DNASTAR使用說明

1、DNAstar中文使用說明書目錄DNAStar的安裝與升級(jí).6EditSeq的使用方法.7打開已有序列尋找開放讀框 DNA序列翻譯 遺傳密碼選擇使用 遺傳密碼修改 序列的反向互補(bǔ)及反向轉(zhuǎn)換 BLAST檢索 序列信息查看 序列校讀 序列的保存與輸出 GeneQuest的使用方法12打開已有分析文件 GeneQuest的DNA分析方法 用分析方法操作 方法參數(shù)改變 結(jié)果展示優(yōu)化 Feature注釋 BLAST檢索 Entrez Database檢索 GeneQuest的其他特點(diǎn) 保存分析文件 MapDraw的使用方法18新酶切圖制作 過瀘器類型 應(yīng)用頻率過瀘器 應(yīng)用手動(dòng)過瀘器 使用過瀘器一覽表 使

2、用Must Cut Here/Dont Cut Here調(diào)色板工具 酶信息顯示 環(huán)形展示 ORF圖 顯示擇選 保存，退出 MegAlign的使用方法.23創(chuàng)建隊(duì)列文件 序列設(shè)置 Pairwise Alignment 使用 Dot Plot Method 多序列比較 Phylogenetic Tree查看 查看隊(duì)列報(bào)告 Decorations/Consensi MegAlign文件保存 PrimerSelect的使用方法.28創(chuàng)建PrimerSelect文件 定義引物特點(diǎn) 查找引物對(duì) 瀏覽其他的引物信息 按特征對(duì)引物分類 引物長度改變 在引物中引入突變 設(shè)計(jì)新引物 使用寡核苷酸訂購表格 保存Pr

3、imerSelect文件 Protean的使用方法.34創(chuàng)建蛋白質(zhì)分析文件 Proteans蛋白質(zhì)分析方法 應(yīng)用分析方法 方法參數(shù)改變 優(yōu)化結(jié)果顯示 使用蛋白酶消化與SDS PAGE Feature注釋 BLAST檢索 二級(jí)結(jié)構(gòu)模擬 展示滴定曲線 保存分析文件 SeqManII的使用方法.39輸入序列片段 Pre-Assembly Options操作 檢查修整的數(shù)據(jù) 序列裝配 查看范圍和構(gòu)建結(jié)果 去除矛盾堿基和缺口 手動(dòng)修改序列末端 文件保存與序列輸出 DNAStar的安裝與升級(jí)如果您以前已經(jīng)安裝了Lasergene 而且目前有升級(jí)和服務(wù)聯(lián)系，您就可以通過英特網(wǎng)來升級(jí)您現(xiàn)有的版本，各種模塊（m

4、odule）都是以自解壓形式存儲(chǔ)的，你可以選擇性的下載安裝。必備條件您的用戶名和會(huì)員號(hào)是必需的，可以在安裝盤上找到。程序升級(jí)備份您已有的Lasergene，找到您要升級(jí)的執(zhí)行程序，并把它轉(zhuǎn)移到備份的文件夾中。連接到DNAstar網(wǎng)站的主頁()，從菜單中的Customers中點(diǎn)擊Lasergene Updates點(diǎn)，安提示輸入密碼和用戶名（與會(huì)員名相同），這樣就會(huì)打開下載頁面。找到windows軟件（Windows 95/98/NT Software.），就可以下載您想要的模塊了。模塊下載完畢以后，雙擊文件將其解壓縮完畢。看到“Application name” has been updated

5、.說明升級(jí)完畢。軟件安裝本節(jié)介紹若何從CD在PC機(jī)（Windows）上安裝Lasergene。注意安裝是盡量關(guān)閉所有其它程序以保證安裝順利進(jìn)行。必備條件一張個(gè)人的Lasergene安裝盤；一張Lasergene軟件光碟；足夠的硬盤空間和內(nèi)存：至少30Mb的硬盤，32Mb的RAM。從光盤安裝Lasergene插入安裝盤和安裝光盤，雙擊安裝圖標(biāo)，則出現(xiàn)下面的窗口，點(diǎn)擊繼續(xù)則出現(xiàn)安裝窗口。隨后一次出現(xiàn)下面窗口，請(qǐng)按照提示做出選擇然后點(diǎn)擊Next，直至完成安裝。EditSeq的使用方法EditSeq是能夠迅速、正確地輸入，并且修改DNA或蛋白質(zhì)序列工具。每個(gè)EditSeq文件都可以分為三個(gè)可編輯的部分

6、，上邊的一部分為序列文件，中間的一部分里是評(píng)論，底部是序列的注釋。EditSeq能讀取大部分的序列格式包括FASTA，GenBank，ABI、GCG和ASCII格式。你可以使用菜單命令或拖拽方式輸入序列文件。另外， 序列也許通過使用鍵盤輸入，或者從其他地方復(fù)制、粘貼得到。經(jīng)Entrez或BLAST檢索得到的序列可以直接從因特網(wǎng)或企業(yè)內(nèi)部互聯(lián)網(wǎng)服務(wù)器下載。序列被打開后，EditSeq能使用標(biāo)準(zhǔn)或者指定的遺傳密碼進(jìn)行翻譯，或者反翻譯，尋找開放讀框，還可以進(jìn)行閱讀校對(duì)。另外， EditSeq能以GenBank，F(xiàn)ASTA和GCG格式輸出序列。如果在使用這軟件中需要幫助，可以和DNASTAR聯(lián)絡(luò)。電話

7、：（608）258-7420，傳真：（608）258-7439，電子信件：support，或者經(jīng).打開已有序列我們從用蘋果計(jì)算機(jī)打開“TETHIS21MA”和用Windows打開“tethis21.seq”開始。假設(shè)序列的末尾有載體序列污染。我們?cè)谟肊ditSeq打開序列的同時(shí)，用Set Ends命令去除5和3污染序列。l 從文件菜單（FILE MENU），選擇Open。l 打開文件夾“Demo Sequences”單擊選定序列“TETHIS21”。l 單擊位于對(duì)話框右下角的Set Ends按鈕。Set Ends被打開（如右）。l 在5框和3框中鍵入50和850，點(diǎn)擊OK。單擊Open打開序列

8、。當(dāng)EditSeq窗口打開時(shí)，序列長度顯示在右上角。通過“setting ends,”現(xiàn)在你只有最初序列中的801 bp的片段。Set Ends選擇在全部Lasergene應(yīng)用程序中都可以使用。尋找開放讀框在這入門的一部分中，我們將確定序列中最大的ORF，并翻譯它。l 從SEARCH MENU找到ORF，點(diǎn)擊打開會(huì)出現(xiàn)右邊的對(duì)話框。l 單擊Find Next尋找第一個(gè)ORF的位置。l 繼續(xù)點(diǎn)擊Find Next直到你把ORF的位置選定在位置183-455。ORF的坐標(biāo)會(huì)出現(xiàn)在EditSeq窗口的頂端附近。DNA序列翻譯這一節(jié)中我們介紹如何翻譯我們的ORF，不過任何序列中的讀框內(nèi)部分都可以用下面

9、的方法進(jìn)行翻譯。如果你的選擇是在三聯(lián)碼的讀框內(nèi)，三聯(lián)碼指示棒顯示為實(shí)心黑線（如左圖）。如果你的選擇是不在三聯(lián)碼的讀框內(nèi)，左邊的箭頭和右面的箭頭顯示向左或向右移動(dòng)一個(gè)bp，以使所選序列成為三的倍數(shù)。l 選定ORF，從GOODIES MENU菜單中選擇翻譯（Translate）。l 翻譯的蛋白質(zhì)序列出現(xiàn)在一個(gè)新的未命名窗口中（如右圖）。它是使用標(biāo)準(zhǔn)的遺傳密碼翻譯的。使用其它遺傳密碼根據(jù)你的序列的來源，你可以選擇使用非標(biāo)準(zhǔn)的遺傳密碼進(jìn)行翻譯等操作。在這節(jié)中，我們將標(biāo)準(zhǔn)的遺傳密碼轉(zhuǎn)換成Ciliate Macronuclear密碼 。l 從GOODIES MENU菜單選擇Genetic Codes打開，

10、子菜單顯示如下。l 單擊“Ciliate Macronuclear”就實(shí)現(xiàn)了遺傳密碼的轉(zhuǎn)換，EditSeq現(xiàn)在使用的就是Ciliate Macronuclear的遺傳密碼。l 同樣可以將遺傳密碼轉(zhuǎn)換為其它類型。遺傳密碼的編輯這一節(jié)中我們修改Ciliate Macronuclear的遺傳密碼。l 從GOODIES MENU菜單選擇Edit Selected Code。這將打開右面的窗口，窗口顯示遺傳密碼是怎樣翻譯DNA和RNA序列的。l 如以DNA形式展示密碼，點(diǎn)擊DNA按鈕。l 編輯時(shí)，單擊任何要編輯的密碼，從其目前的位置拖到新氨基酸對(duì)應(yīng)的位置則可。l 如使用不同的啟始密碼子，單擊Set St

11、arts按鈕。第二的遺傳密碼窗就會(huì)被打開，可以進(jìn)行起始密碼子選擇。l 單擊任何氨基酸（或者codon位置），該密碼子就會(huì)變成綠色，而且旁邊出現(xiàn)一個(gè)箭頭，它就被設(shè)定為起始密碼子了。如要去除，只需單擊它即可。如不保存，則單擊取消；如要保存，單擊保存為。序列的反向互補(bǔ)及反向轉(zhuǎn)換下面的步驟可以用于反向測定的序列的正確輸入。l 選定序列。l 從GOODIES MENU菜單，選反向互補(bǔ)序列（Reverse Complement），或者把序列顛倒過來（Reverse Sequence）命令，則被選定的序列就被翻轉(zhuǎn)互補(bǔ)或翻轉(zhuǎn)過來了。BLAST檢索下面我們將在NCBI的BLAST服務(wù)器上對(duì)TETHIS21序列進(jìn)

12、行相似性比較。注意為了進(jìn)行BLAST查找必須保證因特網(wǎng)的連接。如果你沒有連接因特網(wǎng)，跳過這部分，繼續(xù)下一部分。l 選定序，或者從EDIT菜單中選擇Select All。l 從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單（NET SEARCH MENU），選擇BLAST查找。BLAST對(duì)話框就會(huì)出現(xiàn)。l 程序默認(rèn)為blastn，數(shù)據(jù)庫默認(rèn)是nr，參數(shù)轉(zhuǎn)換請(qǐng)參照幫助。l 單擊OK開始查找。l 尋找結(jié)果顯示為兩部分（如下）。上邊的部分是按可能性的順序顯示檢索到的序列的名字，下面的部分顯示上面部分選定序列與提交序列（上邊序列）比較的具體結(jié)果。有關(guān)“score”和“expectation”的詳細(xì)的信息在NCBIs網(wǎng)點(diǎn)http:/www

13、./BLAST.可以找到。一般來說，更主要的score和更低的expectation提示較好的相似性。l BLAST結(jié)果窗最上邊的3鈕被用來打開，或者保存檢索到的序列，或者讓你了解更多的有關(guān)信息。下面我們從用“Create Document”鈕來打開評(píng)分最高的5序列開始：l 單擊Create Document。一個(gè)小的對(duì)話框出現(xiàn)。l 在左上角有一個(gè)下拉菜單顯示默認(rèn)（default）。單擊下拉菜單，選頂端（Top）。并在右面的文本框中寫入5。l 單擊OK，EditSeq自動(dòng)查對(duì)多余序列。如果EditSeq提示至少2序列是同一個(gè)，請(qǐng)點(diǎn)擊OK。EditSeq將從因特網(wǎng)

14、數(shù)據(jù)庫下在單一的序列，并分別打開一個(gè)單獨(dú)的EditSeq窗口。下面我們用“Batch Save”鈕將3-10序列保存為EditSeq文件：l 選定從頂端起第3個(gè)序列。單擊Batch Save。小的灰色的對(duì)話框出現(xiàn)。l 單擊下拉菜單，選Next。并在右面的文本框中寫入8。l 點(diǎn)擊Set Location，顯示文件夾對(duì)話框。l 選定你要保存序列的位置。單擊OK回到灰色的對(duì)話框。l 單擊OK保存序列，文件擴(kuò)展為“.seq”。在下載過程期間，EditSeq自動(dòng)查對(duì)重復(fù)的序列。如果EditSeq提示至少2序列是同一個(gè)，請(qǐng)點(diǎn)擊OK。l 除非你收到錯(cuò)誤信息，否則可以認(rèn)為你的序列已經(jīng)成功下載。最后我們可以使用

15、“Launch Browser”鈕查看序列的詳細(xì)信息l 選定序列。l 選擇Launch Browser。l 你的網(wǎng)絡(luò)瀏覽器將打開右面的窗口。序列信息查看現(xiàn)在我們要使用EditSeq菜單指令查看有關(guān)打開的TETHIS21序列的信息。l 選定序列的一部分。如果你倒是希望全選序列，從EDIT MENU菜單，選擇Select All。l 從GOODIES MENU菜單，選DNA Statistics。就會(huì)出現(xiàn)右面的窗口，顯示序列信息。序列校讀在我們學(xué)習(xí)保存和輸出序列之前，下熟悉一下EditSeq的校讀功能這功能能幫助你校正測序膠中的錯(cuò)讀。l 選定序列。l 單擊校對(duì)發(fā)音圖標(biāo)（序列窗口底部張開的嘴），或者

16、從SPEECH MENU，選Proof-Read Sequence。l 電子的音聲就會(huì)開始朗讀所選的序列。（注：如果你聽不見任何聲音，檢查你的計(jì)算機(jī)的喇叭是否已經(jīng)打開。）l 要改變音聲r(shí)ead-back的速度，從SPEECH MENU菜單，選擇Faster or Slower。l 要停止校讀，點(diǎn)擊圖標(biāo)（手），或者從SPEECH MENU菜單，選擇Proof-Read Sequence。序列的保存與輸出首先創(chuàng)建一個(gè)用于保存的序列。從文件菜單，選New中的New DNA，或者New Protein。l 將序列寫入出現(xiàn)的窗口。l 如果你輸入非法字符，計(jì)算機(jī)會(huì)發(fā)出警告。然后，我們將序列保存為EditS

17、eq文件：l 從文件菜單，選Save。l 選定保存位置。l 給序列命名。l 單擊保存則可。以GenBank或GCG格式保存序列：l 從文件菜單，選Export。l 選定保存位置。l 為sequence(s)選格式。l 給sequence(s)命名。l 單擊保存則可。以FASTA格式保存序列：l 從文件菜單，選Export（1個(gè)序列），或者Export All As One（多個(gè)序列）。當(dāng)使用Export All As One的時(shí)候，如果DNA和蛋白質(zhì)文件同時(shí)存在，激活窗口的序列類型與你保存的類型是一致的。EditSeq僅僅將寫入的序列保存為FASTA格式。l 選定保存位置。l 選FASTA格式

18、。l 給sequence(s)命名。l 單擊保存則可。GeneQuest的使用方法GeneQuest可以幫助你發(fā)現(xiàn)和注釋DNA序列中的基因，并幫助您操作生物學(xué)所關(guān)心的DNA的其他feature：包括ORFS、拼接點(diǎn)連接，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合為點(diǎn)、重復(fù)序列、限制性內(nèi)且酶酶切位點(diǎn)等。通過應(yīng)用“methods”到序列，序列的feature可以以圖形的形式展示出來。你可以在序列上注釋任何你發(fā)現(xiàn)的feature。和其它的Lasergene應(yīng)用程序一樣，GeneQuest也提供整合的BLAST和Entrez尋找功能。GeneQuest能直接打開DNASTAR，ABI和GenBank文件。其他格式的序列文件也可以使

19、用EditSeq改為DNASTAR格式。如果你知道Genbank序列的登錄號(hào)或名稱，你可以直接打開序列。另外，你還可以在Entrez數(shù)據(jù)庫進(jìn)行序列查找和輸入。如果在使用這軟件中需要幫助，可以和DNASTAR聯(lián)絡(luò)。電話：（608）258-7420，傳真：（608）258-7439，電子信件：support，或者經(jīng).打開已有分析文件在這一節(jié)中，我們將對(duì)已有的GeneQuest文件（也叫做GeneQuest分析）“Nematode R01H10.”進(jìn)行操作。l 從文件菜單，選擇Open打開一個(gè)和右邊相似的窗口。l 在蘋果計(jì)算機(jī)上，從Show菜單中選擇GeneQuestDocument文件。在Wind

20、ows上，從文件類型菜單(Files of Type)的中選擇GeneQuest Documents。l 用文件管理系統(tǒng)打開名為“Demo Sequences.”的文件夾。雙擊Nematode R01H10，就可以打開下面的窗口。GeneQuest的DNA分析方法打開GeneQuest文件后，下一步是選擇應(yīng)用方法。應(yīng)用方法后，結(jié)果的圖形顯示可以幫助你了解序列上感興趣的features。打開序列后，你會(huì)發(fā)現(xiàn)只有幾種方法應(yīng)用后的結(jié)果展示在窗口內(nèi)。在下一部分中，我們將學(xué)習(xí)如何把其它方法用于我們序列的分析。l Title給文件取名。l Ruler在文件中加入標(biāo)尺。l Sequence顯示文件中的序列。

21、l Patterns-Matrix方法的運(yùn)算參數(shù)。l Patterns-Signal轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫。l Patterns-Type-In Patterns使用鍵盤輸入運(yùn)算所需的Pattern參數(shù)。l Repeats-Inverted Repeats尋找反向重復(fù)序列。l Repeats-Dyad Repeats尋找Dyad重復(fù)和palindromes。l Repeats-Direct Repeats尋找正向重復(fù)序列。l Gene Finding - DNA Finder在打開的DNA序列中尋找指定DNA序列。分別顯示正義連和反義連的尋找結(jié)果。l Gene Finding - Protei

22、n Finder在打開的蛋白質(zhì)序列中尋找指定DNA序列的翻譯序列。顯示結(jié)果為全部6個(gè)讀框。l Enzymes-Restriction Map用DNASTAR酶目錄中的酶分析打開的序列，并以圖形方式展示。l Coding Prediction - Borodovsky用Borodovskys Markov方法來識(shí)別潛在的基因編碼區(qū)，并以圖形方式展示。l Coding Prediction - Starts Stops ORFs根據(jù)指定的ORFs的最小長度，尋找可能的開放讀框，可以選擇是否需要起始密碼子。讀框的啟始和中止點(diǎn)分別展示。l Coding PredictionLocal Composit

23、ional Complexity根據(jù)Shannon信息學(xué)原理尋找有基因編碼提示信息的區(qū)域。l Base Contents-Base Distribution序列上4種堿基、A+T和G+C的頻率、分布，以及AT和gc分布區(qū)域。l Bent DNA - Bending IndexDNA折疊預(yù)測。用分析方法操作調(diào)用新的GeneQuest方法的步驟是：從More Methods中選擇方法，加入方法簾（method curtain），待方法運(yùn)行完畢后，選擇性的拖取結(jié)果放入分析界面（assay surface）即可（見右圖）。在本節(jié)中，我們使用Bent DNA - Bending Index方法進(jìn)行分析。

24、l 從ANALYSIS MENU選擇Show Available Methods可以打開方法簾，也可以通過拖動(dòng)分析界面左上角的小環(huán)的打開方法簾。方法簾中包括已經(jīng)用于分析的全部方法。l 你將注意到方法簾沒有Bent DNA - Bending Index method。在方法簾的頂端，點(diǎn)擊More Methods打開一個(gè)下拉菜單，其中尤可以用于分析的所有方法，點(diǎn)擊Bent DNA - Bending Index method，該方法就進(jìn)入了方法簾。l 若查看方法簾中的方法是否已經(jīng)被應(yīng)用，點(diǎn)擊其右邊的三角形。如果圖標(biāo)前有數(shù)字表明該方法已經(jīng)使用，數(shù)字表示應(yīng)用的次數(shù)。因?yàn)槲覀冞€沒有應(yīng)用Bent DNA

25、 - Bending Index，所以點(diǎn)擊三角形，會(huì)發(fā)現(xiàn)圖標(biāo)前沒有數(shù)字。l 點(diǎn)擊白顏色的位置去除對(duì)圖標(biāo)的選擇。l 單擊選定“Bend Region,”，將其拖到分析界面，釋放鼠標(biāo)。序列中可能會(huì)折疊的區(qū)域就會(huì)以小盒子的形式顯示出來。方法參數(shù)改變下面我們改變方法的參數(shù)，然后將分析結(jié)果與參數(shù)改變前的結(jié)果進(jìn)行比較。l 重復(fù)前面的操作，在方法簾中加入一個(gè)新的Bent DNA - Bending Index，并把它拖如分析界面?，F(xiàn)在你應(yīng)該有2個(gè)完全一樣的折疊區(qū)分析結(jié)果。l 雙擊方法簾中任何一個(gè)結(jié)果，將打開一個(gè)參數(shù)對(duì)話框。l 改變弧長度參數(shù)為30，單擊OK。分析界面上就會(huì)出現(xiàn)根據(jù)此參數(shù)計(jì)算得到的結(jié)果。（注：

26、如果你再次拖入新的方法時(shí)，參數(shù)的改變會(huì)自動(dòng)應(yīng)用到新的方法上）。結(jié)果展示優(yōu)化l 組合或移動(dòng)展示的結(jié)果：單擊位于GeneQuest窗口左側(cè)的調(diào)色板工具中的的選擇器（手圖標(biāo)），在分析界面中可以隨意拖動(dòng)任何展示的結(jié)果到任何位置。l 改變方法格式：單擊目的選擇器（手圖標(biāo)），可以選擇分析界面上的任何方法。從OPTIONS MENU菜單選擇Line Color，打開彩色選擇子菜單。選定顏色后，方法題目和結(jié)果顯示都將變成那個(gè)顏色。另外，你可以用類似的指令進(jìn)行操作：Line Weight、 Fill Color and Fill Pattern。l 去除方法：單擊選擇方法簾中顯示的方法，用退位或刪除鍵去除應(yīng)用的

27、方法即可。注意任何你除掉的方法都是能從Methods menu菜單再一次被使用。注釋Features 當(dāng)你用Genbank輸入序列時(shí)，序列中標(biāo)注的Features會(huì)自動(dòng)轉(zhuǎn)換為圖形命令顯示在方法簾中。這些Features 可以象任何別的方法那樣拖到分析界面上顯示。GeneQuest也允許你為你的DNA序列制作新Features：l 單擊位于GeneQuest窗口的左側(cè)的調(diào)色板工具（箭圖標(biāo)）。l 然后點(diǎn)擊選定2641-4257的Informative Region。l 點(diǎn)擊調(diào)色板工具（鉛筆圖標(biāo)），或者從SITES & FEATURES MENU選擇New Featur，打開一個(gè)Feature Ed

28、itor對(duì)話框（如右圖）l 你打開Feature Editor時(shí)，首先進(jìn)入Location設(shè)定。點(diǎn)擊“Info region”進(jìn)入Title box，點(diǎn)擊“Segment A”進(jìn)入Segment Name box，接著，在對(duì)話框的底部選擇標(biāo)題和區(qū)段名字的位置。l 點(diǎn)擊Description按鈕進(jìn)入新的Feature Editor窗口。如果你愿意，可以在note中對(duì)Feature做標(biāo)注，在key種選擇Feature的種類。l 點(diǎn)擊Style按鈕進(jìn)入最后的Feature Editor窗口，選擇字型，大小和顏色，以及你喜歡圖型用于新建的feature。l 點(diǎn)擊OK關(guān)閉Feature Editor窗口

29、。一個(gè)圖形化展示的“Info region”就會(huì)出現(xiàn)在分析窗口的底部。下面我們把新建的feature與另外一個(gè)feature整合起來。l 單擊調(diào)色板工具（箭圖標(biāo)）。選定你剛做好的feature，單擊工具調(diào)色板工具上的（鏈圖標(biāo)）。l 然后點(diǎn)擊名為“R01H10.4CDS.”的feature，再點(diǎn)擊連接（鏈圖標(biāo)）。l 這樣你的“Info region”featur將繼續(xù)作為沒有聯(lián)系的方法而存在，但是，它的拷貝將作為R01H10.4featur的一部分出現(xiàn)。BLAST檢索GeneQuest為你的序列在因特網(wǎng)或企業(yè)內(nèi)部互聯(lián)網(wǎng)數(shù)據(jù)庫上進(jìn)行相似性檢索提供2不同的方法。BLAST Selection指令允許

30、你使用序列的任何一部分進(jìn)行檢索。BLAST ORF需要你首先選擇序列的ORF，然后他就可以自動(dòng)翻譯，在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行檢索。在這一節(jié)中，我們用BLAST在NCBI上檢索與Nematode R01H10相似的序列。注意必須保證您的計(jì)算機(jī)與因特網(wǎng)相連。否則，跳過這一部分。l 單擊范圍選擇器調(diào)色板工具（箭圖標(biāo)）。l 如同在右邊被顯示的那樣，單擊任何“R01H10.5”的feature。注意此時(shí)選定的僅僅是外顯子部分（exons），內(nèi)含子部分被自動(dòng)去除。l 從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單，選BLAST Selection。會(huì)出現(xiàn)左面的BLAST對(duì)話框。l 不做參數(shù)改變，這樣，程序是blastn，數(shù)據(jù)庫是nr。l 單

31、擊同意開始查找。尋找結(jié)果顯示為兩部分（如下）。上邊的部分是按可能性的順序顯示檢索到的序列的名字，下面的部分顯示上面部分選定序列與提交序列（上邊序列）比較的具體結(jié)果。有關(guān)score和expectation的詳細(xì)的信息在NCBIs網(wǎng)點(diǎn)-/BLAST.-可以找到。一般來說，更主要的score和更低的expectation提示較好的相似性。BLAST結(jié)果窗最上邊的4鈕被用來打開，或者保存檢索到的序列，或者讓你了解更多的有關(guān)信息?！癙ut In Document”按鈕相當(dāng)于Gene Finding - DNA Finder，在打開序列中尋找檢索到的序列

32、。（如果我們使用blastp或blastx，則相當(dāng)于Gene Finding-Protein Finder）l 在BLAST結(jié)果窗口中選擇一個(gè)檢索結(jié)果。l 單擊Put In Document。保存對(duì)話窗將打開。l 選定保存位置，并命名。單擊保存。l 你選的序列將象應(yīng)用方法那樣以短的垂直的豎線自動(dòng)出現(xiàn)在分析界面的底部。垂直的豎線顯示BLAST結(jié)果的位置。l 可以選擇Zoom in/OUT來放大或縮小視野。直到你能清楚地查看序列。l 其他按鈕與EditSeq中介紹的功能相同。Entrez Database檢索GeneQuest允許你在因特網(wǎng)或企業(yè)內(nèi)部互聯(lián)網(wǎng)的Entez數(shù)據(jù)庫上進(jìn)行檢索。檢索到的結(jié)果

33、可以輸入GeneQuest（或者EditSeq），或者保存為序列文件。在這一節(jié)中，我們將檢索與狨視覺色素（visual pigment in marmosets）序列有關(guān)的序列，然后學(xué)習(xí)GeneQuest或EditSeq是如何打開其中的一個(gè)序列的。l 從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單（NET SEARCH MENU)，選擇新正文查找（New Text Search）來打開Entrez Query窗口（如右）。l 在文本框中敲入“visual pigment.”。l 從默認(rèn)為“All Fields”的下拉菜單中選擇“Text Word.”。l 用鼠標(biāo)從右面再拖入一個(gè)檢索框（New Term）。l 在文本框中敲入“

34、Callithrix”，從“New Fields”菜單中選“Organism”。l 單擊查找。查找結(jié)果出現(xiàn)于Entrez Results窗口（如下）。l 雙擊任何Entrez Results窗口里的序列，就可以查看其詳細(xì)信息。如果你想在GeneQuest或EditSeq里打開其中的一個(gè)序列：l 從Entrez Results窗，單擊你想打開的序列。l 從網(wǎng)絡(luò)檢索菜單，選擇用GeneQuest或者EditSeq打開（Open with GeneQuest/Open with EditSeq）。l 選定文件保存的位置，并給文件取名。單擊同意（視窗），或者保存（蘋果計(jì)算機(jī)）。如果你選擇以GeneQu

35、est打開文件，GeneQuest將打開文件并且將其默認(rèn)的方法自動(dòng)應(yīng)用到序列上。如果你做選擇以EditSeq打開文件，Entrez序列將在主窗口中顯示。GeneQuest的其他特點(diǎn)以RNA折疊形式查看序列的一部分：l 選定目的序列，在ANALYSIS MENURNA菜單中選擇Fold as RNA命令。序列酶切，模仿agarose凝膠電泳判定大?。簂 打開方法簾（method curtain）。l 從More Methods中選擇Enzymes - Restriction Map 加入方法簾。l 單擊圖標(biāo)左邊的藍(lán)色三角形，打開內(nèi)切酶一覽表。注意方法簾僅僅顯示那些最少切割一次DNA序列的酶。剛打

36、開酶一覽表時(shí)，所有的酶都被選中了，在空白處單擊一下去除選定。l 選定特定的酶，拖入分析界面，即可以看見該酶的酶切位點(diǎn)在序列上的位置。l 從SITES & FEATURES MENU菜單選澤Agarose Gel Simulation。l 新窗口即顯示酶切片段在electrophoretic的分離情況（如圖）。保存分析文件l 從文件菜單，選保存。l 選定文件的保存位置。給文件命名。l 單擊保存。l 你所應(yīng)用和展示的所有信息都會(huì)被保存。MapDraw的使用方法根據(jù)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，分析和實(shí)驗(yàn)結(jié)果的展示需要的不同，MapDraw可以制作6種類的酶切圖。從簡單的線性圖到有注釋的環(huán)形圖，在展示限制性酶切位點(diǎn)的同

37、時(shí)，還可以同時(shí)展示序列的feature，六個(gè)讀框及其翻譯結(jié)果。MapDraw也以自動(dòng)展示從GenBank輸入序列的features。你可以按照位置、酶切頻率等來排列你的酶切位點(diǎn)。另外， 你可以用手工選任何酶切位點(diǎn)的結(jié)合。酶切位點(diǎn)過瀘器（filters）也可以使用Boolean operators聯(lián)合使用。MapDraw工具能使你規(guī)劃酶切位點(diǎn)和克隆實(shí)驗(yàn)，產(chǎn)生詳細(xì)，充分地結(jié)果概括。和全部Lasergene應(yīng)用程序一樣，MapDraw也提供整合的BLAST查找功能。新酶切圖制作我們以組氨酸DNA序列“TETHIS21MA”（蘋果計(jì)算機(jī)）和“tethis21.seq”（視窗）為例。首先我們尋找能夠切割

38、組氨酸DNA序列的酶切位點(diǎn)。l 從文件菜單選擇New打開右邊的對(duì)話框。l 打開“Demo Sequences.”文件夾。l 雙擊打開TETHIS21（見下）。過濾器類型過瀘器（filter）是你定義的可以使用的酶切位點(diǎn)的集合。在你自定義過瀘器之前，所有酶切位點(diǎn)都會(huì)用于序列分析。你可以用和或來組合過瀘器。MapDraw內(nèi)置的過瀘器如下：l Overhang過瀘器是根據(jù)一套你定義的Overhang準(zhǔn)則歸類的酶切位點(diǎn)。這些準(zhǔn)則包括3和5端突出，與別的酶切位點(diǎn)互補(bǔ)以及兼并的末端突出?？寺≡囼?yàn)中，可以使用這個(gè)過濾器尋找互補(bǔ)末端。l 頻率（Frequency）過瀘器是指根據(jù)出現(xiàn)于指定的范圍序列上的頻率歸類

39、的酶切位點(diǎn)。我們將在本節(jié)的下一部分中使用這個(gè)過瀘器型。l 種類和復(fù)雜性過瀘器（Class & Complexity）是根據(jù)酶切位點(diǎn)種類歸類的酶切位點(diǎn)。這些種類包括：I型（隨機(jī)）把II型（明確），或者I型+II型。這過瀘器也可以根據(jù)位點(diǎn)復(fù)雜性、價(jià)錢和來源進(jìn)行歸類。l 手動(dòng)選擇過瀘器（Manual Pick）允許你按需要選定酶切位點(diǎn)。在隨后的一部分中，我們學(xué)習(xí)使用手動(dòng)選擇過瀘器的方法。l Must Cut Here/Dont Cut Here調(diào)色板工具也是一種過濾器，隨后進(jìn)行闡述。頻率過瀘器應(yīng)用首先讓我們用頻率過瀘器來刪除任何可以兩次切割我們序列的酶。l 從ENZYME MENU，選New Fil

40、ter，然后Frequency打開參數(shù)對(duì)話框。l 在Min和Max對(duì)應(yīng)的框中輸入數(shù)字1和2，其他的參數(shù)不變。這個(gè)設(shè)定將我們序列中切割多于兩次的位點(diǎn)自動(dòng)刪除。l 在過瀘器名字框中，輸入“Two-cuts-max.”。l 單擊Apply將過瀘器用于序列分析然后OK退出參數(shù)對(duì)話框。你將注意到在圖上酶切位點(diǎn)的數(shù)目現(xiàn)在大大地減少了。應(yīng)用手動(dòng)過瀘器雖然減少了大約3分之2的位點(diǎn)，但是還有100以上的酶存在。我們還可以設(shè)定一些更嚴(yán)緊的命令進(jìn)行限制?？匆豢次覀兊拿甘欠衲苷R地用來切割TETHIS21序列的編碼區(qū)。l 從MAP MENU選Linear Minimapp。打開的窗口顯示每個(gè)限制酶切割位點(diǎn)的位置。l

41、滾動(dòng)窗口，直到你看到大的向右的箭頭，上寫“histone”?！癏istone”是在最初的Genbank入口被注釋的序列特點(diǎn)。當(dāng)我們打開它的時(shí)候，這個(gè)特點(diǎn)和序列一起輸入。l 單擊選定它。l 在屏幕的左上單擊種類調(diào)色板工具（Sort），接著選擇Sort by Cuts Close to Selection。酶切位點(diǎn)即刻分類，這樣，距特點(diǎn)最近而且超出選定范圍的酶切位點(diǎn)將會(huì)排在最上面。l 滾動(dòng)到窗口的最頂端。你將注意到，在histone基因的左和右有2酶切位點(diǎn)：Acs I和Apo I。兩個(gè)酶切位點(diǎn)對(duì)我們來說都是理想的?，F(xiàn)在我們將制作僅僅包括Apo I酶切位點(diǎn)的Manual Pick filter。l

42、從ENZYME MENU，選New Filter然后Manual Pick。打開酶切位點(diǎn)過瀘器編輯器。l 把Apo I從右邊的窗口拖進(jìn)左邊的窗口。給過瀘器取名。在這我們把過瀘器叫做“Apo I.”。l 點(diǎn)擊Apply然后OK，就保存并應(yīng)用“Apo I.”過瀘器了。l 注意到現(xiàn)在線性的minimap僅僅由Apo I酶切位點(diǎn)和histone特點(diǎn)構(gòu)成。使用過瀘器一覽表現(xiàn)在我們已經(jīng)應(yīng)用了2個(gè)過瀘器：一個(gè)叫做“Two-cuts-max”的頻率過瀘器和叫做“Apo I.”的手動(dòng)過濾器，MapDraw會(huì)自動(dòng)把兩個(gè)過瀘器的結(jié)果用“AND,”聯(lián)合起來應(yīng)用，這樣，展示的結(jié)果需要滿足兩個(gè)標(biāo)準(zhǔn)：切割一或兩次，用Apo

43、 I切割。我們手動(dòng)過濾器包括頻率過瀘器的單一切點(diǎn)的內(nèi)容，所以他自動(dòng)的覆蓋了頻率過瀘器的結(jié)果。下述過瀘器一覽表允許我們隨意編輯、組合各個(gè)過瀘器。l 從Map Document，單擊過瀘器調(diào)色板工具（在窗左上的漏斗圖標(biāo)）打開過瀘器一覽表（如下）。當(dāng)前應(yīng)用的所有過瀘器都出現(xiàn)于窗口的左邊。l 為了除掉Apo I過濾器，點(diǎn)擊選中它，從左窗口拖到右邊的窗口，單擊應(yīng)用即可?，F(xiàn)在由于只有Two-cuts-max過瀘器被應(yīng)用，所以序列上的酶切位點(diǎn)數(shù)目立即增加了。l 把Apo I過濾器拖回，放在And旁，單擊Apply再次應(yīng)用Apo I過濾器，序列上的酶切位點(diǎn)數(shù)目又立即減少了。（如果把Apo I過濾器拖回，放在O

44、r旁，單擊Apply再次應(yīng)用Apo I過濾器，序列上的酶切位點(diǎn)數(shù)目不會(huì)改變，因?yàn)锳po I過濾器是Two-cuts-max過瀘器的一部分）。l 按上面的方法把兩個(gè)過濾器都去除。使用Must Cut Here / Dont Cut Here調(diào)色板工具M(jìn)ust Cut Here / Dont Cut Here工具是另一種酶切位點(diǎn)過濾限制方法。我們將用這個(gè)方法再次重復(fù)上面的操作。l 從MAP MENU，選Site & Sequence。l 向下滾動(dòng)，直到你看在大的向右指的箭頭，上寫“histone”。單擊選中。點(diǎn)擊Dont Cut Here調(diào)色板工具（紅色園圈起的剪刀樣圖標(biāo)），去除所有切割選定區(qū)的酶

45、切位點(diǎn)。（點(diǎn)擊Must Cut Here工具剪刀樣圖標(biāo)序列上將展示所有切割選定區(qū)的酶切位點(diǎn)。）這樣，僅僅剩下那些不切割選定區(qū)的位點(diǎn)。顯示酶信息內(nèi)切酶編輯器（Enzyme Editor）使你能夠查看內(nèi)切酶的各種相關(guān)信息，包括其名字，識(shí)別序列，isoschisomers，種類，價(jià)格，銷售公司和有效性等詳細(xì)的信息。你對(duì)這些信息可以進(jìn)行添加或刪除操作。l 打開酶編輯窗（如左），雙擊任意一個(gè)酶的名字。l 箭頭顯示酶識(shí)別序列和切割位點(diǎn)。l 你可以按照“GeneQuest”上的方法在序列上添加新Feature，并作注釋。環(huán)形展示你可以以環(huán)形圖展示環(huán)形或線性序列，但是，如果序列是線性的，MapDraw會(huì)提示你

46、。如果你想在環(huán)形序列上進(jìn)行酶切位點(diǎn)限制，那末，我們前面提到的Dont Cut Here filter完全可以做到這一點(diǎn)。l 通過點(diǎn)擊過濾器調(diào)色板工具檢查當(dāng)前是否只有Dont Cut Here過瀘器應(yīng)用。如果已經(jīng)應(yīng)用，則Dont Cut Here過瀘器應(yīng)該在過瀘器一覽表的左邊的窗口里，而其他的過濾器在右邊。如果這不是這樣，請(qǐng)進(jìn)行調(diào)整。l 從MAP MENU，選擇Circular Illustration，打開左邊的窗口。（如果此時(shí)有太多的酶切位點(diǎn)，你可以加入其他的過瀘器）。l 通過OPTIONS MENU的Drawing Size調(diào)整圖畫的大小。2條紅線相會(huì)的角是你可以做的最小圖畫的范圍。在窗口

47、內(nèi)點(diǎn)擊任何位置，圖形大小將顯示為那末大。l 單擊同意。ORF圖l 從MAP MENU，選ORF Map打開右邊顯示的六讀框的開放讀框窗口。默認(rèn)的終止和開始codons可以使用指定的遺傳密碼。方法見EditSeq。l 從OPTIONS MENU中選擇ORF Criteria可以設(shè)定參數(shù)。你能調(diào)整最小的ORF長度，定義上游啟動(dòng)子和距上游啟動(dòng)子的距離，選定后單擊同意即可。l 放大ORF以查看翻譯的序列。方法是點(diǎn)擊調(diào)色板工具中Zoom In（有的圖標(biāo)），接著，單擊分析界面。重復(fù)這些2步直到你能看翻譯。顯示選擇MapDraws OPTIONS MENU提供各種指令允許你做下面的事情：l 選擇1個(gè)或3個(gè)字

48、母的編碼。l 顯示不同的讀框組合（Reading Frames 或 Line Layout）。l 編輯用于翻譯的遺傳密碼（Genetic Codes and Edit Selected Code）。酶顯示可以選擇垂直或者水平展示。l 線性化環(huán)形序列（Linearize Sequence）。l 顯示不確定位點(diǎn)。保存退出l 從編輯菜單（EDIT MENU），選保存地圖（Save Map）。l 選擇保存位置，命名。l 單擊保存（蘋果計(jì)算機(jī)）或同意（視窗）。l 從文件菜單（FILE MEN），選擇放棄（蘋果計(jì)算機(jī)）或者退出（視窗），電腦提示保存或放棄；選擇保存，則你操作的所有結(jié)果都會(huì)保存起來，否則結(jié)果會(huì)全部丟失。 MegAlign的使用方法MegAlig