疾病基因組學(xué)專家講座

疾病基因組學(xué)研究進展

Genetics&GenomicsofHumanDiseases

夏昆醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)研究進展疾病基因組學(xué)第1頁疾病基因組學(xué)內(nèi)含疾病基因組學(xué)策略和技術(shù)疾病基因組學(xué)研究進展與應(yīng)用疾病基因組學(xué)第2頁一、疾病基因組學(xué)內(nèi)含

疾病基因組學(xué)第3頁人類疾病分類染色體?。喝旧w數(shù)目或結(jié)構(gòu)異常所致疾病稱為染色體病。單基因病：因為單個基因突變而引發(fā)遺傳病。因為單基因病發(fā)生基本上受一對等位基因控制，故又稱孟德爾遺傳病。多基因病：受多個微效基因和環(huán)境原因共同影響疾病，又稱多因子病或復(fù)雜疾病。人類遺傳性疾病線粒體遺傳?。壕€粒體DNA突變能夠引發(fā)人類疾病。取得性疾?。ú粫z傳）疾病基因組學(xué)第4頁Duchenne肌營養(yǎng)不良癥（假性肌肥大型）白化病患者單基因病染色體病唇裂與腭裂多基因病疾病基因組學(xué)第5頁JohnForbesNash——著名數(shù)學(xué)家；1994年諾貝爾經(jīng)濟學(xué)獎得主；博弈論創(chuàng)始人之一凡高和他向日葵疾病基因組學(xué)第6頁疾病基因組學(xué)第7頁疾病基因組學(xué)第8頁遺傳學(xué)研究三大里程碑1953年發(fā)覺DNA雙螺旋年完成HGP計劃年開啟國際人類單體型圖計劃

認識人類疾病遺傳學(xué)基礎(chǔ)成為可能疾病基因組學(xué)第9頁人類基因組由30多億個堿基對組成，負責(zé)儲存人類全部遺傳信息。

HGPprojectistodeterminethesequencesofthe3billionchemicalbasepairsthatmakeuphumanDNA.遺傳圖譜物理圖譜序列圖譜基因圖譜GeneticMapPhysicalMapDNASequenceGeneIdentification

解讀人類遺傳信息Touncodethegeneticinformationofhuman......HGP計劃內(nèi)容疾病基因組學(xué)第10頁國際人類基因組單體型圖計劃(HapMapProject)11

人類基因組99.9%相同，個體間差異只有0.1%。Thereare0.1%differentbetweentwoindividuals.單體型圖計劃為研究復(fù)雜疾病易感基因提供了公共突變數(shù)據(jù)庫。TheHapMapprojectestabllishahumancommongeneticvariantsdatabasesforgeneticstudiesofcomplexdisease.

尋找人群中遺傳差異Toidentifygeneticdifferencesinpopulation...HapMapPhaseI:1.3Mmarkersin269peopleHapMapPhaseII:+2.8Mmarkersin270people疾病基因組學(xué)第11頁疾病基因組學(xué)：在全基因組水平，判定與疾病相關(guān)、造成基因編碼產(chǎn)物結(jié)構(gòu)、數(shù)量、活性等改變基因序列變異或修飾改變、及其致病機理研究?；蚪Y(jié)構(gòu)改變、表觀遺傳學(xué)改變、……疾病基因組學(xué)第12頁Cytogenetics細胞遺傳學(xué)DNASequenceDNA序列基因結(jié)構(gòu)改變——遺傳變異：單個堿基變異——點突變、單核苷酸多態(tài)性(SNPs)Singlebase-pairchanges–pointmutations、SNPs(SingleNucleotidePolymorphisms:3Mbdiff.betweenanytwogenomes;0.1%)小片段插入/缺失——移框突變，微衛(wèi)星...Smallinsertions/deletions—frameshift,microsatellite,minisatellite...Mobileelements—retroelementinsertions(300bp-10kb)較大片段基因組變異（重復(fù)、缺失、擴增）Large-scalegenomicvariation/DeletionsandAmplifications(>10kb)基因組拷貝數(shù)變異(CNVs)SegmentalDuplications/deletions//CNVs(CopyNumberVariation,Upto15Mbdiff.betweenanytwogenomes,3%)染色體變異——易位、倒位、融合基因...Chromosomalvariation—translocations、inversions、fusions...疾病基因組學(xué)第13頁基因組拷貝數(shù)變異

(CopyNumberVariations,CNVs)14

——基因拷貝數(shù)變異(CopyNumberVriations)是指在人類基因組中廣泛存在，從1000bp堿基對到數(shù)百萬bp范圍內(nèi)缺失、插入、重復(fù)和復(fù)雜多位點變異。

——拷貝數(shù)變異”(CNVs)和“單核苷酸多態(tài)性”(SNPs)是人類表型變異兩個主要潛在起源?！驹囼炇以趦和陋毎Y（Autism）研究中發(fā)覺一例CNVs變異?！猂edonetal.Nature疾病基因組學(xué)第14頁拷貝數(shù)變異在人類基因組中廣泛存在——CopyNumberVariations(CNVs)areubiquitousinthehumangenomeSurprisingly！CopyNumberVariationsaffects12percentofthegenome!——muchmorethansuspected!

270個個體Examining270individuals;共發(fā)覺1,447個拷貝數(shù)變異Atotalof1,447copynumbervariableregions；占人類基因組12%Encompass360megabases,12%ofthegenome).——Redonetal.Nature疾病基因組學(xué)第15頁表觀遺傳學(xué)(Epigenetics)

16表觀遺傳學(xué)改變——指在細胞核DNA序列沒有改變情況下，基因功效發(fā)生可逆、可遺傳改變。DNA甲基化（Methylation）：在成熟體細胞中，DNA甲基化修飾普通發(fā)生于CpG雙核苷酸；大約1%DNA受到了甲基化調(diào)控；是一個表觀遺傳學(xué)機制，能在不改變DNA序列前提下改變遺傳表型。組蛋白修飾：組蛋白對特定氨基酸修飾，經(jīng)過蛋白質(zhì)和染色質(zhì)相互作用改變?nèi)旧|(zhì)結(jié)構(gòu)（稱為染色質(zhì)構(gòu)型重塑），調(diào)控基因表示。非編碼RNA（microRNAs）；一個長約21～23個核苷酸非編碼RNA分子，能夠經(jīng)過結(jié)合到mRNA調(diào)整其它基因表示。疾病基因組學(xué)第16頁遺傳變異造成疾病機制蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)改變蛋白質(zhì)活性改變劑量效應(yīng)融合蛋白形成……疾病基因組學(xué)第17頁1.基因選擇性轉(zhuǎn)錄表示調(diào)控DNA甲基化、基因組印跡、染色體重塑...2.基因轉(zhuǎn)錄后調(diào)控1)非編碼RNA:2)MicroRNA3)Antisense4)......3.蛋白質(zhì)翻譯后修飾1)組蛋白甲基化和乙?；猄tatic2)組蛋白其它修飾——Dynamic3)非組蛋白共價修飾表觀遺傳原因造成疾病機制疾病基因組學(xué)第18頁DNA甲基化是最早發(fā)覺修飾之一，能引發(fā)染色質(zhì)結(jié)構(gòu)、DNA構(gòu)象、DNA穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)相互作用方式改變，從而控制基因表示。E.g：DNA超甲基化遏制轉(zhuǎn)錄、引發(fā)基因失活。甲基轉(zhuǎn)移酶催化DNACG兩個核苷酸胞嘧啶被選擇性地添加甲基，形成5－甲基胞嘧啶，這常見于基因5‘-CG-3’序列。生物體甲基化方式是穩(wěn)定,甲基化位點可隨DNA復(fù)制而遺傳。甲基化與腫瘤：(1)整個基因組甲基化程度很低;(2)一些抑癌基因錯誤發(fā)生甲基化被緘默.甲基化（DNAMethylation）疾病基因組學(xué)第19頁二、疾病基因組學(xué)研究策略與技術(shù)疾病基因組學(xué)第20頁定位克隆候選克隆全基因組測序全基因組關(guān)聯(lián)研究（SNPs,CNVs）全基因組表觀遺傳學(xué)研究……慣用策略疾病基因組學(xué)第21頁定位克隆是最通常采取判定疾病致病基因策略：即依據(jù)基因在基因組上位置定位并克隆基因，已經(jīng)被成功用來判定致病基因或為預(yù)測疾病提供主要依據(jù)。定位克隆研究策略疾病基因組學(xué)第22頁CNLMG經(jīng)過與遺傳標識連鎖定位致病基因位置。疾病基因組學(xué)第23頁候選克隆研究策略基因功效、結(jié)構(gòu)已經(jīng)有研究預(yù)測可能疾病突變檢測疾病基因組學(xué)第24頁全基因組測序研究策略全基因組序列全外顯子組序列全轉(zhuǎn)錄組序列第二代測序技術(shù)第三代測序技術(shù)海量數(shù)據(jù)分析判定疾病相關(guān)基因疾病基因組學(xué)第25頁選擇tagSNPs標識單體型在病例-對照人群間比較SNPs等位基因頻率全基因組關(guān)聯(lián)統(tǒng)計分析，得出有意義SNPs另外選擇獨立病例-對照人群對初篩階段結(jié)果進行驗證全基因組關(guān)聯(lián)分析HapMap計劃初篩階段重復(fù)驗證階段利用芯片對全部tagSNPs進行基因分型疾病基因組學(xué)第26頁全基因組表觀遺傳學(xué)研究策略病人組織

DNA正常組織

DNABisulfite處理Padlock介導(dǎo)特異DNA捕捉第二代DNA測序MeDIP富集甲基化基因組片段生物芯片雜交海量數(shù)據(jù)分析疾病基因組學(xué)第27頁三、疾病基因組學(xué)研究進展與應(yīng)用疾病基因組學(xué)第28頁一個精神分裂癥家系致病基因定位

疾病基因組學(xué)第29頁

精神分裂癥是以基本個性改變，思維、情感、行為分裂，精神活動與環(huán)境不協(xié)調(diào)為主要特征一類最常見精神病?；颊咂胀o意識和智能方面障礙。疾病基因組學(xué)第30頁主要特征：幻覺、妄想、認知障礙約占全部成人精神疾患70%；全球發(fā)病率約為1%；

中國：1986年調(diào)查，發(fā)病率為5.69‰

1998年張維熙等，終生患病率6.55‰患病率呈顯著上升趨勢；病情重復(fù)發(fā)作，病人本身很痛苦；巨大經(jīng)濟負擔(dān)、社會問題。疾病基因組學(xué)第31頁Gottesman等對1921年到1987年在歐洲人中研究綜合分析后認為：同卵雙生子同病一致率為48%，二卵雙生子同病一致率為17%，不一樣親緣系數(shù)同病一致率不一樣，而普通人群中僅1%。Cardno等綜述了1995年以來歐洲和日本5個研究匯報發(fā)覺：精神分裂癥患者單卵雙生同胞同病一致率為41-65%，而二卵雙生同胞同病一致率為0-28%疾病基因組學(xué)第32頁一個來自河南省精神分裂癥家系，該家系29名組員，有患者9人，5男4女。全部患者都屬于精神分裂癥同一亞型——偏執(zhí)型。有一人（IV-7）表型不能確定。疾病基因組學(xué)第33頁常染色體顯性遺傳模式下兩點LOD>1位點

疾病基因組學(xué)第34頁D12S345，D12S85和D12S364附近D12S1631，D12S1643，D12S1621等8個微衛(wèi)星標識進行精細定位。同時，該家系中4個組員：IV-1、IV-15、IV-16和IV-17樣本被采集到，一并加入到精細定位研究中。

精細定位疾病基因組學(xué)第35頁MarkersPositionLinkageGeneHunter(cM)Single-pointMultipoint

Zmaxθ=LODNPLp-valueLODNPLp-valueD12S36430.601.990.060.852.880.00977-1.120.120.20459D12S158030.601.120.14-1.510.10.21387-1.350.110.21387D12S161744.030.280.20-1.640.240.14502-1.431.040.06787D12S163150.900.80.13-0.281.310.052730.955.440.00879D12S164350.902.510.002.586.890.000980.965.450.00879D12S162152.202.330.002.435.660.006840.965.450.00684D12S164852.541.540.080.392.130.015140.965.450.00879D12S34553.091.710.080.622.890.008790.965.450.00879D12S169253.280.50.230.271.850.018070.965.450.00879D12S166855.291.140.000.950.470.091312.619.950.00098D12S168755.740.230.000.760.850.071292.6910.830.00098D12S8561.341.440.090.721.670.034180.531.610.03662家系SCZ32在Chr.12參數(shù)分析與非參數(shù)分析結(jié)果疾病基因組學(xué)第36頁疾病基因組學(xué)第37頁

為了驗證該位點，我們又搜集另外15個精神分裂癥家系進行深入研究。

疾病基因組學(xué)第38頁MarkersPositionLinkageGeneHunter(cM)Two-pointMultipoint

ZmaxQ=HLODNPLp-valueHLODNPLp-valueD12S36430.600.710.160.381.340.088580.031.470.07020D12S158030.600.160.310.010.560.278820.031.440.07504D12S161744.030.860.160.991.600.055240.611.970.02634D12S163150.901.160.140.441.250.103992.94

3.500.00183D12S164350.901.910.081.332.620.006831.842.860.00432D12S162152.200.360.250.000.980.159290.000.990.15668D12S164852.540.240.750.000.230.399460.030.980.15886D12S34553.090.180.350.030.190.415140.000.820.7D12S169253.280.220.320.000.490.303740.000.720.23010D12S166855.290.070.780.000.720.229500.001.140.12367D12S168755.740.440.180.141.090.135610.001.670.04852D12S8561.340.100.330.001.080.136860.001.460.07251其它15個精神分裂癥家系Chr.12參數(shù)分析與非參數(shù)分析結(jié)果疾病基因組學(xué)第39頁MarkersPositionLinkageGeneHunter(cM)Two-pointMultipoint

ZmaxQ=HLODNPLp-valueHLODNPLp-valueD12S36430.602.630.101.032.020.023890.001.460.07007D12S158030.601.110.210.000.570.271060.001.420.07512D12S161744.031.090.180.761.610.052920.402.170.01771D12S163150.901.960.140.341.540.060613.904.750.00119D12S164350.904.15

0.053.764.260.001692.674.130.00183D12S162152.201.800.161.522.360.012180.152.320.01317D12S164852.541.220.210.000.750.213870.402.310.01340D12S34553.091.350.230.180.910.172600.292.150.01838D12S169253.280.970.220.000.940.165120.252.060.02222D12S166855.290.700.180.240.810.197621.633.600.00256D12S168755.740.600.160.561.260.098561.734.330.00161D12S8561.341.020.210.151.460.069370.011.810.03599全部16個精神分裂癥家系Chr.12參數(shù)與非參數(shù)分析結(jié)果疾病基因組學(xué)第40頁銀屑病全基因組關(guān)聯(lián)研究疾病基因組學(xué)第41頁銀屑?。≒soriasis,MIM:177900）亦稱“牛皮癬”，是一個慢性炎癥性皮膚病出現(xiàn)特征性皮損：大小不等紅斑樣丘疹，表面覆蓋著銀白色鱗屑，可發(fā)生于身體任何部位，好發(fā)于頭皮、軀干及四肢伸側(cè)。是一個常見且嚴重皮膚病。銀屑病主要臨床表現(xiàn)疾病基因組學(xué)第42頁銀屑病在全世界發(fā)病率約為0.6~4.8%Psoriasisoccursin0.6~4.8%oftheworld’spopulation在亞洲和美洲人發(fā)病率在0.4%~0.7%;歐洲人中發(fā)表率略高，最高到達4.6%；據(jù)預(yù)計我國銀屑病患者已靠近1，000萬。銀屑病有2個發(fā)病高峰：

一次是在20-30歲，一次是50-60歲。銀屑病發(fā)病率銀屑病主要病理改變表皮增厚皮損和出血淋巴細胞炎性浸潤疾病基因組學(xué)第43頁銀屑病病理機制研究當(dāng)前發(fā)覺主要銀屑病易感基因均與免疫系統(tǒng)相關(guān)：主要組織相容性復(fù)合體(Themajorhistocompatibilitycomplex，MHC)組織相容性抗原(HistocompatibilityAntigens，HLA)HLA-Cw6HLA-B13,-B17,-B37,-Bw16T淋巴細胞介導(dǎo)(T-lymphocyte-mediatedmechanism)疾病基因組學(xué)第44頁初篩階段重復(fù)驗證階段合并2個階段數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析芯片平臺：Illumina610k病例1139，對照1132（漢族）64個P<10-5SNPs病例5182，對照6516（漢族）提醒3個可能易感基因：MHC、IL12B、LCE發(fā)覺6個關(guān)聯(lián)SNP，分別位于3個基因上病例539，對照824（維吾爾族）Sequenomiplex銀屑病全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）研究結(jié)果樣本選擇疾病基因組學(xué)第45頁疾病基因組學(xué)第46頁10-5研究結(jié)果：一、證實了兩個之前已被證實易感位點：

MHC(rs1265181,P=1.93×10-208)

IL12B(rs3213094,Pcombined

=2.58×10-26)二、發(fā)覺了一個新銀屑病易感基因位點：LCEgenecluster——on1q21(rs4085613,Pcombined=6.6910-30)疾病基因組學(xué)第47頁經(jīng)過第一階段GWAS分析發(fā)覺MHCregion與中國人群銀屑病發(fā)生顯著相關(guān)：

MHC區(qū)間位于chr.6:25～34Mb該研究共選擇了位于該染色體區(qū)間2,087個SNPs——左圖顯示了關(guān)聯(lián)研究證實：9個SNPs

7個已知基因其中紅色箭頭標示——rs130065位于已知銀屑病易感基因PSORS1：CDSN附近；該基因

屬于HLA-C基因家族。疾病基因組學(xué)第48頁經(jīng)過GWAS連鎖分析發(fā)覺——除MHC區(qū)域之外得到最強關(guān)聯(lián)4個SNPs均位于1q21：LCE基因家族（rs4112788,rs4845454,rs4085613,rs1886734）。左圖顯示了LCE基因家族區(qū)域附近基因和LD連鎖圖：—上圖顯示全部位于區(qū)間內(nèi)基因—中圖和下列圖分別顯示了依據(jù)中國人和歐洲人基因頻率繪制LD連鎖圖左圖黃色箭頭顯示rs6701216位點，該SNP被其它研究重復(fù)與銀屑病相關(guān)。疾病基因組學(xué)第49頁LCE基因家族與銀屑病?LCE家族編碼：角質(zhì)包膜蛋白——在表皮終末分化過程發(fā)揮了主要作用。

該研究假設(shè)因為LCE易感基因變異造成表皮角質(zhì)包膜異常、角質(zhì)細胞分化異常，從而影響銀屑病發(fā)生。疾病基因組學(xué)第50頁Follow–UPStudyofPsoriasisGWAS銀屑病二期GWAS研究?第二階段GWAS研究使用樣本中國人：8312患者+12919對照；高加索人：3293患者+4188對照+254關(guān)鍵家系發(fā)覺6個新銀屑病易感位點疾病基因組學(xué)第51頁參加國家：美國、中國、瑞典、新加坡疾病基因組學(xué)第52頁銀屑病GWAS后續(xù)研究策略——更大規(guī)模（不一樣人種）樣本驗證生物信息學(xué)分析判定潛在致病Alleles多層次功效學(xué)驗證分子水平、細胞水平、動物模型...揭示銀屑病分子致病機制經(jīng)過GWAS研究提醒與疾病關(guān)聯(lián)SNPs...疾病基因組學(xué)第53頁孤獨癥CNVs研究疾病基因組學(xué)第54頁兒童孤獨癥簡稱孤獨癥（Autism；又稱自閉癥）是一個嚴重影響兒童神經(jīng)發(fā)育性障礙疾病基因組學(xué)第55頁孤獨癥介紹孤獨癥起病于嬰幼兒期，男童發(fā)病率高于女童；不一樣程度社會交流障礙是孤獨癥關(guān)鍵特征；回避眼神接觸，對親呢動作反應(yīng)冷淡，孤僻，對同伴交往或集體活動缺乏興趣；多數(shù)患兒表現(xiàn)語言發(fā)育遲緩，部分表現(xiàn)為語言形式和語音利用方面異常；興趣與活動內(nèi)容局限、刻板、重復(fù)；約有四分之三患兒伴有顯著精神發(fā)育遲滯；有部分孤獨癥患兒在普通性智力落后背景下又出現(xiàn)“孤獨性才能”，在音樂、計算、推算日期、機械記憶和背誦等方面展現(xiàn)特殊才能。疾病基因組學(xué)第56頁孤獨癥病因?qū)W研究概況流行病學(xué)研究顯示，遺傳原因、腦器質(zhì)性原因、神經(jīng)生化原因、孕產(chǎn)期病變、感染及免疫等多方面原因可能與孤獨癥相關(guān)，其中遺傳原因為大多數(shù)科學(xué)家所公認。據(jù)報道，同卵雙生共患孤獨癥幾率為60-80%，異卵雙生共患幾率為3-10%，同胞患孤獨癥幾率為3-5%，是群體中孤獨癥發(fā)病率50-100倍。依據(jù)以上孤獨癥家族聚集性、患者同胞再患危險度和同卵雙生、異卵雙生共患差異推斷：90%以上孤獨癥是由遺傳造成。疾病基因組學(xué)第57頁孤獨癥已成為全球性公共健康問題AutismPrevalenceonTheRise患病率急劇上升年，美國0.9%，其中男童1/70年，英國1.57%，日本1.6%年，韓國2.6%全球患者數(shù)6700萬兒童患孤獨癥人數(shù)超出兒童癌癥、糖尿病、艾滋病三者總和年12月18日，聯(lián)合國確立每年4月2日為世界孤獨癥日。這是繼“世界愛滋病日”之后聯(lián)合國確定第2個疾病日疾病基因組學(xué)第58頁孤獨癥CNV研究策略疾病基因組學(xué)第59頁全基因組SNP分型及數(shù)據(jù)整理疾病基因組學(xué)第60頁罕見CNV分析疾病基因組學(xué)第61頁以CNV研究為基礎(chǔ)基因關(guān)聯(lián)研究新發(fā)CNV/來自于親本罕見CNV區(qū)域中與疾病相關(guān)候選基因舉例疾病基因組學(xué)第62頁CNV區(qū)域候選基因功效研究與疾病相關(guān)微缺失區(qū)域中基因家族一覽疾病基因組學(xué)第63頁疾病相關(guān)主要基因家族詳圖疾病基因組學(xué)第64頁ASD相關(guān)基因功效圖譜疾病基因組學(xué)第65頁米勒綜合癥全基因組測序研究66疾病基因組學(xué)第66頁Millersyndrome米勒綜合癥(Millersyndrome)(MIM#263750)造成患者口、眼、耳、足等畸形遺傳病嚴重小頜癥唇腭裂四肢末端發(fā)育不良或不發(fā)育眼瞼缺損多乳頭疾病基因組學(xué)第67頁研究策略

受累個體及正常對照外顯子組測序

dbSNP和HapMap過濾適當(dāng)篩選策略找到候選基因Sanger測序驗證候選基因突變疾病基因組學(xué)第68頁69BackgroundDNAGenomicDNAFragment

&addlinkersHybridizeNimbleGenArrayWashEluteSequencingProbesTargetDNATargetDNAExon1Exon2Exon3Exon4Exon5Exon6Amplification疾病基因組學(xué)第69頁DenaturationwithNaOHbeforeaddingtoFCInitialextensionwithTaqPolymerase疾病基因組學(xué)第70頁疾病基因組學(xué)第71頁DenaturationwithformamideSubsequentamplificationwithBstpolymerase35cyclesat60oC疾病基因組學(xué)第72頁5’GTCAGTCAGTCAGT3’5’CAGTCATCACCTAGCGTA FirstbaseincorporatedCycle1: Addsequencingreagents Removeunincorporatedbases DetectsignalCycle2-n:AddsequencingreagentsandrepeatAllfourlabelednucleotidesinonereactionHighaccuracyBase-by-basesequencingNoproblemswithhomopolymerrepeatsSequencingBySynthesis(SBS)疾病基因組學(xué)第73頁TTTTTTT

G

T…T

G

C

T

A

C

G

A

T…Theidentityofeachbaseofaclusterisreadofffromsequentialimages.123789456疾病基因組學(xué)第74頁樣本選擇

3個多發(fā)家系，家系間無親緣關(guān)系，父母表型正常，都有兩個患病后代正常對照為8個Hapmap個體3個家系之間沒有親緣關(guān)系疾病基因組學(xué)第75頁研究方法與結(jié)果方法

3個家系4個受累個體（家系1-A，家系1-B，家系2，家系3）外顯子組測序。結(jié)果取得數(shù)據(jù)平均5.1Gb/人，捕捉26.6Mb外顯子區(qū)域其覆蓋率到達40倍，覆蓋了該區(qū)域97%序列

疾病基因組學(xué)第76頁怎樣過濾和篩選數(shù)據(jù)？兩個模型Dominantmodel

最少應(yīng)有1個位于同一基因NS/SS/I突變，且覆蓋率應(yīng)為40倍以上Recessivemodel最少應(yīng)有2個位于同一基因NS/SS/I突變且覆蓋率應(yīng)>500倍

無義突變（NS）剪接位點突變（SS）插入/缺失(indels;I)疾病基因組學(xué)第77頁過濾和篩選數(shù)據(jù)家系1中1-A，1-B中過濾掉dbSNP和HapMap中常見突變

Dominantmodel：228Recessivemodel：9家系1與家系2和3（均過濾dbSNP和HapMap）比較

Dominantmodel：26Recessivemodel：onlyasinglegene,DHODH

疾病基因組學(xué)第78頁過濾和篩選數(shù)據(jù)NS/SS/I突變是否有危害Recessivemodel中DHODH并未入選Dominantmodel中DHODH

在家系1中發(fā)覺G605A（與疾病無關(guān)），但G454A可能與疾病相關(guān)。但每個個體DHODH

新發(fā)突變均為復(fù)合雜合子，且6個突變中5個可能與疾病相關(guān)，所以仍考慮該疾病為Recessivemodel。疾病基因組學(xué)第79頁過濾和篩選數(shù)據(jù)---結(jié)果SarahBNgetal.疾病基因組學(xué)第80頁Sanger測序驗證候選基因突變

方法

篩查另