文獻(xiàn)檢索與數(shù)據(jù)收集

EST信息檢索及常用數(shù)據(jù)庫(kù)石河子大學(xué)動(dòng)物科技學(xué)院賈斌功能分類及代謝途徑分析目標(biāo)基因的分析及應(yīng)用cDNA文庫(kù)的構(gòu)建隨機(jī)挑取克隆進(jìn)行5’或3’端測(cè)序序列前處理聚類和拼接EST數(shù)據(jù)注釋分析平臺(tái)的構(gòu)建文獻(xiàn)檢索與數(shù)據(jù)收集數(shù)據(jù)公布，形成文章主要內(nèi)容文獻(xiàn)檢索常用的文獻(xiàn)檢索數(shù)據(jù)庫(kù)文獻(xiàn)管理常用的EST數(shù)據(jù)庫(kù)實(shí)踐EST信息檢索與常用數(shù)據(jù)庫(kù)一、文獻(xiàn)檢索EST信息檢索與常用數(shù)據(jù)庫(kù)1.1文獻(xiàn)檢索方法檢索工具法追溯法分段法文獻(xiàn)檢索1.2檢索途徑文獻(xiàn)檢索途徑是指通過何種特征來進(jìn)行檢索。如著者、出版年份、關(guān)鍵詞等。檢索工具中對(duì)文獻(xiàn)不同特征進(jìn)行標(biāo)識(shí)而編制的各種索引，給檢索者提供了各種檢索途徑。例如，在PubMed中，就有著者途徑，文獻(xiàn)名稱途徑、主題途徑等等；文獻(xiàn)檢索1.3文獻(xiàn)檢索步驟（參考）分析課題，明確檢索目標(biāo)和范圍；選擇檢索工具；選擇檢索手段和檢索方法；選擇檢索途徑，確定檢索標(biāo)識(shí)；查找文獻(xiàn)，獲取原始文獻(xiàn)。文獻(xiàn)檢索二、一些常用的文獻(xiàn)檢索數(shù)據(jù)庫(kù)EST信息檢索與常用數(shù)據(jù)庫(kù)2.1中文文獻(xiàn)全文數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)庫(kù)文獻(xiàn)年限網(wǎng)址瀏覽器中國(guó)期刊網(wǎng)全文數(shù)據(jù)庫(kù)（CJFD）1994http:///index.htmCajViewer,AcrobatReader維普全文期刊數(shù)據(jù)庫(kù)1989/index.asp維普瀏覽器AcrobatReader萬方數(shù)據(jù)資源系統(tǒng)依各期刊而定http://AcrobatReader常用文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)2.2外文文獻(xiàn)檢索PubMed（http:///entrez/query.fcgi?db=PubMed

）MEDLINE（/

）ScholarGoogle（/

）ISIwebofknowledge()常用文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)PubMedPubMed是美國(guó)國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書館（NLM）開發(fā)的基于網(wǎng)絡(luò)服務(wù)的查詢系統(tǒng)，可以免費(fèi)查詢MEDLINE、OLDMEDLINE、PREMEDLINE以及其他相關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)，截至到2013年11月，PubMed中共收錄了23,772本期刊雜志，包括了二千七百多萬的生物學(xué)和醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)，最早的文獻(xiàn)可以追溯到上世紀(jì)50年代。PubMed中包括了這些文獻(xiàn)的一些全文鏈接或者其他的一些信息。

主頁外文文獻(xiàn)檢索PubMedservicesJournalsDatabase

MeshDatabaseSingleCitationMatcher

BatchCitationMacherClinicalQueries

LinkOutMyNCBI(Cubby)外文文獻(xiàn)檢索PubMed附加菜單欄LimitsPreview/IndexHistoryClipboardDetails外文文獻(xiàn)檢索【實(shí)例1】

檢索最新的關(guān)于人類EST應(yīng)用的綜述性文獻(xiàn)。外文文獻(xiàn)檢索PubMed顯示方式（Display）Summary（go）BriefAbstractCitationMEDLINE外文文獻(xiàn)檢索三、文獻(xiàn)管理EST信息檢索與常用數(shù)據(jù)庫(kù)ReferenceManager

（以此軟件為例簡(jiǎn)單講解實(shí)際使用方法，它將使論文寫作中參考文獻(xiàn)的使用和插入十分方便。）

EndNote/EndNoteWeb

（也將以此軟件為例講解實(shí)際使用方法，它將使論文寫作中參考文獻(xiàn)的使用和插入十分方便。）ProCite

http://www.adeptscience.co.uk/index.html文獻(xiàn)管理四、常用的EST數(shù)據(jù)庫(kù)EST信息檢索與常用數(shù)據(jù)庫(kù)DatabaseURL備注dbESThttp:///dbEST/index.html綜合UniGenehttp:///entrez/query.fcgi?db=unigene綜合TigrGeneIndiceshttp:///tdb/tgi/綜合AllGeneshttp://人和老鼠dbCFC

http://cytokine.medic.kumamoto-u.ac.jp/脊椎動(dòng)物信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)KazusaDNAresearchinstitutehttp://www.kazusa.or.jp/ja2003/english/index.html藻類及擬南芥

MAGEST

http://www.genome.jp/magest/海鞘類NEMBASE

http://nema.cap.ed.ac.uk/nematodeESTs/nembase.html寄生蟲Mendel-ESTs

http://www.mendel.ac.uk/植物ApiDots

http:///apidots/頂復(fù)門（Apicomplexan

）EASED

http://eased.bioinf.mdc-berlin.de/選擇性剪切相關(guān)PEDEhttp://pede.dna.affrc.go.jp/豬常用的EST數(shù)據(jù)庫(kù)其他相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)DatabaseURL備注核酸數(shù)據(jù)庫(kù)NCBI(nt,nr)ftp:///blast/db/FASTA/綜合性數(shù)據(jù)庫(kù)EMBL-EBIhttp://www.ebi.ac.uk/databases/index.html綜合性數(shù)據(jù)庫(kù)DDBJhttp://www.ddbj.nig.ac.jp/綜合性數(shù)據(jù)庫(kù)TIGRhttp:///綜合性數(shù)據(jù)庫(kù)基因組GDBhttp://人類基因組相關(guān)蛋白質(zhì)InterPro

http://www.ebi.ac.uk/interpro/蛋白質(zhì)家族、結(jié)構(gòu)域和功能位點(diǎn)KEGGhttp://www.genome.jp/kegg/代謝途徑GOhttp://分子功能、生物過程、細(xì)胞組分常用的EST數(shù)據(jù)庫(kù)4.1dbESTdbEST是目前最大的一個(gè)公共功能性序列數(shù)據(jù)庫(kù)，是由NCBI于1992年開發(fā)的專門用于收集各個(gè)研究組織遞交的EST數(shù)據(jù)。直到2010年11月，該數(shù)據(jù)庫(kù)中已有1976個(gè)物種的EST數(shù)據(jù)231,275,705條，其中人的EST約有1700萬條，小鼠的EST1200多萬條。下面我們以一個(gè)具體的例子來說明如何從dbEST數(shù)據(jù)庫(kù)中收集我們想要的數(shù)據(jù)。常用的EST數(shù)據(jù)庫(kù)【實(shí)例2】在dbEST數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索并保存有關(guān)人的EST序列步驟如下：

1、搜索人類的EST序列（圖示）：

2、保存我們所需要的信息(圖片)常用的EST數(shù)據(jù)庫(kù)4.2EST序列的遞交向dbEST中遞交EST數(shù)據(jù)

E-mail遞交（需要一定的格式）實(shí)驗(yàn)證實(shí)具有生物學(xué)功能的EST序列

BankIt、Sequin更多介紹參考網(wǎng)頁：/Genbank/submit.html

常用的EST數(shù)據(jù)庫(kù)4.2.1EST序列的E-mail遞交序列數(shù)據(jù)的遞交必須包括4個(gè)文件：Publication、Library、Contact以及EST。圖譜數(shù)據(jù)的遞交也包括4個(gè)文件：Publication、Contact、Method和MapData。文件組織好以后，發(fā)送郵件到batch-sub@就可以完成遞交。

常用的EST數(shù)據(jù)庫(kù)EST數(shù)據(jù)的更新EST數(shù)據(jù)的更新與數(shù)據(jù)的遞交類似，只要修改數(shù)據(jù)文件中的信息（除了EST#和CONT_NAME），然后把STATUS內(nèi)容改為“Update”而不是“New”。對(duì)Publication、Contact、源數(shù)據(jù)、EST#或者CONT_NAME所做的修改必須發(fā)送郵件到batch-sub@并闡明原因。最后把修改后的文件發(fā)送到batch-sub@就可以完成更新。

常用的EST數(shù)據(jù)庫(kù)4.2.2具有生物學(xué)功能的EST序列的遞交BankIt http:///BankIt/Sequin

/sequin/ http:///Sequin/download/seq_download.html

常用的EST數(shù)據(jù)庫(kù)4.3UniGene為了解決冗余和重疊的問題，NCBI的科學(xué)家們開發(fā)了UniGene數(shù)據(jù)庫(kù)。UniGene自動(dòng)地把GenBank中的序列分類，變成一個(gè)非冗余的序列集，而這樣的一個(gè)序列集就代表了一個(gè)基因。已有66個(gè)物種的927,817條記錄存在于UniGene中，其中最多的三個(gè)物種是人、水稻和小鼠，分別為：54,576，44,394和43,104。常用的EST數(shù)據(jù)庫(kù)UniGene的查詢UniGene的查詢方式與PubMed類似可以采用關(guān)鍵詞、基因名稱、物種名稱、核酸及蛋白的accession號(hào)、組織等進(jìn)行查詢；可以在查詢框中直接輸入這些檢索式，也可以采用“Preview/Index”進(jìn)行高級(jí)檢索。

常用的EST數(shù)據(jù)庫(kù)【實(shí)例3】查詢?cè)谌说哪X組織中表達(dá)的UniGene

步驟如下：(圖示)點(diǎn)擊附加菜單欄中的“Preview/Index”按鈕，在下拉框中選擇“Tissue”，在隨后的文本框中輸入“brain”，點(diǎn)擊“AND”；繼續(xù)在下拉框中選擇“Organism”，在隨后的文本框中輸入“human”，點(diǎn)擊“AND”；點(diǎn)擊查詢框后面的“Go”遞交查詢條件就得到我們所需要的UniGene的多條記錄。常用的EST數(shù)據(jù)庫(kù)一條完整的UniGene記錄包括：URL

類似的序列（與UniGene中的其他具有表達(dá)產(chǎn)物的序列進(jìn)行比較得出）；

基因表達(dá)情況（包括組織表達(dá)情況、表達(dá)水平（Profile）、GEO水平、NLAIII標(biāo)簽、SAU3A標(biāo)簽等）；

圖譜信息（即該基因在染色體上的定位信息以及STS的信息等）；

序列（包括mRNA序列和EST序列）。

您可以把這些序列下載到本地，但是需要選擇您的操作環(huán)境：Unix、PC或者M(jìn)ac，然后點(diǎn)擊“Downloadsequences”按鈕，就可以得到全部的序列。常用的EST數(shù)據(jù)庫(kù) 在UniGene的一條記錄中還有一些特殊的標(biāo)識(shí)，其代表的意義如下：

P

經(jīng)過翻譯后，與已知蛋白有相似性

A

具有PolyA信號(hào)

S

該序列在這個(gè)基因簇中的匹配不是很理想

M

該克隆是一個(gè)推測(cè)的全長(zhǎng)CDS常用的EST數(shù)據(jù)庫(kù)【實(shí)例1】檢索最新的關(guān)于人類EST應(yīng)用的綜述性文獻(xiàn)。

/entrez/query.fcgi?db=PubMed【實(shí)例2】在dbEST數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索并保存有關(guān)雞（gallus

gallus）的EST序列。

【實(shí)例3】查詢?cè)谌说哪X組織中表達(dá)的UniGene http:///entrez/query.fcgi?db=unigene

EST信息檢索與常用數(shù)據(jù)庫(kù)實(shí)踐回顧Theend！Publication文件

【實(shí)例】：

TYPE:Pub MEDUID:92347897 TITLE: ExpressedsequencetagsandchromosomallocalizationofcDNAclonesfromasubtractedretinalpigmentepitheliumlibrary AUTHORS:

Gieser,L.;Swaroop,A. JOURNAL:Genomics VOLUME:13 ISSUE:2 PAGES:873-6 YEAR:1992 STATUS:4 ||Publication文件項(xiàng)目名稱大寫，后面跟上“：”1表示文章沒有發(fā)表；2表示文章已被接收；3表示文章正在印刷中；4表示文章已經(jīng)發(fā)表

Library文件

【實(shí)例】：

TYPE:Lib NAME:RatLambdaZapExpressLibrary ORGANISM:Rattus

norvegicus STRAIN:Sprague-Dawley SEX:male STAGE:embryonicday17post-fertilization TISSUE:aorta CELL_TYPE:vascularsmoothmuscle DESCR: ||不能多于48個(gè)字符

Contact文件

【實(shí)例】：

TYPE:Cont NAME:SikelaJM FAX:3032707097 TEL:303270 EMAIL:tjs@ LAB:DepartmentofPharmacology INST:UniversityofColoradoHealthSciencesCenter ADDR:BoxC236,4200E.9thAve.,Denver,CO80262- 0236,USA ||EST文件【實(shí)例】：TYPE:ESTSTATUS:NewCONT_NAME:KerlavageAREST#:EST00001CLONE:HHC189SOURCE:ATCCSOURCE_INHOST:65128OTHER_EST:EST00093,EST000101CITATION:ComplementaryDNAsequencing:expressedsequencetagsandhumangenomeprojectSEQ_PRIMER:M13ForwardP_END:5'HIQUAL_START:1HIQUAL_STOP:285DNA_TYPE:cDNALIBRARY:Hippocampus,Stratagene(cat.#936205)PUBLIC:PUT_ID:Actin,gamma,skeletalCOMMENT:Thisisacommentaboutthesequence.Itmayspanseverallines.SEQUENCE:AATCAGCCTGCAAGCAAAAGATAGGAATATTCACCTACAGTGGGCACCTCCTTAAGAAGCTGATAGCTTGTTACACAGTAATTAGATTGAAGATAATGGACACGAAACATATTCCGGGATTAAACATTCTTGTCAAGAAAGGGGGAGAGAAGTCTGTTGTGCAAGTTTCAAAGAAAAAGGGTACCAGCAAAAGTGATAATGATTTGAGGATTTCTGTCTCTAATTGGAGGATGATTCTCATGTAAGGTTGTTAGGAAATGGCAAAGTATTGATGATTGTGTGCTATGTGATTGGTGCTAGATACTTTAACTGAGTATACGAGTGAAATACTTGAGACTCGTGTCACTT||EST序列的遞交“new”(表示是新的序列)或者“update”（表示對(duì)原有序列記錄的修改）

默認(rèn)為cDNA，可省略序列每行不能多于60個(gè)字符在更新EST記錄的時(shí)候，只有EST文件可以修改。與Publication文件中的TITLE內(nèi)容一致與Library文件中的NAME內(nèi)容一致與Contact文件中的NAME內(nèi)容一致Method文件【實(shí)例】 TYPE:Meth NAME:YAC/CEPHJMS ORGANISM:Homosapiens ABSOLUTE:n L1:plate L2:row L3:column L4:comment L5:comment L6:comment L7:comment DESCR: PCR-basedmappingof3'UT