GB/T 34798-2017核酸數(shù)據(jù)庫(kù)序列格式規(guī)范

ICS07080

A40.

中華人民共和國(guó)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)

GB/T34798—2017

核酸數(shù)據(jù)庫(kù)序列格式規(guī)范

Formatsspecificationsofnucleotidesequencedatabase

2017-11-01發(fā)布2018-05-01實(shí)施

中華人民共和國(guó)國(guó)家質(zhì)量監(jiān)督檢驗(yàn)檢疫總局發(fā)布

中國(guó)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)化管理委員會(huì)

GB/T34798—2017

目次

前言

…………………………Ⅲ

范圍

1………………………1

規(guī)范性引用文件

2…………………………1

術(shù)語(yǔ)和定義

3………………1

縮略語(yǔ)

4……………………2

核酸序列格式規(guī)范制定的總則

5…………2

核酸序列描述規(guī)范

6………………………2

核酸序列特征描述規(guī)范

7…………………3

核酸序列格式規(guī)范

8………………………5

核酸序列文件整體格式規(guī)范

9……………5

附錄資料性附錄核苷酸含義表

A()……………………6

附錄資料性附錄與核酸相關(guān)的特征關(guān)鍵詞表

B()……………………7

附錄資料性附錄密碼子表

C()…………10

附錄資料性附錄修飾堿基表

D()………………………11

附錄資料性附錄限定詞中英文對(duì)照表

E()……………13

附錄資料性附錄核酸序列文件樣例

F()………………14

附錄資料性附錄行首大寫字母含義表

G()……………15

參考文獻(xiàn)

……………………16

Ⅰ

GB/T34798—2017

前言

本標(biāo)準(zhǔn)按照給出的規(guī)則起草

GB/T1.1—2009。

本標(biāo)準(zhǔn)由全國(guó)生化檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)委員會(huì)提出并歸口

(SAC/TC387)。

本標(biāo)準(zhǔn)起草單位深圳華大基因研究院深圳華大基因科技有限公司廣東省標(biāo)準(zhǔn)化研究院廣東產(chǎn)

:、、、

品質(zhì)量監(jiān)督檢驗(yàn)研究院

。

本標(biāo)準(zhǔn)主要起草人魏曉鋒陳鳳珍劉克杜佳婷李倩一沈維燕李啟沅謝強(qiáng)王娟譚嘉力

:、、、、、、、、、、

宋祚錕黃江勇

、。

Ⅲ

GB/T34798—2017

核酸數(shù)據(jù)庫(kù)序列格式規(guī)范

1范圍

本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了核酸數(shù)據(jù)庫(kù)的序列格式包括生物體基因組核酸序列特征規(guī)范制定的總則序列描述

,、

格式規(guī)范序列特征描述規(guī)范和序列格式規(guī)范等

、。

本標(biāo)準(zhǔn)適用于生物體基因組核酸數(shù)據(jù)庫(kù)序列文件的編寫

。

2規(guī)范性引用文件

下列文件對(duì)于本文件的應(yīng)用是必不可少的凡是注日期的引用文件僅注日期的版本適用于本文

。,

件凡是不注日期的引用文件其最新版本包括所有的修改單適用于本文件

。,()。

生物信息學(xué)術(shù)語(yǔ)

GB/T29859

核苷酸和或氨基酸序列表和序列表電子文件標(biāo)準(zhǔn)

ZC0003/

3術(shù)語(yǔ)和定義

界定的以及下列術(shù)語(yǔ)和定義適用于本文件

GB/T29859。

31

.

核酸數(shù)據(jù)庫(kù)nucleicaciddatabase

以核酸序列為基本內(nèi)容并附有核酸序列注釋信息的數(shù)據(jù)庫(kù)

,。

32

.

編碼序列codingsequence

編碼一段蛋白產(chǎn)物的序列始于起始密碼子終于終止密碼子

,,。

33

.

序列組裝sequenceassembly

基因組長(zhǎng)序列打斷之后形成較短的序列通過(guò)算法和計(jì)算機(jī)的幫助把這些短的序列組裝起來(lái)成為

,,

一條完整有序的序列的過(guò)程

。

34

.

甲基化methylation

蛋白質(zhì)和核酸的一種重要的修飾調(diào)節(jié)基因的表達(dá)和關(guān)閉

,。

35

.

識(shí)別碼identifier

某個(gè)體系中相對(duì)唯一的編碼

。

36

.

位置location

一個(gè)或一