單細胞懸液制備儀在皮膚單細胞懸液制備及測序過程中的應(yīng)用

———單細胞懸液制備儀在皮膚單細胞懸液制備及測序過程中的應(yīng)用

作為哺乳動物最大的器官，皮膚是動物與外界環(huán)境間最主要的物理屏障；由于生活習(xí)性和所處的外界環(huán)境不同，皮膚的功能和表面的微生物組成等都會發(fā)生變化。同時，皮膚又是獨特的免疫器官，在維持穩(wěn)態(tài)和抵抗各種病理條件時，發(fā)揮獨特的免疫功能。皮膚組織內(nèi)包含如朗格漢斯細胞、巨噬細胞、樹突細胞等多種免疫細胞。在單細胞測序應(yīng)用領(lǐng)域，研究者往往需要對皮膚組織內(nèi)的不同細胞亞群進行分類，并在不同疾病模型下定位靶細胞，同時在進行腫瘤類研究時（如黑色素瘤和鱗狀細胞癌等）也需要對腫瘤亞型及細胞的識別。

只有制備高質(zhì)量的單細胞懸液才能保證下游實驗的順利進行，但是常規(guī)手工解離皮膚組織，不但費時，且獲得的細胞懸液碎片高，產(chǎn)量低，同時還易結(jié)團，細胞活性差，嚴(yán)重影響下游研究的開展，如單細胞測序。因此在進行皮膚組織單細胞懸液制備時，需要更加簡單快捷的方法，在提高實驗效率同時，又能保證實驗樣本的質(zhì)量。

瑞沃德單細胞懸液制備儀，通過組織處理管機械剪切，配合酶解試劑盒和內(nèi)置的處理程序及溫控系統(tǒng)，只需將樣本放入，設(shè)好程序，即可輕松獲得高質(zhì)量皮膚單細胞懸液，獲得的細胞可直接用于后續(xù)實驗，如單細胞測序、原代細胞培養(yǎng)、細胞分選等。

有了高質(zhì)量的單細胞懸液后，高效穩(wěn)定且高性價比的單細胞測序平臺將保障下游實驗結(jié)果的質(zhì)量與大規(guī)模應(yīng)用的可能。達普生物Galaxy單細胞建庫平臺基于專利的微流控油包水單細胞包裹技術(shù)與微球編碼配套技術(shù)，可快速實現(xiàn)1-4樣本的單細胞測序文庫構(gòu)建。經(jīng)過生信分析軟件StarScope處理后，表達矩陣結(jié)果兼容幾乎所有下游生信分析軟件，輕松得到單細胞測序?qū)嶒灁?shù)據(jù)。

下面為大家展示一下，瑞沃德單細胞懸液制備儀和達普生物單細胞建庫平臺無縫對接的樣本制備與單細胞建庫測序結(jié)果。

單細胞懸液制備

樣本：小鼠耳部皮膚、背部皮膚。

制備方法：

1.試劑準(zhǔn)備

使用試劑盒中配套的Buffer將酶A、B、C分別充分溶解。

2.樣本準(zhǔn)備

將剪下的小鼠背部皮膚置于冷PBS緩沖液中，用手術(shù)剪或手術(shù)刀的閉合圓邊尖端分離皮膚樣本后清洗3遍；耳部皮膚去除無毛部分，用鑷子將背腹側(cè)分開，用鑷子輕輕刮耳朵內(nèi)側(cè)，去除殘留軟骨，然后將皮膚切成約1cm2的組織塊。

圖1.小鼠背部皮膚處理

圖2.小鼠耳部皮膚處理3.程序處理

將組織塊和酶mix放入組織處理管，安裝加熱套，運行加熱程序"M_Skin_Heater_1'。

4.單細胞懸液收集

程序運行結(jié)束后，用潤濕后的40m細胞濾器過濾細胞懸液樣本，50mL離心管收集細胞懸液，500g離心8min，徹底棄掉上清后，用適當(dāng)緩沖液重懸后用于單細胞測序、流式細胞術(shù)或原代細胞培養(yǎng)等。

實驗結(jié)果圖3.耳部皮膚

圖4.背部皮膚

單細胞測序結(jié)果

達普生物先對上述懸液進行成像質(zhì)檢，并選取背部皮膚組織單細胞懸液，用其自主研發(fā)的Galaxy單細胞建庫平臺及配套的轉(zhuǎn)錄組試劑盒進行單細胞建庫測序。

測序結(jié)果

1）達普StarScope軟件分析結(jié)果：

2）UMAP聚類分析：

與發(fā)表文獻對比，所有細胞類群能夠mapping，比例高度相似，并且線粒體基因百分較低，證實利用達普Galaxy對皮膚組織樣本單細胞轉(zhuǎn)錄組測序的可行性及瑞沃德單細胞懸液制備儀解離的皮膚組織樣本可直接對接達普Galaxy單細胞建庫系統(tǒng)。圖5.UMAP圖

圖6.Reference：ASingleCellTranscriptomicAtlasCharacterizesAgingTissuesintheMouse

以上單細胞轉(zhuǎn)錄測序結(jié)果顯示：通過瑞沃德自動單細胞懸液制備系統(tǒng)制備的皮膚組織樣本可以直接用于達普Galaxy單細胞建庫平臺，不但縮短樣本懸液制備時間，同時高質(zhì)量的懸液質(zhì)量，減少了單細胞建庫過程中樣本優(yōu)化及減少一些碎片對反轉(zhuǎn)錄的影響，保證了建庫質(zhì)量，整體上縮