一步一步教你使用-NCBI-查找DNA

#/19EntrezGeneUNCB1匚1:JLGint4rleukFn6|inferFeron.beu2)[Wofno"#業(yè)EntrezGeneUNCB1匚1:JLGint4rleukFn6|inferFeron.beu2)[Wofno"#業(yè)5居]小口仃地：弱的Summjiryupddted1￡Jul'2007OfficidJlSymbolIL6 hvHG￡f￡OMciaIfullhdkii-cinterleukin6-Jinterferonrbeta2；prn-wiJetfM-GN-Primarv^oufcpJ4G.NC^60iftSeerekrt葡E毋mbl;EHSSOQQM詡型科:tIEBEiiCSZD；MlW;L47fZ。GeiwtypeproteincodingAefSeq與tzhi*PravisionaIorganismhmbadiuLineageFuterypCff；Metasw750皿0；CrgniscajVertebrata;Suteleostomi;Mamrn^ha-;

futfWJTtf；Hitgregm四Fres;Pnmqfg;MmptojThirri;Qgtarrtii^r;H^min曲w;Mini口Al(oknownacHCF;HSF;BSF2：IL-6;IFM02頁面的下半部分，即可以獲取mRNA和蛋白序列的部分:NCBI Sfrqu^nces(RefSeqJTr-'---f?&rym;圖--■--0■,t：r.i&tmrl<'4?-.■"idnriil-.,aF：?.：ncmtitupeEndH中mR/iJlandProtei/ift)kKM打im】匕力tJ.。一L.iInterleukin6(lnt?d?rwi,beta工)€nurcftsequence(k) MCanunBuiCHS UD5Sm」CO-nicrvcdE>?mAHikt(Oaummjiry工總，總UHMI仃-±1*ILtIHtd<lauk>n-0工總，總UHMI仃-±1*ndan^-rtrrnUU(ingftttvC-UFiandcvalGrT10mMy0山愕衿farter(HOF),tL-6H*1■?%of*1B-caEIJti^ulat9fvfMter2.RefSeqsofAnnotjitedGenomes:Build963Th&ftbUdwin^f^ctio-nnEMn*力『或啞竹颯慎沁冷色qu日出總方出斑b@4白西fa卓.由加匚中曲1n=6E=>frAm舊. 里口Re1erenc?AssemblyGmwnlcf*C_000007.12ReferenceO5?eniblyK^nV?3173J3?..2i7$fli4±□q.rd3ad-unEar:K6T」KT_Ofl7619.1(1H葡皿5525-57TS-335605J4DownloadG而口甘nkFAST,找到“NCBIReferenceSequences(RefSeq)”，它分為幾個板塊，第一個“mRNAandProtein”區(qū)可以讓我們找到連續(xù)的編碼mRNA序列和蛋白序列。在mRNAandProtein下面有兩個序列代碼(中間劃有一個箭頭)，這代表了mRNA序列和蛋白序列。分別點擊就可以得到相應的序列頁面。點擊后如圖所示，mRNA序列：ORIGIN1CZCUflCCCtC61cgazutc：121tggtgrtace：151cc^ccc-eaca241ORIGIN1CZCUflCCCtC61cgazutc：121tggtgrtace：151cc^ccc-eaca241七亡之七eqdcq審301gcagca-aaga.361qHTLqct—專ElGcagegctgt511a^ctagAtg^G：€01agge^eagaa.￡€1&qzzeczQe&721721gztgt-c-ctct￡91 筋e看4口工口3卡口斗gtgq。S61七qcmq七七七g41C21Ee*a*riaaL10G2EgLar*AftCffgagcccaccccctctccacat.gct5ct?tt.cfiAaacMgcciat*ut：七亡aq亡亡ggcaccggcag7wa?acct;agsagatgagtaataaccaccCtecaoee^g^g5eattec^acgqagaact培博ntotgauatGCttitg^gcLaacEcaguEEEEtzacqg⑥氐eg總理母Geqcgccttccccr-5ccccagCtCflCCtCtt：士tqbqa也力。白ga-aa&c&Accaaw^e^ga^aqaqq事qbggeceaaagtcccctfjacccaacmqqatm亡qaaacf-ffctertetet^er^gts也占aag匚m匚ga%q總mgwEq營答看ttt口m匯茍GEGdq也jgg^acetar-ruc心建總匚總顯生匚gqagaa<jc-Cua(jtccagttflccsceccca-ggSBgaAc^&atAqaeEgaaccrt-ccG1rstqqtaGdOU3qmtttQatccigtt;ccacaaa^gccaac^ea^ccGaea￡aTataA^aA&co^^tgcgcr^g^ecagarca^LGCAEEETAA4aLCtCffCCCCCcttctccc^agitagacccct^Ac=a&ACa&tii'ja5zaAea&&gazQgcEQ-e-ftaa^ca^c二c=Gtgcagaaaca.?ccCgcCg(?i.ECC^QCQCffCft^QCQCidce&oc^Qcaa.etaccciLaaId培qts/tot口t才鼻t3口Kqg匚t■手守日aaqt;。ELLaEiLCqrtALUC母qq昌qccu*.fftjgcrjctccaa4g-atgtaqatteggtaciat^t^tiJAAAgaAd-aa^aug3Kqqg-，Qa4g4acda.?aa5gcaaa.CiacQJs-agaLjcmqicc工匚a占仃(j亡七亡冬中白：工今匚亡&qaa二utattEaTEittaaLaQQGtodGG^ScLia.//蛋門序列如F：ORIGIN161121xftlmnsfausafgIdqiflfllrkft△工9號M工程\J1仃aqtiqulq由ntpvafslgllltcnksETacesn.rftise&a&k*vlpaafpftpvSkCAl左心匚口1vAvqaa匚kvl土工4331￡區(qū)工工ppgedskdvanlpkrcaekdciqfltjkkAknqntaphrqplEss

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IdartcpdpnezidkqiryLclvk-iicg-llrnajllLlclqNCBIReferenceSequences(RefSeq)的第二個板塊是Referenceassembly,它下面顯示的是Genomic，點擊Genomic下面Referenceassembly對應的Genbank或FASTA即可出現(xiàn)編碼的DNA序列(注意：只是編碼序列，其中包括內(nèi)含子，但一般沒有5’非編碼區(qū))。一步就不做貼圖演示了吧，呵呵。這樣我們就可以找到基因的cDNA序列、連續(xù)的編碼mRNA序列、蛋白序列以及含有內(nèi)含子的編碼DNA序列了。相信這些操作對很多戰(zhàn)友還是有用的。如果大家有更好的方法，歡迎發(fā)帖交流！友情提示：在NCBI里打開的每一個頁面都會給我們提供大量的信息，大家不妨好好看看，可能會有令我們驚喜的收獲！最后嘮叨一句：最近我實驗比較忙，只能在深夜發(fā)帖，可能要過幾天再發(fā)第三部分［Partthree運用STS查找已經(jīng)公布的引物序列］，希望“期待下集”的朋友可以理解。第三部分運用STS查找已經(jīng)公布的引物序列STS,序列標簽位點(SequenceTaggedSite)：一段短的DNA序列(200—500個堿基對)，這種序列在染色體上只出現(xiàn)一次，其位置和堿基順序都是已知的。在PCR反應中可以檢測處STS來，STS適宜于作為人類基因組的一種地標，據(jù)此可以判定DNA的方向和特定序列的相對位置。以上內(nèi)容基本是STS的定義，我主張活學活用，下面就介紹一下我個人用STS數(shù)據(jù)庫查找引物的一點經(jīng)驗。還是使用人的IL6基因為例，呵呵.打開NCBI主頁，在Search后面的下拉菜單選擇UniSTS,在FOR后面填寫目的基因。操作完畢如圖所示2NCBINoljuixdDim11ulcs illtiNjlkEiudUhnnyorMcdicrK點擊GO以后附現(xiàn)以下反而,NCBI忤Uni5TsInbsgr■dUngMarl^&rsandhiaps鼻腳E1§皿由JmSTS5?fL6叵代嬴1Sfbt法Limns——1—1Psr&vlew/lnde^Hisiorycgmrei口MISuouiEiftnDuplay沏"Shmr|20*13軻dit}*1Enbez.UnlST￡M\t□1;□2i□3;□北□St弭Napped13OMIIV1Cln_oefie.z：洞n_SdF3［窗N函□uery如后&ibEEflmapFTPSTISRelatMtsitesC-PCR阪口vumerdniCwiSOfrSKFCDfiWaRGDRhkdbZFMGenorriKoioiogyBoa由打,It￡rrs1-2Drf仁喳霹珈詈 1U的苫密;mj cku?DC5ome?,kcus艮。Fan 玲Wes chrcmasomtT,locusIL6Fouridby-？-PCR加wqiifflw*5fi"沏Hwao5^^的aidPsn ^L—.網(wǎng)二， 1L6-_315J.Zifora?Dsapig悔 cIiicmdoSOTie T.IocimIL6JPenitnsgiodyt^ chromo我也眈 7,locusIL6FcwidbyeECRMsewerwr的firmHotno支印記硒andPantroghdnrtes.七⑥一號上州田 D752743Hoe口sapiff^ir chrDmo-sonif T(lonisTL6mtJfffia 九］qco5IL6Fm】ip?噂原t ^iirraMiomeT.IfituiIL6Foundbyc-PCR山ircpojtMtEfromHomoMjrcnsardPantro^kkhlT富5ST迎KE ntC35l5fll8P2:4mlmnje或m chroono-jornf5.locusT15Foundbyc-PCRinscq5icfKnGwMusULLnahisaodRottusEKncgicua.—TEVSO PMC10SJ517P13/uff朋w士ulw chromasome5,locusU6這是你會發(fā)現(xiàn)NCBI又提供了很多序列，下面我們還是要初步篩選我們需要的序列。.根據(jù)物種、目的引物所在染色體的位置等選擇相應序列（可能不只一個），點擊。下面以點擊第一個進入的畫面為例。aNCBIUniSTSrrit>eqratingMarkersandLrrtk^EntrezUniSTSHelpQueiyt惟SubmitSubffkltmapFTPsite瑞瑞？I崛JniSTS-55J57IL6aNCBIUniSTSrrit>eqratingMarkersandLrrtk^EntrezUniSTSHelpQueiyt惟SubmitSubffkltmapFTPsite瑞瑞？I崛JniSTS-55J57IL6errw/q曰Zcnromosoneilocusit&匚：「，.cc-ctiyTBschrwnosonie1lotusIL8Foundbye-PCRinsequencesfnom押口用q中式士andF」：Fe?eRelatedsitese-PCRMapVlc-werGen-eU聞的0。匕郤a⑥nMmp.勺*RHdbGDB■G口ZF1MPrimerInformationFarwaraprimerReverseprimerPCRproductsizeGun日自吐向esM心力MomosapiensNam?:Alsoknownas:TMJumTAGCtxrrecAGrr247(bp),Homosap-e.nsG31C7SIL6SWSS12E2CrossR&fertncesGeneSewTaurusGmn82ENGeneSewTaurusGmn82EN四峙口營門叩ferlQGtneiDsymbolDescriptior.Fasrtlan湖HIL6interleukrn6(iMerferor.Em21你會發(fā)現(xiàn)這個頁面直接就給出了引物序列，PCR之后的片段長度也是給了的（247bp）下面還有很多相關的信息…….點擊GeneBankAccession后面的代碼，進入下一個頁面。PHwerA；STgCAAAMgGAGT亡在aPrzni-rB:T-TkSCTTCCA2TTST3 247F二aPraiiie;Fkw9立；Q1號號工目片吊COtCQ加「二天母⑺I>ena.■curat工on:B2iesgreesCfor1.00raxilute4m)izir!iE3.1ingiGGd-feqxeesCfdzr2.00B±IL=七Gy1PQlJrWIlS&LLOn：tzaegxeescforZ.ODnumiiTe(s)F'RUyCn;35ThermalCycler:EerjritiEJLraarIEProtocol;Template：30-10CgJrimer:eacti1UHcLNJPm:已百片90直MTatqPol^ToerBLse:□-OSisnita/nlTarai3LilByffes-zMgCLi：2』型ZC1S50SkMTris-HCl:10國P苜：a^3This￡T3?ia.sbeeniKsrrparated1■立士口已上eM且工eh=rrr.nBiM七pfa^sxcalmap,buzv&sdevelopedcya.ncEherinvest-l7Acar.SeeEn5dnk7ecQK-di￥00031ForddditiQ-nslinlonaa^xeaabauttheHUGUIchr□fmc-aoils，nsppz-n^xa^ectsee&Cti口！J -BiiflfJ..RLh.型9/■□工B7=STB/U1￡H?. AJ.s□seeGetazfci=aLl:5^n--&4(L99J)；MlIID-32LZ393^'.?。∏昂笠锒汲尸F(xiàn)在眼前了，還有反應體系和反應條件！其中PrimerA是前引物序列，PrimerB則是后引物序列，并且給出了他們在DNA序列中的位置。有興趣的朋友可以在序列中找一下，是可以找到的，不過要注意，PCR是雙鏈擴增，在序列中可以直接找到的是PrimerA的原序列和PrimerB的互補序列。在步驟二里面我只點開了一個序列，繼續(xù)打開其他的可能還會有對自己有用的引物，不過這要你自己慢慢發(fā)掘了。這種尋找引物的方法有點投機取巧的味道，實用程度不是很高，但如果這里面恰好有你想P的片段的話，恭喜你，這些引物都是很成熟的引物，可以直接拿過來使用了。如果想尋找引物，大家可以查閱相關論文，已經(jīng)報道的引物我們?yōu)槭裁床挥媚?？！既省時間，可靠性又強。如果這兩種方法都不能找到你需要的引物的話，那就自己設計吧，建議使用Primer5和Oligo。引物設計的詳細內(nèi)容我在這里就不多說了，推薦兩個帖子給大家看一下，第一個是本版版主liuzeyi2002發(fā)起的，內(nèi)容很豐富，很值得學習，另一個則是我發(fā)的。第四部分如何運用BLAST進行序列比對、檢驗引物特異性提到序列比對，絕大多數(shù)戰(zhàn)友都會想到BLAST,但BLAST的使用確實又是一個很大的難題，因為他的功能比較強悍，里面涉及到的知識比較多，而且比對結束后輸出的結果參數(shù)（指標）又很多。如果把BLAST的使用詳細的都講出來，我想我發(fā)帖發(fā)到明天也發(fā)不完，更何況我自己也不是完全懂得BLAST的使用。所以我在這里也就“畫龍點睛”一一以比對核酸序列為例來給大家介紹一下BLAST的使用，也算是BLAST的入門課程吧。請看帖的戰(zhàn)友好好體會，如果你用心看，在看帖完畢之后BLAST的基本使用（包括其他序列的比對）應該沒有問題To1.打開BLAST頁面，打開后如圖所示：，此孑BLASTHeimQLA5-Tfinds-rsglona-?l/rnllndiybeHv-eenblologiiicalse]?第口mmabouth口陽Ioubf考msBLASTdesignBLAST GenomesCh和31曄?的genometoas帕勺h,grM零mt勺七n皿吶h ASTmai單卜通器《品aHurm占h口AW」一°里口 F削"1拽°rericD?雙倒何陽任印時°MticroJbgs°溝口可m回/日舊BasteBLASTChoosesBLASTprogramhorunbl用事S咱京Mhanu曰gntiHudataba^rising3nu七目qua7Afg帥由mg ms^gsblasLGist口楣哂uuubmeg三切器口prptBimibl<isiSeaFchpiot-Bliidatabaseunrig己praiftln.出嗣打Me白'hljiUp眄七白凱phi-hlK3Searchprateindatabaa-^RjsinpmtnaesJihEcdnucleatldequer\LbWsUl§號前ch林日gkrrednycEearide^artabs^seusingaproteinqugrythiA#riFiriififriitrAMlntrfarlimtrlK門lliip 定en^innairnni?lar^d 川懵ru對上面這個頁面進行一下必要的介紹：BLAST的這個頁面主體部分（左面）包括了三部分：BLASTAssembledGenomes、BasicBLAST、SpecializedBLAST。相信大家可以看懂這三個短語的意思，我就不多說了；我要說的是，可以認為這是三種序列比對的方法，或者說是BLAST的三條途徑。第一部分BLASTAssembledGenomes就是讓你選擇你要比對的物種，點擊相應物種之后即可進入比對頁面。第二部分BasicBLAST包含了5個常用的BLAST,每一個都附有簡短的介紹。第三部分SpecializedBLAST是一些特殊目的的BLAST,如IgBLAST,SNP等等，這個時候你就需要在SpecializedBLAST部分做出適當?shù)倪x擇了?？傊?，這是一個導航頁面，它的目的是讓你根據(jù)自己的比對目的選擇相應的BLAST途徑。下面以最基本的核酸序列比對來談一下BLAST的使用，期間我也會含沙射影的說一下其他序列比對的方法。.點擊BasicBLAST部分的nucleotideblast鏈接到一個新的頁面。打開后如圖所示：FfllciflCKE-sioraairiimkor!gije*fFA3T4坤FronnFfllciflCKE-sioraairiimkor!gije*fFA3T4坤Fronn「■胸…〕Or.uploadfile「■胸…〕JobTkieCncxsee：SesrctiSirOfiiahsw■t&Hjuftiaftgan&TTEK；*|「即工甲, +l.ns5KB'QM曰s>{rM-1：U)Hu冊*flprMm■亡pJuiirM^ript 7Frriici,Unmr/OpfrlffUlEnhranErg即用廳物ImriTfl日「口iProgrnn'SelectionOptirriFzdtor,&Highlysnnilarl司u而匚七二(t1笆山=丸］；『Maredi&^imildfsequencesIdiscQfitiguikJ&niegut4a5lIOScmcvihar?irnilar日網(wǎng)副石腌^Hastn)□hg#aQlA^TdJgarllTirhBLASI)SMrahH酒3忸ass「酊器(1門加第呼CQ&WHgfiuMnndrnfiusmgiMpgiihlaii(ClplimijB廂rhinhly"iimHar附1］何門6Ml□耨中中葉屯州?In?蚓附BLASI)

介紹一下上述頁面：EnterQuerySequence部分是讓我們輸入序列的，你可以直接把序列粘貼進去，也可以上傳序列,還可以選擇你要比對的序列的范圍（留空就代表要比對你要輸入的整個序列）。JobTitle部分還可以為本次工作命一個名字。ChooseSearchSet部分是讓我們選擇要與目的序列比對的物種或序列種類（genomeDNA、mRNA等等）。如果是人或老鼠的話，就可以直接選擇了如果是其他物種就要選擇“others”了，這時候網(wǎng)頁會主動跳出一個下拉對話框和一個輸入式對話框，你可以分別選擇和輸入要跟你的序列比對的序列種類和物種。下面的EntrezQuery可以對比對結果進行適當?shù)南拗啤rogramSelection部分其實是讓我們選擇本次比對的精確度，種內(nèi)種間等等。在BLAST按鈕下面有一個"Algorithmparametersv,這是參數(shù)設置選項，一般用戶使用不到此項，所以它比較隱蔽，點擊，原網(wǎng)頁下方即可增加了Algorithmparameters的內(nèi)容。大部分戰(zhàn)友都用不到更改這里面的選項，我也不多說了，有興趣的朋友可以自己研究一下。.依次填寫上述網(wǎng)頁必須部分，點擊BLAST按鈕后，出現(xiàn)如下界面（只截取其中一部分）：5口護produce口@fl-atpiifidut&LL口nEKEtifljL>Ccujuia用置Liim工工：?.1郭門中；；ifljL>Ccujuia用置Liim工工：?.1郭門中；；k*】帽T01■盲生7=;苜MR弓丁1HT口必工5*TW反訂“二ME口睦其上」HBmi9urnvniEhrnmeiHiTi? Bsrhq,^rprina?eiiiM,。燈ma