動物遺傳分析

動物遺傳分析第1頁/共29頁2動物遺傳資源進口風險分析釋放和暴露評估

活動物

精液

胚胎第2頁/共29頁3釋放和暴露評估活動物對進口活動物作為遺傳材料情形，分組或年度采用三個表達式，以便估計所有進口動物試驗陰性，但至少有一個受感染的動物的條件概率。通常由于疾病流行率很低，診斷試驗不完善，以及要排除引進外來疾病后果可能昂貴的代價，要反復進行診斷試驗（M=2，3，4次試驗或更多）以便提高檢測到感染動物的概率。這些可以是相同診斷試驗的重復，也可以是不同試驗的組合。第3頁/共29頁4活動物對于大多數(shù)傳染病，一旦進口動物完成檢疫，暴露的可能就被理解為100％，除非是病媒傳染疾病、或進口的動物永久隔離、立即宰殺或送到動物園，則情況有所不同。成批進口時，要考慮分組進口符合進口國的需求，否則要考慮每年有多少動物要進口。

釋放和暴露評估第4頁/共29頁5活動物三個表達式中的第一個用于:共進口n個單個動物,每個都進行m次相同的診斷試驗,敏感性為s,特異性為t。我們假定每個單獨的動物i可能來自不同的群體，它的具體流行率為pi.因此所有試驗陰性中，至少有一個感染動物的概率是： (1)其中qi=(1-pi).這個表達式需要估計出口國或區(qū)動物流行率pi，及其診斷試驗的敏感性s,特異性t。釋放和暴露評估第5頁/共29頁6活動物流行率輸入：pi

=(1-qi)=感染流行率(Gamma(2,0.0000063))駝科動物的流行率等于出口國牛存欄中所估計的流行感染數(shù)。年度新感染畜群牛群數(shù)量畜群發(fā)病率199811,115,6508.96E-07199941,095,9603.65E-062000101,077,5609.28E-062001131,050,9101.24E-052002111,040,4011.06E-05200331,013,5702.96E-0620043989,4603.03E-0620054982,5104.07E-0620069971,4009.26E-0620077967,4407.24E-062008

平均

6.33E-06釋放和暴露評估第6頁/共29頁7活動物流行率輸入：釋放和暴露評估第7頁/共29頁8活動物敏感性輸入s=試驗的敏感性(Beta(27,10)試驗敏感性Beta分布參數(shù)基于對自然感染和人工感染的駝類應用結(jié)核菌素試驗進行檢測時,使用在腋窩下進行皮試的方法。這三項研究的資料表明，35只羊駝中的26只腋窩下進行皮試檢測陽性。統(tǒng)計學上該計算敏感性估計值0.74,95%置信度的區(qū)間0.56到0.87。釋放和暴露評估第8頁/共29頁9活動物敏感性投入進口荷蘭的羊駝診斷感染牛分枝桿菌后突然死亡。

同一地點的其他12只羊駝所到之處做的比較結(jié)核菌素皮膚試驗為陰性(Dinklaetal.1991)。前腿后面重復的皮膚試驗結(jié)果是10只動物中有2只呈陽性反應。ELISA試驗10只動物有7只為陽性。后來發(fā)現(xiàn)所有10只動物組織培養(yǎng)都感染了牛分枝桿菌(Stevens1990)。釋放和暴露評估第9頁/共29頁10活動物敏感性輸入在阿根廷所作的項目中評價在美洲駝（llamas）中使用結(jié)核菌素試驗（tuberculintest），24只駝吸入牛型結(jié)核菌感染，劑量通常感染牛所用的十分之一。其中4只死亡，有幾只用一種抗結(jié)核藥異煙肼（Isoniazid）進行治療。評價試驗是腋后、頸中部和耳皮層結(jié)核菌素試驗，用USDA和PAHO結(jié)核菌素PPD。頸中部和耳皮層試驗比腋后試驗容易測量。所有美洲駝對不同皮層試驗的反應≥5mm。(VanTiemetal.1995).釋放和暴露評估第10頁/共29頁11活動物敏感性輸入Stevens等(1996)做了一次研究，用牛分支桿菌試驗感染6只美洲駝，注射0.2ml牛結(jié)核菌素PPD后，腋下來測量皮層試驗反應。感染后(PI)80天，5只存活的中4只美洲駝對結(jié)核菌素試驗有反應(6只中有1只在感染后68天死亡)，在感染后（PI）142天，3只存活的中全部對結(jié)核菌素試驗產(chǎn)生反應(另2只在此次試驗前死亡)。釋放和暴露評估第11頁/共29頁12活動物t=試驗的特異性(最大值為1.0)m=試驗次數(shù)=2n=動物數(shù)量(50,100,200)如果3年大約有14次許可進口駝科動物297只，三年之內(nèi)進口的駝科動物分別為50，100和200。釋放和暴露評估第12頁/共29頁13活動物在許多情況下，動物以群來進口，每群在出口國來源于一個特定的畜群。這樣的話，上述的表達式需要被擴展和改進。假設動物來源國或地區(qū)的畜群流行率為ph,動物總數(shù)為n

，來自k

畜群:那么進口的動物是n=n1

+n2+...+nk

。

ni

是來自i畜群，其流行率為pa(i).

釋放和暴露評估第13頁/共29頁14活動物如果對所以動物進行同樣的試驗m

次，所有的試驗都是陰性的話，那么至少有一只動物為感染的可能性:

(2)這里qh=1-ph,qa(i)=1-pa(i),s

和t

分別是診斷試驗的敏感性和特異性。釋放和暴露評估第14頁/共29頁15活動物因此，表達式(2)要求評估出口國或區(qū)的畜群和畜群內(nèi)部流行率，診斷試驗的敏感性和特異性,每群動物的數(shù)量,選擇并被進口的每年或動物群的數(shù)量。釋放和暴露評估第15頁/共29頁16活動物更普遍的情況是，不是相同的試驗進行m

次,而是對每個動物用不同的m次診斷試驗。在這種情況下，假設第j次診斷試驗，其敏感性和特異性分別為sj

和

tj,，如果其他量和表達式(2)中完全一致,

如果所以的檢測結(jié)果是陰性，那么至少有一只感染動物的可能性是： (3)在此三個模式中,分析的單位是個體動物。釋放和暴露評估第16頁/共29頁17精液此模型表達采集自人工受精中心的公豬的豬精液的進口，所關(guān)注的可能性是每年精液批中至少有一批感染。分析的單位是精液批為單位。釋放和暴露評估第17頁/共29頁18精液 (4)在此ph=(1-qh)是人工受精中心的感染流行率,pa=(1-qa)是動物感染流行率,k

代表每年精液的批數(shù),n代表每個受精中心供精動物的數(shù)量,m代表每批精液供精的受精中心的數(shù)量，P(I≥1)是每年進口至少一批感染精液的概率。釋放和暴露評估第18頁/共29頁19釋放評估情景樹開始于進口潛伏感染古典豬瘟(CSF)病毒的公豬精液事件公式里：ph=(1-qh)=受精中心感染流行率pa=(1-qa)=動物感染流行率k=每年精液進口批次n=每個受精中心供精的動物數(shù)量m=提供每批精液的受精中心的數(shù)量I=感染的精液批次數(shù)P(I

1)=每年至少進口一批感染精液的概率

0=每年進口的精液批數(shù)

(k)來源于

m

受精中心并由n

供體動物提供

0

0=最初的頻率=支點f1-f2=模型輸入S1-S3=風險情景X=最終狀態(tài)(1-f1)f1感染受精中心或中心的流行率為phXS1(1-f2)f2感染供體動物或供體動物流行率paXS2XS3模型釋放和暴露評估第19頁/共29頁精液發(fā)病率（Incidence）-由Beta分布表示在CSF零爆發(fā)的27個批準的精液中心的發(fā)病率。在沒有被檢測感染期間-從感染到被檢測到的天數(shù)的BetaPert分布。此分布參數(shù)最小值是7天，一般參數(shù)值是10天，最大值是21天。此參數(shù)值是通過該區(qū)域CSF監(jiān)測和保護區(qū)之外的地區(qū)暴發(fā)CSF的次數(shù)獲得。20釋放和暴露評估第20頁/共29頁精液ph–所得到的畜群或精液中心CSF感染的流行率是精液中心CSF感染率和沒有被檢測期間的天數(shù)的乘積。結(jié)果的分布用0.0024上限去頂。這個值代表99.9%的似然函數(shù)的畜群流行率上限，是以27個無CSF的精液中心3年的觀測為基礎(chǔ)。ph

通過濾除計算模似并用0.0024值作為最大流行率去頂。pa–畜群之內(nèi)的流行率用BetaPert分布表示，參數(shù)值最小5%,一般是15%，最大值是40%.21釋放和暴露評估第21頁/共29頁22釋放和暴露評估精液第22頁/共29頁23釋放和暴露評估精液第23頁/共29頁精液n–每個精液中心采集的公豬數(shù)量，以10為單位。m–每批精液中每個精液中心提供的數(shù)量，以1為單位。k–每年精液批數(shù)，以10為單位。24釋放和暴露評估第24頁/共29頁25胚胎進口豬胚胎所用模型如下表示(表達式5)。情景樹代表從感染特定病原的畜群的豬精液的采集和進口(f1),畜群沒有被檢測到感染(1-f2),胚胎供體豬感染(f3),胚胎供體豬沒有被檢測到感染

(1-f4),the供體胚胎透明帶（zonapellucida）完整(f5)或不完整(1-f5),在供體胚胎加工過程中沒有滅活病原(1-f6)和(1-f7).釋放和暴露評估第25頁/共29頁26(1-f1)f1(1-f2)f2(1-f3)f3

0(1-f7)f7(1-f6)f6(1-f5)f5XS1XS2XS3XS4XS5XS6XS7XS8被感染的畜群或畜群流行率ph發(fā)現(xiàn)的畜群感染(1-f4)f4胚胎供體動物被感染發(fā)現(xiàn)動物被感染Zonapelucida完整CSF病毒被滅活

0=豬胚胎數(shù)量(m),

來源n

動物數(shù)量來源于k

畜群

0=最初頻率=枝點f1-f7=模型輸入S1-S8=風險情景X=最終狀態(tài)釋放評估情景樹來源于進口潛伏感染古典豬瘟(CSF)病毒事件-描述所關(guān)注的S5

和S7情景路徑釋放和暴露評估胚胎第26頁/共29頁27胚胎 (5)這里k來源畜群的數(shù)量，n代表供胚胎的供體動物的數(shù)量，m每個供體