教程blast-mpiblast編譯運(yùn)行

1、BLAST 編譯，運(yùn)行1.編譯tar blast-2.2.13-ia32-linux.tar.gz1.運(yùn)行數(shù)據(jù)庫ftp:/ftp.ncbi.nlm.nih./blast/executables/blast/db/FASTA/nr.gz說明：nr.gz 為非冗余數(shù)據(jù)庫；nt.gz 為核酸數(shù)據(jù)庫；mou本次使用 nr.gz 的數(shù)據(jù)庫產(chǎn)生索引a.gz 為每月更新的數(shù)據(jù)庫，2./opt/programs/shnky/blast-2.2.13/bin/formatdb -i nr -p F -o T-i input file 參數(shù)用于指定需要格式的數(shù)據(jù)庫-p type of file 用于指定文件類型，

2、T 為蛋白質(zhì)，F(xiàn) 為核酸，默認(rèn)為 T-o parse options 用于指定是否為 F。序列比對(duì)序列 ID 并創(chuàng)建索引，T 為創(chuàng)建，F(xiàn) 為不創(chuàng)建，默認(rèn)3./opt/programs/shnky/blast-2.2.13/bin/blastall -p blastx -d nr -i test.txt -o out.txt-p program name 為需要使用的程序名 blastn 為 核酸序列對(duì)比搜索 blastp 為 蛋白質(zhì)序列對(duì)比搜索blastx 為用被翻譯的核酸序列在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中搜索tblastn 為 用蛋白質(zhì)序列在 核酸序列翻譯后數(shù)據(jù)庫 *1中搜索 tblastx 為用翻譯后的

3、核酸序列 在 核酸序列翻譯后數(shù)據(jù)庫中搜索-d database name 指定所使用的數(shù)據(jù)庫名稱-i input file 待搜索的序列文件-o output file 指定保存結(jié)果的文件MPIBLAST 編譯，運(yùn)行編譯1、到本地目錄ncbi 套件使用包內(nèi)自帶的即可，無需重新，無需重新打補(bǔ)丁。2、解壓縮壓縮包tar zxvf mpiBLAST-1.5.0-pio.tgz3、進(jìn)入解開的壓縮包 cd mpiblast-1.5.0-pio4、在當(dāng)前的目錄執(zhí)行如下命令三次./ncbi/make/makedis.csh第一次會(huì)碰到如下提示：make: * No rule to make ncbimain

4、.o, needed by libncbi.a.Stop.Fatal error building NCBI core libraries.Please be suret you have X11 and Motif libraries installed.The NCBI toolkit FAQ at ftp:/ftp.ncbi.nih./toolbox/FAQ.html may be helpful.第二次會(huì)碰到如下提示：make: * No rule to make ncbimain.o, needed by libncbi.a.Stop.Fatal error building NCB

5、I core libraries.Please be suret you have X11 and Motif libraries installed.The NCBI toolkit FAQ at ftp:/ftp.ncbi.nih./toolbox/FAQ.html may be helpful.第三次正常情況下會(huì)顯示成功的信息：*The new binaries are located in ./ncbi/build/ directory*5、配置 mpiblast-with-ncbi=/home/inspur/mpiblast/mpiblast-1.5.0-pio/ncbi -enab

6、le-MPI_Alloc_mem6 編譯Make7、安裝 make install運(yùn)行先設(shè)置環(huán)境變量export BLASTMAT=/opt/programs/sh export MPIBLAST_SHARED=/opt /sharednky/mpiblast-1.5.0-pio/ncbi/data/【如果很多例子都用一個(gè) reference（FORMATDB 的輸入文件相同），那么可以設(shè)置一個(gè)共享目錄，這個(gè)共享目錄下存放公用的 database，即相同 reference 產(chǎn)生的結(jié)果文件目錄】export MPIBLAST_LOCAL=/opt/mpiBLAST_local_db（主要針對(duì)個(gè)

7、性化的 reference,每次formatdb 后的輸出文件的路徑；）建立索引/usr/bime -o fdb16-time ./mpiblast/bpiformatdb -N 8 -i nr -o T &8 將數(shù)據(jù)庫分割的個(gè)數(shù)，一般分割為運(yùn)行核數(shù)的數(shù)目序列比對(duì)mpdboot/usr/bime -o 16-np8-time mpiexec-np8./mpiblast/bpiblast -p blastx -d nr-i ./test/blast/16.txt -o 16-np8.out &/usr/bime -o 16-np16-m24-time mpiexec -ppn 8 -np16./

8、mpiblast/bpiblast -p./configure-prefix=/home/inspur/appbin-with-mpi=/opt/el/impiPut the date st to the file ./VERblastx -d nr -i ./test/blast/16.txt -o 16-np16-mls24.out &附：在 RHEL6.0 以上會(huì)出現(xiàn)以下錯(cuò)誤：/usr/lib/gcc/x86_64-redhpng_load_file:inux/4.4.6/././././lib64/libXm.a(Png.o):Infunction(.text+0 x597): undefined reference to png_destroy_read_structcollect2: ld returned 1 exit sus make: * Psequin Error 1FAILURE primary make sus = 0, demo = 0, threaded_demo = 0, net = 2# # # # # #修改進(jìn)入：/mpiblast-1.6.0/nclatform 修改linux.ncbi.mk 文件，修改第 26 行：“NCBI_DISTVIBLIBS = -L/usr/X11R6/lib -lXmu -Wl,-Bs Xt -lSM -lI