TCMD中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫中文版用戶說明書

1、TCMD中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫中文版用戶說明書1. TCMD產(chǎn)品特性及內(nèi)容31.1 產(chǎn)品研制背景和意義31.2 TCMD體現(xiàn)了科學(xué)性和實(shí)用性的統(tǒng)一31.3 TCMD 產(chǎn)品的應(yīng)用領(lǐng)域31.4 TCMD 2003.1版本的內(nèi)容31.4.1 9127種化合物31.4.2 3922種中藥藥用植物41.4.3 9127種化合物的三維結(jié)構(gòu)庫41.5 TCMD產(chǎn)品的檢索功能和用途52ISIS/Base平臺(tái)使用說明52.1 文本查詢52.1.1 SBF方式52.1.2 QB方式52.2 結(jié)構(gòu)查詢52.2.1 SBF方式52.2.2 QB方式62.3 交叉查詢62.3.1 SBF方式62.3.2 QB方式63. TCM

2、D產(chǎn)品的應(yīng)用實(shí)例6實(shí)例01 化合物ID號(hào)檢索6實(shí)例02 化合物中文名稱檢索6實(shí)例04 化合物分子式檢索7實(shí)例05 化合物分子量檢索7實(shí)例06 化合物的物化性質(zhì)檢索7實(shí)例07 從植物檢索化合物 (從化合物表出發(fā))7實(shí)例08 從植物檢索化合物 (從植物表出發(fā))8實(shí)例09 檢索某科植物中的全部化合物8實(shí)例11 某科植物化學(xué)成分的藥理活性分布8實(shí)例12 檢出某屬植物中含有的化合物8實(shí)例13 指定中藥的功效檢索有關(guān)化合物8實(shí)例14 指定中藥的適應(yīng)癥檢索有關(guān)化合物8實(shí)例15 抑制劑及其藥理模型檢索10實(shí)例16 復(fù)合檢索例10實(shí)例17 參考文獻(xiàn)查詢10實(shí)例19 定題檢索11實(shí)例20 三維藥效團(tuán)檢索實(shí)例：搜尋

3、和GABAA受體結(jié)合的配體114. 動(dòng)畫演示實(shí)例115. 結(jié)果數(shù)據(jù)導(dǎo)出115.1 Excel表格115.2 SDF、RDF、ISIS/Base格式126. 聯(lián)系咨詢121. TCMD產(chǎn)品特性及內(nèi)容1.1 產(chǎn)品研制背景和意義 “中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫(Traditional Chinese Medicines Database, TCMD 2003.1)”是中科院過程工程研究所分子設(shè)計(jì)課題組在長期從事藥物設(shè)計(jì)方法研究的背景下，對(duì)數(shù)據(jù)庫工具的國內(nèi)外需求進(jìn)行分析，經(jīng)多年努力研制成功的科學(xué)數(shù)據(jù)庫產(chǎn)品，是一個(gè)支持新藥研發(fā)和中藥現(xiàn)代化研究的新型工具。與其內(nèi)容相近的英文專著Traditional Chinese m

4、edicines第二版已于2003年3月在國外廣泛發(fā)行?，F(xiàn)推出中文版產(chǎn)品以滿足國內(nèi)各方面的需要。1.2 TCMD體現(xiàn)了科學(xué)性和實(shí)用性的統(tǒng)一 采用確切的立體化學(xué)方式表達(dá)化學(xué)結(jié)構(gòu)信息； 采用規(guī)范的格式化表達(dá)處理化合物生物活性和中藥功效、適應(yīng)癥和藥理信息； 采用嚴(yán)格的植物分類系統(tǒng)(鄭萬鈞分類系統(tǒng)和恩格勒分類系統(tǒng))表達(dá)中藥源植物； 安裝在通用的MDL公司ISISBase平臺(tái)上，在Windows環(huán)境下運(yùn)行，用戶無需編程，也不要求具有專門的計(jì)算機(jī)知識(shí)，檢索、瀏覽和輸出方便自如。同時(shí)也可方便地和Tripos、Accelrys等其他分子設(shè)計(jì)軟件系統(tǒng)相連接。1.3 TCMD 產(chǎn)品的應(yīng)用領(lǐng)域TCMD是一個(gè)多學(xué)科交

5、叉的科學(xué)數(shù)據(jù)庫，涉及中藥現(xiàn)代化研究、中藥化學(xué)、藥物化學(xué)、植物化學(xué)、化學(xué)信息學(xué)、中藥藥理學(xué)、分子藥理學(xué)、藥物設(shè)計(jì)學(xué)、天然產(chǎn)物研究與開發(fā)、新藥創(chuàng)制、新劑型中藥研發(fā)、新農(nóng)藥及其它農(nóng)用化學(xué)品的研發(fā)等諸多研究及開發(fā)領(lǐng)域。相信只要初步了解了它所包含的信息類別和內(nèi)容，上述領(lǐng)域的工作者都可以在自己的領(lǐng)域中找到令人興奮的用途。1.4 TCMD 2003.1版本的內(nèi)容該產(chǎn)品2003.1版本包含三部分內(nèi)容：化合物，中藥藥用植物，和一個(gè)三維結(jié)構(gòu)庫。 1.4.1 9127種化合物該產(chǎn)品第一部分內(nèi)容是從1800多篇(部)中英文書籍和研究論文中收集的9127種從中草藥中分離出來的化合物信息。每種化合物下列10項(xiàng)數(shù)據(jù)：唯一代

6、碼、中文名稱、英文名稱、CAS登錄號(hào)、分子式、分子量、物理化學(xué)性質(zhì) (晶體形態(tài)、熔點(diǎn)、沸點(diǎn)、旋光度等)、格式化的生物活性數(shù)據(jù) (即藥理模型實(shí)驗(yàn)結(jié)果，3000種化合物有此數(shù)據(jù))、含有該化合物的中藥名單、含立體化學(xué)信息的結(jié)構(gòu)式和參考文獻(xiàn)。以人參皂甙Rd和紫杉醇示例：中藥生物活性化合物信息舉例3368 Ginsenoside Rd 人參皂甙RdGypenoside VIII 52705-93-8 C48H82O18 947.18 物化性質(zhì): 白色粉末 (乙醇-正丁醇 1:1), mp 206-209C, D22 = +19.38 (c = 1.03, 甲醇). 藥理活性：抗心律失常 (BaCl2引起

7、的大白鼠心律不齊); 抗病毒; 抑制HSV-1的復(fù)制; 大白鼠肝臟勻漿的抗氧化劑 (H2O2所致, IC50 = 12.00.8g/ml, by FeSO4, IC50 = 457.515.4g/ml); 11-羥甾類脫氫酶抑制劑; cAMP磷酸二酯酶抑制劑 (in vitro, IC50 = 84M); 促進(jìn)軟毛霉素和長春花鹼的細(xì)胞毒作用; 促進(jìn)皮質(zhì)酮血漿分泌 (ED50 = 112 mumol/kg); 調(diào)節(jié)腎功能和抑制腎小球再生; 血管擴(kuò)張劑. 原植物: 絞股藍(lán), 秦嶺珠子參, 人參, 西洋參. 參考文獻(xiàn): 4, 87, 451, 900 8160 Taxol 紫杉醇 Paclitaxe

8、l 33069-62-4 C47H51NO14 853.93 物化性質(zhì): D = -49 (甲醇), mp 213-216C; D = -54 (甲醇), mp 194-197C; D = -42 (甲醇), mp 198-203C, D = -54 (甲醇), mp 205-208C; D = -21 (吡啶). 藥理活性: 抗腫瘤; 用于治療卵巢癌, 乳房癌, 肺癌和鼻咽癌. 原植物: 短葉紅豆杉, 海南粗榧, 醬果紫杉, 喜馬拉雅紅豆杉, 云南紅豆杉, 紫杉. 參考文獻(xiàn): 5, 6, 202, 6621.4.2 3922種中藥藥用植物該產(chǎn)品第二部分內(nèi)容是與上述9127種化合物相關(guān)的392

9、2種藥用植物(少數(shù)為動(dòng)物)的中藥學(xué)系統(tǒng)描述。這3922種源植物分為四類：第一類“代表性源植物”1934種，第二類“等效源植物”381種，共2315種傳統(tǒng)中藥。第三類“中藥同屬植物”1289種，是國內(nèi)外用現(xiàn)代模式研究中藥資源的寶貴資料，體現(xiàn)了傳統(tǒng)中藥知識(shí)和現(xiàn)代研究成果的連接。第四類“當(dāng)前受關(guān)注的藥用植物”318種，是國內(nèi)外研究熱點(diǎn)。對(duì)前兩類2315種源植物中的每一種，都含下列9項(xiàng)數(shù)據(jù)：唯一代碼、中藥名、拉丁名、科屬、藥用部位、傳統(tǒng)功效、適應(yīng)癥、現(xiàn)代藥理以及該植物含有的化合物名單。對(duì)后兩類同屬及研究熱點(diǎn)植物，也都列有其化合物名單。以當(dāng)歸為例 (用屬名Angelica檢索)：中藥藥用植物信息舉例64

10、2 DANG GUI 當(dāng)歸 Angelica sinensis (Oliv.) Diels 傘形科(Umbelliferae) 藥用部位：根. 功效：養(yǎng)血調(diào)經(jīng), 活血止痛, 潤腸解秘. 適應(yīng)癥：婦女病, 血虛諸證, 月經(jīng)失調(diào), 閉經(jīng)痛經(jīng), 貧血痛經(jīng), 血栓靜脈炎, 神經(jīng)痛, 關(guān)節(jié)炎, 慢性腎炎, 狹窄性主動(dòng)脈炎, 血虛, 惡性貧血, 葉酸不足型貧血, 痢疾, 肝炎, Raynaud氏病, 神經(jīng)痛, 腰痛, 血瘀風(fēng)濕痹證之各種疼痛, 瘡瘍, 癰, 便秘, 胃腸道潰瘍, 皮膚病, 濕疹, 皮炎, 神經(jīng)性皮炎, 牛皮癬. 現(xiàn)代藥理：降壓, 抗心肌缺血, 抗心律失常, 擴(kuò)張冠狀血管, 增強(qiáng)耐缺氧能力,

11、 降血脂, 抗動(dòng)脈粥樣硬化, 擴(kuò)張外周血管, 抗癌, 增強(qiáng)造血功能, 抗血小板聚集, 抗凝血、抗血栓, 改善腎功能, 保肝, 利膽, 抑制平滑肌、解痙, 抗細(xì)菌, 抗氧化, 免疫增強(qiáng), 增強(qiáng)單核巨噬細(xì)胞吞噬功能, 抗炎, 抗變態(tài)反應(yīng). 化合物成份：158, 159, 160, 161, 310, 457, 491, 764, 921, 958, 1035, 1119, 1125, 1219, 1272, 1320, 1372, 1529, 1704, 1706, 2268, 2356, 2380, 2504, 2510, 2532, 2535, 2603, 2951, 2952, 2955,

12、3070, 3109, 3580, 3821, 4376, 4413, 4898, 5614, 6114, 6270, 6761, 6770, 6818, 7601, 7614, 7933, 7934, 7963, 8268, 8270, 8740, 8795, 8800, 8908, 8910, 8910.和當(dāng)歸同屬的中藥有：白芷、東當(dāng)歸、獨(dú)活、前胡、土當(dāng)歸。都有和上面類似的信息。和當(dāng)歸同屬的植物有：北方當(dāng)歸、北海當(dāng)歸、長邊花當(dāng)歸、光滑當(dāng)歸、厚果當(dāng)歸、凱氏當(dāng)歸、曲膝當(dāng)歸、日本當(dāng)歸、施氏當(dāng)歸、藥用當(dāng)歸、圓當(dāng)歸、直根當(dāng)歸。都有和上面類似的化合物成份名單。1.4.3 9127種化合物的三維結(jié)構(gòu)庫第

13、三部分內(nèi)容是含有9127種化合物的三維結(jié)構(gòu)庫。這是一個(gè)非常有用的發(fā)現(xiàn)新藥的化合物結(jié)構(gòu)信息源。可用來進(jìn)行基于藥效團(tuán)的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫搜尋，或是進(jìn)行基于分子對(duì)接的數(shù)據(jù)庫搜尋，用來發(fā)現(xiàn)新的先導(dǎo)化合物。也支持3D-QSAR研究。1.5 TCMD產(chǎn)品的檢索功能和用途多途徑的文字及數(shù)據(jù)檢索功能；含立體化學(xué)的二維結(jié)構(gòu)檢索功能；是對(duì)中藥傳統(tǒng)功效、有效成分、現(xiàn)代藥理三類信息進(jìn)行連接及整合，是用綜和方法研究中藥現(xiàn)代化的有用工具；是藥物設(shè)計(jì)學(xué)中進(jìn)行QSAR研究的豐富的數(shù)據(jù)源； 是從系統(tǒng)的中草藥有效成分結(jié)構(gòu)信息出發(fā)，發(fā)現(xiàn)新先導(dǎo)，進(jìn)而創(chuàng)制新藥的有用工具。 例如應(yīng)用3DFS軟件進(jìn)行三維藥效團(tuán)檢索，直接得到先導(dǎo)物的侯選物；

14、或用Docking方法尋找和特定蛋白受體相契合的先導(dǎo)物。 是從中草藥資源出發(fā)，開發(fā)中藥新劑型產(chǎn)品的有用工具。2ISIS/Base平臺(tái)使用說明 ISIS/Base有兩種基本的查詢方式，一種是通過表來查詢（Search by Form, SBF），也可以通過建立query builder來查詢（SB）。2.1 文本查詢2.1.1 SBF方式單擊菜單欄query進(jìn)入query頁面，選定化合物表(compound)或植物表(plent)或參考文獻(xiàn)表(refer)，雙擊該表中的指定結(jié)構(gòu)域。輸入規(guī)則如下：2.1.1.1 對(duì)于單字節(jié)的域，例如化合物名，植物名，拉丁名，科，藥用部位可直接輸入準(zhǔn)確的查詢文本即可

15、。2.1.1.2 對(duì)于多字節(jié)的域，如活性，性質(zhì)，藥效，適應(yīng)癥等，輸入方式為：like“%查詢內(nèi)容%”。2.1.1.3 分子式直接輸入2.1.1.4 分子量可與“、=、and”等布爾操作符結(jié)合作范圍查詢。2.1.2 QB方式單擊菜單欄query，單擊菜單欄Search按鈕，在下拉菜單中選擇query builder，進(jìn)入query builder窗口。在database field欄中雙擊選中要查詢的域，再在operator 欄中選擇合適的操作符（=是確切相同、多字節(jié)則用like “%要查詢的內(nèi)容%”，數(shù)值型字節(jié)則結(jié)合、=、等建立查詢），最后點(diǎn)擊OK。2.2 結(jié)構(gòu)查詢2.2.1 SBF方式單擊菜

16、單欄query進(jìn)入query頁面, 選定化合物表(compound), 雙擊化合物表(compound)中的結(jié)構(gòu)域(Structure), 從而進(jìn)入ISIS/Draw分子編輯環(huán)境, 畫出想查詢的分子結(jié)構(gòu)式, 單擊頁面左上方的ISIS/Base按鈕回到query頁面, 單擊菜單欄Search按鈕, 在下拉菜單中選中“by form”。即可得到查詢結(jié)果。2.2.2 QB方式單擊菜單欄query, 單擊菜單欄Search按鈕, 在下拉菜單中選擇query builder, 進(jìn)入query builder窗口。在database field欄中選擇雙擊sturcture, 在operator 欄中選擇

17、雙擊sss操作符, 單擊Read structure， 選好問題結(jié)構(gòu)文件所在的子目錄, 雙擊事先存好的MQUERY結(jié)構(gòu)文件 (文件名必須是MQUERY, MQUERY1, MQUERY2 等), 此時(shí)Structures欄中出現(xiàn)該文件名, 雙擊該文件名則自動(dòng)寫入命令, 最后點(diǎn)擊OK即可。2.3 交叉查詢2.3.1 SBF方式只需在想查詢的多個(gè)域中按規(guī)則輸入內(nèi)容即可查詢。2.3.2 QB方式在query builder中結(jié)合and、or 等關(guān)系預(yù)算符就可建立交叉查詢。3. TCMD產(chǎn)品的應(yīng)用實(shí)例實(shí)例01 化合物ID號(hào)檢索庫中9127個(gè)化合物各有一個(gè)唯一的ID號(hào)。用SBF方式, 單擊菜單欄quer

18、y, 激活I(lǐng)D域, 鍵入指定ID號(hào)或ID號(hào)范圍, 單擊菜單欄search, 單擊下拉菜單中的by form即可。檢索結(jié)果見下表：類別方式檢索域鍵入命中數(shù)注解及說明單項(xiàng)SBF化合物號(hào)12341單項(xiàng)SBF化合物號(hào)Between 300 500201單項(xiàng)SBF化合物號(hào) 9000127單項(xiàng)SBF化合物號(hào) 10099實(shí)例02 化合物中文名稱檢索有兩種情況, 一是從中文全名檢索, 此時(shí)用SBF方式, 單擊菜單欄query, 激活中文名(Name)域, 直接鍵入化合物中文名稱全名(乙酰丁香油酚), 單擊菜單欄search, 單擊下拉菜單中的by form即可; 另一種是中文部分名檢索, 用SBF方式, 單擊

19、菜單欄query, 激活中文名(Name)域, 鍵入Like “%相思子%” (此處相思子為化合物中文部分名稱), 單擊菜單欄search, 單擊下拉菜單中的by form即可檢出中文名中有三字的化合物種, 如相思子堿, 各種相思子皂醇, 相思子醌等。檢索結(jié)果見下表：類別方式檢索域鍵入命中數(shù)注解及說明單項(xiàng)SBF中文名乙酰丁香油酚1單項(xiàng)SBF中文名Like “%相思子%”19單項(xiàng)SBF中文名Like “%烯%”700實(shí)例03 化合物英文名稱檢索檢索方法和上例相同, 只是要激活英文名(Eng Name)域。下面檢索結(jié)果表中給出了英文名中含字符串 ”taxol” 的化合物21個(gè), 含字符串 ” ol

20、ean” (“齊墩果”) 的化合物30個(gè)。類別方式檢索域鍵入命中數(shù)注解及說明單項(xiàng)SBF英文名taxol1單項(xiàng)SBF英文名Like “%taxol%”21單項(xiàng)SBF英文名Like “%olean%”30實(shí)例04 化合物分子式檢索在query表中激活分子式(Formula)域, 直接鍵入分子式, 或是 ”like 部分分子式”, 或是分子式范圍, 單擊菜單欄search, 單擊下拉菜單中的by form即可。檢索結(jié)果見下表：類別方式檢索域鍵入命中數(shù)注解及說明單項(xiàng)SBF分子式C20H30O28單項(xiàng)SBF分子式C17H19N1O38原子數(shù)為1時(shí)要寫出1, 或是后跟空格單項(xiàng)SBF分子式C17 H19 N

21、 O38原子數(shù)為1時(shí)要寫出1, 或是后跟空格單項(xiàng)SBF分子式C17H19NO30不合法的寫法單項(xiàng)SBF分子式Like C4095單項(xiàng)SBF分子式Like O8430單項(xiàng)SBF分子式Like C10 H(14-18)202H原子數(shù)范圍是14-18實(shí)例05 化合物分子量檢索在query表中激活分子量(MW)域, 鍵入分子量或分子量區(qū)間, 單擊菜單欄search, 單擊下拉菜單中的by form即可。具體健入命令及檢索結(jié)果見下表：類別方式檢索域鍵入命中數(shù)注解及說明單項(xiàng)SBF分子量37632自動(dòng)0.5單項(xiàng)SBF分子量Between 375 37638單項(xiàng)SBF分子量Between 376.2 376.

22、31實(shí)例06 化合物的物化性質(zhì)檢索在化合物的物化性質(zhì)欄中, 主要有結(jié)晶形態(tài), 熔點(diǎn), 沸點(diǎn), 旋光等物化性質(zhì)。下表中給出用兩種方式檢出熔點(diǎn)數(shù)據(jù)的例子。在SBF方式中, 除激活域是property外, 檢索過程和上面實(shí)例01實(shí)例06相同。在QB方式中, 單擊菜單欄query, 單擊菜單欄Search按鈕, 在下拉菜單中選擇query builder, 進(jìn)入query builder窗口。在database field欄中雙擊選中要查詢的域property, 再在operator 欄中選擇合適的操作符 (like “%要查詢的內(nèi)容%”), 最后點(diǎn)擊OK。(注意在mp和數(shù)字之間必需有空格)。具體健入

23、命令及檢索結(jié)果見下表：類別方式檢索域鍵入命中數(shù)注解及說明單項(xiàng)SBF理化性質(zhì)like %mp 153-%17單項(xiàng)QB理化性質(zhì)Property like %mp 153-%17實(shí)例07 從植物檢索化合物 (從化合物表出發(fā))給定一種中藥藥用植物, 問該種植物都含有哪些化合物？ 嚴(yán)格的說法是：都有哪些化合物被從該種植物中分離并進(jìn)行了結(jié)構(gòu)確定？, TCMD庫能方便地完成這個(gè)任務(wù)。以三七為例, 在方式下, 在query表中激活植物源(Source)域, 簡(jiǎn)單地鍵入三七時(shí), 系統(tǒng)將僅僅檢出三七中特有的化合物；而當(dāng)鍵入Like “%三七%”時(shí), 系統(tǒng)將擴(kuò)展地檢出各種三七中含有的全部化合物。要嚴(yán)格地檢出三七中含

24、有的全部化合物, 需要寫下表中最后兩條較為復(fù)雜的命令。當(dāng)用戶要求嚴(yán)格地檢出某種植物中含有的全部化合物時(shí), 我們不推薦從化合物表出發(fā)的方法, 而是推薦從植物表出發(fā)的方法, 見實(shí)例08。類別方式檢索域鍵入命中數(shù)注解及說明單項(xiàng)SBF植物來源三七17檢出三七中特有的化合物單項(xiàng)SBF植物來源人參40檢出人參中特有的化合物單項(xiàng)SBF植物來源Like “%三七%”67檢出各種三七中含有的全部化合物單項(xiàng)QB植物來源source like %, 三七% or source like 三七55?三七中含有的全部化合物為何少一個(gè)？查原始文件格式錯(cuò)單項(xiàng)QB植物來源source like %, 人參% or sourc

25、e like 人參122人參中含有的122個(gè)化合物實(shí)例08 從植物檢索化合物 (從植物表出發(fā))從植物表出發(fā)檢索特定植物中的全部化合物是我們推薦的方法。上面7個(gè)例子都是從化合物表出發(fā)進(jìn)行檢索的。本例則是從植物表出發(fā)的。在SBF方式下, 在query植物表中激活中文名(Name)域或拼音名(Pin Yin Name)域, 直接鍵入三七或SAN QI, 然后單擊search, 單擊下拉菜單中的by form, 即可得到結(jié)果。對(duì)三七, 人參, 大黃, 貫眾, 甘草, 烏頭等中藥的成份檢索結(jié)果見下表：類別方式檢索域鍵入命中數(shù)注解及說明單項(xiàng)SBF植物表,中文名三七56三七中的56個(gè)化合物單項(xiàng)SBF植物表,

26、拼音名SAN QI56三七中的56個(gè)化合物單項(xiàng)SBF植物表,中文名人參122人參中的122個(gè)化合物單項(xiàng)SBF植物表,拼音名REN SHEN122人參中的122個(gè)化合物單項(xiàng)SBF植物表,中文名大黃55大黃中的55個(gè)化合物單項(xiàng)SBF植物表,中文名貫眾27貫眾中的27個(gè)化合物單項(xiàng)SBF植物表,拼音名GAN CAO81甘草中的81個(gè)化合物單項(xiàng)SBF植物表,拼音名WU TOU17烏頭中的17個(gè)化合物實(shí)例09 檢索某科植物中的全部化合物從植物表出發(fā), 在query植物表中激活中文科名(Family)域, 直接鍵入中文科名, 然后單擊search, 單擊下拉菜單中的by form, 即可得到結(jié)果。也可以激活

27、拉丁科名(Lat Family)域, 直接鍵入拉丁科名, 然后單擊search, 單擊下拉菜單中的by form, 可得到同樣結(jié)果。在本例中還給出了一個(gè)“單項(xiàng)順序”檢索的例子：先是從拉丁科名檢出了紅豆杉科植物中的347個(gè)化合物, 隨后單擊search, 單擊下拉菜單中的Set Search Domain to, 再單擊橫拉菜單中的Current List, 此時(shí)從全數(shù)據(jù)庫檢索切換到當(dāng)前子庫檢索, 再用QB方式, 單擊菜單欄query, 單擊菜單欄Search按鈕, 在下拉菜單中選擇query builder, 進(jìn)入query builder窗口。鍵入命令A(yù)ctivity like %抗腫瘤%

28、or Activity like %細(xì)胞毒% (這個(gè)命令將檢出體內(nèi)和體外兩類數(shù)據(jù), 因?yàn)樵赥CMD庫中, 所有的體內(nèi)抗癌數(shù)據(jù)都是用”抗腫瘤”表達(dá)的, 而所有的體外抗癌數(shù)據(jù)都是用” 細(xì)胞毒”表達(dá)的)。最后點(diǎn)擊OK, 就得到347個(gè)紅豆杉科植物中化合物中有29個(gè)有詳細(xì)的體外或體內(nèi)抗癌定量數(shù)據(jù)。各例的具體檢索結(jié)果見下表：類別方式檢索域鍵入命中數(shù)注解及說明單項(xiàng)SBF植物表,中文科名豆科748豆科植物中的748個(gè)化合物單項(xiàng)SBF植物表,中文科名like %紅豆杉科%347紅豆杉科植物中的347個(gè)化合物單項(xiàng)SBF植物表,拉丁科名Taxaceae347紅豆杉科植物中的347個(gè)化合物實(shí)例10 化合物藥理數(shù)據(jù)檢

29、索在全庫的9127種化合物中, 3000種化合物有藥理活性數(shù)據(jù)。這是研究QSAR/SAR關(guān)系的珍貴信息。用SBF方式, 激活activity域后, 鍵入Like %藥理關(guān)鍵字%, 之后單擊search, 單擊by form, 就得到下表中的結(jié)果。亦可采用QB方式, 見下表中中間的三個(gè)例子：類別方式檢索域鍵入命中數(shù)注解及說明單項(xiàng)SBF生物活性Like %金黃色葡萄球菌%135135個(gè)化合物有抗金黃色葡萄球菌數(shù)據(jù)單項(xiàng)QB生物活性Activity like %抗腫瘤%442442個(gè)化合物有抗腫瘤數(shù)據(jù)單項(xiàng)QB生物活性Activity like %抗高血壓%208208個(gè)化合物有抗高血壓數(shù)據(jù)單項(xiàng)QB生物

30、活性Activity like %抗腫瘤% or activity like %細(xì)胞毒%740740個(gè)化合物有抗癌數(shù)據(jù)單項(xiàng)SBF生物活性Like “%抗瘧%”4343個(gè)化合物有抗瘧數(shù)據(jù)實(shí)例11 某科植物化學(xué)成分的藥理活性分布這是一個(gè)單項(xiàng)順序查詢的例子, 也是子庫查詢的例子?？捎脕碚{(diào)查某科植物化學(xué)成分的藥理活性分布?，F(xiàn)以菊科為例。先用SBF方式從全庫中檢出了個(gè)化合物是從菊科植物中分離鑒定的, 隨后用上面例9 中同樣方法得到各種藥理數(shù)據(jù)的分布。對(duì)抗高血壓, 抗炎, 抗真菌, 和抗癌的結(jié)果詳見下表：類別方式檢索域鍵入命中數(shù)注解及說明單項(xiàng)SBF植物表,中文科名菊科858菊科植物中的858個(gè)化合物子庫查

31、詢SBF,current list生物活性like “%抗高血壓%”21其中21個(gè)有抗高血壓數(shù)據(jù)子庫查詢SBF,current list生物活性like “%抗炎%”50其中50個(gè)有抗炎數(shù)據(jù)子庫查詢SBF,current list生物活性like “%抗真菌%”40其中40個(gè)有抗真菌數(shù)據(jù)子庫查詢QB,current list生物活性Activity like “%抗腫瘤%” or Activity like %細(xì)胞毒%123其中123個(gè)有抗癌數(shù)據(jù)實(shí)例12 檢出某屬植物中含有的化合物烏頭屬含有多種中藥, 用SBF方式, 激活植物表中的植物拉丁名(Lat Name)域, 鍵入like %Aconi

32、tum%命令 (TCMD庫涉及的植物屬名有2800個(gè), 詳見說明書中的“檢索關(guān)鍵詞表”), 可檢出烏頭屬中藥中有個(gè)化合物, 見下表：類別方式檢索域鍵入命中數(shù)注解及說明單項(xiàng)SBF植物表, 拉丁名like %Aconitum% (烏頭屬)87烏頭屬植物中的87個(gè)化合物實(shí)例13 指定中藥的功效檢索有關(guān)化合物本例中檢出有清熱解毒功效的中藥中含有的全部化合物。用SBF方式, 激活植物表中功效(Effect)域, 鍵入like %清熱解毒%命令, 然后單擊search, 單擊下拉菜單中的by form, 就得到下表結(jié)果：類別方式檢索域鍵入命中數(shù)注解及說明單項(xiàng)SBF植物表,功效like %清熱解毒%1272

33、從清熱解毒中藥分離的1272個(gè)化合物實(shí)例14 指定中藥的適應(yīng)癥檢索有關(guān)化合物本例中檢出治療肝炎的中藥中含有的全部化合物。用SBF方式, 激活植物表中適應(yīng)癥(Indication)域, 鍵入like %肝炎%命令, 單擊search, 單擊下拉菜單中的by form, 就得到從治療肝炎中藥分離的1120個(gè)化合物。進(jìn)一步, 可用例9中同樣的子庫檢索方法檢出這些化合物中, 有32個(gè)化合物有抗肝毒藥理數(shù)據(jù), 見下表：類別方式檢索域鍵入命中數(shù)注解及說明單項(xiàng)SBF植物表, 適應(yīng)癥like %肝炎%1120從治療肝炎中藥分離的1120個(gè)化合物子庫查詢SBF, current list生物活性like %抗肝

34、毒%32其中32個(gè)化合物有抗肝毒藥理數(shù)據(jù)實(shí)例15 抑制劑及其藥理模型檢索用SBF方式, 激活化合物表中Activity 域, 鍵入like %抑制劑%命令, 單擊search, 單擊下拉菜單中的by form, 檢出各種抑制劑385種。進(jìn)一步用子庫查詢方法, 可檢出特指的抑制劑, 如血小板聚集抑制劑109種。再進(jìn)一步, 用子庫查詢方法可檢出不同的藥理模型的數(shù)據(jù), 如能抑制花生四烯酸誘導(dǎo)的血小板聚集的化合物23種, 能抑制膠原誘導(dǎo)的血小板聚集的化合物28種, 等, 詳見下表：類別方式檢索域鍵入命中數(shù)注解及說明單項(xiàng)SBF生物活性like %抑制劑%385檢出各種抑制劑385種單項(xiàng)SBF生物活性li

35、ke %醛糖還原酶抑制劑%52檢出醛糖還原酶抑制劑52種單項(xiàng)SBF生物活性like %血小板聚集抑制劑%109檢出血小板聚集抑制劑109種子庫查詢SBF, current list生物活性like %花生四烯酸%23其中花生四烯酸誘導(dǎo)的23種子庫查詢SBF, current list生物活性like %膠原%28其中膠原誘導(dǎo)的28種子庫查詢SBF, current list生物活性like %PAF%28其中PAF誘導(dǎo)的28種子庫查詢SBF, current list生物活性like %凝血酶%2其中凝血酶誘導(dǎo)的2種實(shí)例16 復(fù)合檢索例這個(gè)例子是：有多少抗癌活性的化合物是來自清熱解毒的中藥？可

36、以用復(fù)合檢索方法回答。用QB方式, 構(gòu)造含有or, and, (, ), 操作符的命令： (Activity like %抗腫瘤% or activity like %細(xì)胞毒%) and PEffect like %清熱解毒%, 就可得到下表中的結(jié)果：類別方式檢索域鍵入命中數(shù)注解及說明復(fù)合QB功效(Activity like %抗腫瘤% or activity like %細(xì)胞毒%) and PEffect like %清熱解毒%141141個(gè)體內(nèi)或體外抗癌化合物來自清熱解毒的中藥實(shí)例17 參考文獻(xiàn)查詢從參考文獻(xiàn)表(refer)出發(fā), 可檢索涉及參考文獻(xiàn)的信息, 如下表所示：類別方式檢索域鍵入命中數(shù)注解及說明單項(xiàng)SBF參考文獻(xiàn)表, 參考文獻(xiàn)like %2001%2332001年參考文獻(xiàn)233篇單項(xiàng)SBF參考文獻(xiàn)表, 參考文獻(xiàn)like %Phytochemstry %378引自Phytochemstry的為378篇實(shí)例18 結(jié)構(gòu)檢索結(jié)構(gòu)及子結(jié)構(gòu)檢索是TCMD庫特有的功能。這一功能的實(shí)現(xiàn)對(duì)進(jìn)行QSAR研究, 進(jìn)而研發(fā)新藥提供了巨大的幫助。這里只舉出最簡(jiǎn)單的例子：將黃酮類化合物的特征分子骨架放入SBF方式下的structure檢索域, 從庫中檢出包含黃酮骨架的