中國水稻品種及其系譜指紋數(shù)據(jù)庫

2）基本收集齊國內(nèi)審定品種、大面積推廣品種、農(nóng)家品種，等等，除品種外，還收錄有不育系等材料3）是國內(nèi)唯一帶有系譜追溯功能的水稻種質(zhì)數(shù)據(jù)庫，也是國內(nèi)關(guān)于水稻品種最齊全的數(shù)據(jù)庫4）指紋鑒定（開發(fā)中，后文詳細(xì)介紹…）本數(shù)據(jù)庫平臺的特色中國水稻品種及其系譜、指紋數(shù)據(jù)庫水稻科學(xué)數(shù)據(jù)的共享和利用各種相關(guān)數(shù)據(jù)的無縫整合是本數(shù)據(jù)庫平臺最大特色通過系譜追溯功能，結(jié)合品種推廣數(shù)據(jù)，再編寫特定的程序包，我們還能夠：篩選骨干親本，推演主推品種更迭規(guī)律一次性檢索出某個核心種質(zhì)、不育系或恢復(fù)系所衍生的全部品種或配組組合，以及它們的應(yīng)用面積一次性檢索出某類型不育系（如印水型）所配組的全部組合及其應(yīng)用面積本數(shù)據(jù)庫平臺的特色中國水稻品種及其系譜數(shù)據(jù)庫（特色功能）水稻科學(xué)數(shù)據(jù)的共享和利用根據(jù)親本的兒子、孫子和曾孫三代的表現(xiàn)，統(tǒng)計親本的應(yīng)用情況:

分別按照后代數(shù)目和后代面積進(jìn)行排序，從而推算骨干親本以50萬畝以上為為主推品種種，計算主主推品種的的淘汰率，，如以某一一年為觀察察起點，看看看這年的的主推品種種大概需要要幾年，全全部退出歷歷史舞臺，，等等…蜀恢527衍生品種共共計326個本數(shù)據(jù)庫平平臺的特色色水稻功能基基因數(shù)據(jù)庫庫水稻科學(xué)數(shù)數(shù)據(jù)的共享享和利用將不同文獻(xiàn)獻(xiàn)中的同一一基因匯總總到一起將不同文獻(xiàn)獻(xiàn)中的同一一基因匯總總到一起DTH2電子注釋基因結(jié)構(gòu)圖圖，我們自自主編寫的的SVG腳本程序生生成，指紋實物圖圖，是否也也能通過程程序自動生生成？可以以嘗試，當(dāng)當(dāng)然，也可可以直接截截取原始圖圖片.嘗試對日本本晴基因組組的全部5萬多個基因因進(jìn)行電子子注釋geneontology(GO)→基因功能，，影響的生生物學(xué)進(jìn)程程traitontology(TO)→基因所影響響的表型plantontology(PO)→基因表達(dá)的的時空性本數(shù)據(jù)庫平平臺的特色色管理基因數(shù)數(shù)據(jù)庫的ontology系統(tǒng)水稻科學(xué)數(shù)數(shù)據(jù)的共享享和利用自主開發(fā)了了ontology系統(tǒng)；ontology，實質(zhì)是對基基因進(jìn)行分類類和注釋與傳統(tǒng)的關(guān)鍵鍵字或圖書館館分類不同，，ontology的術(shù)語之間有有關(guān)聯(lián)性，如如“水稻”和和“禾本科植植物”本數(shù)據(jù)庫平臺臺的特色管理基因數(shù)據(jù)據(jù)庫的ontology系統(tǒng)水稻科學(xué)數(shù)據(jù)據(jù)的共享和利利用本數(shù)據(jù)庫平臺臺的特色Ontology系統(tǒng)管理水稻稻基因數(shù)據(jù)水稻科學(xué)數(shù)據(jù)據(jù)的共享和利利用1）服務(wù)于品種種數(shù)據(jù)庫和基基因數(shù)據(jù)庫：：文獻(xiàn)中的品種種信息析出并并錄入到品種種數(shù)據(jù)庫;文獻(xiàn)中的基因因相關(guān)信息錄錄入到基因數(shù)數(shù)據(jù)庫；2）累計收錄中中英文水稻文文獻(xiàn)超過2.86萬份:下一步：做成成內(nèi)網(wǎng)可以直直接下載原文文…下一步：使用用ontology進(jìn)行管理(中國農(nóng)科院信信息所計劃有有項目資助)本數(shù)據(jù)庫平臺臺的特色水稻文獻(xiàn)數(shù)據(jù)據(jù)庫水稻科學(xué)數(shù)據(jù)據(jù)的共享和利利用文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫的的作用：由于于重要數(shù)據(jù)都都列出了數(shù)據(jù)據(jù)來源，當(dāng)不不同來源的數(shù)數(shù)據(jù)不一致時時，用戶可以以自行判斷將NCBI、GRAMENE等數(shù)據(jù)庫收錄錄的有關(guān)水稻稻的所有生物物學(xué)數(shù)據(jù)，全全部融入進(jìn)來來，并對其中中的基因和蛋蛋白進(jìn)行GO和TO注釋；目前正在做的的工作水稻科學(xué)數(shù)據(jù)據(jù)的共享和利利用中國水稻品種及其系譜數(shù)據(jù)庫中國水稻品種及其系譜、指紋數(shù)據(jù)庫特點和工作基基礎(chǔ)：(1)指紋跟系譜相相結(jié)合，可以以相互印證;(2)使用WindowsServer2008和SQLServer2005架構(gòu)，數(shù)據(jù)庫庫的高效、安安全和穩(wěn)定有有保障；(3)我們有自己的的高效服務(wù)器器和足夠的帶帶寬，當(dāng)然，，是否對外開開放、如何開開放，可以自自主控制；本數(shù)據(jù)庫平臺臺的特色中國水稻品種種及其系譜、、指紋數(shù)據(jù)庫庫實現(xiàn)過程：(1)服務(wù)器系統(tǒng)：：WindowsServer2008+IIS6.0;(2)底層數(shù)據(jù)庫：：SQLServer2005；(3)開發(fā)技術(shù)：DHTML(HTML+CSS+javascript)；ASP.net(運行環(huán)境)；VB.net(編程語言)；SVG+VML(可縮放矢量圖圖形，程序直直接繪圖)本數(shù)據(jù)庫平臺臺的特色中國水稻品種種及其系譜、、指紋數(shù)據(jù)庫庫目前正在做的的工作(1)：品種指紋數(shù)數(shù)據(jù)的查詢目前正在做的的工作(2)：品種指紋的的比對(相似度)算法：1個位點上的兩兩個等位基因因分別比對(1)在查詢和比對對的結(jié)果顯示示界面，增加加指紋圖譜的的圖形顯示，，以在需要時時能方便了解解實驗的真實實情況;(2)批量比對，用用戶通過提交交保存有待比比對品種指紋紋的excel表格，跟數(shù)據(jù)據(jù)庫已有指紋紋進(jìn)行批量比比對；(3)全數(shù)據(jù)庫指紋紋相似度比對對，按照相似似度由高到低低排序，從而而推測所有已已測定品種間間親緣關(guān)系…本數(shù)據(jù)庫平臺臺的特色中國水稻品種種及其系譜、、指紋數(shù)據(jù)庫庫(待優(yōu)化功能)其它需要優(yōu)化化的功能？本數(shù)據(jù)庫平臺臺的特色中國水稻品種種及其系譜、、指紋數(shù)據(jù)庫庫(待優(yōu)化功能)謝謝!謝謝觀看/歡迎