蛋白質(zhì)家族和結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫Prosite、限、限制酶數(shù)據(jù)庫制酶數(shù)據(jù)庫ReBase、PDB序列子集數(shù)據(jù)庫序列子集數(shù)據(jù)庫NRL_3D、真核基因啟動子數(shù)據(jù)庫、真核基因啟動子數(shù)據(jù)庫EPD、E.coli 數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫ECD、酶名稱和反應(yīng)數(shù)據(jù)庫、酶名稱和反應(yīng)數(shù)據(jù)庫ENZYME、生物計算文獻數(shù)據(jù)庫、生物計算文獻數(shù)據(jù)庫SEQANALREF等，還有與功能、疾病相關(guān)等，還有與功能、疾病相關(guān)的數(shù)據(jù)庫，總共有的數(shù)據(jù)庫，總共有80個數(shù)據(jù)庫。個數(shù)據(jù)庫。SRS與ENTREZ的區(qū)別 布林邏輯運算布林邏輯運算 結(jié)果信息量結(jié)果信息量