核酸數(shù)據(jù)庫(kù)的應(yīng)用

關(guān)于核酸數(shù)據(jù)庫(kù)的應(yīng)用第1頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五

數(shù)據(jù)庫(kù)查詢和數(shù)據(jù)庫(kù)搜索是分子生物信息學(xué)中兩個(gè)常用序語(yǔ)。數(shù)據(jù)庫(kù)查詢是指對(duì)序列、結(jié)構(gòu)以及各種二級(jí)數(shù)據(jù)庫(kù)中的注釋信息進(jìn)行關(guān)鍵詞匹配查找。數(shù)據(jù)庫(kù)搜索是指通過(guò)特定的序列相似性比對(duì)算法，找出核酸或蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)中與檢測(cè)序列具有一定程度相似性的序列。第2頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五第一節(jié)常用的核酸數(shù)據(jù)庫(kù)

一、GenBank－NCBI核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)1、GenBank核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)的檢索GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)的簡(jiǎn)單查詢是在NCBI首頁(yè)上的Search中直接查詢檢索窗口第3頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五利用著者進(jìn)行查詢時(shí)，輸入格式應(yīng)為作者的姓加上名的縮寫。如：Thomas點(diǎn)擊第4頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五點(diǎn)擊第5頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五第6頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五也可以用序列登記號(hào)（accessionnumber）進(jìn)行一般查詢，如：AF477385點(diǎn)擊第7頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五第8頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五

高級(jí)檢索是通過(guò)NCBI的Entrez檢索系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)。Entrez是NCBI的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索查詢系統(tǒng)的核心。利用Entrez系統(tǒng)，可以檢索GenBank和其他數(shù)據(jù)庫(kù)的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)、基因組圖譜數(shù)據(jù)、來(lái)自分子模型數(shù)據(jù)庫(kù)（MMDB）的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)、種群序列數(shù)據(jù)集，以及有Pubmed獲得Medline的生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)。第9頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五第10頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五Entrez提供方便實(shí)用的檢索服務(wù)，所有操作都可以在網(wǎng)絡(luò)瀏覽器上完成。利用Entrez界面提供的限制條件（Limit鍵）、索引（Index鍵）、檢索歷史（History鍵）和剪貼板（Clipboard鍵）等功能實(shí)現(xiàn)復(fù)雜的檢索查詢工作。

第11頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五

進(jìn)入NCBI的Entrez主頁(yè)，用戶可以選擇組成Entrez系統(tǒng)的五個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)之一作為查詢起點(diǎn)。如以Nucleotide開始。選擇Nucleotide即進(jìn)入EntrezNucleotidesearch界面，點(diǎn)擊Limits進(jìn)入限定檢索界面。如上圖。完成各限制條件后，點(diǎn)擊Go即進(jìn)行檢索。第12頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五第13頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五2、NCBI中的GenBank數(shù)據(jù)的格式LOCUSDEFINITION序列名稱基因定義ACCESSION序列編號(hào)序列接受號(hào)或登記號(hào)VERSION序列版本號(hào)DATE序列提交、創(chuàng)建和更新日期DISCRIPTION序列簡(jiǎn)要描述KEYWORDS與序列相關(guān)的關(guān)鍵詞SOURCE序列的來(lái)源種屬ORGANISM序列的來(lái)源分類REFERENCE參考文獻(xiàn)編號(hào)或遞交序列信息REMARK參考文獻(xiàn)評(píng)述MEDLINE參考文獻(xiàn)交叉索引或遞交序列在Medline

中的存取號(hào)TITLEAUTHER參考文獻(xiàn)作者或遞交序列作者TITLE參考文獻(xiàn)題目JOURNAL參考文獻(xiàn)出處FEATURES序列特征表起始COMMENT序列注釋信息BASECOUNT序列起始標(biāo)志ORIGEN序列數(shù)據(jù)第14頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五第15頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五·

LOCUSTG29EDGP839bpDNAlinearINV18-APR-1998DEFINITIONToxoplasmagondiiDNAencodinga29kDGRA.ACCESSION

Y13863VERSION

Y13863.1GI:2231107KEYWORDS29kDaprotein;densegranuleprotein;p29gene.SOURCE

ToxoplasmagondiiORGANISM

ToxoplasmagondiiEukaryota;Alveolata;Apicomplexa;Coccidia;Eimeriida;Sarcocystidae;Toxoplasma.REFERENCE1(bases1to839)AUTHORSFischer,H.G.,Stachelhaus,S.,Sahm,M.,etal.TITLEGRA7,JOURNAL

Mol.Biochem.Parasitol.91(2),251-262(1998)PUBMED9566518

1:Y13863.ReportsToxoplasmagondii...[gi:2231107]

第16頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五REFERENCE2(bases1to839)AUTHORSFischer,H.G.TITLEDirectSubmissionJOURNALSubmitted(16-JUN-997)FischerH.G.,InstituteforMedicalMicrobiologyandVirology,Heinrich-Heine-UniversitaetDuesseldorf,Universitaetsstr.1,D-40225Duesseldorf40225GERMANYFEATURES

Location/QualifiersCDS

79..789第17頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五Entrez

用途檢索大分子生物學(xué)數(shù)據(jù)獲取GenBank,EMBL等數(shù)據(jù)庫(kù)的核酸序列；獲取Swiss-prot,PIR,PRF,PDB等蛋白質(zhì)序列；從核酸序列翻譯到蛋白質(zhì)的序列；獲取基因和染色體圖譜；蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)及大分子模式（MMDB）等其他生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)檢索。PubMed書目文獻(xiàn)數(shù)據(jù)。第18頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五Entrez生命科學(xué)搜索引擎第19頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五Entrez跨庫(kù)檢索第20頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五檢索字段限制分子類型選擇基因位置限定序列片段限定數(shù)據(jù)更新日期限定功能欄核酸序列檢索第21頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五序列存取號(hào)基因定義數(shù)據(jù)庫(kù)標(biāo)識(shí)符第22頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五代碼物種來(lái)源參考文獻(xiàn)特性專業(yè)評(píng)論第23頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五堿基數(shù)原序列復(fù)制后，可到BLAST中進(jìn)行相似性對(duì)比第24頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五二、EMBL－歐洲核酸數(shù)據(jù)庫(kù)EMBL數(shù)據(jù)庫(kù)共有Genomes、Simplesequenceretrieval和SRS（序列提取系統(tǒng)）三種檢索方式。1、Genomes提供已完成測(cè)序的基因組數(shù)據(jù)，用戶可以通過(guò)生物分類名稱以分層點(diǎn)擊瀏覽的方式獲取相關(guān)信息，通過(guò)相關(guān)鏈接，用戶可獲得大量已完成測(cè)序的基因組數(shù)據(jù)。第25頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五網(wǎng)址為：http://www.ebi.ac.uk/genomes第26頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五2、Simplesequenceretrieval

：直接輸入序列接受號(hào)檢索核酸序列。網(wǎng)址:http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/emblfetch第27頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五3、SRS（序列提取系統(tǒng)）:是目前生物信息界應(yīng)用最為廣泛的數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)。網(wǎng)址：http://srs.ebi.ac.uk/檢索序列時(shí)只需用鼠標(biāo)點(diǎn)擊“Search”，在輸入框中輸入擬檢索的信息即可。SRS的詳細(xì)信息參見：http://www.sanger.ac.uk/srs/srsman.html第28頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五第29頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五三、DDBJ－日本DNA數(shù)據(jù)庫(kù)包括Getentry、SRS、Afgate＆TAIS、Homology等幾種方法。前四種用于檢索DDBJ數(shù)據(jù)庫(kù)中原始數(shù)據(jù)，Homology采用FASTA/BLAST檢索對(duì)用戶提供的序列或片段做同源性分析。1、Getentry：通過(guò)登錄號(hào)檢索DDBJ核酸數(shù)據(jù)庫(kù)，最多可同時(shí)輸入10個(gè)號(hào)碼進(jìn)行檢索，各號(hào)碼之間用空格或“，”分隔，連續(xù)號(hào)碼可用“-”表示。還可用Locusname、Genename、Productname、P-ID、Clonenumber和Patent號(hào)等檢索。第30頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五2、SRS：有快速檢索和高級(jí)檢索兩種途徑?？焖贆z索可同時(shí)選擇多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行檢索，并且它只對(duì)來(lái)自“ID”、“Molecule”、“Discription”、“AccNumber”、“Keywords”、“Source”“Organism”、“Authors”、“Title”及“Comment”等10個(gè)默認(rèn)字段的信息進(jìn)行檢索。3、Afgate＆TAIS：比較簡(jiǎn)單的關(guān)鍵詞檢索途徑，在檢索框內(nèi)輸入檢索策略，點(diǎn)擊startsearch按鈕即可完成。第31頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五第32頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五第二節(jié)常用的RNA數(shù)據(jù)庫(kù)及軟件一、Transterm---mRNA序列和翻譯調(diào)控元件數(shù)據(jù)庫(kù)1、Transterm數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介Transterm數(shù)據(jù)庫(kù)由新西蘭Otago大學(xué)生物化學(xué)系構(gòu)建并維護(hù)，是一個(gè)mRNA序列和翻譯調(diào)控元件數(shù)據(jù)庫(kù)。

Transterm設(shè)計(jì)的目的是研究mRNA的構(gòu)成以及翻譯過(guò)程中的調(diào)控信號(hào)。Transterm中收錄的mRNA序列包括多種功能成分，既可以對(duì)一種物種進(jìn)行分析，也可以借此進(jìn)行信息查詢。第33頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五每一個(gè)從GenBank內(nèi)提取的mRNA被分成以下部分：功能成分，起始編碼區(qū)，終止編碼區(qū)，即5’-UTR、3’-UTR和翻譯信號(hào)的側(cè)翼序列。網(wǎng)址：http://www.uther.otago.ac.nz/Transterm.html第34頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五2、Transterm數(shù)據(jù)檢索Transterm提供每一物種密碼子使用表格，還提供描述mRNA中已知的基序或特征的模式的總結(jié)。通過(guò)Transterm來(lái)源于GenBank的編碼區(qū)可被分割為5’側(cè)翼、起始區(qū)、全編碼區(qū)、終止區(qū)、3’側(cè)翼。在Transterm的WWW界面使用與數(shù)據(jù)庫(kù)文件和有關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)相關(guān)聯(lián)的圖表，可以搜索所有或部分?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)容，找尋任一條符合條件的模式或用戶自定義的模式。第35頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五二、RDP-11-------核糖體數(shù)據(jù)庫(kù)由Maidak等人創(chuàng)建，提供一切與核糖體有關(guān)的數(shù)據(jù)、程序及相關(guān)服務(wù)計(jì)算機(jī)程序，包括rRNA在線數(shù)據(jù)分析、進(jìn)化分類系統(tǒng)樹、rRNA相似序列的排列、序列注釋、rRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)圖以及各種相似序列比較分析和顯示軟件。網(wǎng)址：http://www.1、簡(jiǎn)介第36頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五2、RDP-Ⅱ數(shù)據(jù)庫(kù)提供的分析工具(1)ProbeMatch：分析特異探針在數(shù)據(jù)庫(kù)中出現(xiàn)的頻率(2)SequenceMatch：通過(guò)nearestneighbors算法確定與用戶序列最相近的RDP-Ⅱ序列。(3)SequenceAlign：對(duì)使用者的數(shù)據(jù)進(jìn)行排列，找到與使用者序列最相近的RDP-Ⅱ序列。(4)SimilarityMatrix：計(jì)算RDP-Ⅱ和/或使用者序列的相似性/不相似性矩陣。(5)ChimeraCheck：檢查用戶序列是否為嵌合型。第37頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五(6)AlignmentSlices：從RDP-Ⅱ全排列數(shù)據(jù)庫(kù)中抽取興趣部分，與相鄰序列精簡(jiǎn)壓縮為一個(gè)序列，突出鄰近序列的差異性.(7)SequenceSelection：從動(dòng)態(tài)展示的等級(jí)分類中選取序列，選出的序列可被下載并進(jìn)行RDP-Ⅱ其他軟件分析。(8)T-RFLP：以ABI測(cè)序系統(tǒng)格式使用數(shù)據(jù)，建立一個(gè)相似性矩陣。第38頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五(9)TAPT-RFLP：在RDP數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行“T-RFLP實(shí)驗(yàn)”，利于設(shè)計(jì)與分析。(10)(Sub)Trees：一種Javaapplet，可以用來(lái)展示、操縱種屬進(jìn)化系統(tǒng)樹，產(chǎn)生新分支，或選取序列進(jìn)行其他的RDP-Ⅱ分析。（11）PCA（principalComponentanalysis）：對(duì)那些較大的序列系統(tǒng)進(jìn)行圖象化處理，PCA可通過(guò)網(wǎng)頁(yè)上的“SopplementaryMateriallinks”找到。第39頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五三、RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)借助計(jì)算機(jī)生物學(xué)可以很好地利用已知的RNA序列進(jìn)行二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)乃至三級(jí)結(jié)構(gòu)建模。目前較成熟并實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化的軟件主要在二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的水平上。1、ViennaRNA軟件包綜合了兩種算法來(lái)預(yù)測(cè)RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)：一種是最小自由能的動(dòng)態(tài)規(guī)劃算法，另一種是McCaskill的分割函數(shù)算法。除RNA折疊外，還可計(jì)算給定二級(jí)結(jié)構(gòu)的RNA能量、RNA比熱及采用字符串聯(lián)配或編輯計(jì)算二級(jí)結(jié)構(gòu)間距離，還為反折疊提供一種算法，搜索給定二級(jí)結(jié)構(gòu)的RNA序列。第40頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五2、MFOLDZuker的主頁(yè)含眾多RNA結(jié)構(gòu)站點(diǎn)的超鏈接，作為RNA相關(guān)網(wǎng)站的導(dǎo)航站點(diǎn)。該站點(diǎn)可以下載最新mfold軟件，也可以將序列提交給Zuker的mfold服務(wù)器完成。其中RNAstructure是Zuker預(yù)測(cè)RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的Windows9X/WindowsNT版本，可以免費(fèi)下載。3、RNAdraw

其主頁(yè)詳細(xì)介紹了程序的安裝、原理、使用和前景。大多數(shù)RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)均可在大型計(jì)算機(jī)上完成，一般實(shí)驗(yàn)室不具備這些條件。第41頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五4、RNA世界可能是最全面的RNA站點(diǎn)，其超鏈接包括各種數(shù)據(jù)庫(kù)站點(diǎn)、網(wǎng)絡(luò)工具、序列、二級(jí)結(jié)構(gòu)以及相關(guān)軟件?？梢院芊奖愕馗鶕?jù)PDB（proteindatabank）代碼或者NDB（nucleicaciddatabase）代碼來(lái)查找所需要RNA的結(jié)構(gòu)信息，同時(shí)提供包括研究方法、參考文獻(xiàn)、可視化圖象軟件及相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)等信息。5、其他核酸數(shù)據(jù)庫(kù)

HIVDatabaseHIV序列數(shù)據(jù)庫(kù)、IMGTImMunoGeneTics數(shù)據(jù)庫(kù)；dbEST表達(dá)序列標(biāo)簽數(shù)據(jù)庫(kù)、BERLIN5SrRNA數(shù)據(jù)庫(kù)；EPD真核啟動(dòng)子數(shù)據(jù)庫(kù)。第42頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五第三節(jié)核酸同源性序列比對(duì)的策略和方法序列比較的根本任務(wù)是：發(fā)現(xiàn)序列之間的相似性辨別序列之間的差異目的： 相似序列相似的結(jié)構(gòu)，相似的功能 判別序列之間的同源性 推測(cè)序列之間的進(jìn)化關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)搜索就是一種基于兩兩比較的序列比對(duì)，因?yàn)樗鼮閮蓚€(gè)序列的功能片段之間的相互關(guān)系提供一個(gè)非常明確的圖譜。較多序列的比對(duì)是序列比對(duì)的一個(gè)重點(diǎn)方向，本節(jié)只介紹兩亮序列比對(duì)。第43頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五一、數(shù)據(jù)庫(kù)的相似性搜索

對(duì)于一個(gè)新序列的分析首要任務(wù)就是將其與各種數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比較搜索，發(fā)現(xiàn)是否存在同源序列。

數(shù)據(jù)庫(kù)相似性搜索能夠從數(shù)據(jù)庫(kù)海量中挑選出相關(guān)聯(lián)的序列。

最佳方式是搜索幾個(gè)不同的數(shù)據(jù)庫(kù)以發(fā)現(xiàn)最大可能多的同源序列。

第44頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五二、BLAST簡(jiǎn)介

BLAST和FASTA是當(dāng)前應(yīng)用最廣泛的程序，最新版的BLAST和FASTA中已消除原有各自局限性。綜合程序速度和敏感性，本節(jié)介紹NCBI中的BLAST程序。

BLAST（basiclocalalignmentsearchtool，局部序列相似性對(duì)比工具）集速度、敏感性、彈性與統(tǒng)計(jì)處理的最佳組合于一身，能迅速找到非空位的相似片段。在報(bào)告相似性的同時(shí)，也報(bào)告這個(gè)相似性片段出現(xiàn)的可能性。

BLAST集成了一系列程序進(jìn)行核酸和氨基酸序列不同類型的搜索，采用卡林氏統(tǒng)計(jì)描述結(jié)果的顯著性。第45頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五第46頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五BLAST是NCBI提供的用于核酸或蛋白質(zhì)序列相似性對(duì)比分析的一個(gè)軟件，已發(fā)展到包括BLASTP,BLASTN,BLASTX,TBLASTN,TBLASTX,MEGABLAST,PSI-BLAST,PHI-BLAST,RPS-BLAST等多個(gè)軟件和應(yīng)用工具的多功能序列分析程序。1、BLASTN：最早的BLAST程序，用于鑒定測(cè)序所得序列和查找與之相似的序列。系最常用BLAST軟件。第47頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五程序

數(shù)據(jù)庫(kù)

查

詢

簡(jiǎn)

述

blastpblastnblastxtblastntblastx蛋白質(zhì)核酸蛋白質(zhì)核苷酸(翻譯)核酸(翻譯)蛋白質(zhì)核苷酸核酸(翻譯)蛋白質(zhì)核酸(翻譯)可能找到具有遠(yuǎn)源進(jìn)化關(guān)系的匹配序列適合尋找分值較高的匹配，不適合遠(yuǎn)源關(guān)系適合新DNA序列和EST序列的分析適合尋找數(shù)據(jù)庫(kù)中尚未標(biāo)注的編碼區(qū)適合分析EST序列

第48頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五2、MEGABLAST：用于鑒定一個(gè)未知的核酸序列。若要了解測(cè)得一個(gè)未知核酸序列是否已發(fā)表在公開的核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中，以及其相關(guān)的生物研究文獻(xiàn)時(shí)，這是一個(gè)最好的工具。它可有效地找到與序列相近的其他序列。3、Discontiguous

MEGABLAST：與MEGABLAST相似，主要用于相近的序列段比較短、并且相鄰的序列段不連續(xù)的搜索。相近序列不易查找時(shí)，該工具可以提高查詢靈敏度和查詢效果。第49頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五4、BLASTP：為查詢蛋白質(zhì)序列設(shè)計(jì)的軟件，主要用于鑒定蛋白質(zhì)的氨基酸序列和在數(shù)據(jù)庫(kù)中查找相似的序列。既可通過(guò)找到相似的已知蛋白質(zhì)的功能來(lái)鑒定一個(gè)未知的蛋白質(zhì)序列的功能，也可用于兩個(gè)或多個(gè)蛋白質(zhì)序列的比較。5、PSI-BLAST（點(diǎn)位重心BLAST）：最靈敏的BLAST程序，通過(guò)它可以找到一個(gè)蛋白質(zhì)的遠(yuǎn)親序列。第50頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五6、PHI-BLAST（特異片段重心BLAST）：可以指定某一個(gè)蛋白質(zhì)序列片段，并以這個(gè)片段為重心查詢相關(guān)蛋白質(zhì)序列。7、BLASTX：把所需查詢的核酸序列翻譯成氨基酸序列,再在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中查找。LBASTX可以將核酸序列翻譯成有6種可能的氨基酸序列后在進(jìn)行查尋，對(duì)編碼區(qū)所有三聯(lián)密碼的組合所翻譯的氨基酸序列都查尋，提高了查尋靈敏度。第51頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五8、TBLASTN：與BLASTX相反，TBLASTN蛋白質(zhì)序列翻譯成可能的6種三聯(lián)密碼核酸序列，對(duì)尋找相似功能的核酸序列特別有用。多用于EST和大規(guī)模測(cè)序所做的序列分析，對(duì)三聯(lián)密碼的錯(cuò)位有很高的容錯(cuò)度。9、TBLASTX：把要查尋的核酸序列和進(jìn)行比較的核酸序列都翻譯成6種可能的氨基酸序列后進(jìn)行比較。10、RPS-BLAST：用于鑒定某些進(jìn)化上比較穩(wěn)定的蛋白質(zhì)功能片段。數(shù)據(jù)來(lái)源于NCBI的CDD數(shù)據(jù)庫(kù)。11、CDART（conserveddomainarchitetureretrievaltool）：用于篩選特定蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中所有的蛋白質(zhì)功能片段和功能片段結(jié)構(gòu)，并得到含有某一個(gè)或多個(gè)功能片段結(jié)構(gòu)的所有蛋白質(zhì)序列。第52頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五三、BLAST應(yīng)用舉例順序：①建立BLAST搜索，確定查詢序列；

②選擇適當(dāng)?shù)乃阉鞒绦蚝拖鄳?yīng)的數(shù)據(jù)庫(kù)，以及參數(shù)；

③發(fā)送查詢序列；

④讀取BLAST結(jié)果。1、具體步驟（1）確定查詢序列；（2）選擇數(shù)據(jù)庫(kù)和搜索程序：數(shù)據(jù)庫(kù)為核酸數(shù)據(jù)庫(kù)，程序?yàn)锽LASTN；第53頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五（3）選擇默認(rèn)的允許非空位的搜索；（4）E值限制，默認(rèn)為10；（5）用默認(rèn)矩陣BLOSUM62；（6）最后確認(rèn)結(jié)果輸出格式。確認(rèn)以上參數(shù)無(wú)誤后，點(diǎn)擊“BLAST”按鈕，同時(shí)也可以選擇E-mail回復(fù)結(jié)果。2、結(jié)果分析BLAST結(jié)果分兩部分，即圖形化結(jié)果和文字結(jié)果，后者又分為有意義的序列排列、兩兩對(duì)比結(jié)果、統(tǒng)計(jì)結(jié)果三部分。第54頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五選擇對(duì)比程序基因組對(duì)比特殊對(duì)比第55頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五第56頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五將序列數(shù)據(jù)庫(kù)中的復(fù)制序列在此粘貼第57頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五點(diǎn)擊第58頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五（1）圖形結(jié)果得分高低以不同顏色表示：≥200紅色，80-200分紅色，50-80綠色，40-50藍(lán)色，<40黑色，也表示同源性由高到低。第59頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五2、文字結(jié)果第60頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五第61頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五搜索的分值高低排列，即同源性從高到低。排列第一的是查詢序列本身。右側(cè)分別為隨機(jī)分值（score，S值）和期望值（expect，E值）。E值是特定匹配中基本的隨機(jī)噪聲。S值增加，E值呈指數(shù)性減少，即隨機(jī)噪聲降低，表明序列同源性較高。經(jīng)驗(yàn)提示，DNA序列具有75%以上的同源性才具有潛在的生物學(xué)意義，但這種結(jié)果很難把握，必須實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，或要求研究者具有豐富的序列分析經(jīng)驗(yàn)。第62頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五序列對(duì)比報(bào)告對(duì)比資源類似性圖譜第63頁(yè)，共77頁(yè)，2022年，5月20日，3點(diǎn)37分，星期五對(duì)比圖譜報(bào)告數(shù)據(jù)庫(kù)標(biāo)識(shí)符基因定義類似性積分E值為匹配期望值。說(shuō)明可以找到與搜索序列相匹配的其它序列的幾率。E值越接近零，越不可能找到其它的匹配序列，其背后的含義